View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20713_low_1 (Length: 1123)

Name: NF20713_low_1
Description: NF20713
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20713_low_1
NF20713_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-1104)||(38608365-38609468)
chr8 (1-1104)||(38793148-38794251)
chr8 (68-1105)||(38120719-38121759)
chr8 (113-223)||(34592844-34592957)
chr8 (1-45)||(34592970-34593014)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (68-1105)||(28730296-28731333)
chr4 (1-181)||(33078483-33078642)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1022-1105)||(31529204-31529287)
chr1 (1022-1105)||(51801272-51801355)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1023-1105)||(34875933-34876015)
[»] scaffold0082 (1 HSPs)
scaffold0082 (852-997)||(34038-34183)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 856; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1104
Target Start/End: Complemental strand, 38609468 - 38608365
Alignment:
Q  1 actaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaatagagat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38609468 actaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttcatagagat 38609369  T
Q  101 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609368 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacc 38609269  T
Q  201 tgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagagcagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  38609268 tgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggag 38609169  T
Q  301 aatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagatagtatcataagcagccgcaataggattgatatg 400  Q
    ||||| ||| ||| |  |||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609168 aatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgcaataggattgatatg 38609069  T
Q  401 cggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcattggcgctgatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  38609068 cggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtc 38608969  T
Q  501 actcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttttcaagatcagcgatagacaagt 600  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  38608968 actcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagatcggcgatcgacaagt 38608869  T
Q  601 aatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagagccagagaatatagaaagatcatccacggcgaaaatagtcatgttgttgag 700  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38608868 aataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgag 38608769  T
Q  701 agttatgagctctgcgtattttaccttcattgcgagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcgctgtgtctcgtagcatgaggcgcata 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||     
T  38608768 agttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcattgcatctcgtagcatgaggcgcatt 38608669  T
Q  801 atagcaggaagcacggtggcgccgggactgtgaacatgagcactggaacggtgatcaggatgaaacggaaaggagagtgaagtcattctctcaacgtcgc 900  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38608668 atagcagggagcacggtgacgccgtgagtgtgaacgtgagcactggaacggtgatcaggatgaaacggaaaggagagtgaagtcattctctcaacgtcac 38608569  T
Q  901 aagaaaacggagaaagcgtagaggcgaaaccttgaaggccgtgaacaacaaccattccgttgttgaatagatctggttgagtaatctcaacgcctccgat 1000  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  38608568 aagaaaacggagaaagtgtagagacgaaaccttgaaggccgtgaacaacaaccattccgttgttgaatagatccggttgagcaatctcaacgcctccgat 38608469  T
Q  1001 gaagactttcggagcaccgctggaagtgctgttcggatgaatcgactcggaagtgacggttatgcaacgtccaggactgagagtctcgatcttggtgcca 1100  Q
    ||| ||||| |||||||||| || |||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  38608468 gaaaacttttggagcaccgccggtagtaatgttcgaatgaatcgaatcggaagtgacggttatgcaacggcctggactgagcgtctcgatcttggtgcca 38608369  T
Q  1101 aaag 1104  Q
    ||||    
T  38608368 aaag 38608365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 856; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1104
Target Start/End: Complemental strand, 38794251 - 38793148
Alignment:
Q  1 actaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaatagagat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38794251 actaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttcatagagat 38794152  T
Q  101 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794151 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacc 38794052  T
Q  201 tgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagagcagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  38794051 tgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggag 38793952  T
Q  301 aatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagatagtatcataagcagccgcaataggattgatatg 400  Q
    ||||| ||| ||| |  |||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793951 aatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgcaataggattgatatg 38793852  T
Q  401 cggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcattggcgctgatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  38793851 cggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtc 38793752  T
Q  501 actcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttttcaagatcagcgatagacaagt 600  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  38793751 actcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagatcggcgatcgacaagt 38793652  T
Q  601 aatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagagccagagaatatagaaagatcatccacggcgaaaatagtcatgttgttgag 700  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38793651 aataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgag 38793552  T
