View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20691_high_12 (Length: 438)

Name: NF20691_high_12
Description: NF20691
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20691_high_12
NF20691_high_12
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (145-329)||(5817379-5817563)
chr4 (141-335)||(51579574-51579767)
chr4 (143-328)||(45995892-45996076)
chr4 (144-328)||(37605689-37605873)
chr4 (146-330)||(24059135-24059317)
chr4 (146-329)||(17044002-17044184)
chr4 (251-325)||(51579323-51579397)
chr4 (146-328)||(55281208-55281390)
chr4 (146-327)||(25164471-25164652)
chr4 (251-329)||(20107109-20107188)
chr4 (237-323)||(41277220-41277306)
chr4 (146-328)||(43749092-43749276)
chr4 (237-328)||(42179228-42179319)
chr4 (237-328)||(50498210-50498301)
chr4 (158-328)||(32525034-32525204)
chr4 (252-328)||(25784014-25784090)
chr4 (263-327)||(32290215-32290279)
chr4 (238-326)||(48525328-48525416)
chr4 (279-329)||(39631271-39631321)
chr4 (252-324)||(36851231-36851303)
chr4 (263-325)||(3287087-3287149)
chr4 (251-329)||(22364566-22364644)
chr4 (258-322)||(26720013-26720077)
chr4 (146-210)||(39631010-39631074)
chr4 (281-328)||(9118622-9118669)
chr4 (294-328)||(14786853-14786887)
chr4 (263-320)||(44275714-44275770)
chr4 (143-210)||(3287197-3287265)
chr4 (141-193)||(48525461-48525513)
[»] chr2 (26 HSPs)
chr2 (18-145)||(11105167-11105294)
chr2 (140-325)||(36272655-36272840)
chr2 (140-327)||(13696959-13697146)
chr2 (240-329)||(14945830-14945919)
chr2 (146-328)||(32599248-32599430)
chr2 (237-328)||(33299979-33300070)
chr2 (237-328)||(3121610-3121701)
chr2 (237-328)||(23860255-23860346)
chr2 (144-328)||(17823579-17823763)
chr2 (237-328)||(24475792-24475883)
chr2 (250-328)||(4434694-4434772)
chr2 (257-339)||(14242626-14242708)
chr2 (238-328)||(25333144-25333234)
chr2 (258-330)||(40095261-40095333)
chr2 (258-328)||(33555475-33555545)
chr2 (237-327)||(42061322-42061412)
chr2 (263-328)||(36709308-36709373)
chr2 (238-326)||(40216411-40216499)
chr2 (237-329)||(5562935-5563027)
chr2 (146-200)||(14242524-14242578)
chr2 (146-200)||(33555362-33555416)
chr2 (259-320)||(6376356-6376416)
chr2 (259-312)||(33732585-33732637)
chr2 (259-312)||(36315577-36315629)
chr2 (259-320)||(37914359-37914419)
chr2 (259-312)||(44958129-44958181)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (146-329)||(9521812-9522000)
chr6 (146-328)||(9045833-9046014)
chr6 (258-329)||(14314098-14314169)
chr6 (146-333)||(34792651-34792838)
chr6 (237-328)||(23915972-23916063)
chr6 (258-322)||(29429590-29429654)
chr6 (269-325)||(1244679-1244735)
chr6 (274-327)||(16717991-16718044)
chr6 (251-322)||(12748217-12748288)
chr6 (259-320)||(14022942-14023002)
chr6 (145-193)||(16718132-16718180)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (329-418)||(35255754-35255843)
chr7 (146-330)||(46576242-46576426)
chr7 (146-329)||(38754897-38755078)
chr7 (146-332)||(33496495-33496681)
chr7 (237-326)||(42974469-42974558)
chr7 (237-329)||(31741042-31741134)
chr7 (238-326)||(28713679-28713767)
chr7 (238-321)||(11752604-11752687)
chr7 (146-329)||(30922710-30922893)
chr7 (258-331)||(48460656-48460729)
chr7 (238-326)||(38349551-38349639)
chr7 (258-328)||(47480125-47480194)
chr7 (253-326)||(37536422-37536495)
chr7 (282-328)||(51938-51984)
chr7 (256-324)||(43068763-43068831)
chr7 (259-329)||(23980130-23980199)
chr7 (259-320)||(13108156-13108216)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (238-327)||(23004757-23004846)
chr3 (258-328)||(50989203-50989273)
chr3 (258-328)||(51092335-51092405)
chr3 (146-320)||(54713532-54713706)
chr3 (144-325)||(38247801-38247981)
chr3 (237-324)||(33288136-33288223)
chr3 (145-328)||(8330592-8330774)
chr3 (258-332)||(8496702-8496776)
chr3 (258-328)||(9271110-9271180)
chr3 (237-327)||(12224094-12224184)
chr3 (238-326)||(36674611-36674699)
chr3 (239-322)||(39947250-39947333)
chr3 (140-329)||(48034802-48034992)
chr3 (277-328)||(29915090-29915141)
chr3 (277-328)||(29964243-29964294)
chr3 (258-324)||(46135531-46135597)
chr3 (146-196)||(46135657-46135707)
chr3 (259-320)||(54413511-54413572)
chr3 (274-329)||(44092518-44092573)
chr3 (144-189)||(36674517-36674562)
chr3 (259-312)||(38231309-38231361)
chr3 (257-306)||(40725869-40725918)
chr3 (260-320)||(29820423-29820482)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (146-328)||(13988247-13988429)
chr5 (146-328)||(36890377-36890558)
chr5 (237-328)||(15285329-15285420)
chr5 (146-332)||(11247188-11247374)
chr5 (237-326)||(43100299-43100388)
chr5 (237-326)||(33687649-33687738)
chr5 (252-328)||(35905994-35906070)
chr5 (251-326)||(12248275-12248350)
chr5 (259-328)||(20151384-20151453)
chr5 (252-325)||(1447853-1447926)
chr5 (267-328)||(8378344-8378405)
chr5 (237-297)||(6043035-6043095)
chr5 (145-189)||(43100207-43100251)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (237-328)||(2599531-2599622)
chr8 (237-329)||(28897994-28898086)
chr8 (238-332)||(1993732-1993826)
chr8 (242-323)||(41075693-41075774)
chr8 (237-329)||(45413629-45413721)
chr8 (258-320)||(8368483-8368545)
chr8 (242-323)||(31774729-31774810)
chr8 (258-327)||(43066016-43066085)
chr8 (251-326)||(11904855-11904930)
chr8 (269-328)||(14342312-14342371)
chr8 (238-328)||(10391397-10391487)
chr8 (237-327)||(27497174-27497263)
chr8 (271-328)||(4077086-4077143)
chr8 (258-323)||(16465724-16465789)
chr8 (262-326)||(12142083-12142147)
chr8 (253-325)||(35200559-35200631)
chr8 (238-329)||(45502661-45502752)
chr8 (238-327)||(44081068-44081157)
chr8 (237-294)||(10592010-10592067)
chr8 (146-210)||(14342187-14342251)
chr8 (242-326)||(31523608-31523692)
chr8 (263-308)||(41880226-41880271)
chr8 (267-307)||(7313527-7313567)
[»] chr1 (30 HSPs)
chr1 (237-328)||(526990-527081)
chr1 (146-329)||(1994952-1995134)
chr1 (237-328)||(39858347-39858438)
chr1 (146-329)||(27325627-27325811)
chr1 (237-328)||(46845747-46845838)
chr1 (238-326)||(26040972-26041060)
chr1 (269-329)||(44797589-44797649)
chr1 (258-329)||(6487727-6487798)
chr1 (237-328)||(49430555-49430646)
chr1 (146-328)||(2402925-2403107)
chr1 (238-331)||(7178203-7178296)
chr1 (269-329)||(1673368-1673428)
chr1 (147-324)||(29637211-29637388)
chr1 (237-327)||(13276555-13276645)
chr1 (145-326)||(33502523-33502704)
chr1 (258-333)||(32267577-32267652)
chr1 (237-322)||(29731194-29731279)
chr1 (237-325)||(15225082-15225170)
chr1 (276-328)||(40030838-40030890)
chr1 (260-328)||(40294845-40294913)
chr1 (237-325)||(40314095-40314183)
chr1 (238-326)||(47571655-47571743)
chr1 (240-321)||(19989246-19989327)
chr1 (251-322)||(48489455-48489526)
chr1 (142-193)||(29731323-29731374)
chr1 (238-280)||(12907642-12907684)
chr1 (248-306)||(15066123-15066181)
chr1 (263-305)||(34311338-34311380)
chr1 (259-320)||(10146974-10147034)
chr1 (146-210)||(40030904-40030968)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (284-328)||(10369-10413)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (258-323)||(3165-3231)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (294-328)||(52843-52877)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 145 - 329
Target Start/End: Original strand, 5817379 - 5817563
Alignment:
Q  145 tggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||       ||||||||    
T  5817379 tggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccaccccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgt 5817478  T
Q  245 ggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    || || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5817479 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 5817563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 141 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 51579767 - 51579574
Alignment:
Q  141 tttatggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgt 240  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |  ||||  | |||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||  ||| ||||||| ||||       || |    
