View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20714_high_1 (Length: 434)

Name: NF20714_high_1
Description: NF20714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20714_high_1
NF20714_high_1
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (18-424)||(1086960-1087363)
chr7 (80-414)||(1558919-1559255)
chr7 (87-414)||(1594525-1594852)
chr7 (141-414)||(1552170-1552440)
chr7 (114-359)||(2335949-2336191)
chr7 (82-367)||(1602757-1603051)
chr7 (141-354)||(1104294-1104510)
chr7 (141-358)||(1542914-1543131)
chr7 (125-287)||(2319597-2319756)
chr7 (114-361)||(3956879-3957123)
chr7 (196-361)||(3851666-3851828)
chr7 (114-361)||(2327808-2328052)
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (125-410)||(7627-7912)
scaffold0491 (125-367)||(3043-3288)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (125-367)||(18751297-18751539)
chr8 (125-367)||(18741237-18741482)
chr8 (125-367)||(18746201-18746446)
chr8 (123-287)||(18755490-18755655)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 18 - 424
Target Start/End: Original strand, 1086960 - 1087363
Alignment:
Q  18 aataagagtgaccaaccgagcatgctagtcacacaacattataaaggnnnnnnnnnnctttcttatggtcattcattagatctaatgcaaaaatttatga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1086960 aataagagtgaccaaccgagcatgctagtcacacaacattataaaggttttttttc---ttcttatggtcattcattagatctaaagcaaaaatttatga 1087056  T
Q  118 actacacaaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgc---cac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  1087057 actacacaaaatatttagtttcaaatttctttgatccaaaaatgtggattgcctttcttattatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgctgccac 1087156  T
Q  215 aatgacatctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaat 314  Q
     |||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  1087157 tatgacatctca---acttcaaatggaagcaaatgctataataaagagtggatggtggaacacttctgatgcacgtttcaatatatctgatcgttgtaat 1087253  T
Q  315 tggcatgatatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaatagattcttggggaagtcaacttgcaacacttaacatgtctactttcaact 414  Q
    ||||||||||||| |||||| | || |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1087254 tggcatgatatattttgcaacggtgttggaagcataaatgcaatcaaaatagactcttggggaagtcaacttgcaacacttaacttgtctactttcaact 1087353  T
Q  415 tctcttcttt 424  Q
    | ||| ||||    
T  1087354 tgtctacttt 1087363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 80 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 1559255 - 1558919
Alignment:
Q  80 ttatggtcattcattagatctaatgcaaaaatttatgaactacacaaaa--tatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttc 177  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||  ||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||     
T  1559255 ttatggtcattcattagatctaaaacaaaaatttatgaactatagaaaaaatatataatttcaaatttccttggtccaaaaatgttgattgcctttctta 1559156  T
Q  178 ttatttgcagtttgattgtgggaactcaatc---tgccacaatgacatctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaa 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||  ||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1559155 ttatttgcagtttgattgtgggaactcaatccgctgccactgtgacatctca---acttcaaatggaagcaaatgctatatcgaatagtggatggtggaa 1559059  T
Q  275 cacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatgatatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaatagattcttgg 374  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||    
T  1559058 cacctctgatgcacgattcaatatctctgatcgttgtaattggcatgatatatgttgcaacgatgatggaagcataaaagctatcaacatagacccttgg 1558959  T
Q  375 ggaagtcaacttgcaacacttaacatgtctactttcaact 414  Q
     ||  || |||||||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  1558958 agatctccacttgcaacacccaacttgtctactctcaact 1558919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 87 - 414
Target Start/End: Original strand, 1594525 - 1594852
Alignment:
Q  87 cattcattagatctaatgcaaaaatttatgaactacacaaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgca 186  Q
    |||||||||||||| | | |||||  ||||||||  | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  1594525 cattcattagatctcaagaaaaaaaatatgaacttgagaaaatatttaatttcaaattcctttggtccaaaaatgatgattgcctttcttcttatttgca 1594624  T
Q  187 gtttgattgtgggaactcaatctgccacaatgacatctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgc 286  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||| |||||| |    
