View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20709_low_5 (Length: 516)

Name: NF20709_low_5
Description: NF20709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20709_low_5
NF20709_low_5
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-506)||(29443323-29443828)
chr1 (1-503)||(29453306-29453799)
chr1 (1-355)||(29423051-29423405)
chr1 (3-489)||(29467784-29468276)
chr1 (383-506)||(29422938-29423052)
[»] chr2 (49 HSPs)
chr2 (7-452)||(9284198-9284665)
chr2 (3-301)||(10352949-10353247)
chr2 (3-452)||(9315691-9316151)
chr2 (3-255)||(9328485-9328737)
chr2 (44-255)||(9320868-9321079)
chr2 (3-308)||(12012550-12012858)
chr2 (48-302)||(12018937-12019191)
chr2 (3-293)||(10335704-10335982)
chr2 (3-305)||(9364464-9364766)
chr2 (3-183)||(9065597-9065777)
chr2 (3-256)||(7115646-7115902)
chr2 (3-308)||(12006122-12006427)
chr2 (371-506)||(12012927-12013054)
chr2 (4-132)||(9061146-9061274)
chr2 (4-183)||(8573510-8573689)
chr2 (3-308)||(11987494-11987796)
chr2 (6-183)||(9291901-9292072)
chr2 (3-133)||(10347793-10347923)
chr2 (7-121)||(16269109-16269223)
chr2 (312-452)||(10371511-10371648)
chr2 (3-132)||(10371867-10371996)
chr2 (371-506)||(11987865-11987992)
chr2 (328-452)||(9294990-9295115)
chr2 (1-105)||(9274557-9274661)
chr2 (312-426)||(10347462-10347575)
chr2 (358-452)||(9328262-9328355)
chr2 (371-506)||(12019266-12019391)
chr2 (198-256)||(9061358-9061416)
chr2 (358-506)||(9320596-9320736)
chr2 (23-133)||(17566107-17566217)
chr2 (44-189)||(8579532-8579677)
chr2 (198-308)||(9291755-9291865)
chr2 (23-106)||(7611974-7612057)
chr2 (327-506)||(9364242-9364409)
chr2 (197-256)||(16268953-16269012)
chr2 (452-506)||(9291563-9291617)
chr2 (198-295)||(10371683-10371780)
chr2 (371-408)||(12006496-12006533)
chr2 (310-401)||(9065937-9066035)
chr2 (358-452)||(9061545-9061636)
chr2 (312-399)||(10335584-10335670)
chr2 (198-256)||(8573725-8573783)
chr2 (452-506)||(12006544-12006598)
chr2 (198-255)||(10347650-10347707)
chr2 (197-256)||(8579703-8579762)
chr2 (396-506)||(8573931-8574035)
chr2 (452-506)||(10352735-10352789)
chr2 (187-256)||(9065802-9065871)
chr2 (457-506)||(9066089-9066138)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (3-308)||(41966709-41967017)
chr8 (325-452)||(41967067-41967192)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (6-183)||(45243657-45243834)
chr7 (1-121)||(45230452-45230575)
chr7 (32-183)||(45237908-45238059)
chr7 (198-256)||(45230293-45230351)
chr7 (198-256)||(45243555-45243613)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (3-120)||(26574882-26574999)
chr4 (23-198)||(561165-561340)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (7-183)||(37462447-37462626)
chr3 (389-506)||(37462095-37462205)
chr3 (44-104)||(39427680-39427740)
[»] scaffold0667 (2 HSPs)
scaffold0667 (7-102)||(4510-4605)
scaffold0667 (360-452)||(4117-4208)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (39-105)||(36224454-36224520)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 506
Target Start/End: Original strand, 29443323 - 29443828
Alignment:
Q  1 gaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaacttttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29443323 gaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaacttttta 29443422  T
Q  101 ctttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29443423 ctttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaa 29443522  T
Q  201 gctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaacct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29443523 gctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaacct 29443622  T
Q  301 tctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggaccc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29443623 tctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggaccc 29443722  T
Q  401 atcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctcta 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  29443723 atcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaaggattctctaattattttgaagtctcta 29443822  T
Q  501 cctttg 506  Q
    ||||||    
T  29443823 cctttg 29443828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Original strand, 29453306 - 29453799
Alignment:
Q  1 gaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaacttttta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29453306 gaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtgaacttttta 29453405  T
Q  101 ctttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaa 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| ||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29453406 ctttggcggaatcatgtttcattttacctttgaaaactttgtggcctttagcttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaagtagattgtgagaa 29453505  T
Q  201 gctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaacct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||   | ||||| || || |||||||||||||||||||| | ||||    
T  29453506 gctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttgtgccacct 29453605  T
Q  301 tctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggaccc 400  Q
    || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| || ||    
T  29453606 tccttccccaggaaagagaattatacaagcaagagaaggtactccttatttattatctgagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatcc 29453705  T
Q  401 atcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctcta 500  Q
    ||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||   ||||       ||||||||||| |||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  29453706 atcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaag--taaat-------tgaattcttattatagaacaaggattctctaattactttgaagtctcta 29453796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 29423405 - 29423051
Alignment:
Q  1 gaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaacttttta 100  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29423405 gaagggtgcctttgtatgactgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttggctgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaacttttta 29423306  T
