View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20682_low_2 (Length: 737)

Name: NF20682_low_2
Description: NF20682
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20682_low_2
NF20682_low_2
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-727)||(1361783-1362491)
chr2 (21-700)||(1354899-1355578)
chr2 (20-569)||(20492569-20493118)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-669)||(29954433-29955083)
chr4 (20-658)||(51369381-51370019)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-669)||(11531747-11532396)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (19-670)||(12846411-12847062)
chr6 (19-633)||(14622514-14623128)
chr6 (19-633)||(14588856-14589470)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 727
Target Start/End: Original strand, 1361783 - 1362491
Alignment:
Q  19 gcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361783 gcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagagaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttct 1361882  T
Q  119 gttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361883 gttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggg 1361982  T
Q  219 ctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361983 ctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagct 1362082  T
Q  319 taaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362083 taaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactg 1362182  T
Q  419 ccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362183 ccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggg 1362282  T
Q  519 actctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaacgttttcagttcaaaaga 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1362283 actctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaaagttttcagttcaaaaga 1362382  T
Q  619 tattcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctttacaagtataggaatccttccaattccaacaactaggtagacagagttcatatcatgtgt 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1362383 tattcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctttacaagtataggaatccttccaattccaacaactaggtagactgagttcatatcatgtgt 1362482  T
Q  719 ttccctttg 727  Q
    |||||||||    
T  1362483 ttccctttg 1362491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 700
Target Start/End: Original strand, 1354899 - 1355578
Alignment:
Q  21 ttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgt 120  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1354899 ttccaccttctatgcagataagagatgatgaagaggaagagaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgt 1354998  T
Q  121 tgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggct 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1354999 tgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggact 1355098  T
Q  221 ttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagctta 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355099 ttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggattcgaggaaaggacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagctta 1355198  T
Q  321 aaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgcc 420  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1355199 agatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcattgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgttcttgtgacactgcc 1355298  T
Q  421 ttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggac 520  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355299 ttatttgcttgaccagtgtttgttttcaagggcattggtggaaaaggaagtggctgttgaagtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggac 1355398  T
Q  521 tctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaacgttttcagttcaaaagata 620  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1355399 tctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagata 1355498  T
Q  621 ttcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctttacaagtataggaatccttccaattccaacaactaggtagac 700  Q
    |||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1355499 ttcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaagtagac 1355578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 20 - 569
Target Start/End: Original strand, 20492569 - 20493118
Alignment:
Q  20 cttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctg 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||  ||| | |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||| |    
T  20492569 cttccaccatccatgcagataagagacaatgaggaagaagaaaacgaccctgattgggtgaaaatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcgg 20492668  T
Q  120 ttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggc 219  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||  |||||||||||||    
T  20492669 ttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggc 20492768  T
Q  220 tttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagctt 319  Q
    |||||| || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||   ||||| |||||||| ||||||||||| |||||     
T  20492769 tttgaaaaaccttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccacagcta 20492868  T
Q  320 aaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgc 419  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||| |||    
T  20492869 aagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgtacttgtgacattgc 20492968  T
Q  420 cttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggga 519  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||||| | | | |  |||| |  | ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||    
T  20492969 cttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaagaaaggaaattggctattgaggtaccaaggaatgagcaagatgggtcctttactaggga 20493068  T
Q  520 ctctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagta 569  Q
    |||| | ||  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20493069 ctctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagta 20493118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 312; Significance: 1e-175; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 19 - 669
Target Start/End: Original strand, 29954433 - 29955083
Alignment:
Q  19 gcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttct 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| |||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  29954433 gcttccaccatccatgcagataagagacgacgaagaggaagaaagcaaccctagttgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttct 29954532  T
