View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20706_low_11 (Length: 478)

Name: NF20706_low_11
Description: NF20706
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20706_low_11
NF20706_low_11
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (17-462)||(36209270-36209715)
chr8 (17-462)||(36196141-36196591)
chr8 (17-427)||(36183881-36184295)
chr8 (259-462)||(36188068-36188274)
chr8 (17-194)||(36199594-36199771)
chr8 (86-199)||(36187709-36187818)
chr8 (297-446)||(36200335-36200485)
chr8 (73-197)||(36211800-36211922)
chr8 (73-195)||(36190364-36190484)
chr8 (267-343)||(36201781-36201857)
chr8 (265-353)||(36211982-36212070)
chr8 (143-220)||(36208642-36208720)
chr8 (164-197)||(36215577-36215610)
chr8 (94-197)||(36197806-36197909)
chr8 (267-334)||(36214279-36214346)
chr8 (265-351)||(36190546-36190632)
chr8 (77-197)||(36214079-36214199)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 462
Target Start/End: Original strand, 36209270 - 36209715
Alignment:
Q  17 ttagattaaggaatgattaaatttcacacctccgcctgaaattgaaaaataaaataagccaaacatcaagctacagagtctatcatctaaagcataatga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209270 ttagattaaggaatgattaaatttcacacctccgcctgaaattgaaaaataaaataagccaaacatcaagctacagagtctatcatctaaagcataatga 36209369  T
Q  117 atggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactactaaattataaaacttgtattccaaggatctgtgtagaaaaatcgac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209370 atggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactaataaattataaaacttgtattccaaggatctgtgtagaaaaatcgac 36209469  T
Q  217 aaaacatctcctaaaattttgagatttcaaacattgtacaataattatacaattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagttaatattcaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209470 aaaacatctcctaaaattttgagatttcaaacattgtacaataattatacaattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagttaatattcaa 36209569  T
Q  317 aaatctaaattaaactttgaaaataaaacagctacaatatgttatactatttagcaaacaatgacttgttaacagaaccaaccataccaaacatagttca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209570 aaatctaaattaaactttgaaaataaaacagctacaatatgttatactatttagcaaacaatgacttgttaacagaaccaaccataccaaacatagttca 36209669  T
Q  417 aaccatcttattagagaggaaggtgaattcttccctccctttaaag 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209670 aaccatcttattagagaggaaggtgaattcttccctccctttaaag 36209715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 17 - 462
Target Start/End: Original strand, 36196141 - 36196591
Alignment:
Q  17 ttagattaaggaatgattaaatttcacacctccgcctgaaattgaaaaataaaataagccaaacatcaagctacagagtctatcatctaaagcataatga 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  36196141 ttagattaaggaaagattaaatttcacaccacc---tgaaattgaaaaataaaataagccaaacaacaagctacagagtctatcatgtaacgcataatga 36196237  T
Q  117 atggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactactaaattataaaacttgtattccaaggatctgtgtagaaaaatcgac 216  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36196238 atgatgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactactaaattataaaactcgtattgcaaggatctgtgtagaaaaatcgac 36196337  T
Q  217 aaaacatctcctaaaattttgagatttcaaacattgtaca---------ataattatacaattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagtt 307  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36196338 aaaacatctcctaaaatattgagatttcaaacatagtacaaaagcctttacaattatacaattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagtt 36196437  T
Q  308 aatattcaaaaatctaaattaaactttgaaaataaaacagctacaatatgttatactatttagcaaacaatgacttgttaacagaaccaaccataccaaa 407  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  36196438 aatattaaaaaatctaaattaaaatttgaaaataaaacagctacaatatgctatactatttagcaaa-agtgacttgttaacagaagcaaccattccaaa 36196536  T
Q  408 catagttcaaaccatcttattagagaggaaggtgaattcttccctccctttaaag 462  Q
    ||||||||||||||| |||| | ||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  36196537 catagttcaaaccattttatcaaagaagaaagtgaattcctccctccctttaaag 36196591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 17 - 427
Target Start/End: Original strand, 36183881 - 36184295
Alignment:
Q  17 ttagattaaggaatgattaaatttcacacctccgcctgaaattgaaaaataaaataagccaaacatcaagctacagagtctatcatctaaagc-ataatg 115  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||   ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||       
T  36183881 ttagattagggaaacattaaatttcaggtctccatctgaaattgaaaaattaaataagccaaacatcaagctagggagtctattatctaaagccatagca 36183980  T