T  51579767 tttaaggataatgttttatgtaaacactttctttcatacacacattgtaccaccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagtttttttgtat 51579668  T
Q  241 gtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaattt 335  Q
    ||||||  |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51579667 gtgtgggaatcacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactcaaaattt 51579574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 143 - 328
Target Start/End: Original strand, 45995892 - 45996076
Alignment:
Q  143 tatggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || ||||       ||||||    
T  45995892 tatggataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgt 45995991  T
Q  243 gtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    | ||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45995992 g-ggagaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 144 - 328
Target Start/End: Original strand, 37605689 - 37605873
Alignment:
Q  144 atggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtg 243  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||    || |||| || |||        |||||||    
T  37605689 atggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 37605788  T
Q  244 tggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
     || || |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37605789 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 146 - 330
Target Start/End: Original strand, 24059135 - 24059317
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||  |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||| |||||||  ||         ||||||||    
T  24059135 ggataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccaccccatgtaagagtgtgtaagagacaataaat--gatattttttttgtgtgtg 24059232  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 330  Q
    |  | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24059233 ggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactcaa 24059317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 17044184 - 17044002
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| ||  ||        ||||||| |    
T  17044184 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttttgtgtgtggg 17044085  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    || | |||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17044084 ga-accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 17044002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 251 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 51579397 - 51579323
Alignment:
Q  251 cacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51579397 cacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 55281390 - 55281208
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| | |||||||| ||| |||||| | | |||||   ||| |||| || |||        ||||||| |    
T  55281390 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactccatgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 55281291  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    | || |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55281290 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 146 - 327
Target Start/End: Original strand, 25164471 - 25164652
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| | |||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || ||||       |||||||      
T  25164471 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgga 25164570  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    |  | |||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25164571 ggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 251 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 20107188 - 20107109
Alignment:
Q  251 cacatgaacacatgtcacaattgtgtgtggg-tgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20107188 cacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 20107109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 237 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 41277306 - 41277220
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 323  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41277306 gtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 43749276 - 43749092
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| | |||| | | |||||| ||| |||||||| |||||||    || |||| || ||||       |||||||||    
T  43749276 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactccatgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtgtgtg 43749177  T
Q  246 gag--atcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||  | |||| | |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43749176 gagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 43749092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Original strand, 42179228 - 42179319
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42179228 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 50498301 - 50498210
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  50498301 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 158 - 328
Target Start/End: Original strand, 32525034 - 32525204
Alignment:
Q  158 atgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtggagatcacatga 257  Q
    ||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||   |||||||||||   ||       |||||||||  || |||||      
T  32525034 atgtacacctttttttccatacacacattgtatcaccccatatgagagtgtgtgagagataataaatgacagtttttgtgtgtgtgtgtggaacacatag 32525133  T
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32525134 acacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 252 - 328
Target Start/End: Original strand, 25784014 - 25784090
Alignment:
Q  252 acatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25784014 acatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactactc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 263 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 32290279 - 32290215
Alignment:
Q  263 tgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32290279 tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 238 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 48525416 - 48525328
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  48525416 tgtgtgtagggaacacatgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 279 - 329
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631321
Alignment:
Q  279 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 39631321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 252 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 36851303 - 36851231
Alignment:
Q  252 acatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 324  Q
    ||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  36851303 acatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 263 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 3287149 - 3287087
Alignment:
Q  263 tgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3287149 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 329
Target Start/End: Original strand, 22364566 - 22364644
Alignment:
Q  251 cacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||||| |||||| |||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||    
T  22364566 cacatggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactca 22364644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 258 - 322
Target Start/End: Original strand, 26720013 - 26720077
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 322  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  26720013 acacatgttacaattgaatgtgggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 210
Target Start/End: Original strand, 39631010 - 39631074
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgt 210  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||| | |||| | |||||||    
