View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20666_low_1 (Length: 842)

Name: NF20666_low_1
Description: NF20666
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20666_low_1
NF20666_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (10-824)||(720608-721418)
chr1 (10-613)||(38880040-38880642)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (10-591)||(37144954-37145535)
chr3 (10-587)||(53606574-53607151)
chr3 (209-611)||(17716828-17717230)
chr3 (209-611)||(19018057-19018459)
chr3 (545-588)||(23425799-23425842)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-591)||(45211096-45211677)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (10-613)||(23946051-23946654)
chr5 (10-157)||(42690064-42690211)
chr5 (59-199)||(16781215-16781355)
chr5 (234-298)||(10115868-10115932)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-591)||(33805273-33805850)
chr4 (83-611)||(11239460-11239988)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (10-587)||(46830723-46831300)
chr7 (22-282)||(48953130-48953390)
chr7 (530-588)||(23206660-23206718)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (59-300)||(8684298-8684539)
chr6 (242-286)||(4839599-4839643)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (521-587)||(42402010-42402076)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 674; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 674; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 721418 - 720608
Alignment:
Q  10 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  721418 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccactgtaaccagtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaagg 721319  T
Q  110 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  721318 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcataatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgatattgt 721219  T
Q  210 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  721218 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaagtcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 721119  T
Q  310 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 409  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  721118 gccagacataccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaatttcctgccatatgcttctagaaaaatga 721019  T
Q  410 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 509  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  721018 cagtccctgacacagtgtaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcgcaggagggagagggggctatgtttctgtggtggagcaaggaaagagttg 720919  T
Q  510 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 609  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  720918 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccaggacctgcaaattccaaattcaagaccaagaggggtgaggaatgggatcagc 720819  T
Q  610 tgccatatattagtgaatatatttattatttaatttacacctaatcactannnnnnnncttcaagtaatcacgaatttttgaacagcaaataaagcacca 709  Q
    |||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  720818 tgccatatattagtgaata----tattatttaatttaaacctaatcactattttttttcttcaagtaatcacgaatttttgaacagcaaataaagcacca 720723  T
Q  710 ctatattatacatatataaaagaaaacaattaaagagataactcaacccaatacatagtacaaaaacaatatgtaaagccaactattttattattgaagt 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  720722 ctatattatacatatataaaagaaaacaattaaagagataactcaacccattacatagtacaaaaacaatatgtaaagccaactattttattattgaagt 720623  T
Q  810 ttcaacctcttcaat 824  Q
    |||||||||||||||    
T  720622 ttcaacctcttcaat 720608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 38880642 - 38880040
Alignment:
Q  10 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38880642 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccagtgcgggaaggagtacctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaatg 38880543  T
Q  110 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 209  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  38880542 tgatttttgttgttccatttcacaaaacggtcagaatgattcacattttcctcactattaaaggccgaattgatatctacagctgttgaaacgatattgt 38880443  T
Q  210 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 309  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38880442 tgcacagtcgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccaacgaaaaagatattcggaaggga 38880343  T
Q  310 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 409  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38880342 gccagacataccgatcttgatccaatcgtgagatgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaatgttctgccatatgcttctagaaaaatga 38880243  T
Q  410 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 509  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  38880242 caatccctgacacagtgcagaaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcgcaggagggagagggagctatgtttctgtggtggagcaaggaaagagttg 38880143  T
Q  510 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  38880142 gtacaacattttgacaagcaagccagat-aaaaacttgtactttttcagaacttgcaaattccaaatccaagaccaagaggggtgaggaatgagatcagc 38880044  T
Q  610 tgcc 613  Q
    ||||    
T  38880043 tgcc 38880040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 37145535 - 37144954
Alignment:
Q  10 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  37145535 tgagatgagcaagcctgcactattacggagaatatcaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 37145436  T
Q  110 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 209  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37145435 tgattcctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagaattgatatctgcagctgctgaaacgatattgt 37145336  T
Q  210 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 309  Q
    |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  37145335 tgcacaaccgaaaaagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaagaccagcgaaaaagatatccgggaggga 37145236  T
Q  310 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 409  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145235 gctggacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacatgtaaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 37145136  T
