View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20713_low_2 (Length: 774)

Name: NF20713_low_2
Description: NF20713
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20713_low_2
NF20713_low_2
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-753)||(38608716-38609468)
chr8 (1-753)||(38793499-38794251)
chr8 (68-753)||(38120719-38121407)
chr8 (113-223)||(34592844-34592957)
chr8 (1-45)||(34592970-34593014)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (68-753)||(28730296-28730981)
chr4 (1-181)||(33078483-33078642)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 38609468 - 38608716
Alignment:
Q  1 actaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaatagagat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38609468 actaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttcatagagat 38609369  T
Q  101 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609368 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacc 38609269  T
Q  201 tgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagagcagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  38609268 tgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggag 38609169  T
Q  301 aatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagatagtatcataagcagccgcaataggattgatatg 400  Q
    ||||| ||| ||| |  |||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609168 aatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgcaataggattgatatg 38609069  T
Q  401 cggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcattggcgctgatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  38609068 cggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtc 38608969  T
Q  501 actcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttttcaagatcagcgatagacaagt 600  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  38608968 actcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagatcggcgatcgacaagt 38608869  T
Q  601 aatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagagccagagaatatagaaagatcatccacggcgaaaatagtcatgttgttgag 700  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38608868 aataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgag 38608769  T
Q  701 agttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaac 753  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608768 agttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaac 38608716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 38794251 - 38793499
Alignment:
Q  1 actaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaatagagat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38794251 actaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttcatagagat 38794152  T
Q  101 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794151 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacc 38794052  T
Q  201 tgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagagcagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  38794051 tgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccgtcgcctgacctggag 38793952  T
Q  301 aatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagatagtatcataagcagccgcaataggattgatatg 400  Q
    ||||| ||| ||| |  |||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793951 aatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgcaataggattgatatg 38793852  T
Q  401 cggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcattggcgctgatgcc 500  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  38793851 cggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtc 38793752  T
Q  501 actcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttttcaagatcagcgatagacaagt 600  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  38793751 actcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaactggaagcttctcaagatcggcgatcgacaagt 38793652  T
Q  601 aatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagagccagagaatatagaaagatcatccacggcgaaaatagtcatgttgttgag 700  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38793651 aataattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagaaccggagaatatagaaagatcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgag 38793552  T
Q  701 agttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaac 753  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793551 agttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaac 38793499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 753
Target Start/End: Original strand, 38120719 - 38121407
Alignment:
Q  68 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcat---catcatcgaagcatcgcactcacagg 164  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  38120719 tgtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcatcgaagcatcgcactcacagg 38120818  T
Q  165 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaa 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  38120819 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagtagtgacatcagcagcacaaccaccacgtccatcag 38120918  T
Q  265 gagcagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaa 364  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38120919 gagcagagcaggtttcttccgtggcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccgatgctccttcacctcctaa 38121018  T
Q  365 gatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaacctta 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38121019 gatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaacctta 38121118  T
Q  465 actctcacatagttaatcctcattggcgctgatgccactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttc 564  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121119 actctcacatagttaatcctcatcggcgctgatgtcactcctccgccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttc 38121218  T
Q  565 caactggaagcttttcaagatcagcgatagacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagagccagagaatataga 664  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  38121219 caaccggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatataga 38121318  T
Q  665 aagatcatccacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaac 753  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38121319 aagatcatcaacagcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatagcaagggagaggatgctgaaac 38121407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 113 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 34592957 - 34592844
Alignment:
Q  113 agaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatg 209  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |    
T  34592957 agaaagaagtaaaccgcaatcttcatcatcatcattgaagcatcacactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcctgacccgaggcacg 34592858  T
Q  210 ggagacacacctgc 223  Q
    ||||||||||||||    
T  34592857 ggagacacacctgc 34592844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 34593014 - 34592970
Alignment:
Q  1 actaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcacttt 45  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34593014 actaaacaacaatgcaagttaactacaaattcagagtttcacttt 34592970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 753
Target Start/End: Original strand, 28730296 - 28730981
Alignment:
Q  68 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggcca 167  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||| || |||| |||||||||||||    
T  28730296 tgtaaacttattaactacaaatttcatatagttttacttcagcagagaaagaagtaaatcgcaatcttcgtcatgatcaaaccatcacactcacaggcca 28730395  T
Q  168 tggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagag 267  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  28730396 tggtgatcttcaatctcaaacattggcctgacctgaggcatgggagacacacctgttgcagcagtgacatcagcagcacagccaccacgcccatcaagag 28730495  T
Q  268 cagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagat 367  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28730496 cagagcaggtttcttcagtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacctgctccttccgatgctccttcacctcctaagat 28730595  T
Q  368 agtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaact 467  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||     
T  28730596 agtatcataagcatccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactatgcacaactatcttcacattacggatgacgtcagcaaccttcacc 28730695  T
Q  468 ctcacatagttaatcctcattggcgctgatgccactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaa 567  Q
    || ||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730696 ctaacatagttaatcctcatcggtgctaatgtcactcctccaccggaagtagtgatcagaagcggctgacctcgctccaatgtaggcagagcagttccaa 28730795  T
Q  568 ctggaagcttttcaagatcagcgatagacaagtaatgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatgtacgattgagagccagagaatatagaaag 667  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  28730796 ctggaagcttctcaagatcggcgattgacaagtaacgattcggtatgatatggaatcgcacattgctgatatacgattgagaaccggagaatatagaaag 28730895  T
Q  668 atcatccacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctctgcgtattttaccttcatcgcaagggagaggatgctgaaac 753  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28730896 atcatcaacggcgaaaatagtcatgttgttgagagttatgagctcttcgtattttaccttcattgcaagggagaggatgctgaaac 28730981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 33078642 - 33078483
Alignment:
Q  1 actaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaatagagat 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||      |||||||||||||||||||||||             
T  33078642 actaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcacttttgtacatgaacaacagt------gtaaacttattaactacaaattt--------- 33078558  T
Q  101 tcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaat 181  Q
             ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33078557 ---------cagagaaagaagtaaaccgcgatcttcatcatcatcattgaagcatcgcagtcacagcccatggtgatcttcaat 33078483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University