Q  101 ctttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaa 200  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29423305 ctttggcagaatcgtgtttcaccttacctttgaaagctttgaggcttttagcttattcgagcgatggaggtatggttctgttgcaagtagatcctgagaa 29423206  T
Q  201 gctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaacct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||| ||||||||||||   | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  29423205 gctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttcaaggaattcctaatttcgatcaagccatgatttgtgttggaagtcttgtatcacct 29423106  T
Q  301 tctttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgatta 355  Q
    || ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29423105 tccttccctaggaaggagaatcgcacaagcaagagaaggtacttcttattgatta 29423051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 3 - 489
Target Start/End: Original strand, 29467784 - 29468276
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  29467784 agggtgtctttagttgattgtgaattatcaaactagtaaaattgatgtttggttgatgaaagaatatggatgtagagatagttggcgtaaactttttact 29467883  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagc 202  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||  |||  | ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| | |||||||     
T  29467884 ttggttagatcgtgtttcactttacagttggaatctttgaggcctttaggttattcgagcgatggaagtatggttctgtttgaagtagaccatgagaagt 29467983  T
Q  203 tgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttc 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||   || || | || || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29467984 tgttttggtatgatctcaagagtgaacatgttaattatgttgaaggaattcctaatttgaatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtaccaccttc 29468083  T
Q  303 tttccccaggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagtttttt---------ctttgtataagttaatatca-attca 392  Q
     ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||          | ||||||||||||||||| | | |    
T  29468084 cttccctaggaacgagaatcgcacaagcaagagaaggtacttcttattgattgtctgagttttttgagtttttgttatgtataagttaatatcacagtta 29468183  T
Q  393 atggacccatc-----atatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattat 487  Q
    ||||||| |||     |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||       ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  29468184 atggacctatcatatgatatgatatatgcagttaaactc--tgttaaaaggtcaaat-------tgaattcttattataggacaatgattctctaattat 29468274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 383 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 29423052 - 29422938
Alignment:
Q  383 tatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctcta 482  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||       ||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  29423052 tatcaattcaatggaccgatcatatgatatatctagttaaactc--tgttaaaaggtcaaat-------tgaattcttattatatgacaatgattctcta 29422962  T
Q  483 attattttgaagtctctacctttg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  29422961 attattttgaagtctctacctttg 29422938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 49)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 7 - 452
Target Start/End: Original strand, 9284198 - 9284665
Alignment:
Q  7 tgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttgg 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  9284198 tgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactaaaattgacgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaaatttttactttgg 9284297  T
Q  107 ctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagctgtt 206  Q
     | ||||  | |||| ||||| ||||| | ||||||||  |||||||||||| || ||| | |||| |||||| ||  || ||||| || |||||||| |    
T  9284298 ttaaatcacggttcactttacgtttgaaatctttgaggcctttaggttattctagtgatggtagtaaggttctattagaaatagattgtaagaagctggt 9284397  T
Q  207 ttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttctttc 306  Q
    |||||||||| | ||||||||    |||| ||||||||||||||||||||   ||||| | || || |||||||||| ||||||||| | |||||| |||    
T  9284398 ttggtatgatttgaagagtgagcaagttatttatgttgaaggaattcctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtgccaccttccttc 9284497  T
Q  307 cc---------------caggaaggagaatc----aaaca--agcaagagaaggtacttc-ttattgattacctgagtttttt-ctttgtataagttaat 383  Q
    ||                | |||||||||||    || ||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9284498 cctgttgataattctagtaagaaggagaatcgtttaagcaagagcaagagaaggtacttctttattgattatctgagttttttgctttgtataagttaat 9284597  T
Q  384 atcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 452  Q
     | | || |||||||||||||||| || ||| ||||||||||  || || |||||||||||||||||||    
T  9284598 tttagtttaatggacccatcatataatttatgtagttaaactttatatt-aaaggtcaaattgaattct 9284665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 3 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 10353247 - 10352949
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  10353247 agggtgtctttgtatgattgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagagagttggtgtaaactttttact 10353148  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagc 202  Q
     ||| | |||| | ||||  ||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||  | |||| |||||   ||||||  |||||| |    
T  10353147 gtggttaaatcttctttcgatttacctttgcaatctttgaggcttttaggttattcgagtgatagaaaaaaggttttgttgagggtagatgttgagaatc 10353048  T
Q  203 tgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaacctt 301  Q
    | |||||||||||| |  ||||| ||   |||||||||||| ||| ||||| ||   ||||| |  | || |||||||||||||||||||||| |||||    
T  10353047 tattttggtatgatttggagagtaaacaagttagttatgttcaagaaattcttaatttggatgacactatgatttgtgttggaagtcttgtaccacctt 10352949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 9316151 - 9315691
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||       ||||||||||||||||||    
T  9316151 agggtgtctttgtatgattttgaattatcaaactactaaaactgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagt------tggtgtaaactttttact 9316058  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagc 202  Q