Q  410 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 509  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37145135 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctgcggtggagcaaggaaagagttg 37145036  T
Q  510 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 591  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145035 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 37144954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 587
Target Start/End: Original strand, 53606574 - 53607151
Alignment:
Q  10 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 109  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| || || | || || |||||||||||| | ||| || || | ||||||||||||||||||||||||| | ||   |    
T  53606574 tgagataaacaaacctgcactattgcgtaggacaccaccgtaaccggtgcgtggaggggttccaatgcagctgccatcaacattaagaatgaaatcttgg 53606673  T
Q  110 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 209  Q
    || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||     |||||| ||||  |  || ||||| |||    |  |||||||||||| ||  ||||    
T  53606674 tggtttctattgttccatttcaccaatcggtctgaatgagggggattttcttcaccgttgaatgccgagttggctgcatcagctgctgaaatgatgttgt 53606773  T
Q  210 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 309  Q
    |||||| |||||  | |||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | | | ||    
T  53606774 tgcacaaccgaaataaagacaaagtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaaacccaccaaaggccggctaaaaagatactagaacgtga 53606873  T
Q  310 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 409  Q
    |||||| || || | ||| |||||||| | || ||  | || ||||| |||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||    ||||||||  |    
T  53606874 gccagaaataccaagctttatccaatcataagttgtagcagttgtgacgaaatcgttacttgtaaaaccaattttctgccagatgtccttagaaaaacaa 53606973  T
Q  410 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 509  Q
    |||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||| |||   || |||   |||||||||||| ||| ||||  |||  |||| ||||||||| |    
T  53606974 cagtccctgacacaatgcataaaggtttcatcttcttctccgcaatgagtgcaaatgggagagggagccatgcttctgtggtaaagcagggaaagagtgg 53607073  T
Q  510 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 587  Q
    | ||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||    
T  53607074 gaaccgcattttgacacgccagccagataagaaacttgtacttttccggaacctttagtctccaaatccaagaccaag 53607151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 209 - 611
Target Start/End: Original strand, 17716828 - 17717230
Alignment:
Q  209 ttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggg 308  Q
    |||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| | | | |    
T  17716828 ttgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtttcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatttgaacgag 17716927  T
Q  309 agccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatg 408  Q
      ||| |||  || | |||||||||||| |||||||| |  ||||||  ||| |||||||    ||| |||| | | ||||| || |||||||||||  |    
T  17716928 taccaaacaaaccaaacttgatccaatcatgagctgaagcggctgtggtgaactcattacaataaaagccaaatgtttgccagatacttctagaaaagcg 17717027  T
Q  409 acagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagtt 508  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||| |||||| || ||||||||||   |||| || | ||||||||||    
T  17717028 acaatccctaacacagtgcaggaatgtttcatcttcttctctacaacgaccgcaggtgggagaaggggctatgtttcggtggtgaagaagggaaagagtt 17717127  T
Q  509 ggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcag 608  Q
    |||||  |||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||| |||| |  |   |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  17717128 ggtactgcattgtgacaggcgagccagataaggaacttatatttttccagaacatttagtctccaaatcaaagaccaagagagatgagaagtgggatcag 17717227  T
Q  609 ctg 611  Q
    |||    
T  17717228 ctg 17717230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 209 - 611
Target Start/End: Original strand, 19018057 - 19018459
Alignment:
Q  209 ttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggg 308  Q
    |||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| | | | |    
T  19018057 ttgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtttcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatttgaacgag 19018156  T
Q  309 agccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatg 408  Q
      ||| |||  || | |||||||||||| |||||||| |  ||||||  ||| |||||||    ||| |||| | | ||||| || |||||||||||  |    
T  19018157 taccaaacaaaccaaacttgatccaatcatgagctgaagcggctgtggtgaactcattacaataaaagccaaatgtttgccagatacttctagaaaagcg 19018256  T
Q  409 acagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagtt 508  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||| |||||| || ||||||||||   |||| || | ||||||||||    
T  19018257 acaatccctaacacagtgcaggaatgtttcatcttcttctctacaacgaccgcaggtgggagaaggggctatgtttcggtggtgaagaagggaaagagtt 19018356  T
Q  509 ggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcag 608  Q
    |||||  |||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||| |||| |  |   |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  19018357 ggtactgcattgtgacaggcgagccagataaggaacttatatttttccagaacatttagtctccaaatcaaagaccaagagagatgagaagtgggatcag 19018456  T
Q  609 ctg 611  Q
    |||    
T  19018457 ctg 19018459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 545 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 23425842 - 23425799
Alignment:
Q  545 ttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaaga 588  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23425842 ttgtacttctccggaacctgcaatgtccaaatccaagaccaaga 23425799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 591
Target Start/End: Original strand, 45211096 - 45211677
Alignment:
Q  10 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  45211096 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 45211195  T
Q  110 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  45211196 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatatgtagctgctgaaacgatattgt 45211295  T
Q  210 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 309  Q
    |||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||    
