View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20712_high_6 (Length: 562)

Name: NF20712_high_6
Description: NF20712
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20712_high_6
NF20712_high_6
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (18-550)||(30656258-30656793)
chr1 (19-415)||(30689452-30689848)
chr1 (22-415)||(30698335-30698731)
chr1 (19-415)||(30671554-30671953)
chr1 (22-288)||(30718622-30718888)
chr1 (18-414)||(30710210-30710618)
chr1 (22-153)||(16252066-16252197)
chr1 (76-153)||(33042601-33042678)
chr1 (91-134)||(30623894-30623937)
chr1 (22-86)||(15815152-15815216)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (79-225)||(56539186-56539332)
chr4 (262-314)||(56539355-56539407)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (86-130)||(38337630-38337674)
chr2 (79-137)||(4420146-4420204)
chr2 (81-129)||(6507664-6507712)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 30656793 - 30656258
Alignment:
Q  18 gaaaagaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30656793 gaaaagaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggttaggaacatttgatagtgctgaagatgctgct 30656694  T
Q  118 ttagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30656693 ttagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatg 30656594  T
Q  218 attgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagaaaggcactatgaacaaagaaagatgttatcaaaaggtgtaaaga---ataaagcagggaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||     
T  30656593 attgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagttgttatcaaaaggtgtaaagaataataaagcagggag 30656494  T
Q  315 acaagatgaatcagaaggatcaagtgtattggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaaccatatctgataatcaaactacaagc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30656493 acaagatgaatcagaaggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaaccatatctgataatcaaactacaagc 30656394  T
Q  415 aacttctactgaagtaattcgtatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaaacaattatttagctagggcattccattgaaccatgtgcttcttcaagttct 514  Q
    ||||||||||||||| |||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30656393 aacttctactgaagttattcgtatcttttgttttttgtaatttttgtaaacaattatttagctagggcattccattgaaccatgtgcttcttcaagttct 30656294  T
Q  515 agatgcagtgttttcctctattcagtactcgagtat 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30656293 agatgcagtgttttcctctattcagtactcgagtat 30656258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 19 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 30689848 - 30689452
Alignment:
Q  19 aaaagaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctt 118  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||| || || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30689848 aaaagaccttggggaaagtatgcagcagagatcagagacacaacaagaggaggaagaagggtttggcttggaacatttgatagtgctgaagatgctgctt 30689749  T
Q  119 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30689748 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggttatgatgctgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 30689649  T
Q  219 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagaaaggcactatgaacaaagaaagatgttatcaaaaggtgtaaagaataaagcagggaaacaa 318  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30689648 ttgcagagaagggtcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagatgttatcaaaaggtgtaaagaataaagcagggaaacaa 30689549  T
Q  319 gatgaatcagaaggatcaagtgtattggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaaccatatctgataatcaaactacaagca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  30689548 gatgaatcagaaggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctatccatatctgataatcaaagtacaagca 30689452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 22 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 30698731 - 30698335
Alignment:
Q  22 agaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttag 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || || || |||||||| || || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30698731 agaccttgggggaaatttgctgcagagatcagagatacaacaagaggaggaagaagagtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttag 30698632  T
Q  122 cttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatgattg 221  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30698631 cttatgatcaagctgcattctcaatgagaggtaataatgctgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatgattg 30698532  T
Q  222 cagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagaaaggcactatgaacaaagaaagatgttatcaaaaggtgtaaag---aataaagcagggaaacaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||   ||||||||||||||||||    
T  30698531 cagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagaaaggcactatgaacaaagaaaaatgttatcaaaagctacaaagaataataaagcagggaaacaa 30698432  T
Q  319 gatgaatcagaaggatcaagtgtattggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaaccatatctgataatcaaactacaagca 415  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  30698431 gatgaatcagagggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatctcgagcaacttctaacaatatctgataatcaaagttcaagca 30698335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 30671953 - 30671554
Alignment:
Q  19 aaaagaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30671953 aaaagaccttgggggaaatatgctgcagaaataagagacacaacaaggggtggtaaaagggtttggcttggaacatttgacagtgctgaagatgctgctt 30671854  T
Q  119 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671853 tagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgccgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatga 30671754  T
Q  219 ttgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagaaaggcactatgaacaaagaaagatgttatcaaaaggtgtaaag---aataaagcagggaaa 315  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| || || || |||| |||||||||||| ||||||||||||| |  ||||   |||||||||||||||    
T  30671753 ttgcagagaagggtcttcacctgcacttgcactcaaggagagacactgtgaacaaagaaaaatgttatcaaaagctacaaagaataataaagcagggaaa 30671654  T
Q  316 caagatgaatcagaaggatcaagtgtattggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaaccatatctgataatcaaactacaagca 415  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||| |||||| ||||||||    
