View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20688_low_8 (Length: 502)

Name: NF20688_low_8
Description: NF20688
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20688_low_8
NF20688_low_8
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (1-486)||(13932860-13933345)
chr6 (1-383)||(14025793-14026175)
chr6 (1-486)||(13892072-13892557)
chr6 (1-450)||(14047842-14048291)
chr6 (1-484)||(14110988-14111471)
chr6 (1-486)||(13861898-13862383)
chr6 (1-483)||(14085179-14085661)
chr6 (1-486)||(13472065-13472550)
chr6 (1-478)||(13874376-13874853)
chr6 (1-242)||(14015664-14015905)
chr6 (322-486)||(14015913-14016077)
chr6 (1-172)||(13928851-13929022)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 486
Target Start/End: Original strand, 13932860 - 13933345
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13932860 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagccttcgaaatatcaagatccagcaggtacttttgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaag 13932959  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  13932960 tttgcttgatctcaatcctatactgttcagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatctcaatgctagtgaattgtctgacaagtctaattccttt 13933059  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |  ||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  13933060 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccattcatagagtttgaactcatttgtagtgtccttagtttggttggaaatcgaatatctt 13933159  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgct 400  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13933160 cagatatcttcccgtttaggctattttcagaaatatcgaatatttccaaaaatgagaatattgagagatcaggtagtgtgccattgattttattactgct 13933259  T
Q  401 tagatctaattcttggagtgagtatctaggacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaactgttattgg 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13933260 tagatctaattcttggagtgagtatctagcacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaactgttattgg 13933345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Original strand, 14025793 - 14026175
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14025793 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagccttcgaaatatcaagatcctgcaggtacttttgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaag 14025892  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  14025893 tttgcatgatctcaatcctatattgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatgtcaatgcaagtgaattgtcagacaagtctaattccttt 14025992  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14025993 aacattgacataccagaaaaatgaaattctgagatcacaccacttaaattgttcgaattcattcgtagtatccatagtgtagttggaaatcgaatatctt 14026092  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgcca 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14026093 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaacatttccaaaaataagaatattgagagatcaggtagtgtgcca 14026175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 13892557 - 13892072
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || | ||  |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  13892557 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattagaaatatcaagattttgaatgtgtttttgtgtctgaatccagttaggaaatgtaggaccaag 13892458  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||  | ||||| || ||||||||| |||  |||||||  ||| |||| |    
T  13892457 tttgcaggatctcaatcctatagtgtccaattgaaaaggagggacccaattttggggaaatctcattgctagtgaattgcttgacaaggataattcctct 13892358  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13892357 aacattgacataccagaaaaatggaagtcagagatcacaccacttaaagagttcgaatccatgctcagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 13892258  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgct 400  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  13892257 caaatatctttccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaagatgagaatatcgagagatcaggtagtgtgccattgatttgattaccgct 13892158  T
Q  401 tagatctaattcttggagtgagtatctaggacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaactgttattgg 486  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13892157 tagatctaattgttggagtgagtatctagcacatatagataagtgatggattgttacttgaagctcaccactgaatctgttattgg 13892072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 450
Target Start/End: Original strand, 14047842 - 14048291
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  14047842 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtatttttgtgtcagaatccatttaggaaacgtaagaccaag 14047941  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    ||||||||| | || |||||||  || |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | ||| |   ||    