T  39631010 ggataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccactctatgtgagagtgtgt 39631074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 281 - 328
Target Start/End: Original strand, 9118622 - 9118669
Alignment:
Q  281 gtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9118622 gtgtacaagttgtgcatgccacctaaagtggtttatgtatcactactc 9118669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 294 - 328
Target Start/End: Original strand, 14786853 - 14786887
Alignment:
Q  294 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14786853 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 14786887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 44275770 - 44275714
Alignment:
Q  263 tgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  44275770 tgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaa-tggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 44275714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 3287265 - 3287197
Alignment:
Q  143 tatggataatgtttcatgtaca-tccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||    
T  3287265 tatggataatgtttcatgtacacactttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgt 3287197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 141 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 48525513 - 48525461
Alignment:
Q  141 tttatggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcac 193  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||| |||||||||| |||    
T  48525513 tttatggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccac 48525461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 26)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 145
Target Start/End: Original strand, 11105167 - 11105294
Alignment:
Q  18 attgaaagggtaaacattgtaagatatatacttaattagaataaataaaaagtgtgcatgtcaatatgattttgtcatgtacatcttatcatacttgctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11105167 attgaaagggtaaacattgtaagatatatacttaattagaataaataaaaagtgtgcatgtcaatatgattttgtcatgtacatcttatcatacttgctt 11105266  T
Q  118 tgagtcttgatatcacatacaattttat 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11105267 tgagtcttgatatcacatacaattttat 11105294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 140 - 325
Target Start/End: Original strand, 36272655 - 36272840
Alignment:
Q  140 ttttatggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtg 239  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||  |||| |||| || ||||       |||    
T  36272655 ttttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtg 36272754  T
Q  240 tgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
    ||||||| || |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36272755 tgtgtggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 140 - 327
Target Start/End: Original strand, 13696959 - 13697146
Alignment:
Q  140 ttttatggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtg 239  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || |||        |||    
T  13696959 ttttttggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtg 13697058  T
Q  240 tgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    |||| ||  | |||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13697059 tgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 240 - 329
Target Start/End: Original strand, 14945830 - 14945919
Alignment:
Q  240 tgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    ||||||| || || || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14945830 tgtgtggggaccaaataaacacatgttacatttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14945919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Original strand, 32599248 - 32599430
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || ||||       |||||||      
T  32599248 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgga 32599347  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    | || |||| | |||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32599348 gggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 33300070 - 33299979
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33300070 gtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactc 33299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 3121701 - 3121610
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3121701 gtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Original strand, 23860255 - 23860346
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||| || ||||||| |||||| ||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860255 gtgtgtggggggatcacaagaacacttgtcaaaatagtgtgtgagtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 23860346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 144 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 17823763 - 17823579
Alignment:
Q  144 atggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtg 243  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || ||||       |||||||    
T  17823763 atggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 17823664  T
Q  244 tggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
     || || |||| | |||| | ||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  17823663 gggggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactc 17823579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Original strand, 24475792 - 24475883
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24475792 gtgtgtgtggggactacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 250 - 328
Target Start/End: Original strand, 4434694 - 4434772
Alignment:
Q  250 tcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4434694 tcacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 257 - 339
Target Start/End: Original strand, 14242626 - 14242708
Alignment:
Q  257 aacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaattttatg 339  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  14242626 aacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactcttaattttatg 14242708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 238 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 25333234 - 25333144
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||    
T  25333234 tgtgtgtgaggatcacatgaacacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaaggtggtctatgtataactactc 25333144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 258 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 40095333 - 40095261
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 330  Q
    |||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40095333 acacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactcaa 40095261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 258 - 328
Target Start/End: Original strand, 33555475 - 33555545
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  33555475 acacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 237 - 327
Target Start/End: Original strand, 42061322 - 42061412
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    ||||||| || || |||| | |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  42061322 gtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatcactact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 263 - 328
Target Start/End: Original strand, 36709308 - 36709373
Alignment:
Q  263 tgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36709308 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcagtactc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 238 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 40216499 - 40216411
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||| | || |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||    
T  40216499 tgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 5563027 - 5562935
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||| |||| | | ||  |||| || |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  5563027 gtgtgtgtggagaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactca 5562935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 200
