View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20682_low_1 (Length: 1484)

Name: NF20682_low_1
Description: NF20682
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20682_low_1
NF20682_low_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (18-1419)||(3701806-3703212)
chr1 (18-1135)||(3698118-3699231)
chr1 (1202-1331)||(3699346-3699475)
chr1 (1131-1163)||(3699251-3699283)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (655-869)||(17602680-17602894)
chr2 (475-553)||(17602503-17602581)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (767-871)||(52250765-52250869)
chr4 (743-871)||(52262407-52262535)
chr4 (163-263)||(52251370-52251470)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (877-932)||(39718869-39718924)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1293; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1293; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1419
Target Start/End: Original strand, 3701806 - 3703212
Alignment:
Q  18 agaagattttcctgaagatgagtttaagaaagcttttagaatgggaaaatcaacttttgatttgatttgtgaagaactgaattcagcaattgtgaaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  3701806 agaagattttcctgaagatgagtttaagaaagcttttagaatgggaaaatcaacttttgattttatttgtgaaaaattgaattcagcaattgtgaaagaa 3701905  T
Q  118 gatacaactttgagaactgcaattccagtgagacaaagagtagctgtttgtctatggagactagcaacaggtgatcctcttagcattgtttcaaaaaggt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3701906 gatacaactttgagaactgcaattccagtgagacaaagagtagctgtttgtctatggagattagcaacaggtgatcctcttagcattgtttcaaaaaggt 3702005  T
Q  218 ttggtttaggtatatcaacttgtcataaacttgttcttgaagtttgcactgctattaaaactgttcttatgcctaagtatcttcaatggcctaatgaaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3702006 ttggtttaggtatatcaacttgtcataaacttgttcttgaagtttgcactgctattaaaactgttcttatgcctaagtatcttcaatggcctaatgaaac 3702105  T
Q  318 ttctttgagaaaaactaaaaatgagtttgagggtatgtcaggtattccaaatgttgtagggtccatgtatacatcacatgttccaattatagctcctaag 417  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3702106 ttctttgagaaaaattaagaatgagtttgagggtatgtcaggtattccaaatgttgtagggtccatgtatacatcacatgttccaatcatagctcctaag 3702205  T
Q  418 attagtgttgctgattattttaacaagagacatactgagaggaatcaaaagacttcatattcaataactgttcaaggagttgttgatacaaatggtgttt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3702206 attagtgttgctgattattttaacagaagacatactgagaggaatcaaaagacttcatattcaataactgttcaaggtgttgttgatacaaatggtgttt 3702305  T
Q  518 tcactgatgtttgtattggttggcctggttcaatgcctgatgatcaagtgttagaaaaatcagcactttttcaaagggctaataatggaggacttctcag 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3702306 tcactgatgtttgtattggttggcctggttcaatgcctgatgatcaagtgttagaaaaatcagcactttttcaaagggctaataatggaggacttctcag 3702405  T
Q  618 aggtgtttggattgttggtagttcagggtatcctttaatggattgggttttagtaccttatactcaacaaaatcttacttggacacaacatggtttcaat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3702406 aggtgtttggattgttggtagttcagggtatcctttaatggattgggttttagtaccttatactcaacaaaatcttacttggacacaacatggtttcaat 3702505  T
Q  718 gagaagattggtgagatacaaaaagttgctaaagatgcatttgctagattgaaaggtaggtggtcttgtttgcagaaaaggactgaagtgaagcttcaag 817  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3702506 gaaaagattggtgagatacaaaaagttgctaaagatgcatttgctagattgaaaggtaggtggtcttgtttgcagaaaaggactgaagtgaagcttcaag 3702605  T
Q  818 atttgcctgttgaactttgtgcttgttgtgttttgcataacatttgtgagatgaaaggcgagaaaatggatcctgaacttatggttgatattgttgatga 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3702606 atttgcctgttgaactttgtgcttgttgtgttttgcataacatttgtgagatgaaaggtgagaaaatggatcctgaacttatggttgatattgttgatga 3702705  T
Q  918 tgaaatggttcctgaagttagtttgagatcagttaattcattgaaggctagagatgctattgctcataatcttttgcgtcatggtttagcaggcacnnnn 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||        
T  3702706 tgaaatggttcctgaagttagtttgagatcagttaattcattgaaggctagagatgctattgctcataatcttttgcatcatggtttagcaggcacttct 3702805  T
Q  1018 nnnctttaaacttataagattaagaactttgtgttatttgttgtattttgatcattgttatatgcatctctgagaacatgattttattttttgctgtttg 1117  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3702806 tttctttaaacttataagattaagaactttgtgttatttgttgtattttgatcattgttatatgcatctctgagaacatgattttattttttgctgtttg 3702905  T
Q  1118 ----tttatttacataatgttgaagtggctttgtataagataagatgtatggttagattcagagttgtaactcaattatatacactttcatagccaaata 1213  Q
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3702906 tttatttatttacataatgttgatgtggctttgtataagataagatgtatggttagattcagagttgtaactcaattatatacactttcatagccaaata 3703005  T