Q  116 aatggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactactaaattataaaacttgtattccaaggatctgtgtagaaaaatcga 215  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||       ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36183981 aatgatgtttaaacgagttaagatagcatcaaatga-attaaccaaatagactactaag------aacctgtattccaaggatctgtgtagaaaaataga 36184073  T
Q  216 caaaacatctcctaaaattttgagatttcaaacattgtacaataa----------ttatacaattatttatcaggtcaaag-catagccttgcactccaa 304  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |           ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||| ||    
T  36184074 caaaacatctcctaaaatattgagatttcaaacatagtacaaaagcctttacaatttatacaattatttatccggtcaaaaacatagccttacactcaaa 36184173  T
Q  305 gttaatattcaaaaatctaaattaaactttgaaaataaaacagctacaatatgttatactatttagcaaacaatgacttgttaacagaaccaaccatacc 404  Q
    |||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  36184174 gttaattttcaaaattctaaacttaactttgaaaataaaacagttacaatatgttatactatttagcaaa-agtgacatgttaacagaaccaaccatacc 36184272  T
Q  405 aaacatagttcaaaccatcttat 427  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  36184273 aaacatagttcaaaccattttat 36184295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 259 - 462
Target Start/End: Original strand, 36188068 - 36188274
Alignment:
Q  259 aattatacaattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagttaatattcaaaaatctaaattaaactttgaaaataaaacagctacaatatgt 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  36188068 aattatacaattatttatcaggtcaaaccatagccttgcactccaagttaatattcaaaattctaaattaaactttgaaaattaaacagttacaatatgt 36188167  T
Q  359 tatactatttagcaaacaatgacttgtt---aacagaaccaaccataccaaacatagttcaaaccatcttattagagaggaaggtgaattcttccctccc 455  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  36188168 tatactatttagcaaaccatgacttgttaacaacagaacaaaccataccaaacctagttcaaaccattttattagagaggaaggtgaattcccccctccc 36188267  T
Q  456 tttaaag 462  Q
    |||||||    
T  36188268 tttaaag 36188274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 36199594 - 36199771
Alignment:
Q  17 ttagattaaggaatgattaaatttcacacctccgcctgaaattgaaaaataaaataagccaaacatcaagctacagagtctatcatctaaagcataatga 116  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||| ||||||||    
T  36199594 ttagattagggaaagattaaatttcatgcctccacctgaaattgaaaaatgaaataagccaaacatcaagctgcgtagtctattatctaaaacataatga 36199693  T
Q  117 atggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactactaaattataaaacttgtattccaa 194  Q
    ||| |||||||||||  |  ||||||||||||||||||   |  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  36199694 atgttgtttaaaagatatatgatagtatcaaatgacatttgcagaacagactactaaattttaaaacctgtattccaa 36199771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 86 - 199
Target Start/End: Original strand, 36187709 - 36187818
Alignment:
Q  86 gctacagagtctatcatctaaagcataatgaatggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactactaaattataaaactt 185  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     ||||||||||||||| ||||||    
T  36187709 gctacagagtatatcatctaaaatataatgaatggtgtttaaaagagttgaggtagtatcaaatgacatcaac----gagactactaaattatgaaactt 36187804  T
Q  186 gtattccaaggatc 199  Q
    |||||| |||||||    
T  36187805 gtattctaaggatc 36187818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 297 - 446
Target Start/End: Original strand, 36200335 - 36200485
Alignment:
Q  297 cactccaagttaatattcaaaaatctaaatt-aaactttgaaaataaaacagctacaatatgttatactatttagcaaacaatgacttgttaacagaacc 395  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |||||| | |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  36200335 cactccaaattaatatccaaaattctaaaatgaaactttgaaaacaaaacagctacaatatattacatcatttagcaaacaacgacttgttaacagaact 36200434  T
Q  396 aaccataccaaacatagttcaaaccatcttattagagaggaaggtgaattc 446  Q
    |||||||||||||  ||||||||| || || | | ||||||| ||||||||    
T  36200435 aaccataccaaaccgagttcaaactattttgtcaaagaggaaagtgaattc 36200485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 73 - 197
Target Start/End: Original strand, 36211800 - 36211922
Alignment:
Q  73 agccaaacatcaagctacagagtctatcatctaaagcataatgaatggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactacta 172  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| | ||||| ||| |||||    
T  36211800 agccaaacatcaagctacagggtctatcatctaaaacataatg-atactgtttaagagattttggataggatcaaatgacattagccaaa-agagtacta 36211897  T