T  30671653 caagatcaatcagagggatcaagtgttttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttttaactatgtcagatcatcaaagtacaagca 30671554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 30718888 - 30718622
Alignment:
Q  22 agaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttag 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || || || |||||||| || || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30718888 agaccttgggggaaatttgctgcagagattagagatacaacaagaggaggaagaagggtttggcttggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttag 30718789  T
Q  122 cttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatgattg 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30718788 cttatgatcaagctgcattttcaatgagaggttatgatgctgtgctcaatttttctgttcaaagggtcaaagaatctttgcaagcgattcaatatgattg 30718689  T
Q  222 cagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagaaaggcactatgaacaaagaaagatgttatca 288  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30718688 cagagaagggtcttcacctgcacttgcactaaaagagaggcactatgaacaaagaaagatgttatca 30718622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 30710618 - 30710210
Alignment:
Q  18 gaaaagaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgct 117  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30710618 gaaaagacgttggggaaaatatgctgcagaaatcagagatacaacaagaggaggaagaagggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgct 30710519  T
Q  118 ttagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaacttttctgtccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30710518 ttagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctttcctcaatttttctttcgaaagcgtcaaagaatctttgcaagagattcaatatg 30710419  T
Q  218 attgcagaaaaggatcttcacctgcacttgcactaaaagaaaggcactatgaacaaagaaa---gatgtta---tcaaaaggtgtaaagaataaagcagg 311  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||  | ||||||||    | || |   |||||| ||  ||||  |||||||||    
T  30710418 attgcagaaaagggtcttcacctgcacttgcactcaaagagagacactacaaccaaagaaaattaaggtcatcgtcaaaaagtaaaaagggtaaagcagg 30710319  T
Q  312 gaaa---caagatgaatcagaagg---atcaagtgtattggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaaccatatctgataatcaa 405  Q
    ||||   |||||   | |||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || |||||||||    
T  30710318 gaaatttcaagaatcagcagagggatcatcaagtgtgttggtgttagaggatttgggagttgaatatcttgagcaacttctaagtatgtcagataatcaa 30710219  T
Q  406 actacaagc 414  Q
    | |||||||    
T  30710218 agtacaagc 30710210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 16252197 - 16252066
Alignment:
Q  22 agaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttag 121  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  |||| ||   ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  || ||  |||    
T  16252197 agaccatgggggaaatttgcagcagaaataagggattcaactagacatggcataagggtatggttaggaacatttgatagtgctgaagcagcagcactag 16252098  T
Q  122 cttatgatcaagctgcattttcaatgagaggt 153  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16252097 cttatgatcaagctgctttttcaatgagaggt 16252066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 76 - 153
Target Start/End: Original strand, 33042601 - 33042678
Alignment:
Q  76 agggtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggt 153  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  33042601 agggtgtggctaggaacctttgatagtgcagaagctgctgctttggcttatgatcaagcagctttttccatgagaggt 33042678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 30623937 - 30623894
Alignment:
Q  91 acatttgatagtgctgaagatgctgctttagcttatgatcaagc 134  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30623937 acatttgatacagctgaagctgctgctttagcttatgatcaagc 30623894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 22 - 86
Target Start/End: Original strand, 15815152 - 15815216
Alignment:
Q  22 agaccttgggggaaatatgctgcagaaataagggacacaacaaggggtggcaaaagggtttggct 86  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || || ||| |||| || || | ||||||||||||    
T  15815152 agaccttgggggaaatttgctgcagaaatcagagatacagcaagaggaggaagaagggtttggct 15815216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 79 - 225
Target Start/End: Original strand, 56539186 - 56539332
Alignment:
Q  79 gtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttagcttatgatcaagctgcattttcaatgagaggtaataatgctgtgctcaacttttctg 178  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  56539186 gtttggcttggaacatttgacagtgctgaggatgctgctttagcttacgatcaagctgcattttcattgagaggtaataatgttgtgctcaatttttctg 56539285  T
Q  179 tccaaaaggtcaaagaatctttgcaagagattcaatatgattgcaga 225  Q
    | |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  56539286 ttcaaagggtcaaaggatatttgcaagagattcaatatgattgcaga 56539332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 262 - 314
Target Start/End: Original strand, 56539355 - 56539407
Alignment:
Q  262 cactatgaacaaagaaagatgttatcaaaaggtgtaaagaataaagcagggaa 314  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  56539355 cactgtgaacaaagaaagatgttatccaaaggtgtaaatagtaaagcagggaa 56539407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 130
Target Start/End: Original strand, 38337630 - 38337674
Alignment:
Q  86 taggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttagcttatgatc 130  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  38337630 taggaacatttgatactgcagaagatgctgctttagcctatgatc 38337674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 79 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 4420204 - 4420146
Alignment:
Q  79 gtttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttagcttatgatcaagctgc 137  Q
    |||||||| || ||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  4420204 gtttggcttggtacatttgatacagctgaacaagctgctttagcttatgataaagctgc 4420146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 6507712 - 6507664
Alignment:
Q  81 ttggctaggaacatttgatagtgctgaagatgctgctttagcttatgat 129  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||    
T  6507712 ttggttaggaacatttgatactgctcaagaagctgcttttgcttatgat 6507664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University