Q  119 gttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  | ||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  29954533 gttgtttacattggatttgggagcgagttgaagttaagccaacaagatctaactgagttagcgcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttggg 29954632  T
Q  219 ctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagct 318  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||    
T  29954633 ctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaaggatttgaggaaagaacaaaagaatgtggaatcgtttggaaaacatgggcacctcaact 29954732  T
Q  319 taaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactg 418  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||| ||    
T  29954733 taagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgtccttgtgacattg 29954832  T
Q  419 ccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggg 518  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| | |  ||||||   |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  29954833 ccttatttacctgaccaatgtttgttttcaagagcactagaagaaaagaaggtggcaattgaggtaccaaggagtgagcaagatgggtcctttactaggg 29954932  T
Q  519 actctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagta-gtttcaggaacaatgctaaagagttggggaacgttttcagttcaaaag 617  Q
    ||||  | || ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||| ||||| |||||  |||  || ||||||||||||||||    
T  29954933 actcgatagcccaaacattgaggttggcaatagtggatgaggaaggaagtatgtatc-ggaataatgccaaagatatggaaaaggttttcagttcaaaag 29955031  T
Q  618 atattcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctttacaagtatag 669  Q
    || |||| ||| |||| ||| | ||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  29955032 atcttcacaatgaatacattaaagatgtcattgctgctcttcaaaagtatag 29955083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 20 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 51370019 - 51369381
Alignment:
Q  20 cttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctg 119  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||  || | || |  ||||| |||||||||||  | ||||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  51370019 cttccaccatccttgcatataagagacgaccaacatgatgaaaacaaccctgattgggtccacatcaaggcatggttggactcaaaagaatcatcttctg 51369920  T
Q  120 ttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggc 219  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||  |||||   |||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  51369919 ttgtttacattggatttggaagcgagtcaaagttagatcaacaagatttaactgagttagctcatggaattgaactttctgggttacctttcttttgggc 51369820  T
Q  220 tttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagctt 319  Q
    ||||||  |||  ||||| |||  |  |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| ||| ||| |     
T  51369819 tttgaaagatcgtaaagacggtgtatctgaattacctcaaggattcgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacctgggtaccccagatc 51369720  T
Q  320 aaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgc 419  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||  |||||| | ||||| | || ||||||||||| ||| |||    
T  51369719 aaaatcttagctcatccatcaattggtggatgtatgagtcactgtggtggaagttcagtcgttgagatgcttcatcttgggcatgttcttgtcacattgc 51369620  T
Q  420 cttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggga 519  Q
    ||||| | |||||||| ||||||| | ||||   | | |  ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  51369619 cttatatacttgaccagtgtttgtatgcaagattactagaagaaaagaaagtggctgttgaagtaccaaggagtgagcaagatgggtcctttactaggga 51369520  T
Q  520 ctctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaacgttttcagttcaaaagat 619  Q
    |||||| ||  |  |||||||||||| ||| |||||||||||||| || |  | |||||| |||||||||||  |||| ||  |||||||||||||||||    
T  51369519 ctctgtagccaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggtagcacgtgcaggaaaaatgctaaagatatgggaaaaattttcagttcaaaagat 51369420  T
Q  620 attcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctt 658  Q
     |||| |||||||| ||| | ||| | || |||||||||    
T  51369419 cttcacaatcaatacattaaagatttaatcgctgctctt 51369381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 669
Target Start/End: Original strand, 11531747 - 11532396
Alignment:
Q  19 gcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttct 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||  ||||| | ||||||| |||||||||| |  ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  11531747 gcttccaccatccatgcagataagagaagacgaa-aggaagaaaacaaccttgattggatgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcgtcttct 11531845  T
Q  119 gttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||  | |||||  | ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  11531846 gttgtttacattggatttgggagcgagacgaaaataagtcaacaagatctaattgagttagctcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttggg 11531945  T
Q  219 ctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagct 318  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  11531946 ctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaagaatttgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccacaact 11532045  T
Q  319 taaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactg 418  Q
    ||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| || |||| |||||||||| ||    
T  11532046 taagatcttagcacatggatcaatcggtggatgtatgagtcactgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgctcttgtgacattg 11532145  T
Q  419 ccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggg 518  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||||| | | | |  ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  11532146 ccttatttaattgaccaatgtttgttctcaagagtactagaagaaaagaaagtggctattgaggtaccaaggagtgagaaagacgggtcctttactaggg 11532245  T
Q  519 actctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaacgttttcagttcaaaaga 618  Q
    |||| || ||  |  |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | ||| |||||||| |||||  |||| || |||||||||||||||||    
T  11532246 actcagtagccaaaacattgaggttggtaataatggatgaggaaggaagtacgtacagaaacaatgccaaagatatgggaaaggttttcagttcaaaaga 11532345  T
Q  619 tattcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctttacaagtatag 669  Q
    | |||| |||||||| ||||| ||| | |||| ||||||| | ||||||||    