Target Start/End: Original strand, 14242524 - 14242578
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  14242524 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgt 14242578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 200
Target Start/End: Original strand, 33555362 - 33555416
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  33555362 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgt 33555416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 320
Target Start/End: Original strand, 6376356 - 6376416
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| |||||||    
T  6376356 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctatggtggtttatgtat 6376416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 33732637 - 33732585
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggt 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||    
T  33732637 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggt 33732585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 36315629 - 36315577
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggt 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||    
T  36315629 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggt 36315577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 320
Target Start/End: Original strand, 37914359 - 37914419
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  37914359 cacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggtttatgtat 37914419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 44958181 - 44958129
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggt 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||    
T  44958181 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggt 44958129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 146 - 329
Target Start/End: Original strand, 9521812 - 9522000
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgag---nnnnnnngtgtgt 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||          |||| |    
T  9521812 ggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccatcccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttgtgtgtgtat 9521911  T
Q  243 gtggagatcacatgaacacatgtcacaat--tgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||| ||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  9521912 gtggggatcacatgaatatatgtcacaattatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactca 9522000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9046014 - 9045833
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| | |||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || | ||       |||||||||    
T  9046014 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagttttt--gtgtgtgtg 9045917  T
Q  246 gag-atcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||| | |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9045916 gaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 258 - 329
Target Start/End: Original strand, 14314098 - 14314169
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14314098 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 14314169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 146 - 333
Target Start/End: Original strand, 34792651 - 34792838
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| | |||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || ||||       ||||||       
T  34792651 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttgtgtgtgtaga 34792750  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaat 333  Q
    |||| |||| | |||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34792751 gagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactctaaat 34792838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 23916063 - 23915972
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  23916063 gtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 258 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 29429654 - 29429590
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 322  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  29429654 acacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 269 - 325
Target Start/End: Original strand, 1244679 - 1244735
Alignment:
Q  269 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1244679 aattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 274 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 16718044 - 16717991
Alignment:
Q  274 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16718044 tgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 251 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 12748288 - 12748217
Alignment:
Q  251 cacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 322  Q
    |||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  12748288 cacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 259 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 14023002 - 14022942
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  14023002 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggtttatgtat 14022942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 16718180 - 16718132
Alignment:
Q  145 tggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcac 193  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| |||    
T  16718180 tggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccac 16718132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 329 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 35255843 - 35255754
Alignment:
Q  329 aaaattttatggccctatgggtcagaggtgtagcttttgttagtttgaattgttttttgtgattggaatagagggttgtgtttcatctcc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35255843 aaaattttatggccctatgggtcagaggtgtagcttttgttagtttgaattgttttttgtgattggaatagagggttgtgtttcatctcc 35255754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 146 - 330
Target Start/End: Original strand, 46576242 - 46576426
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || |||        ||||||| |    
T  46576242 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 46576341  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 330  Q
    |  | |||| | |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46576342 ggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaa 46576426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 329
Target Start/End: Original strand, 38754897 - 38755078
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||| |||||| | ||||| || |||||||||| | |||||||   ||| ||||||| ||||        ||||||||    
T  38754897 ggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttt--tgtgtgtg 38754994  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38754995 gggatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactca 38755078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 33496681 - 33496495
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||| || ||| |||||| | |||||||   ||| |||| |||||||       ||||||| |    
T  33496681 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtggg 33496582  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaa 332  Q
    | |||||||   |||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33496581 gggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactcaaaa 33496495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 237 - 326
Target Start/End: Original strand, 42974469 - 42974558
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42974469 gtgtgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 31741134 - 31741042
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31741134 gtgtgtgtggggagcacatagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactca 31741042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 238 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 28713767 - 28713679