T  1594625 gtctgactgtgggaactcaatctgccaaaacgacatctcataaacttcaaatggaagcaaatgcaataataaagagtggatggtggaacacatctgatcc 1594724  T
Q  287 acgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatgatatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaatagattcttggggaagtcaactt 386  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||  | | |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  1594725 actctttaatatctctgatcgttgtaattggtatgatatattttgtaacaaggctggaagcataaaagcaatcaaaatagaaccctggggaagtcaactt 1594824  T
Q  387 gcaacacttaacatgtctactttcaact 414  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||    
T  1594825 gcaacacttaacttgtctactttcaact 1594852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 141 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 1552440 - 1552170
Alignment:
Q  141 aatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatct---gccacaatgacatctcatcaacttcaaa 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||| | |||||||| |||   || ||  ||||||||||   ||||||||    
T  1552440 aatttctttggtccaaaaatgtggattgcctttcttactatttgcggtttgattatcggaactcagtcttctgctactgtgacatctca---acttcaaa 1552344  T
Q  238 tagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatgatatatcttgcaatga 337  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||    
T  1552343 tggaagcaaatgcaatattaaatagtggatggtggaacacgtctgaagcatgcttcaacatctctgatcgttgtacttgggatgatatattttgcaacga 1552244  T
Q  338 tgatggaagcataaaagcaatcaaaatagattcttggggaagtcaacttgcaacacttaacatgtctactttcaact 414  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||    ||||||||  ||||||||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  1552243 cgctggaagcataaaagcaatcaaaataga---ctggggaagcaaacttgcaacacccaacttgtctactctcaact 1552170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 114 - 359
Target Start/End: Original strand, 2335949 - 2336191
Alignment:
Q  114 atgaactacacaaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgcca 213  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||| |||||||||||||| || | ||| ||||| || |||||||||||||    
T  2335949 atgaacttaacaaaatatttagtttccaattcctatggtccaaaaatgaggatggtctttcttcttatctggattttcattgtaggtactcaatctgcca 2336048  T
Q  214 caatgacatctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaa 313  Q
    |||||| |||   |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||| |||||  ||| ||||||    
T  2336049 caatgaaatc---tcaacttcaaatggaagcaaatgctataatgaatagtggatggtggaacacgtctgatgcatatttcaacatctccaatctttgtaa 2336145  T
Q  314 ttggcatgatatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatc 359  Q
     |||| ||| |||  ||||||  | | |||||||||||||| ||||    
T  2336146 atggcttgagataatttgcaacaaggctggaagcataaaagaaatc 2336191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 82 - 367
Target Start/End: Original strand, 1602757 - 1603051
Alignment:
Q  82 atggtcattcattagatctaatgcaaaaatttatgaactacacaaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttat 181  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||   ||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||| |||||||    
T  1602757 atggtcattcattagatctcaagaaaaagagtatgaacttgatcaaatatttagtttcaaatttctttggttcaaaaatatggatgctcttttttcttat 1602856  T
Q  182 ttgcagtttgattgtgggaactcaatctgccacaa---tgacatctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacact 278  Q
    |||   |||||||||||||| |||||||||  | |   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||      
T  1602857 ttgggatttgattgtgggaattcaatctgctgctactgtgacatctcatcaacttcaaatggaagcaaatgctatattgaatagtggatgggtgaacata 1602956  T
Q  279 -----tctgatgcacg-cttcaatatctctgatcgttgtaattggcatgatatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaataga 367  Q
         | || | |  | || |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |  |||||||||||||||||||| |||||    
T  1602957 gacaatatggttcctgactacaatatatctaatcgttgtaattggcctgatataacttgcaacgaagtaggaagcataaaagcaatcaacataga 1603051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 141 - 354
Target Start/End: Original strand, 1104294 - 1104510
Alignment:
Q  141 aatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgccacaa---tgacatctcatcaacttcaaa 237  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||  ||||| ||| ||||||| |||||||||| |||| | |||||||  | |   |||||||||||||||||||||    
T  1104294 aatttctttggttcaaacatgtggatgctcttttttcctatttgcggtttgattgttggaattgaatctgctgctactgtgacatctcatcaacttcaaa 1104393  T