    |||| | | || ||||||| |||| ||||||    ||||| |  |||||||||||| || ||  |||||| |||||| ||| || ||||| || ||||||    
T  9316057 ttggttaattcatgtttcactttatctttgaattttttgaagcctttaggttattctagtgacggaagtaaggttctattggaaatagattgtaagaagc 9315958  T
Q  203 tgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttc 302  Q
    ||||||||| |||  | | |||||||   |||| |||||||||||||||| |||   ||||| | || || |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  9315957 tgttttggtgtgacttgatgagtgaacaagttatttatgttgaaggaatttctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtaccaccttc 9315858  T
Q  303 tttcccc---------------aggaaggagaatcaaacaagcaaga------gaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagtta 381  Q
     |||||                | |||||||||||| ||||||||||      ||||||||||   ||  ||||  ||||||||| || |||||||||||    
T  9315857 cttccctgttgattattgtaggaagaaggagaatcatacaagcaagaacaagagaaggtactt---atatattatttgagtttttgctatgtataagtta 9315761  T
Q  382 atatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 452  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  9315760 atgtcagttcaatggacccatcatatgatataagtagttaaactctatgct-aaaggtcaaattgaattct 9315691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 9328737 - 9328485
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    |||||||||||| |||| | |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9328737 agggtgtctttgcatgactttgaattatgaaactactgaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggatatagagatagttggtgtaaactttttact 9328638  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagc 202  Q
     ||| | |||||||||||  ||||||||||| | ||||||||  ||||||||||| ||| ||| |||  | |||| |||||   || |||  ||||||||    
T  9328637 atggttaaatcgtgtttccatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttatttgagtgatggaaaaaaggttttgttgagggtggattttgagaagc 9328538  T
Q  203 tgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcct 255  Q
    |||||| ||||||| | | ||||| |   ||||||||||||||||||||||||    
T  9328537 tgtttttgtatgattttaggagtgcacaagttagttatgttgaaggaattcct 9328485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 44 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 9321079 - 9320868
Alignment:
Q  44 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgag 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |  ||||||||||| | |||||||    
T  9321079 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgttacgatttacctttgaaatctttgag 9320980  T
Q  144 gattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgtt 243  Q
    |  ||||||||||||||| ||| |||  | |||| |||||   ||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||| |   ||||||||||||    
T  9320979 gcctttaggttattcgagtgatggaaaaaaggttttgttgagggtagatgctgagaagctgttttggtatgatttgaagagtgcacaagttagttatgtt 9320880  T
Q  244 gaaggaattcct 255  Q
    ||||||||||||    
T  9320879 gaaggaattcct 9320868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 3 - 308
Target Start/End: Original strand, 12012550 - 12012858
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  12012550 agggtgtctttgtatgattgtgaatcatcaaactactaagattgatgtattggtgatgaaagaatatggttgtaaagatagttggtgtaaactttttact 12012649  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatgg------ttctgttgcaagtagatcgtg 196  Q
    ||||  ||||||||||||  ||||||||||| |  ||||||   ||| ||||||||||  ||| | |  ||||      || ||||| | ||| ||| |     
T  12012650 ttggtggaatcgtgtttcgttttacctttgatatttttgagacctttgggttattcgaatgatggtaaaatggttttgtttttgttggaggtaaatcata 12012749  T
Q  197 agaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtaca 296  Q
    |||||||| ||||||||||| | |||||| ||   |||||||||||||||||||||||||   | ||| | || || ||||||||||||||||||||||     
T  12012750 agaagctggtttggtatgatttgaagagtcaa---gttagttatgttgaaggaattcctaatttcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacc 12012846  T
Q  297 accttctttccc 308  Q
    ||| || |||||    
T  12012847 accctccttccc 12012858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 48 - 302
Target Start/End: Original strand, 12018937 - 12019191
Alignment:
Q  48 tgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggatt 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||  ||||||||| |||  ||||||   |    
T  12018937 tgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagttggtgtaaactttttactttgatggaatcgtgtttcgttttaccttttagatttttgagccct 12019036  T
Q  148 ttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaag 247  Q
    |||||||||||||| ||| |||  | |||| ||||| | ||| ||| | | | |||| ||||||||||| | |||||| |    ||||||||||||||||    
T  12019037 ttaggttattcgagtgatggaaaaaaggttttgttggatgtaaatcataatatgctggtttggtatgatttgaagagtcagcaagttagttatgttgaag 12019136  T
Q  248 gaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttc 302  Q
    |||||||||   | ||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12019137 gaattcctaatttcgatgaagccatgatttgtgttggaagtcttgtaccaccttc 12019191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 10335982 - 10335704
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  10335982 agggtgtctttgtttgcctgtgaattatcaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggctgtagagatagttggtgtaaacattttact 10335883  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagc 202  Q
    |||| | ||||||||||   |||            |||||||  |||||||||||  || ||| |||||| |||||| ||| || | ||| || |||||     
T  10335882 ttggttaaatcgtgtttagattt------------tttgaggcctttaggttattgtagtgatggaagtaaggttctattggaaatcgattgtaagaagt 10335795  T
Q  203 tgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgt 293  Q
    |||||||||||||| | |||||||||    ||||||||||||||||||||||||   ||||| |  | || ||||||||||||||||||||    
T  10335794 tgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttggatgacactatgatttgtgttggaagtcttgt 10335704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9364766 - 9364464
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||| | ||||||    
T  9364766 agggtgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattgtttact 9364667  T
Q  103 ttgg-ctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaag 201  Q
