View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20684_high_1 (Length: 621)

Name: NF20684_high_1
Description: NF20684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20684_high_1
NF20684_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (4-621)||(43439559-43440176)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 43440176 - 43439559
Alignment:
Q  4 agaggagaagcaaaggaagctcaagggaacgcatgcctacggcctaccaatgcaaaatacaggatcaatacaccactcatagaagagacaatggcctctc 103  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43440176 agaggaaaaacaaaggaagctcaagggaacgcatgcctacgccctaccaatgcaaaatacaggatcaatacaccactcatagaagagacaatgacctctc 43440077  T
Q  104 ttggtctttgttaaagcctatttccaattgggttgatatatacatgaatctccgacatgctcatattataaagagtcacgatatatatgttgatacttga 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43440076 ttggtctttgttaaagcctatttccaattgggttgatatatacatgaatctccgacatgctcatattataaagagtcacaatatatatgttgatacttga 43439977  T
Q  204 taccaaataacaaacttgataacactcacagaattaatataatgatgtaaaatagcttaaagcaaaataaagccacactatgcatgcnnnnnnngagaat 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  43439976 taccaaataacaaacttgataacactcacagaattaatataatgatgtaaaatagcttaaagtaaaataaagccacactatgcatgcaaaaaaagagaat 43439877  T
Q  304 gtacatttatgagttacatagccaaggacacagtacaaagttaaacttataattggtaatccaaaagaaagaaagaaaattatgaactctaaacaaatta 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43439876 gtacatttatgagttacatagccaaggacacagtacaaagttaaacttataattggtaatccaaaagaaagaaagaaaattatgaactctaaacaaatta 43439777  T
Q  404 tggagttaggtcactcttcaagtgaatctccattatcacttaaaaaatgtatataatatcagaaaattctaaattagttttgtagtaagatgaaatggaa 503  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43439776 tggagctaggtcactcttcaagtgaatctccattatcacttaaaaaatgtatataatatcagaaaattctaaattagctttgtagtaagatgaaatggaa 43439677  T
Q  504 aactaagatataatgaatccatatcatcttacttattggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcacactcaagttatgaatcaggaaagcagcctaag 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43439676 aactaagatataatgaatccatatcatcttacttattggctataatatatgaatatatatattgtcacactcaagttatgaatcaggaaagcaacctaag 43439577  T
Q  604 atatgattagcttgattt 621  Q
    ||||||||||||||||||    
T  43439576 atatgattagcttgattt 43439559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University