View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20697_low_2 (Length: 438)
Name: NF20697_low_2
Description: NF20697
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20697_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 10032124 - 10031712
Alignment:
| Q |
1 |
atgtgtagattaactaacataaaaataaagaaaacctattaattaatttcacaatttacctagacttgtggaatgtgaacataataagattcgacataca |
100 |
Q |
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| T |
10032124 |
atgtgtagattaaccaacataaaaataaagaaaacctattaattaatttcacaatttacctagacttgtggaatgtgaacataataagattcgacataca |
10032025 |
T |
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| Q |
101 |
tatagactatagtgttatcagatagataaatcaccttgtccatgatgctattaagcatttcttctgtaagtctcatgccagattccgatagagtagctac |
200 |
Q |
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| T |
10032024 |
tatagactatagtgttatcagatagataaatcaccttgtccatgatgctattaagcatttcttctgtaagtctcatgccagattccgatagagtagctac |
10031925 |
T |
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| Q |
201 |
caccatttgtttcaactatacacaagatttgaattacaagtgttatatcagatgcatatcgatattagaagcatgtttgtgtagagtaactccaaggaag |
300 |
Q |
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| T |
10031924 |
caccatttgtttcaactatacacaagatttgaattacaagtgttatatcagatgcatatcgatattagaagcatgtttgtgtagagtaactccaaggaag |
10031825 |
T |
|
| Q |
301 |
caaagacacaattacaaaaacttgacctatatgaatctaaaacaagattttagatagttcattaatgcattgattgatagttaatgttgaaggtgaatgg |
400 |
Q |
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| T |
10031824 |
caaagacacaattacaaaaacttgacctatatgaatctaaaacaagattttagat---------atgcattgattgatagttaatgttgaaggtgaatgg |
10031734 |
T |
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| Q |
401 |
ttgcaaactccatttattcaac |
422 |
Q |
| |
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| T |
10031733 |
ttgcaaactccatttattcaac |
10031712 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 10054037 - 10053625
Alignment:
| Q |
1 |
atgtgtagattaactaacataaaaataaagaaaacctattaattaatttcacaatttacctagacttgtggaatgtgaacataataagattcgacataca |
100 |
Q |
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| T |
10054037 |
atgtgtagattaactaacataaaaataaagaaaacctattaattaatttcacaatttacctagacttgtggaatgtgaacataataagattcgacataca |
10053938 |
T |
|
| Q |
101 |
tatagactatagtgttatcagatagataaatcaccttgtccatgatgctattaagcatttcttctgtaagtctcatgccagattccgatagagtagctac |
200 |
Q |
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| T |
10053937 |
tatagactatagtgttatcagatagataaatcaccttgtccatgatgctattaagcatttcttctgtaagtctcatgccaaattccgatagagtagctac |
10053838 |
T |
|
| Q |
201 |
caccatttgtttcaactatacacaagatttgaattacaagtgttatatcagatgcatatcgatattagaagcatgtttgtgtagagtaactccaaggaag |
300 |
Q |
| |
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| T |
10053837 |
caccatttgtttcaactatacacaagatttgaattacaagtgttatatcagatgcatatcgatattagaagcatgtttgtgtagagtaactccaaggaag |
10053738 |
T |
|
| Q |
301 |
caaagacacaattacaaaaacttgacctatatgaatctaaaacaagattttagatagttcattaatgcattgattgatagttaatgttgaaggtgaatgg |
400 |
Q |
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| T |
10053737 |
caaagacacaattacaaaaacttgacctatatgaatctaaaacaagattttagat---------atgcattgattgatagttaatgttgaaggtgaatgg |
10053647 |
T |
|
| Q |
401 |
ttgcaaactccatttattcaac |
422 |
Q |
| |
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| T |
10053646 |
ttgcaaactccatttattcaac |
10053625 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 108 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10064060 - 10063946
Alignment:
| Q |
108 |
tatagtgttatcagatagataaatcaccttgtccatgatgctattaagcatttcttctgtaagtctcatgccagattccgatagagtagctaccaccatt |
207 |
Q |
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| T |
10064060 |
tatattgttatcagataaataaatcaccttgtcaatgatgccattaatcatttcatctgaaagttccatgtcagattcagatagagtagctaccaccaat |
10063961 |
T |
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| Q |
208 |
tgtttcaactataca |
222 |
Q |
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| T |
10063960 |
tgctttaactataca |
10063946 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 109 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 10074772 - 10074458
Alignment:
| Q |
109 |
atagtgttatcagatagataaatcaccttgtccatgatgctattaagcatttcttctgtaagtctcatgccagattccgatagagtagctaccaccattt |
208 |
Q |
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| T |
10074772 |
atagtgttatcagatgaataaatcaccttgtcaatgatgcgattgatcacgtaatctgaaagttgcacgccagattcagatagagtagctaccaccattt |
10074673 |
T |
|
| Q |
209 |
gtttcaactatacacaagatttgaa-ttacaagtgttatatcagatgcatatcgatattagaagcatgtttgtgtagagtaactccaaggaagcaaagac |
307 |
Q |
| |
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| T |
10074672 |
ctttcaactatacacaaaataagaaattataagttgcatatcaaaaa-ataccaatacaagaagcatgttggtgtagataaactccatggaagaaaagat |
10074574 |
T |
|
| Q |
308 |
aca----attacaaaaacttgacctatatgaatctaaaacaagattttagatagttcattaatgcattgattgatagt--taatgttgaaggtgaatggt |
401 |
Q |
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| T |
10074573 |
cgatggaattactaaa-cttgcac---atgaatctaaaacatgattttagatagttcattaatgcattgtttgctagttataatgtagaaggtgagtggt |
10074478 |
T |
|
| Q |
402 |
tgcaaactccatttattcaac |
422 |
Q |
| |
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| T |
10074477 |
tg-aaactccatttatgcaac |
10074458 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 310 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10063915 - 10063853
Alignment:
| Q |
310 |
aattacaaaaacttgacctatatgaatctaaaacaagattttagatagttcattaatgcattgatt |
375 |
Q |
| |
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|
| T |
10063915 |
aattacaaaaacttgacctata--aatctaaaacaagattt-agattgttcattaatgcattgatt |
10063853 |
T |
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