View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20712_high_3 (Length: 723)

Name: NF20712_high_3
Description: NF20712
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20712_high_3
NF20712_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-680)||(6623987-6624659)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 680
Target Start/End: Original strand, 6623987 - 6624659
Alignment:
Q  14 attatactaatgggaaatcaaattatgatatgtataatgaagtggcctgaataaaaattgacaggagccataattttattgtaggggcttactccttcat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6623987 attatactaatgggaaatcaaattatgatatgtataatgaagtggcctgaataaaaattgacaggagccagaattttattgtaggggcttactccttcat 6624086  T
Q  114 attcactccaaggaggctttcccgtgaacatttcaataattgtacaacccaaactccaaatatcaattgcaaaagctagatcagagctgttatctttatg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6624087 attcactccaaggaggctttcccgtgaacatttcaataattgtacaacccaaactccaaatatcaattgcaaaagctagatcagagctgttatctttatg 6624186  T
Q  214 tatgaccgcttgcataagctgtatgagaagcaagtttgagtaaagaacacgtgatacataaaagagtaatgtagagttcaaatatatacaaatatacctc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  6624187 tatgaccgcttgcataagctgtatgagaagcaagtttgagtaaagaacacgtgatacataagagagtaatttagagttcaaatat--acaaatatacctc 6624284  T
Q  314 tggagccatccaatatggacttcctttcaaagacagatcagcagaatgcccagttagctgtggaaacagagattccaagactattaataggcgcaaagta 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6624285 tggagccatccaatatggacttcctttcaaagacagatcagcagaatgcccagttagctgtggaaacagagattccaagactattaataggtgcaaagta 6624384  T
Q  414 actactggcaacaaattggtggtgaaagctactaaaattcaaaagaaaggataattctatgtcatacataactcaaactaaagaacatataaaacttaga 513  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6624385 actactggcagcaaattggtggtgaaagctactaaaattcaaaagaaaggataattctatgtcatacataattcaaactaaagaacatataaaacttaga 6624484  T
Q  514 gaagcacacagttctaaaagcaaacgtataaacatcacaatcatatccgagtaatgaaaattaataga--------tgatcacccatatatgctgcaaga 605  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  6624485 gaagcacactgttctaaaagcaaacgtataaacatcacaatcatatccgagtaatgaaaattaatagatgatcagttgatcacccatatatgctgcaaga 6624584  T
Q  606 agtttcgttagtcaattgcaactgaaccggcttgaatgggtaatagaattgttgatttcaaacaagcaaaataaa 680  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6624585 agtttcgttagtcaattgcaactgaaccggcttgaatgggtaatagaattgttgatttcaaacaagcaaaataaa 6624659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University