Q  238 tagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatgatatatcttgcaatga 337  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||| |  ||| ||||||| |     
T  1104394 tggaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaatgtgtctgatgcacgcttcattattcgtgatcgttgtaattggcaagccataacttgcaacgt 1104493  T
Q  338 tgatggaagcataaaag 354  Q
     | ||||||||||||||    
T  1104494 ggctggaagcataaaag 1104510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 141 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 1543131 - 1542914
Alignment:
Q  141 aatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgc---cacaatgacatctcatcaacttcaaa 237  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||  ||||| ||| || |||| |||||||||| |||||||||||| |   |||  ||||||||||   ||||||||    
T  1543131 aatttctttggttcaaacatgtggatgctcttttttcctacttgcggtttgattgtcggaactcaatctactcccactgtgacatctca---acttcaaa 1543035  T
Q  238 tagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatgatatatcttgcaatga 337  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||| |||   |||||||||||||||| | |  ||| ||||||| ||    
T  1543034 tggaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaatgtgtatgatgcacgcttcattattcgtgatcgttgtaattggaaagccataacttgcaacga 1542935  T
Q  338 tgatggaagcataaaagcaat 358  Q
     | ||||||||||| ||||||    
T  1542934 ggctggaagcataatagcaat 1542914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 125 - 287
Target Start/End: Original strand, 2319597 - 2319756
Alignment:
Q  125 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgccacaatgacatct 224  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||| || |||||||     
T  2319597 aaaatacttagtttccaatttctatggtcagaaaatgtggatggtctttcttcttatttggcctttcattgtgggtactcaatctgcctcagtgacatc- 2319695  T
Q  225 catcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgca 287  Q
      ||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  2319696 --tcaacctcatatggaagcaaatgcgatattaaatagtggatggtggaatacctctgatgca 2319756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 114 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 3957123 - 3956879
Alignment:
Q  114 atgaactacacaaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgcca 213  Q
    |||||||  |||||||||||   ||| ||| ||| | |||||||||||||||   | |||||||||| |||  ||||| |  |||| ||||||| || ||    
T  3957123 atgaacttgacaaaatatttttgttctaatatctatagtccaaaaatgtggaagatttttcttcttacttggggtttgttcatggggactcaatttgtca 3957024  T
Q  214 caatgacatctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaa 313  Q
     | ||||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||  |||||||||     
T  3957023 tagtgacatctca---acttcaaatggaagcaaatgcaatactaaatagtgaatggtggaacacatctgatgcagacttcaatatctccaatcgttgtag 3956927  T
Q  314 ttggcatgatatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaa 361  Q
    ||||  |  ||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||    
T  3956926 ttggtctagtatatcttgcaatgaggctggaagtataaaagaaatcaa 3956879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 196 - 361
Target Start/End: Original strand, 3851666 - 3851828
Alignment:
Q  196 tgggaactcaatctgccacaatgacatctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaa 295  Q
    |||| ||||||| ||||| | ||||||||||   ||||||||| |||||||||||  || | |||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||    
T  3851666 tggggactcaatttgccatagtgacatctca---acttcaaatggaagcaaatgcagtagtcaatagtggattgtggaatacatctgatgcacacttcaa 3851762  T
Q  296 tatctctgatcgttgtaattggcatgatatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaa 361  Q
    ||||||  ||||||||| ||||  |  ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||    
T  3851763 tatctccaatcgttgtagttggtctagtatatcttgcaatgaggctggaagcataaaagaaatcaa 3851828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 114 - 361
Target Start/End: Original strand, 2327808 - 2328052
Alignment:
Q  114 atgaactacacaaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgcca 213  Q
    |||||||  |||||||||||| || | ||||||  |  ||||||||||||| | ||||||||||||| |||  |||||||  |||| |||| |||||       
T  2327808 atgaacttgacaaaatatttatttcctaatttcaatattccaaaaatgtgggtggtctttcttcttacttggggtttgatcatggggactcgatctgggg 2327907  T
Q  214 caatgacatctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaa 313  Q
    |||||||||||||   ||||||||| |||||| ||| ||||   |||| |||||||||| |||||| || || | |||||||||| ||  ||||||| ||    
