View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20694_low_1 (Length: 952)

Name: NF20694_low_1
Description: NF20694
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20694_low_1
NF20694_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-943)||(23181470-23182395)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 870; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 870; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 943
Target Start/End: Complemental strand, 23182395 - 23181470
Alignment:
Q  19 aggttcaagtgatgatagttactcaagtcttgatgaagaagaaacacatacaaataacaaagttatgggttatgacattcttactgaaggtagtttaatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23182395 aggttcaagtgatgatagttactcaagtcttgatgaagaagaaacacatacaaataacaaagttatgggttatgacattcttactgaaggtagtttaatt 23182296  T
Q  119 taaaaccattaatataaagtgcacaacaatacaattgtatagttgatattattttggtgttattcgttataggttattatgatcatggtgatccactcat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23182295 taaaaccattaatataaagtgcacaacaatacaattgtatagttgatattattttggtgttattcgttataggttattatgatcatggtgatccactcat 23182196  T
Q  219 tgaatgtcagtattgtggagcgaaaatgtggtaccaagagagaatgnnnnnnnntacacattctgcaaatcctaagtaccaactatgttgtggaaatgga 318  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23182195 tgaatgtcagtattgtggagcaaaaatgtggtaccaagagagaatgaaaaaaaatacacattctgcaaatcctaagtaccaactatgttgtggaaatgga 23182096  T
Q  319 aaggttcaacttccactcttgaagtcaccacctccattgcttcagcatctgttatttgatcgtgattcatcagatagcaagaactttcagcaacagatca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23182095 aaggttcaacttccactcttgaagtcaccacctccattgcttcagcatctgttatttgatcgtgattcatcagatagcaagaactttcagcaacagatca 23181996  T
Q  419 gagtttataatatgatgttcgcattcacttcaccaggagcaaagttggataacaaaatcaataatggcagagggccaccaataatcaaaatacaaggtca 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23181995 gagtttataatatgatgttcgcattcacttcaccaggagcaaagttggataacaaaatcaataatggcagagggccaccaataatcaaaatacaaggtca 23181896  T
Q  519 accatgtcatagaataggaagtttattgcctatgccaggacaatcaccaaaatttgcacaactatacatttatgatacagaaaatgaaatacaaaacaga 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23181895 accatgtcatagaataggaagtttattgcctatgccaggacaatcaccaaaatttgcacaactatacatttatgatacagaaaatgaaatacaaaacaga 23181796  T
Q  619 cttcaagggtttaggtatgtacattcatgtttatgaaag-ttttatttcatataactagacagataagtttattcgtaagctttatattttaatcattct 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23181795 cttcaagggtttaggtatgtacattcatgtttatgaaagtttttatttcatataactagacagataagtttattcataagctttatattttaatcattct 23181696  T
Q  718 ttacagttaatctcttttccttatttgatctacaggaacaataacaacattgatccagatattgtttgcaaattgtccgaaatgctttatcagcataata 817  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23181695 ttacagttaatctcttttcctgatttgatctacaggaacaataacaacattgatccagatattgtttacaagttgtccgaaatgctttatcagcataata 23181596  T
Q  818 cacatacaaagtcttttcggatggtcagagaaagattgaatcaaggtaatgcgaacaacttgaagctaaggttgatttctgagaggtttacagatggtag 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23181595 cacatacaaagtcttttcggatggtcagagaaagattgaatcaaggtaatgcgaacaacttgaagctaaggttgatttctgagaggtttacggatggtag 23181496  T
Q  918 aattaacaatcaacccactgtgtctg 943  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  23181495 aattaacaatcaacccactgtgtctg 23181470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University