T  45211296 tgcacaaccgaaaaagagacattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggaggga 45211395  T
Q  310 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 409  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211396 gctggacataccgatcttgaaccaatcatgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccgattttctgccatatgcttctagaaaaatga 45211495  T
Q  410 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 509  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211496 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 45211595  T
Q  510 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 591  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211596 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 45211677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 23946654 - 23946051
Alignment:
Q  10 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  23946654 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaactggtgcgtgagggagtacctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 23946555  T
Q  110 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  23946554 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatttgtagctgctgaaacgatattgt 23946455  T
Q  210 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 309  Q
    |||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||    
T  23946454 tgcacaaccgaaaaagagacattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggaggga 23946355  T
Q  310 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 409  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23946354 gctggacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 23946255  T
Q  410 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 509  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23946254 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacagatgggagatggtgctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 23946155  T
Q  510 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 609  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||  ||||||    
T  23946154 gtacagcattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggggtgagggatgatatcagc 23946055  T
Q  610 tgcc 613  Q
    ||||    
T  23946054 tgcc 23946051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 157
Target Start/End: Original strand, 42690064 - 42690211
Alignment:
Q  10 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  42690064 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtggtcatgg 42690163  T
Q  110 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattt 157  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42690164 tgatttctgttgttgcatttcacgaaacggtcagaatgattcacattt 42690211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 16781355 - 16781215
Alignment:
Q  59 cgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacatttt 158  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| |||   |||||||||| ||||||||||||| || ||||| | |||| |   | | |    
T  16781355 cgggaaggagttccaatgcagctgccatcaacattgagaatgttgtctttgtgatttctgctgttccatttcacaaagcggtcagcatgaattgaaatgt 16781256  T
Q  159 cctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaa 199  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  16781255 cctcactaccgaaggccgaattgatatcagaagctgctgaa 16781215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 234 - 298
Target Start/End: Original strand, 10115868 - 10115932
Alignment:
Q  234 tttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagata 298  Q
    |||||| ||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  10115868 tttcataattaaggcacactaggtttcgatgcctccaaacccaccaaagaccagcaagaaagata 10115932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 33805850 - 33805273
Alignment:
Q  14 atgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgat 113  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |||||    
T  33805850 atgaacaagcctgcactattgcggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatggtgat 33805751  T
Q  114 ttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  33805750 ttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatctgtagctgctgaaacgatattgttgca 33805651  T
Q  214 cagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaagggagcca 313  Q
    || |||||  ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||||      
T  33805650 caaccgaaaaagagaaattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggagggagctg 33805551  T
Q  314 gacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatgacagt 413  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33805550 gacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaattattacctgtaaacccgattttctgccatatgcttctagaaaaatgacagt 33805451  T
Q  414 ccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttggtac 513  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33805450 ccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctacggtggagcaatgaaagagttggtac 33805351  T
Q  514 aacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 591  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33805350 aacattttgacaagcgagccaaatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 33805273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 83 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 11239988 - 11239460
Alignment:
Q  83 ccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattga 182  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | |||||| || ||||| |||| || || |||||||  ||||||  ||| ||||||||||||||  ||||| |||    
T  11239988 ccatcaacattaagaatgtggtcctcatgatttatgctgttcaatttaacaaagcggtcgggctgattcgaattgtcctcactatcaaaaaccgaactga 11239889  T
Q  183 tatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaag 282  Q
    |||| |  |||||||| | ||  ||| |||||| |||  | ||||||| || ||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11239888 tatcggtggctgctgagatgatgttgctgcacaaccggtttagagacaagtgtttgttactaaggcacattaagtttcgatgtctctaaacccaccaaag 11239789  T
Q  283 gccagcgaaaaagatattcggaagggagccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaatt 382  Q
