View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20674_low_1 (Length: 902)

Name: NF20674_low_1
Description: NF20674
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20674_low_1
NF20674_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-895)||(45089199-45090099)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 795; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 795; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 895
Target Start/End: Original strand, 45089199 - 45090099
Alignment:
Q  15 cttttggcatccatgaggatcaactggtaagtctgcataaggatatattttgcagaagatttgctgnnnnnnnaattaatacaaattgtatatgcagcta 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  45089199 cttttggcatccatgaggatcaactggtaagtctgcataaggatatattttgcagaagatatgctgtttttttaattaatacaaattgtatatgcagcta 45089298  T
Q  115 aagtaaaacttgcattttcttttggcaggtatggatttttggggaagaaattcaaagattcatttggaaatattttgggacccgagcttagtggattagt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45089299 aagtaaaacttgcattttcttttggcaggtatggatttttggggaagaaattcaaagattcatttggaaatattttgggacccgagcttagtggattagt 45089398  T
Q  215 tggtcttaaggagccaagagatcatggagttccctattcgcttactgaagagttcacgagtgtttataggatgcatgcactcttgcctgaggagcttgtc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45089399 tggtcttaaggagccaagagatcatggagttccctattcgcttactgaagagttcacgagtgtttataggatgcatgcactcttgcctgaggagcttgtc 45089498  T
Q  315 cttcgaaacatcaagcctacaacaggagaagacaaatgcccttcaatacttgaaaagtatactcttatctctcattgattctagttttgtaactaagagc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45089499 cttcgaaacatcaagcctacaacaggagaagacaaatgcccttcaatacttgaaaagtatactcttatctctcattgattctagttttgtaactaagagc 45089598  T
Q  415 taagaaattttatgtttcttttgagttgcttttaacatgaaaaagggtaacgagtacaattgcatatgtagggtgccaatgacagaaatgataggaaaac 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45089599 taagaaattttatgtttcttttgagttgcttttaacatgaaaaagggtaacgagtacaattgcatatgtagggtgccaatgacagaaatgataggaaaac 45089698  T
Q  515 aaggggaaagaaggctttcaaaaataggaatggagcaaatgttagtatccatgggtcaccaaccatgtggtgctattactttatggaactttccaacatg 614  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45089699 aaggggaaaaaaggctttcaaaaataggaatggagcaaatgttagtatccatgggtcaccaaccatgtggtgctattactttatggaactttccaacatg 45089798  T
Q  615 gctaaggaacctcattgcacatgatatcgacggagaagaaagacctgatccagttgacatggctactatggaaggt--------------------atgg 694  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||                    ||||    
T  45089799 gctaaggaacctcattgcacatgatatcgacggagaagaaagacctgatccagttgacatagctactatggaaggtagtgtagtgtagtggagtacatgg 45089898  T
Q  695 ttttgtaataattttatatgatcaacttgttctaaaatgatgaatattttgtttactagtttatagagatagagaaaggggagtagcgagatataatgaa 794  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45089899 ttttgtaataattttatatgatcaacttgttataaaatgatgaatattttgtttactagtttatagagatagagaaaggggagtagcgagatataatgaa 45089998  T
Q  795 ttcagaagaaacatgctaatgatcccaattagtaagtgggaagatttaacagatgatgaagaggttattgaagctctcaaagaggtatatgatgatgatg 894  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45089999 ttcagaagaaacatgctaatgatcccaattagtaagtgggaagatttaacagatgatgaagaggttaatgaagctctcaaagaggtatatgatgatgatg 45090098  T
Q  895 t 895  Q
    |    
T  45090099 t 45090099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University