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||| | || |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28713767 tgtgtgtagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 238 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 11752687 - 11752604
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 321  Q
    ||||||||| || ||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11752687 tgtgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 146 - 329
Target Start/End: Original strand, 30922710 - 30922893
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || ||||       ||||||| |    
T  30922710 ggataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 30922809  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    | ||  ||| | |||| ||||| |||| ||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30922810 gggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactca 30922893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 258 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 48460729 - 48460656
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaa 331  Q
    |||| ||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48460729 acacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaa 48460656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 238 - 326
Target Start/End: Original strand, 38349551 - 38349639
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||| | || |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38349551 tgtgtgtagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 258 - 328
Target Start/End: Original strand, 47480125 - 47480194
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47480125 acacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 47480194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 253 - 326
Target Start/End: Original strand, 37536422 - 37536495
Alignment:
Q  253 catgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    |||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||| || |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  37536422 catggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 51984 - 51938
Alignment:
Q  282 tgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51984 tgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 324
Target Start/End: Original strand, 43068763 - 43068831
Alignment:
Q  256 gaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 324  Q
    |||||||||||| |||| |||||||  ||  ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  43068763 gaacacatgtcaaaattatgtgtggaggtttaagtggtacatgcgacctaaggtggtatgtgtatcact 43068831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 259 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 23980199 - 23980130
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||||||| || |||||    
T  23980199 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctatggtggtttatgtataacaactca 23980130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 13108216 - 13108156
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||| |||||||    
T  13108216 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccgcctaaggtggtttatgtat 13108156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 238 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 23004846 - 23004757
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004846 tgtgtgtggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 258 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 50989273 - 50989203
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50989273 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 258 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 51092405 - 51092335
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51092405 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 146 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 54713706 - 54713532
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |||| | | ||||| ||| ||||||||| | |||||||   ||| ||||||||||||       || ||||||    
T  54713706 ggataatatttcatgtacacccttttttccacacatacattatataaccccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagttcttttgtatgtgtg 54713607  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    | ||| ||||| |||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54713606 gggattacatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtacatgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 144 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 38247981 - 38247801
Alignment:
Q  144 atggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtg 243  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| | |||| | |||||||   ||| |||| || |||        |||||||    
T  38247981 atggataatgtttcatgtacacactttt-tccatacacacattgtaccactctatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 38247883  T
Q  244 tggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
     ||  | |||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247882 ggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 33288223 - 33288136
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 324  Q
    |||||||||  || |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33288223 gtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 145 - 328
Target Start/End: Original strand, 8330592 - 8330774
Alignment:
Q  145 tggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgt 244  Q
    |||||||| ||||||| |||| | |||||| ||| |||  |||||||||||||||| | ||||| |  |||||||||||| ||||       |||  | |    
T  8330592 tggataatatttcatggacattcatttctctatacacattttgtatcaccccatgtgagagtgtatgaaagataataaatgtgagtttttt-gtgcatat 8330690  T
Q  245 ggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    || || |||||| ||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8330691 ggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 258 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 8496776 - 8496702
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaa 332  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8496776 acacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactcaaaa 8496702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 258 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9271180 - 9271110
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9271180 acacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 237 - 327
Target Start/End: Original strand, 12224094 - 12224184
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    ||||||| || || |||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12224094 gtgtgtgaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 238 - 326
Target Start/End: Original strand, 36674611 - 36674699
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  36674611 tgtgtgtagtgatcacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 239 - 322
Target Start/End: Original strand, 39947250 - 39947333
Alignment:
Q  239 gtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 322  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  39947250 gtgtgtgaagatcacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 140 - 329
Target Start/End: Original strand, 48034802 - 48034992
Alignment:
Q  140 ttttatggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtg 239  Q
    |||| |||||||||||| |||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||  ||||| | |||||||   ||| |||| || ||||       |||    
T  48034802 ttttttggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttcatgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtg 48034901  T
Q  240 tgtgtggag-atcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||| || | | |||| | |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  48034902 tgtgggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactca 48034992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 277 - 328