T  14047942 tttgcatgaacccattcctatatcgtgcagttgaaaaggcgggacccagttttcggtaaatctcaatgctattgagttgtcagacaaatataagtatctt 14048041  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||  ||||||| | | ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14048042 aacattgacataccataaaaatggaagtcagagatcacaccacttaaagagttcgaacttaattccagtatccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 14048141  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgct 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||| ||| |||||    
T  14048142 caaatatcttcccgtttagcctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagattaggtagtgtcccattaatttgattgctgct 14048241  T
Q  401 tagatctaattcttggagtgagtatctaggacatctagataagtgatgga 450  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  14048242 tagatctaattgttgaagtgaatatctagcacatccagataagtgatgga 14048291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 484
Target Start/End: Original strand, 14110988 - 14111471
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14110988 aaaaccactccggaacattatctgaaattccagcattagaaatatcaagaatgagcaggtacttctgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaag 14111087  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  14111088 tttgcatgatctcaatcctataatgtgaagttgaaatggcgggacccagttttcagtaaatgtcaatgctagtgaattgtcagacaagtctaattccttt 14111187  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | | |  |||||||  ||| |||| |||||||||| | | ||||||| |||||||||    
T  14111188 aacatcgacataccagaaaaatgaaattcagatatcactccactcatagagttcgaacccatctgtaatgtccttagtttggctggaaattgaatatctt 14111287  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgct 400  Q
    ||  |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| || |||| ||||   ||    
T  14111288 cagctatcttcccacttagcttattttcagaaatatcaaatatctccaaaaatgggaatattgagagatcaggtagtgtgccgttaatttgattaaatct 14111387  T
Q  401 tagatctaattcttggagtgagtatctaggacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaactgttatt 484  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14111388 tagatttaattgttggagtgaatatctagcacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaaccgttatt 14111471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 13862383 - 13861898
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| | |||| ||||||||| |||| | |||| |||||||||||| | || ||    
T  13862383 aaaaccactcaggaacattatctgaaatttcagcattagaaatatcgagaaattgcaagtacttttgagtcttaatccacttaggaaatgtaggtccgag 13862284  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    | |||| |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  13862283 tatgcaggatcccaatcctatagtgtccagttgaaaaggtggcacccaattttcgttaaatctcaatgctagtgaattgcctgacaagtctaaatccttt 13862184  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |  |||||||  |||  |||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  13862183 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccattcatagagttcgaacccatccgtagtgtccttagtttggttggaaatcgaatatctt 13862084  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgct 400  Q
    || ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||| ||||  |||    
T  13862083 catatatcttcccgcttagcctatttttagaaatatcaaatatttccaaaagggagaatattgagagatcgggttgtgtcccattgatttgattaaagct 13861984  T
Q  401 tagatctaattcttggagtgagtatctaggacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaactgttattgg 486  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  13861983 tagatctaattctcggagtgagtatcttgcacatttaggtaagtgatcgattattacttgaagctcaccactgaatctgtttttgg 13861898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 483
Target Start/End: Original strand, 14085179 - 14085661
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  | | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||    
T  14085179 aaaaccactctggaatattatctgaaactccagcattagaaatatcaagatatcgaaagtatttttgtgtctgaatccatttaggaaatgttgaaccaag 14085278  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    |||||| |||| |||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |  ||||||||| | ||||  ||||||||||| |||| |    
T  14085279 tttgcaggatcccaatcctataatgcccagttgaaaaggcgggacccatttttcggcaaaacttaatgctagtaaattgtaagacaagtctaactcctct 14085378  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||  ||| |||| |||  |||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  14085379 agcattgacataccagaaaaatggaagtcagagatcacaccatttaaagagtttgaatgcatccgtagtgtccttagtttggttggaaatcgaatatctt 14085478  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgct 400  Q
     || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  14085479 taagtatcttcccatttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaaggagaatattgacagatcaggtagtgtgccattgatttgattactgct 14085578  T
Q  401 tagatctaattcttggagtgagtatctaggacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaactgttat 483  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14085579 tagatctaattgttgaagtgaatatctagcacatccagatatgtgatggattaatacttgaagctcaccattgaaactgttat 14085661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 13472550 - 13472065