Q  173 aattataaaacttgtattccaagga 197  Q
      |||||||||||||||||||||||    
T  36211898 tgttataaaacttgtattccaagga 36211922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 195
Target Start/End: Original strand, 36190364 - 36190484
Alignment:
Q  73 agccaaacatcaagctacagagtctatcatctaaagcataatgaatggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactacta 172  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |  | ||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  36190364 agccaaacatcaagccacagggtctatcatctaaaacataatga-tactatttaagagattttggataggatcaaatgacattagccaaa-agactacta 36190461  T
Q  173 aattataaaacttgtattccaag 195  Q
      ||||||||||||||| |||||    
T  36190462 tgttataaaacttgtatcccaag 36190484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 343
Target Start/End: Original strand, 36201781 - 36201857
Alignment:
Q  267 aattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagttaatattcaaaaatctaaattaaactttgaaaataaa 343  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| || | | ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  36201781 aattatttatctggttaaaacatagccttgcactcaaaatcattatccaaaattctaaatgaaactttgaaaataaa 36201857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 265 - 353
Target Start/End: Original strand, 36211982 - 36212070
Alignment:
Q  265 acaattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagttaatattcaaaaatctaaattaaactttgaaaataaaacagctacaa 353  Q
    ||||||| ||||||  | ||| ||||||||| ||||| |  | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36211982 acaattacttatcatattaaaacatagccttacactctagatcaatatccaaaattctaaattaaactttgaaaataaaacaactacaa 36212070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 220
Target Start/End: Original strand, 36208642 - 36208720
Alignment:
Q  143 atcaaatgacatcaaccaaacagactactaaattataaaacttgtattccaagg-atctgtgtagaaaaatcgacaaaa 220  Q
    |||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| || ||| |||||||||| ||||||    
T  36208642 atcaaatgacattagctaaacagaccactaaattataaaacttgtatagcaaggaatttgtatagaaaaatcaacaaaa 36208720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 164 - 197
Target Start/End: Original strand, 36215577 - 36215610
Alignment:
Q  164 agactactaaattataaaacttgtattccaagga 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36215577 agactactaaattataaaacttgtattccaagga 36215610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 94 - 197
Target Start/End: Original strand, 36197806 - 36197909
Alignment:
Q  94 gtctatcatctaaagcataatgaatggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactactaaattataaaacttgtattcca 193  Q
    |||||||||||||| |||||||     ||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||  |||||||||||| || |||    
T  36197806 gtctatcatctaaaacataatggtaattgtttaagagattttggataggatcaaatgacattagccaaaaagactactatgttataaaacttgcatccca 36197905  T
Q  194 agga 197  Q
    ||||    
T  36197906 agga 36197909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 334
Target Start/End: Original strand, 36214279 - 36214346
Alignment:
Q  267 aattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagttaatattcaaaaatctaaattaaacttt 334  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| | | ||| ||||| ||||||| |||||||    
T  36214279 aattatttatcaggtcaaaacatagacttacactccaaatcagtatccaaaattctaaatgaaacttt 36214346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 265 - 351
Target Start/End: Original strand, 36190546 - 36190632
Alignment:
Q  265 acaattatttatcaggtcaaagcatagccttgcactccaagttaatattcaaaaatctaaattaaactttgaaaataaaacagctac 351  Q
    ||||||| ||||||  | ||| ||||||||| ||||| |  | ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36190546 acaattacttatcatattaaaacatagccttacactctagatcaatatccaaaattttaaattaaactttgaaaataaaacaactac 36190632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 197
Target Start/End: Original strand, 36214079 - 36214199
Alignment:
Q  77 aaacatcaagctacagagtctatcatctaaagcataatgaatggtgtttaaaagagttgagatagtatcaaatgacatcaaccaaacagactact-aaat 175  Q
    |||||||||||||||||| |||| | ||||| ||  ||  | | |||||||||||   ||||||  |||||||||||| | ||||||| |||||| ||||    
T  36214079 aaacatcaagctacagagactataaactaaaacaagattgaagttgtttaaaagatacgagataagatcaaatgacattagccaaacatactactaaaat 36214178  T
Q  176 tataaaacttgtattccaagga 197  Q
    ||| ||||||||||||| ||||    
T  36214179 tat-aaacttgtattccgagga 36214199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University