Target Start/End: Original strand, 29915090 - 29915141
Alignment:
Q  277 gtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29915090 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29915141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 277 - 328
Target Start/End: Original strand, 29964243 - 29964294
Alignment:
Q  277 gtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29964243 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29964294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 258 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 46135597 - 46135531
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 324  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  46135597 acacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 46135707 - 46135657
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcacccc 196  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  46135707 ggataatgtttcatgaacatcattttctccatacacacattgtaccacccc 46135657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 259 - 320
Target Start/End: Original strand, 54413511 - 54413572
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || ||  |||||||||||||||||    
T  54413511 cacatgtcgcaattgtgtgtgggtgtacaagtgttagttgtcagttaaggtggtctatgtat 54413572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 329
Target Start/End: Original strand, 44092518 - 44092573
Alignment:
Q  274 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||    
T  44092518 tgtgtggatgtacaagtggcacatgccacctaaagtgatcaatgtatcattactca 44092573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 189
Target Start/End: Original strand, 36674517 - 36674562
Alignment:
Q  144 atggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgta 189  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  36674517 atggattatgtttcatgaacatccttttctctatacacacattgta 36674562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 38231361 - 38231309
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggt 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||    
T  38231361 cacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggt 38231309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 257 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 40725918 - 40725869
Alignment:
Q  257 aacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaa 306  Q
    ||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  40725918 aacacatgtaacaattgtatatggatgtacaagtggtacataccacctaa 40725869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 260 - 320
Target Start/End: Original strand, 29820423 - 29820482
Alignment:
Q  260 acatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    |||| |||||||||| |||||||||  ||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  29820423 acatctcacaattgtatgtgggtgtcaaagtg-tgtatgccacctaaggtggtctatgtat 29820482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 13988429 - 13988247
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || |||        ||||||| |    
T  13988429 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtggg 13988330  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    | || |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13988329 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 36890558 - 36890377
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| | |||| | ||||| |   ||| |||| || ||||       ||||||| |    
T  36890558 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggg 36890459  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    | || |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36890458 g-gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 36890377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 15285420 - 15285329
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15285420 gtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 146 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 11247374 - 11247188
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || ||||       ||||||  |    
T  11247374 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtagg 11247275  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaa 332  Q
    | |||||||   |||  ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11247274 gggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactcaaaa 11247188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 237 - 326
Target Start/End: Original strand, 43100299 - 43100388
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43100299 gtgtgtgtagagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 237 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 33687738 - 33687649
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  33687738 gtgtgtgtagagatcacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 252 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 35906070 - 35905994
Alignment:
Q  252 acatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35906070 acatggacacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 251 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 12248350 - 12248275
Alignment:
Q  251 cacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  12248350 cacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 259 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 20151453 - 20151384
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  20151453 cacatgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactc 20151384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 325
Target Start/End: Original strand, 1447853 - 1447926
Alignment:
Q  252 acatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||    
T  1447853 acatggacatatgtcacaattgtgcgtggatgtataagtggtacatgccacctaaagttgtctatatataacta 1447926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 8378405 - 8378344
Alignment:
Q  267 acaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8378405 acaactgtgtgtggatgtacaaatggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcaccactc 8378344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 6043095 - 6043035
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacat 297  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  6043095 gtgtgtgtggatagcacatgaacatatgtcacaattatatatgggtgtacaagtggtacat 6043035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 189
Target Start/End: Original strand, 43100207 - 43100251
Alignment:
Q  145 tggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgta 189  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  43100207 tggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgta 43100251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 2599622 - 2599531
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2599622 gtgtatgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 237 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 28898086 - 28897994
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28898086 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 28897994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 238 - 332
Target Start/End: Original strand, 1993732 - 1993826
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaa 332  Q
    |||||| ||||| |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1993732 tgtgtggggagaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaa 1993826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 242 - 323
Target Start/End: Original strand, 41075693 - 41075774
Alignment:
Q  242 tgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 323  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41075693 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 329
Target Start/End: Original strand, 45413629 - 45413721
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45413629 gtgtgtgtggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 45413721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 258 - 320