    ||||   || || | |||| |   |||||||| | | ||||||  ||||||||||||||| ||| |||  | |||| | ||| || |||||||| |||||    
T  9364666 ttggtgggactcttttttccg-acacctttgaaatcgttgaggcctttaggttattcgagtgatggaaagaaggttttattggaaatagatcgtaagaag 9364568  T
Q  202 ctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaacctt 301  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||   |||| |  ||||  |||||||||||   || || | || || ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  9364567 ctgttttggtacgatctcaagagtgaaaacgttactagtgttccaggaattcctaatatgaatgaagctatgatttgtgttggtagtcttgtaccacctt 9364468  T
Q  302 cttt 305  Q
    ||||    
T  9364467 cttt 9364464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 183
Target Start/End: Original strand, 9065597 - 9065777
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9065597 agggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaatattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttact 9065696  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttg 183  Q
    ||||   |||| ||||||  || || ||||| ||||| ||||  | ||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||    
T  9065697 ttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctctaggttattccggtgatggaagtaaggttctgttg 9065777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 256
Target Start/End: Original strand, 7115646 - 7115902
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     
T  7115646 agggtgtctttgtatgattgtgaattatagaactactaaaacagatgtttgggtgatgaaacaatatggatctagagacagctggtgtaaactttttaca 7115745  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttg---agagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgaga 199  Q
    |||| | | |||||||||  |||| |||||   | |   || |||  |||||||||||| || ||| |||| | |||||| ||| || ||||| ||  ||    
T  7115746 ttggttaattcgtgtttcgatttatctttgattacatggttcaggcctttaggttattctagtgatggaagcaaggttctattggaaatagattgtagga 7115845  T
Q  200 agctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 256  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||| |||   ||||||| |||||||||||||||||    
T  7115846 agctggtttggtatgatttgaagagcgaacaagttagttgtgttgaaggaattccta 7115902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 308
Target Start/End: Original strand, 12006122 - 12006427
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  12006122 agggtgtctttgtttgattgtgaattatcaaactactaagattgatgtatgggtgatgaaagaatatggttgtaaagatagttggtgtaaactttttact 12006221  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagc 202  Q
    |||   | ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||    |||||||||||| || ||| |||  |   || ||||  | ||| ||| | ||||||    
T  12006222 ttgatgggatcgtgtttcgttttacctgtgatatctttgatccctttaggttattcaagtgatggaaaaaaacttttgtttgaggtaaatcataagaagc 12006321  T
Q  203 tgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttc 302  Q
    || ||||||||||| | |||||||||   |||| |||  |||| |||||||| |   | ||| | || || ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  12006322 tggtttggtatgatttgaagagtgaagaagttaattacattgagggaattccaaatttcgatgaagcgatgatttgtgttggaagtcttgtactgccttc 12006421  T
Q  303 tttccc 308  Q
     |||||    
T  12006422 cttccc 12006427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 371 - 506
Target Start/End: Original strand, 12012927 - 12013054
Alignment:
Q  371 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggac 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||       ||||||||||| |||||||    
T  12012927 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatgtagttagactccatgtt-aaaggtcaaat-------tgaattcttattataggac 12013018  T
Q  471 aattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
    ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12013019 aaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 12013054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 132
Target Start/End: Original strand, 9061146 - 9061274
Alignment:
Q  4 gggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactt 103  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9061146 gggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagagatagttggtgtaaactttttactt 9061245  T
Q  104 tggctgaatcgtgtttcagtttacctttg 132  Q
    ||| | |||||||||||| || |||||||    
T  9061246 tggttaaatcgtgtttcaattcacctttg 9061274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 183
Target Start/End: Original strand, 8573510 - 8573689
Alignment:
Q  4 gggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactt 103  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8573510 gggtgtctttgtatgtctgtgaattatgaaaccactgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttactt 8573609  T
Q  104 tggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttg 183  Q
    | | | |||||||||||| |  || ||| | | ||| ||||  |||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||    
T  8573610 tcgttaaatcgtgtttcactccacattttaaatcttcgaggcctttaggttattctagtgatggaagtaaggttctgttg 8573689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 308
Target Start/End: Original strand, 11987494 - 11987796
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||   || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||     
T  11987494 agggtgtctttgtttgactgtgaatcatcatact---aagattgatatttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagttggtgtaaacttttcaca 11987590  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgagaagc 202  Q
    |||   ||||||||||||  ||||||||||| | |||||||   ||| ||||||||||| ||| | |  | |||| ||||| |  |  |||   ||||||    
T  11987591 ttgatggaatcgtgtttcgttttacctttgaaatctttgagccctttgggttattcgagtgatggtaaaaaggttttgttggatcttaatcacaagaagc 11987690  T
Q  203 tgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaaccttc 302  Q
    || ||||||||||| | |||||||||    ||||||||||||| ||||||||||   | ||| | || || |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  11987691 tggtttggtatgatttgaagagtgaacaatttagttatgttgacggaattcctaaattcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtaccaccctc 11987790  T
Q  303 tttccc 308  Q
     |||||    
