View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20690_high_1 (Length: 446)
Name: NF20690_high_1
Description: NF20690
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20690_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 34262558 - 34262988
Alignment:
| Q |
1 |
aagaacaatcccttcggtctctggcaaacacaacaatgtgaaattggacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctc |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34262558 |
aagaacaatcccttcggtctctggcaaacacaacaatgtgaaattggacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctc |
34262657 |
T |
|
| Q |
101 |
ccagcagatatcaaaaagggacagaatatgcaaccgaacacaatcgcttgtctcaccaacgaagttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactcta |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34262658 |
ccagcagatatcaaaaagggacagaatatgcaaccgaacacaatcgcttgtctcaccaacgaagttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactcta |
34262757 |
T |
|
| Q |
201 |
taatgtatattagaaacacattataagccgtacaagccccgaaaaatgcaaccattgctaataccactttaactgttggtactctattctcaacaacagc |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34262758 |
taatgtatattagaaacacattataagccgtacaagcgccgaaaaacgcaaccattgctaacaccactttaactgttggtactctattctcaacaacagc |
34262857 |
T |
|
| Q |
301 |
acacatcacacaacaaattccacctaagattgagaaaacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttgctacacatgagggtatt |
400 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34262858 |
acacatcacacaacaaattccacctaagattgagaaaacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttgctacacatgagggtatt |
34262957 |
T |
|
| Q |
401 |
tccattgaagcactaaaaaccacagccaaat |
431 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34262958 |
tccattgaagcactaaaaaccacagccaaat |
34262988 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Original strand, 35621479 - 35621909
Alignment:
| Q |
1 |
aagaacaatcccttcggtctctggcaaacacaacaatgtgaaattggacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctc |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| |||||| | || || | |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |
|
|
| T |
35621479 |
aagaacaatccctttagtctcaggcaaatagaagaaaattaaattggataacattataacaactccaaacataccataagaaaatatattatttttcctc |
35621578 |
T |
|
| Q |
101 |
ccagcagatatcaaaaagggacagaatatgcaaccgaacacaatcgcttgtctcaccaacgaagttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactcta |
200 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
35621579 |
cctgcagatatcaaaaagggacaaaatatgcaaccaaaaactgttgcttgtctcaccaacgacgttgttgtgtttctcacacatgttggaaacaactcta |
35621678 |
T |
|
| Q |
201 |
taatgtatattagaaacacattataagccgtacaagccccgaaaaatgcaaccattgctaataccactttaactgttggtactctattctcaacaacagc |
300 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| ||| ||||| |||||||| | || |||||| |||| ||||| ||| | |
|
|
| T |
35621679 |
taatgtatatgagaaacacgttataagccgtactagcaccaaaaaatgcaatcatagctaacaccactttgattgctggtacattattttcaacgacaac |
35621778 |
T |
|
| Q |
301 |
acacatcacacaacaaattccacctaagattgagaaaacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttgctacacatgagggtatt |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || || |||||| |
|
|
| T |
35621779 |
acacatcacacaacaaattccacttaagattgagaaaacaagaattgaaagttttcttctatagttttccaagaagtatattgctacgcaagaaggtatt |
35621878 |
T |
|
| Q |
401 |
tccattgaagcactaaaaaccacagccaaat |
431 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
35621879 |
tccattgaagcactaaaaactacagccaaat |
35621909 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 14544237 - 14543809
Alignment:
| Q |
1 |
aagaacaatcccttcggtctctggcaaacacaacaatgtgaaattggacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctc |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
14544237 |
aagaacaatccctatagtctctggcaaaaagaacaatgtaaaattggacaacattataacaactccaaacacaccatatgagtaaatattgtttttcctc |
14544138 |
T |
|
| Q |
101 |
ccagcagatatcaaaaagggacagaatatgcaaccgaacacaatcgcttgtctcaccaacgaagttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactcta |
200 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14544137 |
cccgcggatatcaaaaagggacaaaatatgcaaccgaacacaatagcttgtctcaccaacgacgttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactcta |
14544038 |
T |
|
| Q |
201 |
taatgtatattagaaacacattataagccgtacaagccccgaaaaatgcaaccattgctaataccactttaactgttggtactctattctcaacaacagc |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
14544037 |
taatgtatatgagaaacacattataagccgtacaagctccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagc |
14543938 |
T |
|
| Q |
301 |
acacatcacacaacaaattccacctaagattgagaaaacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttgctacacatgagggtatt |
400 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
14543937 |
acacttcacacaacaaattccacctaagatagaaaacacaagaattgaaggttttcttctaaggttttccaagaaatatgttgctacacatgaaggtaat |
14543838 |
T |
|
| Q |
401 |
tccattgaagcactaaaaaccacagccaa |
429 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
14543837 |
tccattgaagcactaaaaaccactgccaa |
14543809 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Original strand, 14579366 - 14579778
Alignment:
| Q |
17 |
gtctctggcaaacacaacaatgtgaaattggacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctcccagcagatatcaaaa |
116 |
Q |
| |
|
||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
14579366 |
gtctccggcaaaaagaacaatgtaaaattggacaacattataacaactccaaacacaccatatgagtaaatattgtttttcctccccgccgatatcaaaa |
14579465 |
T |
|
| Q |
117 |
agggacagaatatgcaaccgaacacaatcgcttgtctcaccaacgaagttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactctataatgtatattagaaa |
216 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
14579466 |
agggacaaaatatgcaaccgaacacaatagcttgtctcaccaacgacgttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactctataatgtatatgagaaa |
14579565 |
T |
|
| Q |
217 |
cacattataagccgtacaagccccgaaaaatgcaaccattgctaataccactttaactgttggtactctattctcaacaacagcacacatcacacaacaa |
316 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14579566 |
cacattataagccgtacaagcaccgaaaaacgcaaccattgctaaaaccactttagcagctggtactctattctccaaaacagcacacatcacacaacaa |
14579665 |
T |
|
| Q |
317 |
attccacctaagattgagaaaacaagaattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttgctacacatgagggtatttccattgaagcactaa |
416 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14579666 |
attccacctaagatagaaaacacaagaattgaaggttttcttctaaggttttccaagaaatatgttgctacacaggaaggtaattccattgaagcactaa |
14579765 |
T |
|
| Q |
417 |
aaaccacagccaa |
429 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
14579766 |
aaaccacagccaa |
14579778 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 43 - 431
Target Start/End: Original strand, 37577319 - 37577690
Alignment:
| Q |
43 |
attggacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctcccagcagatatcaaaaagggacagaatatgcaaccgaacaca |
142 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
37577319 |
attggacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctccca-----tgtcaaaaagggacagaatatgcaacggaacaca |
37577413 |
T |
|
| Q |
143 |
atcgcttgtctcaccaacgaagttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactctataatgtatattagaaacacattataagccgtacaagccccga |
242 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || | |||| |
|
|
| T |
37577414 |
attgcttgtctcaccaatgaagttgttgtgttcctcacagatgtcggaaacaactctataatgtata-tataaacacattataagccgtataaacgccga |
37577512 |
T |
|
| Q |
243 |
aaaatgcaaccattgctaataccactttaactgttggtactctattctcaacaacagcacacatcacacaacaaattccacctaagattgagaaaacaag |
342 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |
|
|
| T |
37577513 |
aaaatgcaaccattgctaacaccactttagctgctggtgctctattctcaacaaca--acacatcacacaacaaatcccacctaagat---------aag |
37577601 |
T |
|
| Q |
343 |
aattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttgctacacatgagggtatttccattgaagcactaaaaaccacagccaaat |
431 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37577602 |
aattgaaggttttcttctatagttttccaagaaatatgttactaaacataaaggtattttcattgaagcattaaaaaccacagccaaat |
37577690 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 47 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 10379200 - 10379001
Alignment:
| Q |
47 |
gacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctcccagcagatatcaaaaagggacagaatatgcaaccgaacacaatcg |
146 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||| || ||||| | |
|
|
| T |
10379200 |
gacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatatcatttttcctcccagcagatatcaaaaaggggctgaaaatgttaccaaaaacaatag |
10379101 |
T |
|
| Q |
147 |
cttgtctcaccaacgaagttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactctataatgtatattagaaacacattataagccgtacaagccccgaaaaa |
246 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| | |||||| |
|
|
| T |
10379100 |
cttgtctcaccaatgatgttgtagtgtttctcacacttgttggaaacacctcaataatgtaaatgagaaacacattataagctgtgcaagcactgaaaaa |
10379001 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 47 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 10405186 - 10405005
Alignment:
| Q |
47 |
gacaacatgataacaactccaaacacaccataagagaaaatattatttttcctcccagcagatatcaaaaagggacagaatatgcaaccgaacacaatcg |
146 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||| ||||| | |
|
|
| T |
10405186 |
gacaacataataacaaccccaaacacaccataagagaaaacatcatttttcctcccagcagatatcaaaaaaggactaaaaatgttgccgaaaacaatag |
10405087 |
T |
|
| Q |
147 |
cttgtctcaccaacgaagttgttgtgttcctcacacatgtcggaaacaactctataatgtatattagaaacacattataagc |
228 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10405086 |
cttgtctcaccaatgacgttgtcgtgttcctcacacttgtcggaaacaactctataatgtaaatgagaaacacattataagc |
10405005 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 69
Target Start/End: Original strand, 37602377 - 37602445
Alignment:
| Q |
1 |
aagaacaatcccttcggtctctggcaaacacaacaatgtgaaattggacaacatgataacaactccaaa |
69 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
37602377 |
aagaacaatccctttagtctctggcaaacacaacaatgtaaagttggacaacatgatagcaactccaaa |
37602445 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 51
Target Start/End: Original strand, 37576508 - 37576542
Alignment:
| Q |
17 |
gtctctggcaaacacaacaatgtgaaattggacaa |
51 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37576508 |
gtctctggcaaacacagcaatgtgaaattggacaa |
37576542 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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