Target Start/End: Original strand, 8368483 - 8368545
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8368483 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 242 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 31774810 - 31774729
Alignment:
Q  242 tgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 323  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31774810 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 258 - 327
Target Start/End: Original strand, 43066016 - 43066085
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43066016 acacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 251 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 11904930 - 11904855
Alignment:
Q  251 cacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11904930 cacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 269 - 328
Target Start/End: Original strand, 14342312 - 14342371
Alignment:
Q  269 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342312 aattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 238 - 328
Target Start/End: Original strand, 10391397 - 10391487
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10391397 tgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 237 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 27497263 - 27497174
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27497263 gtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcactact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 271 - 328
Target Start/End: Original strand, 4077086 - 4077143
Alignment:
Q  271 ttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4077086 ttgtgtgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 258 - 323
Target Start/End: Original strand, 16465724 - 16465789
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 323  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  16465724 acacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 262 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 12142147 - 12142083
Alignment:
Q  262 atgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12142147 atgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 253 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 35200631 - 35200559
Alignment:
Q  253 catgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
    |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35200631 catggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 238 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 45502752 - 45502661
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| || |||||    
T  45502752 tgtgtatggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtggtttatgtataaccactca 45502661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 44081157 - 44081068
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    |||||||||  ||||| ||  ||||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  44081157 tgtgtgtgggaatcacgtgggcacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 10592067 - 10592010
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggta 294  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  10592067 gtgtgtgtagagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 10592010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 210
Target Start/End: Original strand, 14342187 - 14342251
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgt 210  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||    
T  14342187 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgt 14342251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 326
Target Start/End: Original strand, 31523608 - 31523692
Alignment:
Q  242 tgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||||||||||| |||| | |||||||| | | | | |||||||||| |||||| || ||||| |||||||| |||||||||    
T  31523608 tgtggagatcacatggacacttatcacaattatatatagatgtacaagtgatacatgtcatctaagatggtctatctatcactac 31523692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 308
Target Start/End: Original strand, 41880226 - 41880271
Alignment:
Q  263 tgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagg 308  Q
    |||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||    
T  41880226 tgtcacaattgtgtatagatgtacaaatggtacatgccacctaagg 41880271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 267 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 7313567 - 7313527
Alignment:
Q  267 acaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaag 307  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  7313567 acaattgtgtgtgggtgtatcagtggtacatgtcacctaag 7313527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 30)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Original strand, 526990 - 527081
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  526990 gtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 146 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 1995134 - 1994952
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||   ||| |||| || ||||        ||||||||    
T  1995134 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt--tgtgtgtg 1995037  T
Q  246 gag-atcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    ||| | ||||   |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1995036 gaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 1994952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 39858438 - 39858347
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858438 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 146 - 329
Target Start/End: Original strand, 27325627 - 27325811
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaa-agtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgt 244  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| || |||||||   ||| |||| || |||        |||||||     
T  27325627 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactccatgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 27325726  T
Q  245 ggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    ||  | |||| | |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27325727 gggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 27325811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Original strand, 46845747 - 46845838
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46845747 gtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 238 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 26041060 - 26040972
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||||| || ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  26041060 tgtgtgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 269 - 329
Target Start/End: Original strand, 44797589 - 44797649
Alignment:
Q  269 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797589 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 44797649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 258 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 6487798 - 6487727
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  6487798 acacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactca 6487727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 237 - 328
Target Start/End: Original strand, 49430555 - 49430646
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49430555 gtgtgtgtggagaccagatggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 146 - 328
Target Start/End: Original strand, 2402925 - 2403107
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||  |||||| | ||||||    ||| |||| || ||||        |||||| |    
T  2402925 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtggg 2403024  T
Q  246 gagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    | || |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2403025 gggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 238 - 331