T  11532346 tcttcacaatcaatacattgaagattttattgttgctcttcaaaagtatag 11532396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 19 - 670
Target Start/End: Original strand, 12846411 - 12847062
Alignment:
Q  19 gcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||   ||| ||||||||||||||||||||||     
T  12846411 gcttccaccatctatgcagataagagacgatgaggaggaagagaaccatcctgattggttgaaaataaaaaaatggctggattcaagagaatcatcttcc 12846510  T
Q  119 gttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  || || ||| |||| || || ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  12846511 gttgtttacattggatttgggagcgagttgaggttaacgcaaaaagatctaaccgaattagctcatggaattgagctttctaggttacctttcttttggg 12846610  T
Q  219 ctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagct 318  Q
    ||||||| || || ||| ||||||||||||| |||||| ||||||| || ||  |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  12846611 ctttgaaaaacctaaaaaagggtacacttgagttacctaaaggattcgaagatcgaaccaaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccccagct 12846710  T
Q  319 taaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactg 418  Q
    ||| |||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| | ||||| || ||||||||||| ||| ||    
T  12846711 taagatcttatcccatggagcaattggggggtgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattgagaagctccattttggacatgttcttgttacattg 12846810  T
Q  419 ccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggg 518  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| | | | |  ||||||  ||||||  ||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  12846811 ccttatttgctagatcaatgtttgttttcaagagaactagctgaaaagaaagtggccattgaggttccaagaagtgaggaggatgggtcctttactaggg 12846910  T
Q  519 actctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaacgttttcagttcaaaaga 618  Q
    ||| ||| || |   |||||||||| |||||  ||||||  ||||||| || || |||||||||||| |||||| |||| ||  ||||||||||||||||    
T  12846911 actttgtagccctaacattgaggttagcaataatggatgccgaaggaattatttacaggaacaatgcaaaagagatgggcaagattttcagttcaaaaga 12847010  T
Q  619 tattcataatcaatatattgatgatctcattgctgctctttacaagtatagg 670  Q
      |||| ||  |||| ||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  12847011 acttcacaaaaaatacattgaagatttcattgctgctcttcaaaagtatagg 12847062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 19 - 633
Target Start/End: Original strand, 14622514 - 14623128
Alignment:
Q  19 gcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttct 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| || |  || |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  14622514 gcttccaccacctatgcagataagagatgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttct 14622613  T
Q  119 gttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggg 218  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||    
T  14622614 attgtttacattggatttgggagcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttggg 14622713  T
Q  219 ctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagct 318  Q
    |||| ||  |||| |||||||||  ||||||||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |    
T  14622714 ctttaaaagatcttaaagagggtgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtt 14622813  T
Q  319 taaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactg 418  Q
    ||| |||||| |||||| | ||||| |||| ||||||| ||| |||||| |  |||| || ||||| | | ||||| | || ||||||||||||||| ||    
T  14622814 taagatcttaactcatgaatcaattagtggttgtatgactcattgtggtcccagttcagtcattgaaatgcttcatcttgggcatgttcttgtgacattg 14622913  T
Q  419 ccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggg 518  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||| |||||    
T  14622914 ccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtgagccagatggggccattaataggg 14623013  T
Q  519 actctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaacgttttcagttcaaaaga 618  Q
    ||| ||| ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||| || ||| | |||||||||||    
T  14623014 actgtgttgctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagacatgggaaaggttgtgagttcaaaaga 14623113  T
Q  619 tattcataatcaata 633  Q
    | |||| ||| ||||    
T  14623114 tcttcacaatgaata 14623128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 633
Target Start/End: Original strand, 14588856 - 14589470
Alignment:
Q  19 gcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagcgaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttct 118  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| || ||||| || |  || |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  14588856 gcttccaccacctatgcagataagagatgacgaagaagatgaaaagaatcctgaatgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttct 14588955  T
Q  119 gttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggg 218  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||    
T  14588956 attgtttacattggatttgggagcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttggg 14589055  T
Q  219 ctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagct 318  Q
    |||| ||  |||| |||||||||  ||||||||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| |    
T  14589056 ctttaaaagatcttaaagagggtgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggtaccccagtt 14589155  T
Q  319 taaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactg 418  Q
    ||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||| |  |||| ||  |||| | | || || | || ||||||||||||||| ||    
T  14589156 taagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtctttgaaatgctttatcttgggcatgttcttgtgacattg 14589255  T
Q  419 ccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactaggg 518  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| | | | |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||| |||||    
T  14589256 ccttatttacttgaccaatgtttgtttgcaagagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtgagccagatggggccattaataggg 14589355  T
Q  519 actctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaacgttttcagttcaaaaga 618  Q
    ||| ||| ||| |  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||| || ||| | |||||||||||    
T  14589356 actgtgttgctaaaacattgaggttggtaatagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagaaatgggaaaggttgtgagttcaaaaga 14589455  T
Q  619 tattcataatcaata 633  Q
    | |||| ||| ||||    
T  14589456 tcttcacaatgaata 14589470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University