T  11987791 cttccc 11987796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 9292072 - 9291901
Alignment:
Q  6 gtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttg 105  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9292072 gtgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttactttg 9291973  T
Q  106 gctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttg 183  Q
    | | ||||| | ||||      |||||| | ||||||||  |||| ||||||| || ||| |||||| ||||||||||    
T  9291972 gttaaatcgcggttca------ctttgaaatctttgaggcctttatgttattctagggatggaagtaaggttctgttg 9291901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 3 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 10347923 - 10347793
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||||| | |||  ||||| ||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10347923 agggtgtctttgtatcactgtcgattataaagatactaaaattgatgtttgggtcatgaaagaatatggatgtagagatagttggtgtaaactttttact 10347824  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttga 133  Q
     ||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  10347823 atggctgagtcgtgtttcgatttacctttga 10347793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 16269223 - 16269109
Alignment:
Q  7 tgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttgg 106  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  16269223 tgtctttgtataactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagagtatggatatagagatagttggtgcaaactttttaccttgg 16269124  T
Q  107 ctgaatcgtgtttca 121  Q
     | ||||||||||||    
T  16269123 ttaaatcgtgtttca 16269109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 312 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 10371648 - 10371511
Alignment:
Q  312 gaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgata 411  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||    
T  10371648 gaaggagaatcatacaagcaagagaaggtacttattgtt--ttaactgagtttttgttgtgtataagttaatatcagttcaatggatccatcatattata 10371551  T
Q  412 tatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 452  Q
    |||  ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  10371550 tatgcagttaaactctgtgtt-aaaggtcaaattgaattct 10371511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 3 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 10371996 - 10371867
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10371996 agggtgtctttgtatgactgtggattataaaactactaacgttgatatttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttact 10371897  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttg 132  Q
    |||| | ||||  ||||  |||||||||||    
T  10371896 ttggttaaatcaagtttgggtttacctttg 10371867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 371 - 506
Target Start/End: Original strand, 11987865 - 11987992
Alignment:
Q  371 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggac 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||       ||||||| ||| |||||||    
T  11987865 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatgtgatatatgtagttaaactttatgtt-aaaggtcaaat-------tgaattcctattataggac 11987956  T
Q  471 aattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
    ||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  11987957 aaggattttctaattactttgaagtctctacctttg 11987992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 328 - 452
Target Start/End: Original strand, 9294990 - 9295115
Alignment:
Q  328 agcaagagaaggtacttctt-attgattacctgagtttttt-ctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaact 425  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | | || |||||||||||||||| || ||| | ||||||||    
T  9294990 agcaagagaaggtacttctttattgattatctgagttttttgctttgtataagttaattttagtttaatggacccatcatataatttatgtggttaaact 9295089  T
Q  426 ccatgttaaaaggtcaaattgaattct 452  Q
    | ||| | |||||||||||||||||||    
T  9295090 ctatgct-aaaggtcaaattgaattct 9295115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 9274661 - 9274557
Alignment:
Q  1 gaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaacttttta 100  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| || | || || |||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||||    
T  9274661 gaagggtgtctttgtatgactttgaattatcgaaatactgaatttgaagtttgggtgatgaaagaatatggttctacagatagttggtgtaaacttttta 9274562  T
Q  101 ctttg 105  Q
    |||||    
T  9274561 ctttg 9274557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 312 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 10347575 - 10347462
Alignment:
Q  312 gaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgata 411  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  | |||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||| |||    
T  10347575 gaaggagaatcatccaagcaagagaaggtacttcttattgtttaactgagtttttgttgtgtataagtt-atatcagttcaatggacttatcatatcata 10347477  T
Q  412 tatctagttaaactc 426  Q
    |||  ||||||||||    
T  10347476 tatgcagttaaactc 10347462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 358 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 9328355 - 9328262
Alignment:
Q  358 tgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 452  Q
    ||||||||| || |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  9328355 tgagtttttgctatgtataagttgatgtcaattcaatggacccgtcatatgatatatgaagttaaactctatgct-aaaggtcaaattgaattct 9328262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 371 - 506
Target Start/End: Original strand, 12019266 - 12019391
Alignment:
Q  371 tgtataagttaatatc-aattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcatagga 469  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||          || |||  |||||||||| ||||||    
T  12019266 tgtataagttaacatccaattcaatggacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgttaa----------tgtatt-ggaattcttattatagga 12019354  T
Q  470 caattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
    |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12019355 caaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 12019391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 198 - 256
Target Start/End: Original strand, 9061358 - 9061416