Q  701 agttatgagctctgcgtattttaccttcattgcgagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcgctgtgtctcgtagcatgaggcgcata 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||     
T  38793551 agttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagcctgagcattgcatctcgtagcatgaggcgcatt 38793452  T
Q  801 atagcaggaagcacggtggcgccgggactgtgaacatgagcactggaacggtgatcaggatgaaacggaaaggagagtgaagtcattctctcaacgtcgc 900  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38793451 atagcagggagcacggtgacgccgtgagtgtgaacgtgagcactggaacggtgatcaggatgaaacggaaaggagagtgaagtcattctctcaacgtcac 38793352  T
Q  901 aagaaaacggagaaagcgtagaggcgaaaccttgaaggccgtgaacaacaaccattccgttgttgaatagatctggttgagtaatctcaacgcctccgat 1000  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  38793351 aagaaaacggagaaagtgtagagacgaaaccttgaaggccgtgaacaacaaccattccgttgttgaatagatccggttgagcaatctcaacgcctccgat 38793252  T
Q  1001 gaagactttcggagcaccgctggaagtgctgttcggatgaatcgactcggaagtgacggttatgcaacgtccaggactgagagtctcgatcttggtgcca 1100  Q
    ||| ||||| |||||||||| || |||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||    
T  38793251 gaaaacttttggagcaccgccggtagtaatgttcgaatgaatcgaatcggaagtgacggttatgcaacggcctggactgagcgtctcgatcttggtgcca 38793152  T
Q  1101 aaag 1104  Q
    ||||    
T  38793151 aaag 38793148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 843; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 1105
Target Start/End: Original strand, 38120719 - 38121759
Alignment:
Q  68 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcat---catcatcgaagcatcgcactcacagg 164  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  38120719 tgtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcatcgaagcatcgcactcacagg 38120818  T
Q  165 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  38120819 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagtagtgacatcagcagcacaaccaccacgtccatcag 38120918  T
Q  265 gagcagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaa 364  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38120919 gagcagagcaggtttcttccgtggcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccgatgctccttcacctcctaa 38121018  T
Q  365 gatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaacctta 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38121019 gatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaacctta 38121118  T
Q  465 actctcacatagttaatcctcattggcgctgatgccactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttc 564  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121119 actctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttc 38121218  T
Q  565 caactggaagcttttcaagatcagcgatagacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagagccagagaatataga 664  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  38121219 caaccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatataga 38121318  T
Q  665 aagatcatccacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcattgcgagggagaggatgctgaaaccgttattacgg 764  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121319 aagatcatcaacagcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatagcaagggagaggatgctgaaaccgttattacgg 38121418  T
Q  765 agcctgagcgctgtgtctcgtagcatgaggcgcataatagcaggaagcacggtggcgccgggactgtgaacatgagcactggaacggtgatcaggatgaa 864  Q
    ||||| | |  ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38121419 agccttaccattgcatctcgtagcatgaggcgcataatagcagggagcacggtggcgccgggagtgtgaacatgagcaccggaacggtgatcaggatgaa 38121518  T
Q  865 acggaaaggagagtgaagtcattctctcaacgtcgcaagaaaacggagaaagcgtagaggcgaaaccttgaaggccgtgaacaacaaccattccgttgtt 964  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121519 acggaaaggagagagaactcattctctcaacgtcgcaagaaaacggagaaagcttagaggcgaaaccttgaaggccgtgaacaacaaccattccgttgtt 38121618  T
Q  965 gaatagatctggttgagtaatctcaacgcctccgatgaagactttcggagcaccgctggaagtgctgttcggatgaatcgactcggaagtgacggttatg 1064  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38121619 gaatagatccggttgagtaatctcaacgcctccgatgaagacttttggagcactgccggaagtgttgttctgatgaatcgactcggaagtgacggttacg 38121718  T
Q  1065 caacgtccaggactgagagtctcgatcttggtgccaaaagc 1105  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38121719 caacggccgggactgagagtctcaatcttggtgccaaaagc 38121759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 113 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 34592957 - 34592844
Alignment:
Q  113 agaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatg 209  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |    
T  34592957 agaaagaagtaaaccgcaatcttcatcatcatcattgaagcatcacactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcctgacccgaggcacg 34592858  T
Q  210 ggagacacacctgc 223  Q
    ||||||||||||||    
T  34592857 ggagacacacctgc 34592844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 34593014 - 34592970
Alignment:
Q  1 actaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcacttt 45  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34593014 actaaacaacaatgcaagttaactacaaattcagagtttcacttt 34592970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 1105
Target Start/End: Original strand, 28730296 - 28731333
Alignment:
Q  68 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggcca 167  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||| || |||| |||||||||||||    
T  28730296 tgtaaacttattaactacaaatttcatatagttttacttcagcagagaaagaagtaaatcgcaatcttcgtcatgatcaaaccatcacactcacaggcca 28730395  T