Q  1214 agagatcaattaat-aaaattgcaacattcttttgtttcatgtattattttgtatcattcatagtttacaatttatctgaagatcagttgatatagttaa 1312  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3703006 agagatcaattaataaaaattgcaacattcttttctttcatgtattattttgtatcattcatagtttacaatttatctgaagatcagttgatatagttaa 3703105  T
Q  1313 gttacatcagtattttaaaagcacacttcttaataatacttgttatcaagatatttgatagtccatgccaataataaaatctaacttctgcaaatgtata 1412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3703106 gttacatcagtattttaaaagcacacttcttaataatacttcttatcaagatatttgatagtccatgccaataataaaatctaacttctgcaaatgtata 3703205  T
Q  1413 cacacaa 1419  Q
    || ||||    
T  3703206 catacaa 3703212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 1004; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1135
Target Start/End: Original strand, 3698118 - 3699231
Alignment:
Q  18 agaagattttcctgaagatgagtttaagaaagcttttagaatgggaaaatcaacttttgatttgatttgtgaagaactgaattcagcaattgtgaaagaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3698118 agaagattttcctgaagatgagtttaagaaagcatttagaatgggaaaatcaacttttgatttgatttgtgaagaattgaattcagcaattgtgaaagaa 3698217  T
Q  118 gatacaactttgagaactgcaattccagtgagacaaagagtagctgtttgtctatggagactagcaacaggtgatcctcttagcattgtttcaaaaaggt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3698218 gatacaactttgagaactgcaattccagtgagacaaagagtagctgtttgtctatggagattagcaacaggtgatcctcttagaattgtttcaaaaaggt 3698317  T
Q  218 ttggtttaggtatatcaacttgtcataaacttgttcttgaagtttgcactgctattaaaactgttcttatgcctaagtatcttcaatggcctaatgaaac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3698318 ttggtttaggtatatcaacttgtcataaacttgttcttgaagtttgcactgctattaaaactgttcttatgcctaagtatcttcaatggcctaatgaaac 3698417  T
Q  318 ttctttgagaaaaactaaaaatgagtttgagggtatgtcaggtattccaaatgttgtagggtccatgtatacatcacatgttccaattatagctcctaag 417  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3698418 ttctttgagaaaaattaaaaatgagtttgagggtatgtcaggtattccaaatgttgtagggtccatgtatacatcacatgttccaattatagctcctaag 3698517  T
Q  418 attagtgttgctgattattttaacaagagacatactgagaggaatcaaaagacttcatattcaataactgttcaaggagttgttgatacaaatggtgttt 517  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3698518 attagtgttgctgcttattttaacaagagacatactgagaggaatcaaaagacttcatattcaataactgttcaaggagttgttgatacaaatggtgttt 3698617  T
Q  518 tcactgatgtttgtattggttggcctggttcaatgcctgatgatcaagtgttagaaaaatcagcactttttcaaagggctaataatggaggacttctcag 617  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  3698618 tcactgatgtttgcattggttggcctggttcaatgcctgatgatcaagtgttagaaaaatcagcactttttcaaagggctaataatggaggacttcttaa 3698717  T
Q  618 aggtgtttggattgttggtagttcagggtatcctttaatggattgggttttagtaccttatactcaacaaaatcttacttggacacaacatggtttcaat 717  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3698718 aggtgtttggattgttggaagttcagggtatcctttaatggattgggttttagtaccttatactcaacaaaatcttacttggacacaacatggtttcaat 3698817  T
Q  718 gagaagattggtgagatacaaaaagttgctaaagatgcatttgctagattgaaaggtaggtggtcttgtttgcagaaaaggactgaagtgaagcttcaag 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3698818 gagaagattggtgagatacaaaaagttgctaaagatgcatttgctagattgaaaggtaggtggtcttgtttgcagaaaaggactgaagtgaagctacaag 3698917  T
Q  818 atttgcctgttgaactttgtgcttgttgtgttttgcataacatttgtgagatgaaaggcgagaaaatggatcctgaacttatggttgatattgttgatga 917  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3698918 atttgcctgttgtacttggtgcttgttgtgttttgcataacatttgtgagatgaaaggtgagaaaatggatcctgaacttatggttgatattgttgatga 3699017  T
Q  918 tgaaatggttcctgaagttagtttgagatcagttaattcattgaaggctagagatgctattgctcataatcttttgcgtcatggtttagcaggcacnnnn 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||        
T  3699018 tgaaatggttcctgaagttagtttgagatcagttaattcattgaaggctagagatgctattgctcataatcttttgcatcatggtttagcaggcacttct 3699117  T
Q  1018 nnnctttaaacttataagattaagaactttgtgttatttgttgtattttgatcattgttatatgcatctctgagaacatgattttattttttgctgtttg 1117  Q
       ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    ||    
T  3699118 tttctttaaactcataagattaagaactttgtgtaatttgttgtattttgatcattgttttatgcatctctgagaacatgattttcttttttgc----tg 3699213  T
Q  1118 tttatttacataatgttg 1135  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3699214 tttatttacataatgttg 3699231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1202 - 1331
Target Start/End: Original strand, 3699346 - 3699475
Alignment:
Q  1202 catagccaaataagagatcaattaataaaattgcaacattcttttgtttcatgtattattttgtatcattcatagtttacaatttatctgaagatcagtt 1301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||    
T  3699346 catagccaaataagagatcaattaataaaattgcaacattcttttgtttcatggattattttgtatcattcctagtttacaatttattagaagatcaatt 3699445  T
Q  1302 gatatagttaagttacatcagtattttaaa 1331  Q
    ||||||||| |||||||||| | |||||||    
T  3699446 gatatagttcagttacatcattgttttaaa 3699475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 1131 - 1163
Target Start/End: Original strand, 3699251 - 3699283
Alignment:
Q  1131 tgttgaagtggctttgtataagataagatgtat 1163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3699251 tgttgaagtggctttgtataagataagatgtat 3699283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 67; Significance: 4e-29; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 655 - 869
Target Start/End: Original strand, 17602680 - 17602894
Alignment:
Q  655 atggattgggttttagtaccttatactcaacaaaatcttacttggacacaacatggtttcaatgagaagattggtgagatacaaaaagttgctaaagatg 754  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  || |||||||| || |||||||||||||| || |||||||  |||||||| ||  | ||| ||| ||||||||    
T  17602680 atggattgggttttagtgccatataagcaccaaaatctgacgtggacacaacatggatttaatgagagaattggtgaaattgagaaaattggtaaagatg 17602779  T
Q  755 catttgctagattgaaaggtaggtggtcttgtttgcagaaaaggactgaagtgaagcttcaagatttgcctgttgaactttgtgcttgttgtgttttgca 854  Q
    | |||  ||| |||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| | ||| | |||||||| |||||||  ||| |||||||||||||  | ||    
T  17602780 cttttagtaggttgaaaggtaggtgggggtgtttgaagaaaaggactgaaattaagttgcaagatttacctgttgttcttggtgcttgttgtgtgcttca 17602879  T
Q  855 taacatttgtgagat 869  Q
    ||| |||||||||||    
T  17602880 taatatttgtgagat 17602894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 475 - 553
Target Start/End: Original strand, 17602503 - 17602581
Alignment:
Q  475 tattcaataactgttcaaggagttgttgatacaaatggtgttttcactgatgtttgtattggttggcctggttcaatgc 553  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||  |||  || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  17602503 tattcagtaactgttcaaggtgtggtaaatagtaaaggtgtttttactgatgtgtgtataggttggcctggctcaatgc 17602581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 45; Significance: 6e-16; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 767 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 52250869 - 52250765
Alignment:
Q  767 tgaaaggtaggtggtcttgtttgcagaaaaggactgaagtgaagcttcaagatttgcctgttgaactttgtgcttgttgtgttttgcataacatttgtga 866  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||  || |||||| || | || ||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52250869 tgaaaggaaggtggtcttgtttgcagaagaggatagaggtgaagattgaggagttgcctggtgttcttggtgcttgttgtgttttgcataatatttgtga 52250770  T
Q  867 gatga 871  Q
     ||||    
T  52250769 aatga 52250765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 743 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 52262535 - 52262407
Alignment:
Q  743 ttgctaaagatgcatttgctagattgaaaggtaggtggtcttgtttgcagaaaaggactgaagtgaagcttcaagatttgcctgttgaactttg-tgctt 841  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| || |||||  || | |||||||||   ||  || | |||||    
T  52262535 ttgctaaagatgcatttgcaaggctgaaagggaggtggtcctgtttgcaaaagaggacagaggtgaaaattgaggatttgcctaa-gattttaggtgctt 52262437  T
Q  842 gttgtgttttgcataacatttgtgagatga 871  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52262436 gttgtgttttgcataatatttgtgagatga 52262407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 163 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 52251470 - 52251370
Alignment:
Q  163 gtttgtctatggagactagcaacaggtgatcctcttagcattgtttcaaaaaggtttggtttaggtatatcaacttgtcataaacttgttcttgaagttt 262  Q
    |||||| | |||||||| || || ||||||||||| ||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| ||||    
T  52251470 gtttgtatctggagactcgccaccggtgatcctctaaggctggtttcaaagaggttcggtttgggtatatccacctgtcataagctggttcttgaggttt 52251371  T
Q  263 g 263  Q
    |    
T  52251370 g 52251370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 877 - 932
Target Start/End: Original strand, 39718869 - 39718924
Alignment:
Q  877 gagaaaatggatcctgaacttatggttgatattgttgatgatgaaatggttcctga 932  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||| || | |||||||||||| |||||||    
T  39718869 gagaaaatggatcctgaacttaagattgatgttttggatgatgaaatgcttcctga 39718924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University