View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20683_high_1_N (Length: 998)

Name: NF20683_high_1_N
Description: NF20683
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20683_high_1_N
NF20683_high_1_N
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (32-976)||(8204531-8205477)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 789; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 789; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 976
Target Start/End: Original strand, 8204531 - 8205477
Alignment:
Q  32 tacacattctaattttctgttatatattgtcattctttatgtacttttcacattaacttccatgaactaaaa-taacaaaaatctatgactcattgtgtc 130  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8204531 tacacgttctaattttctgttatatattgtcattcgttatgtacttttcacattaacttgcatgaactaaaaataacaaaaatctatgactcattgtgtc 8204630  T
Q  131 actatnnnnnnn---tcattctggcgttacttatttcacgatacatggttaacttaaataaacaccttaaaaaattgtctctaaatatgacacattttta 227  Q
    |||||          |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8204631 actataaaaaaaaaatcattctggcgttacttatttcacgatagatggtta-cttaaataaacaccttaaaaaattgtctctaaatatgacacattttta 8204729  T
Q  228 acttgtactttaccataggtcttgcaaaatcaatatatgcatatagataaaatgtatttcatctaacttatatctaccacacatattcatcatccaataa 327  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8204730 aattgtactttaccataggtcttgcaaaatcaatatatgcatatagataaaatgtatttcatctaacttatatctaccacacatattcatcatccaataa 8204829  T
Q  328 atgaaacaaagataattattatgtttttgcaaaattgaattcctcaaaagtcaaaatcaatttataagctaaaattggctatgtttaatgaggtcaaatc 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8204830 atgaaacaaagataattattatgtttttgcaaaattgaattcctcaaaagtcaaaatcaatttataagctaaaattggctatgtttaatgaggtcaa-tc 8204928  T
Q  428 ccctgctcatgtgactgaagcttttcacattacatgttacactcagcacatggataaacataaccaactnnnnnnncgtaaattatcgataaaatttaga 527  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||       ||||||| |  || ||||||||||    
T  8204929 tcctgctcatgtgactggagcttttcacattacatgttacacttaacacatggataaacataaccaactaaaaaaccgtaaatcactgacaaaatttaga 8205028  T
Q  528 gaggaaaaacatgaaatccttctctgatctttaattttgtttctgcaaaactatagtaaaggaaggacttgaaatttgaagtatttctatgttaaagcat 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8205029 gaggaaaaacatgaaatccttctctgatctctaattttgtttcttcaaaactatagtaaaggaaggacttgaaatttgaagtatttctatgttaaagcat 8205128  T
Q  628 cattgtcctaaattcatcaaaactaaggaccccatctccatcaatatcaaattgagaaatcatagcttgacactcatctatacttctacactcacccaat 727  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  8205129 cattgtcctaaattcatcaaaactaaggaccccatctccatcaatatcaaattgagaaatcatagcttgacattcatctacacttctacactcacccaat 8205228  T
Q  728 cttccaagcattctctttagactctttggtgtgatgcaaccacatccctccatttcatacatcttaaaagcctctcttaggtcatttactttctcttcct 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8205229 cttccaagcattctctttagactctttggtgtgatgcaaccacatccttccatttcatacatcttaaaagcctctcttaggtcatttactttctcttcct 8205328  T
Q  828 ctttccctccctctacaaacttcacaaaatcatccaacccaatcaacccatcaccgtccgagtcgagaagctcaaccgccatttccgcctcctcgttcga 927  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8205329 ctttccctccctctacaaacttcacaaaatcatccaacccaatcaacccatccccgtccgagtcgagaagctcaaccgccatttccgcctcctcgtttga 8205428  T
Q  928 catctttgccccgattgcctcaacacattgccgcagctccgatgatgat 976  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8205429 catctttgccccgattgcctcaacacattgccgcagctccgatgatgat 8205477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University