Target Start/End: Original strand, 7178203 - 7178296
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaa 331  Q
    ||||||| |||| |||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7178203 tgtgtgtcgagaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactacccaaa 7178296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 269 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 1673428 - 1673368
Alignment:
Q  269 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1673428 aattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactca 1673368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 147 - 324
Target Start/End: Original strand, 29637211 - 29637388
Alignment:
Q  147 gataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtgtgg 246  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| | |||| |||||||||| |||| ||| | | ||||||    ||| |||| |||||||       ||||||| |     
T  29637211 gataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccaccacatatgagagtgtgagagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtggga 29637310  T
Q  247 agatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 324  Q
     || |||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29637311 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 237 - 327
Target Start/End: Original strand, 13276555 - 13276645
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 327  Q
    ||||||||||  | |||||| |||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13276555 gtgtgtgtgggtaccacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 326
Target Start/End: Original strand, 33502523 - 33502704
Alignment:
Q  145 tggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcacccc-atgtaaaagtgtgtataagataataaatatgagnnnnnnngtgtgtg 243  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | || | |||||||| |||| | |||| | |||||||  ||||||  |||| ||||       |||||||    
T  33502523 tggataatgtttcatgaacatccttttcttcgtacatacattgtaccacctctatgtgagagtgtgtgaaagatataaaatgtgagtttttt-gtgtgtg 33502621  T
Q  244 tggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    |||||| ||  |||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  33502622 tggagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactac 33502704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 258 - 333
Target Start/End: Original strand, 32267577 - 32267652
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcaaaat 333  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32267577 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactcaaaat 32267652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 237 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 29731279 - 29731194
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 322  Q
    |||||||| | || |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  29731279 gtgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 237 - 325
Target Start/End: Original strand, 15225082 - 15225170
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
    |||||||||| || ||  || ||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15225082 gtgtgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 276 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 40030890 - 40030838
Alignment:
Q  276 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030890 tgtgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 260 - 328
Target Start/End: Original strand, 40294845 - 40294913
Alignment:
Q  260 acatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40294845 acatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 237 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 40314183 - 40314095
Alignment:
Q  237 gtgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 325  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  40314183 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 238 - 326
Target Start/End: Original strand, 47571655 - 47571743
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 326  Q
    ||||||| | || |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  47571655 tgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 240 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 19989327 - 19989246
Alignment:
Q  240 tgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 321  Q
    |||||||| | |||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||    
T  19989327 tgtgtggaaaccacatggacacatgtcacacttgtatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 251 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 48489526 - 48489455
Alignment:
Q  251 cacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 322  Q
    |||||| ||| ||||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  48489526 cacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatca 48489455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 142 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 29731374 - 29731323
Alignment:
Q  142 ttatggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcac 193  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  29731374 ttatagataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtatcac 29731323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 238 - 280
Target Start/End: Original strand, 12907642 - 12907684
Alignment:
Q  238 tgtgtgtggagatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgg 280  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12907642 tgtgtgtggggaccacataaacacatgtcacaattgtgtgtgg 12907684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 248 - 306
Target Start/End: Original strand, 15066123 - 15066181
Alignment:
Q  248 gatcacatgaacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaa 306  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||||||| ||||||    
T  15066123 gatcacatggacacatgtcacaattgtgtatgaatgtacaaatgatacatgctacctaa 15066181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 305
Target Start/End: Original strand, 34311338 - 34311380
Alignment:
Q  263 tgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccaccta 305  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34311338 tgtcataactgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccaccta 34311380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 10147034 - 10146974
Alignment:
Q  259 cacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||  |||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  10147034 cacatgtcacaattgtgtgtgggggt-caaagggtgtatgccacctaaggtggtccatgtat 10146974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 146 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 40030968 - 40030904
Alignment:
Q  146 ggataatgtttcatgtacatccttttctccataaacacattgtatcaccccatgtaaaagtgtgt 210  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| | |||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||    
T  40030968 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactccatgtgagagtgtgt 40030904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 328
Target Start/End: Original strand, 10369 - 10413
Alignment:
Q  284 tacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10369 tacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactc 10413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 258 - 323
Target Start/End: Original strand, 3165 - 3231
Alignment:
Q  258 acacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtc-tatgtatcac 323  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||    
T  3165 acacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 294 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 52877 - 52843
Alignment:
Q  294 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 328  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52877 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 52843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University