Q  168 tggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagag 267  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  28730396 tggtgatcttcaatctcaaacattggcctgacctgaggcatgggagacacacctgttgcagcagtgacatcagcagcacagccaccacgcccatcaagag 28730495  T
Q  268 cagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagat 367  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28730496 cagagcaggtttcttcagtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacctgctccttccgatgctccttcacctcctaagat 28730595  T
Q  368 agtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaact 467  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||     
T  28730596 agtatcataagcatccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactatgcacaactatcttcacattacggatgacgtcagcaaccttcacc 28730695  T
Q  468 ctcacatagttaatcctcattggcgctgatgccactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaa 567  Q
    || ||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730696 ctaacatagttaatcctcatcggtgctaatgtcactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaa 28730795  T
Q  568 ctggaagcttttcaagatcagcgatagacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagagccagagaatatagaaag 667  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  28730796 ctggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaacgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaag 28730895  T
Q  668 atcatccacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcattgcgagggagaggatgctgaaaccgttattacggagc 767  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730896 atcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctcttcgtattttaccttcattgcaagggagaggatgctgaaaccgttattacggagc 28730995  T
Q  768 ctgagcgctgtgtctcgtagcatgaggcgcataatagcaggaagcacggtggcgccgggactgtgaacatgagcactggaacggtgatcaggatgaaacg 867  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730996 ctgagcgttgtgtctcgtagcatgaggcgcataatagcaggaagcacggtggcgccgggagtgtgaacatgagcactggaacggtgatcaggatgaaacg 28731095  T
Q  868 gaaaggagagtgaagtcattctctcaacgtcgcaagaaaacggagaaagcgtagaggcgaaaccttgaaggccgtgaacaacaaccattccgttgttgaa 967  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28731096 gaaaggagagtgaagtcattctctcaacgtcgcaagaaaacggagaaagcgtagaggcgaaaccttgaaggccgtgaacaacaaccattccgttgttgaa 28731195  T
Q  968 tagatctggttgagtaatctcaacgcctccgatgaagactttcggagcaccgctggaagtgctgttcggatgaatcgactcggaagtgacggttatgcaa 1067  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  28731196 tagatctggttgagtaatctcaacgcctccgatgaatacttttggagcaccgccggaagtgctgttcggatgaatcgactcggaagtgacagttacgcaa 28731295  T
Q  1068 cgtccaggactgagagtctcgatcttggtgccaaaagc 1105  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28731296 cggccgggactgagagtctcgatcttggtgccaaaagc 28731333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 33078642 - 33078483
Alignment:
Q  1 actaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaatagagat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||      |||||||||||||||||||||||             
T  33078642 actaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcacttttgtacatgaacaacagt------gtaaacttattaactacaaattt--------- 33078558  T
Q  101 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaat 181  Q
             ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33078557 ---------cagagaaagaagtaaaccgcgatcttcatcatcatcattgaagcatcgcagtcacagcccatggtgatcttcaat 33078483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 2e-27; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1022 - 1105
Target Start/End: Original strand, 31529204 - 31529287
Alignment:
Q  1022 ggaagtgctgttcggatgaatcgactcggaagtgacggttatgcaacgtccaggactgagagtctcgatcttggtgccaaaagc 1105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31529204 ggaagtgttgttcggatgaatcgactcggaagtgacggttacgcaacggccgggactgagagtctcaatcttggtgccaaaagc 31529287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1022 - 1105
Target Start/End: Original strand, 51801272 - 51801355
Alignment:
Q  1022 ggaagtgctgttcggatgaatcgactcggaagtgacggttatgcaacgtccaggactgagagtctcgatcttggtgccaaaagc 1105  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51801272 ggaagtgttgttcggatgaatcgaatcggaagtgacgattacgcaacggccgggactgagagtctcgatcttggtgccaaaagc 51801355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1023 - 1105
Target Start/End: Complemental strand, 34876015 - 34875933
Alignment:
Q  1023 gaagtgctgttcggatgaatcgactcggaagtgacggttatgcaacgtccaggactgagagtctcgatcttggtgccaaaagc 1105  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34876015 gaagtgttgttcggatgaatcgactcggaagtgatggttacgcaacggccgggactgagagtctcgatcttggtgccaaaagc 34875933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0082 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0082
Description:

Target: scaffold0082; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 852 - 997
Target Start/End: Original strand, 34038 - 34183
Alignment:
Q  852 tgatcaggatgaaacggaaaggagagtgaagtcattctctcaacgtcgcaagaaaacggagaaagcgtagaggcgaaaccttgaaggccgtgaacaacaa 951  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||| |||| ||| |    
T  34038 tgatctggatggaacgggaacgagagcgaggtcatcctctccacgtcgcaataaaacggagagagcggagagatgaaaccttgaaggccatgaataacca 34137  T
Q  952 ccattccgttgttgaatagatctggttgagtaatctcaacgcctcc 997  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||||    
T  34138 ccatgccgttgttgaagagatcaggttgcgtgatctccacccctcc 34183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University