     ||||| |||||  |||||| | | | || |||||  |||| ||||||||| || |  ||||| |  ||||||| |||||||||||   |||| ||||||    
T  11239788 accagctaaaaatgtattcgaacgagggctagacaatccgagcttgatccagtcataggctgaagcggctgtgacgaaatcattacaagtaaaaccaatt 11239689  T
Q  383 ttctgccatatgcttctagaaaaatgacagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgt 482  Q
    |||||||| |||||| | |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||| | ||||||| ||| | |||    
T  11239688 ttctgccagatgcttatggaaaagcgacagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcctcgctgcagcgagcgcaagtgggagagtgagttttgt 11239589  T
Q  483 ttctacggtggagcaaggaaagagttggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaaga 582  Q
    ||||| |||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||||| ||||||||||| ||||  ||  |||||||||||||    
T  11239588 ttctatggtgaagcagtgagagagtaggtacaacattttgacaggcgagccaaatgaagaacttatacttttccgggacctttaacctccaaatccaaga 11239489  T
Q  583 ccaagagggatgaagaatgggatcagctg 611  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  11239488 ccaagagtgatgaggaatgggattagctg 11239460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 126; Significance: 2e-64; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 46831300 - 46830723
Alignment:
Q  10 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 109  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| | || || |||||||||||| | ||| || || | ||||||||||||||||||||||||| | ||   |    
T  46831300 tgagataaacaaacctgcactattgcggaggacaccaccgtaaccggtgcgtggaggggttccaatgcagctgccatcaacattaagaatgaaatcttgg 46831201  T
Q  110 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 209  Q
    || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||     |||||| ||||  |  || ||||| |||    |  |||||||||||| ||  ||||    
T  46831200 tggtttctattgttccatttcaccaatcggtctgaatgagggggattttcttcaccgttgaatgccgagttggctgcatcagctgctgaaatgatgttgt 46831101  T
Q  210 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 309  Q
    |||||| |||||  | |||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | | | ||    
T  46831100 tgcacaaccgaaataaagacaaagtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaaacccaccaaaggccggctaaaaagatactagaacgtga 46831001  T
Q  310 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 409  Q
    |||||| || || | ||| |||||||| | || ||  | || ||||| |||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||    ||||||||  |    
T  46831000 gccagaaataccaagctttatccaatcataagttgtagcagttgtgacgaaatcgttacttgtaaaaccaattttctgccagatgtccttagaaaaacaa 46830901  T
Q  410 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 509  Q
    |||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||| ||| | || |||   |||||||||||| ||| ||||  |||  |||| ||||||||| |    
T  46830900 cagtccctgacacaatgcataaaggtttcatcttcttctccgcaacgagtgcaaatgggagagggagccatgcttctgtggtaaagcagggaaagagtgg 46830801  T
Q  510 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 587  Q
    | ||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||    
T  46830800 gaaccgcattttgacacgccagccagataagaaacttgtacttttccggaacctttagtctccaaatccaagaccaag 46830723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 48953390 - 48953130
Alignment:
Q  22 gcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttg 121  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||| |||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||||||    
T  48953390 gcctgcgctattgcggagaacactaccataaccagtgcggggaggagatcctaagcggttgccatcaacattaagaatgtaatcttggtggtttctgttg 48953291  T
Q  122 ttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaa 221  Q
    |||||||| || || ||||| ||||   ||  |||  | |||||  |||| || ||||||||  |  | | || || |  ||  ||||||||||| | ||    
T  48953290 ttccatttgacaaagcggtctgaatttgtcgaattaccttcacttccaaaagctgaattgattgcatctgatgatgcagtgatgttgttgcacagtcaaa 48953191  T
Q  222 tgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaag 282  Q
      || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  48953190 atagggacaagttttcattattaaggcacattaagtttcgatgtcgccaaacccaccaaag 48953130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 530 - 588
Target Start/End: Original strand, 23206660 - 23206718
Alignment:
Q  530 agccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaaga 588  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  23206660 agccaaatcagaaatttgtacttctccggtacctgcagagtccaaatccaagaccaaga 23206718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 59 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 8684539 - 8684298
Alignment:
Q  59 cgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacatttt 158  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||||||||| | ||||  | |   ||||||||||   |||||||||||||| |||||   |||| |   | | |    
T  8684539 cgggaaggagttccaatgcagctgccatcaacattgataatgctgcctttgtgatttctgccattccatttcacgaagcggtcttcatgaattgtagtgt 8684440  T
Q  159 cctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagtt 258  Q
    || ||||||  ||||||||| ||||||| | ||| ||| ||  ||  || |||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  8684439 ccgcactatggaaggccgaagtgatatcagaagccgctaaagtgatgttattgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtt 8684340  T
Q  259 acgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatatt 300  Q
     ||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||    
T  8684339 tcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatt 8684298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 242 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 4839643 - 4839599
Alignment:
Q  242 ttaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggcca 286  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4839643 ttaaggcacatcaaattacgatgtctccaaacccaccagaggcca 4839599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 521 - 587
Target Start/End: Original strand, 42402010 - 42402076
Alignment:
Q  521 tgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 587  Q
    ||||| ||||||||||| || | |||||| ||||| ||||||| || || |||||||||||||||||    
T  42402010 tgacaggcaagccagattaggagcttgtatttttctggaaccttcagatgccaaatccaagaccaag 42402076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University