View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20702_high_18 (Length: 311)
Name: NF20702_high_18
Description: NF20702
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20702_high_18 |
 | |
|
| [»] chr5 (7 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Original strand, 38456385 - 38456695
Alignment:
| Q |
1 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456385 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
38456484 |
T |
|
| Q |
101 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456485 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
38456584 |
T |
|
| Q |
201 |
atatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38456585 |
atatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
38456684 |
T |
|
| Q |
301 |
tagctctaccc |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
38456685 |
tagctctaccc |
38456695 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Original strand, 38181025 - 38181334
Alignment:
| Q |
1 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181025 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
38181124 |
T |
|
| Q |
101 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181125 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
38181224 |
T |
|
| Q |
201 |
atatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181225 |
atatgttaaaattgtttatatgag-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
38181323 |
T |
|
| Q |
301 |
tagctctaccc |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
38181324 |
tagctctaccc |
38181334 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 38190106 - 38189797
Alignment:
| Q |
1 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38190106 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
38190007 |
T |
|
| Q |
101 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38190006 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
38189907 |
T |
|
| Q |
201 |
atatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38189906 |
atatgttaaaattgtttatatgag-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
38189808 |
T |
|
| Q |
301 |
tagctctaccc |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
38189807 |
tagctctaccc |
38189797 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 295; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Original strand, 38208249 - 38208558
Alignment:
| Q |
1 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208249 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
38208348 |
T |
|
| Q |
101 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208349 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
38208448 |
T |
|
| Q |
201 |
atatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208449 |
atatgttaaaattgtttatatgag-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
38208547 |
T |
|
| Q |
301 |
tagctctaccc |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
38208548 |
tagctctaccc |
38208558 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 295; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 38217331 - 38217022
Alignment:
| Q |
1 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217331 |
agttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaa |
38217232 |
T |
|
| Q |
101 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217231 |
tgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
38217132 |
T |
|
| Q |
201 |
atatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217131 |
atatgttaaaattgtttatatgag-gtgttatatttacagttactttcatcaatttcagggttagcagcattattggaacttctcatattcatataccta |
38217033 |
T |
|
| Q |
301 |
tagctctaccc |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
38217032 |
tagctctaccc |
38217022 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 26033208 - 26032924
Alignment:
| Q |
4 |
tgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26033208 |
tgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatga |
26033109 |
T |
|
| Q |
104 |
aaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataa---tgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26033108 |
aaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatattgtgggaagtacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttctttt |
26033009 |
T |
|
| Q |
201 |
atatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcaggggtagcagcattattggaacttctcatat |
289 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26033008 |
atatgttaaaattgtttatacgag-gtgttaaatttactgttactttcattaatttcaggg---gaagcattattggaacttcttatat |
26032924 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 154
Target Start/End: Original strand, 38447655 - 38447688
Alignment:
| Q |
121 |
caaacatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
154 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38447655 |
caaatatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
38447688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 36 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 6067860 - 6067743
Alignment:
| Q |
36 |
gaagatgaatttaatataccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctaca |
135 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
6067860 |
gaagatgaattta-tataccacaattgaaatttagaaaatatccataaattttttatgagataaatgaaacacttttagatgtcccaaacatgttctaca |
6067762 |
T |
|
| Q |
136 |
ataatgtgggaagtacttc |
154 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
6067761 |
ataacgtgggaagtacttc |
6067743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 53351307 - 53351249
Alignment:
| Q |
11 |
tagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaattgaaattta |
69 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
53351307 |
tagccaacaagttaaggattcacaagatgatgaatttaatataccgcaagtgaaattta |
53351249 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 204
Target Start/End: Original strand, 38343008 - 38343063
Alignment:
| Q |
149 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatat |
204 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
38343008 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38343063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 204
Target Start/End: Original strand, 38447201 - 38447256
Alignment:
| Q |
149 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatat |
204 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
38447201 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38447256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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