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  13472550 aaaaccactctggaacattatctgaaattccaccattagaaatatcaagattgtgcaggtatttttgtgtctgaatccatttgggaaatgtaagaccaag 13472451  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    ||||||||||| |||  | ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | |||||   ||    
T  13472450 tttgcatgatcccaaatccatagtgtacagttggaaaggcgggacccagttttctgtaaatctcaatgccagtgagttgtcagacaaatataaatatctt 13472351  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| | |||  ||| ||   ||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13472350 aacattgacataccagaaaaatggaagtcggagatcacgccattcaaagagtttgagcccatctgtagtagccttagagtagttggaaatcgaatatctt 13472251  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgct 400  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||| || |||| ||||   ||    
T  13472250 caaatatcttcccgttgagtctattttcagaaatatcgaatgtttccaaaaatgagaatattgaaagattaggcagtgtgccgttaatttgattaaatct 13472151  T
Q  401 tagatctaattcttggagtgagtatctaggacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaactgttattgg 486  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13472150 tagatttaattgttggagtgaatatctagcacatctagataagtgatggattaagacttgaagctcaccactaaaactgttgttgg 13472065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 13874853 - 13874376
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||  || | ||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  13874853 aaaaccactcgggaacattatctgaaattccagaattagaaatatcaatatcctgaaagtgattttgtgtctgaatccattttggaaatgtaagaccaag 13874754  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    |||||| |||| |||||||||| | | ||  |||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  13874753 tttgcaagatcccaatcctatagtttgcaactgaaaaggcgggacccagttttcggtaaatctcaatactagtgaattgtcagacaagtctaattccttt 13874654  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacaccagttaaattgttcgaattcatttgtagtgtccttagtgtagttggaaatcgaatatctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||  ||| |||| |||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  13874653 aacattgacataccagaaaaatggaattcagagatcacaccatgtaaagagtttgaatccatccgtagtgtccttagtttagttggaaaccgaatatctt 13874554  T
Q  301 caaatatcttcccgtttagtctattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgct 400  Q
    ||  ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||   ||    
T  13874553 catgtatctccccgtttagcttatttttagaaatatcaaatatttccaagaatgagaatattgagagatcaggtagtgttccattgatttgattaaatct 13874454  T
Q  401 tagatctaattcttggagtgagtatctaggacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaact 478  Q
     | || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13874453 caaatataattgttggagtgagtatctagcacatctagataaatgatggattattacttgaagctcatcactgaaact 13874376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 14015664 - 14015905
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14015664 aaaaccactctggaatattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagattgtgaatgtgtttttgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaag 14015763  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctagtgagttgtctgacaagtctaaatccttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  14015764 tttgcatgatctcaatcctataccacgcagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatgtcaatgctagtgaattgtctgacaagtctaattccttt 14015863  T
Q  201 aacattgacataccagaaaaatgaaattcagagatcacacca 242  Q
    |||||||||||||||| |||||| || || || |||||||||    
T  14015864 aacattgacataccagcaaaatggaagtctgaaatcacacca 14015905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 322 - 486
Target Start/End: Original strand, 14015913 - 14016077
Alignment:
Q  322 tattttcagaaatatcaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatgaggtagtgcgccattgattttattactgcttagatctaattcttggagtga 421  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14015913 tattttcagaaatatgaaatatttccaaaaatgagaatattgagagatcaggtagtgtgccattgattttattactgcttagatataattcttggagtga 14016012  T
Q  422 gtatctaggacatctagataagtgatggattattacttgaagctcaccactgaaactgttattgg 486  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14016013 gtatctagcacatctagataagtgatggattaatacttgaagctcaccactgaaactgttattgg 14016077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Original strand, 13928851 - 13929022
Alignment:
Q  1 aaaaccactctggaacattatctgaaattccagcattcgaaatatcaagataatgcaggtacttttgtgtctgagtccatttaggaaatgtaagaccaag 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   | | ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13928851 aaaaccactcgggaacattatctgaaattccagcattagaaatatcaagattcagaatgtgtttttgtgtctgaatccatttaggaaatgtaagaccaag 13928950  T
Q  101 tttgcatgatctcaatcctatactgtacagttgaaaaggtgggacccaattttcagtaaatcgcaatgctag 172  Q
    |||||| ||||||||| | ||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  13928951 tttgcaggatctcaattccatagtgtccagttgaaaaggcgggacccaatcttcggtaaatctcaatgctag 13929022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University