Alignment:
Q  198 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  9061358 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 9061416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 358 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 9320736 - 9320596
Alignment:
Q  358 tgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaatt 457  Q
    ||||||||| || ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| | | |||||||||       ||||||    
T  9320736 tgagtttttgctatgtattagttgatgtcaattcaatggacccatcatatgatatattaagttaaactctatgct-ataggtcaaat-------tgaatt 9320645  T
Q  458 cttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
     |||| || ||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9320644 tttattatcggacaaggatactctaattactttgaagtctctacctttg 9320596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 133
Target Start/End: Original strand, 17566107 - 17566217
Alignment:
Q  23 tgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttggctgaatcgtgtttcag 122  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| | ||||| ||||  || | | |||||||    
T  17566107 tgaattatcaaactactaatgttgatgtttgggtgattaaagaatatggatttagagataattggtgtaaattgtttaccttgggcgagtggcgtttcag 17566206  T
Q  123 tttacctttga 133  Q
    | |||||||||    
T  17566207 tatacctttga 17566217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 44 - 189
Target Start/End: Original strand, 8579532 - 8579677
Alignment:
Q  44 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgag 143  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||| |  || ||||| |||| |  |||||||||| ||||||     
T  8579532 ttgaggtttgggtgatgaaaaaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttacttttgaggattcgtgcttcaataaacctttgagatctttgaa 8579631  T
Q  144 gattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagta 189  Q
    |  |||  ||||||| || ||||||||||  ||||||||| |||||    
T  8579632 gcctttgtgttattctagtgatagaagtaaagttctgttggaagta 8579677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 198 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 9291865 - 9291755
Alignment:
Q  198 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaa 297  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||    ||||||||||||||||||||||||   ||||| | || || |||||||||| ||||||| ||| |    
T  9291865 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttctacca 9291766  T
Q  298 ccttctttccc 308  Q
    ||||| |||||    
T  9291765 ccttccttccc 9291755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 7612057 - 7611974
Alignment:
Q  23 tgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttgg 106  Q
    |||||||| |||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  7612057 tgaattatgaaactattaagtttgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattgtttactttgg 7611974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 327 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 9364409 - 9364242
Alignment:
Q  327 aagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactc 426  Q
    |||||||||||||||||| || || ||   |||||| ||| || |||||||| || ||||  ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9364409 aagcaagagaaggtacttgttgtttat---ctgagtctttgctgtgtataagcta-tatccgttcaatgaacccatcatatgatatatgtacttaaactc 9364314  T
Q  427 catgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
     || || |||||||||||        |||||||||| |||||||||  | |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  9364313 tatatt-aaaggtcaaat-------ggaattcttattataggacaaggagtctctaattactttgaagtctatacctttg 9364242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 16269012 - 16268953
Alignment:
Q  197 agaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 256  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  16269012 agaagttgttttggtatgatttgaagagtgaacgagttagttatgttgaaggaattccta 16268953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 452 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 9291617 - 9291563
Alignment:
Q  452 tgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
    ||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9291617 tgaattcttattataggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 9291563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #37
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 198 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 10371780 - 10371683
Alignment:
Q  198 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtac 295  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||| | |||   ||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||||    
T  10371780 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaaattctaatttggatgatgctatggtttgtgttggtagtcttgtac 10371683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #38
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 371 - 408
Target Start/End: Original strand, 12006496 - 12006533
Alignment:
Q  371 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12006496 tgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatg 12006533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #39
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 401
Target Start/End: Original strand, 9065937 - 9066035
Alignment:
Q  310 aggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacc-------tgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggaccca 401  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||  |       |||||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  9065937 aggaaggagaatcgaacaaccaagagaaggtacttcttatttattttctaagttttgagttcttgctttgtacaagttaatatcagttcaatggaccca 9066035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #40
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 358 - 452
Target Start/End: Original strand, 9061545 - 9061636
Alignment:
Q  358 tgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 452  Q
    ||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||    
T  9061545 tgagtttttgctatgtataagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgct-aaaggttaaattgaattct 9061636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #41
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 312 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 10335670 - 10335584
Alignment:
Q  312 gaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacc 399  Q
    |||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||  | |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  10335670 gaagcagaatcgtacaagcaagggaaggtacttcttattgtttgactgagtttttgttgtgtataagtt-atatcagttcaatggacc 10335584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #42
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 198 - 256
Target Start/End: Original strand, 8573725 - 8573783
Alignment:
Q  198 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 256  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||   || ||||||||||||||||||||||    
T  8573725 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagtcagttatgttgaaggaattccta 8573783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #43
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 452 - 506
Target Start/End: Original strand, 12006544 - 12006598
Alignment:
Q  452 tgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
    |||||||||||  ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12006544 tgaattcttattttaggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 12006598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #44
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 198 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 10347707 - 10347650
Alignment:
Q  198 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcct 255  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||    |||||||||||||||||||||||    
T  10347707 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcct 10347650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 256
Target Start/End: Original strand, 8579703 - 8579762
Alignment:
Q  197 agaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| || |||| ||||||||||||    
T  8579703 agaagctgttttggtatgatctcaaaagtgaagaagttacttgtgttcaaggaattccta 8579762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 396 - 506
Target Start/End: Original strand, 8573931 - 8574035
Alignment:
Q  396 gacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagt 495  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| | |||||||||||| |||||| |     |  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8573931 gacccatcatatgatatatgtggttaaactctatgct-aaaggtcaaattaaattctta-----tcacataggacaaggattctctaattactttgaagt 8574024  T
Q  496 ctctacctttg 506  Q
     | ||||||||    
T  8574025 ttatacctttg 8574035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 452 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 10352789 - 10352735
Alignment:
Q  452 tgaattcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  10352789 tgaattcttatcataggataaggattctctaattactttgacgtctttacctttg 10352735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 256
Target Start/End: Original strand, 9065802 - 9065871
Alignment:
Q  187 gtagatcgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 256  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||||||| | |||||||||   |||| ||||||||||||| ||||||    
T  9065802 gtagatcatcagaagctcttttggtatgatttgaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttccta 9065871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #49
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 457 - 506
Target Start/End: Original strand, 9066089 - 9066138
Alignment:
Q  457 tcttatcataggacaattattctctaattattttgaagtctctacctttg 506  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  9066089 tcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 9066138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 308
Target Start/End: Original strand, 41966709 - 41967017
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||    |  |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41966709 agggtgtctttgtatggttgtggattatcaaactagcgatgttgatgtttgggtgatgaaagaatatcgatctagagatagctggtgtaaactttttact 41966808  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtga---ga 199  Q
    |||| | |||| ||||||| || | |||||| | | ||| || ||||||||| ||| |||||| |||| | |||||||||||||| |  |  |||   ||    
T  41966809 ttggttaaatcttgtttcacttcatctttgaaatccttgggggttttaggttgttctagcgatggaaggaaggttctgttgcaaggaattaatgatttga 41966908  T
Q  200 agctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattcctagggtggatcatgccatcatttgtgttggaagtcttgtacaacc 299  Q
    | ||||||||||||||| | |||||||||    ||| ||||||||||||||||||||   | ||| | |||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  41966909 aactgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattacttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagccatgttttgtgttggaagtcttgtaccacc 41967008  T
Q  300 ttctttccc 308  Q
    ||| |||||    
T  41967009 ttccttccc 41967017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 452
Target Start/End: Original strand, 41967067 - 41967192
Alignment:
Q  325 acaagcaagagaaggtacttcttattgattacctgagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaac 424  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| || || |||| ||||||||| ||| | || | | ||||||||||||||||  ||| || || ||||||    
T  41967067 acaagcaagagaaggtacttcttgttcattatcttagcttttgctttgtatatgtt-agattagtgcaatggacccatcatacaatacatgtacttaaac 41967165  T
Q  425 tccatgttaaaaggtcaaattgaattct 452  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||||    
T  41967166 tctatgtt-aaaggttaaattgaattct 41967192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 45243834 - 45243657
Alignment:
Q  6 gtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttg 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  45243834 gtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaatgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatatttggtgtaaactttttactttg 45243735  T
Q  106 gctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttg 183  Q
    | | |||||||||||| ||| | ||||  | ||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||  |||||||||    
T  45243734 gttaaatcgtgtttcaattttcatttggaatctttgaggcctttatgttattcgagtgatcgaagtaaagttctgttg 45243657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 45230575 - 45230452
Alignment:
Q  1 gaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatg---tttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaacttt 97  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||   |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  45230575 gaagagtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaataaaattgatgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaacttt 45230476  T
Q  98 ttactttggctgaatcgtgtttca 121  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||    
T  45230475 ttactttggttaaatcgtggttca 45230452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 32 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 45238059 - 45237908
Alignment:
Q  32 aaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttggctgaatcgtgtttcagtttaccttt 131  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| | | |    
T  45238059 aaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttagttgaatcgtgtttcaattttcatct 45237960  T
Q  132 gagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttg 183  Q
    || |   ||||||  |||| ||||||| |||||| ||||||  |||||||||    
T  45237959 gaaattgttgaggcctttatgttattcaagcgatcgaagtaaagttctgttg 45237908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 198 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 45230351 - 45230293
Alignment:
Q  198 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 256  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||   |||| | ||||| ||||||||||||    
T  45230351 gaagctgttttggtatgatttcaagagtgaacaagttactcatgttcaaggaattccta 45230293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 198 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 45243613 - 45243555
Alignment:
Q  198 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 256  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||    ||| ||||||| ||||||||||||    
T  45243613 gaagctgttttggtatgatctcaacagtgaacaacttacttatgttcaaggaattccta 45243555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 3 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 26574999 - 26574882
Alignment:
Q  3 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26574999 agggtgtctttgtatgactgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagttggtgtaaactttttact 26574900  T
Q  103 ttggctgaatcgtgtttc 120  Q
     ||| | |||||||||||    
T  26574899 gtggttaaatcgtgtttc 26574882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 561340 - 561165
Alignment:
Q  23 tgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttggctgaatcgtgtttcag 122  Q
    ||||| || ||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||  | | ||||||||||  |||  || ||||||    
T  561340 tgaataataaaactactaaggttgatgtttgggtaatgaaagaatatggatttagagatagttggtgtgtattgtttactttggaggaagtgtttttcag 561241  T
Q  123 tttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttgcaagtagatcgtgag 198  Q
    |  |||||| | | | | || |  ||||||||||||  | ||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||    
T  561240 tagaccttttacaccatggaagcctttaggttattctggtgatagaagtaaagttctgttggaagtagattgtgag 561165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 37462626 - 37462447
Alignment:
Q  7 tgtctttgtatgattgtgaattatcaaa---ctgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactt 103  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||   || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||     
T  37462626 tgtctttgtatgactgtgaattataaaaaaactactaaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttgtactg 37462527  T
Q  104 tggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttg 183  Q
    ||| | |||||||||||| || |||||||| | ||||||||  |||| ||||||| || ||| |||||| |||| |||||    
T  37462526 tggataaatcgtgtttcacttcacctttgaaatctttgaggcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttttgttg 37462447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 389 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 37462205 - 37462095
Alignment:
Q  389 ttcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaattattctctaattatt 488  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||||||||||||||||       ||||| | |||||||||  |||||||||||| |    
T  37462205 ttcattggacccatcatatgatatatgtagttaagttctatgctaaaaggtcaaattgaa-------ttcttgttataggacaaggattctctaattact 37462113  T
Q  489 ttgaagtctctacctttg 506  Q
    ||||||||||||||||||    
T  37462112 ttgaagtctctacctttg 37462095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 44 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 39427740 - 39427680
Alignment:
Q  44 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttacttt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| | ||||||||    
T  39427740 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatatagatatagttggtgtaaattgtttacttt 39427680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 7 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 4605 - 4510
Alignment:
Q  7 tgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 102  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||    
T  4605 tgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaactttttact 4510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 360 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 4208 - 4117
Alignment:
Q  360 agttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattct 452  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  || |||||  ||||||||||||||    
T  4208 agtttttgctgtgtataagttaatatctgttcaatggacccatcatatgatttatttagttaaactctgtgctaaaa-ctcaaattgaattct 4117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 36224520 - 36224454
Alignment:
Q  39 taaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttg 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  36224520 taaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttactttg 36224454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University