T  2327908 caatgacatctca---acttcaaatggaagcagatgttatacaaaataatggatggtggtacacttatggtggaggcttcaatatatccaatcgttgcaa 2328004  T
Q  314 ttggcatgatatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaa 361  Q
    ||||| ||  |||||||||||  | | |||||| ||||||||||||||    
T  2328005 ttggcctgccatatcttgcaacaaggttggaagtataaaagcaatcaa 2328052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 125 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 7912 - 7627
Alignment:
Q  125 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgccacaatgacatct 224  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7912 aaaatatttaatttcaaatttctttggtccaaaaatgtggatggtctttcttcttatttgcggtttggttgagggaactcaatctgccacaatgacatct 7813  T
Q  225 catcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatgata 324  Q
    ||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  7812 ca---acttcaaatggaagcaaatgctatattaaatagtggatggtggaacacttctgatgcaaacttcaatatctctaatcgttgtaattggcatggta 7716  T
Q  325 tatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaatagat---tcttggggaagtcaacttgcaacacttaacatgtctactttc 410  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||   |||| ||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7715 tatcttgcaacgatgctggaagcataatagcaatcaacataaattactctttggggaatgaacttgcaacacttaacttgtctactttc 7627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 125 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 3288 - 3043
Alignment:
Q  125 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttat---ttgcagtttgattgtgggaactcaatctgccacaatgaca 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3288 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggatggtctttcttcttataatttgtggtttggttgagggaactcaatctgccacaatgaca 3189  T
Q  222 tctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatg 321  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  3188 tctcatcaacttcaaatggaagcaaatgctatattaaatagtggatggtggaacacttctgatgcaaacttcaatatctctgatcgttgtcatgggcatg 3089  T
Q  322 atatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaataga 367  Q
     ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||| || |||||    
T  3088 gtatattttgcaacgatgctggaagcataatagcaattaagataga 3043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 125 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 18751539 - 18751297
Alignment:
Q  125 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatctgccacaatgacatct 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18751539 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggatggtctttcttcttatttgcggtttggttgagggaactcaatctgccacaatgacatct 18751440  T
Q  225 catcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatgata 324  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  18751439 catcaacttcaaatggaagcaaatgctatattaaatagtggatggtggaacacttcttatgcagacttcaatatctctgatcgttgtcatgggcatggta 18751340  T
Q  325 tatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaataga 367  Q
    ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||| || |||||    
T  18751339 tattttgcaacgatgctggaagcataatagcaattaagataga 18751297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 125 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 18741482 - 18741237
Alignment:
Q  125 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttat---ttgcagtttgattgtgggaactcaatctgccacaatgaca 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18741482 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggatggtctttcttcttataatttgtggtttggttgagggaactcaatctgccacaatgaca 18741383  T
Q  222 tctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatg 321  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  18741382 tctcatcaacttcaaatggaagcaaatgctatattaaatagtggatggtggaacacttctgatgcaaacttcaatatctctgatcgttgtcatgggcatg 18741283  T
Q  322 atatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaataga 367  Q
     ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||| || |||||    
T  18741282 gtatattttgcaacgatgctggaagcataatagcaattaagataga 18741237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 125 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 18746446 - 18746201
Alignment:
Q  125 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttat---ttgcagtttgattgtgggaactcaatctgccacaatgaca 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18746446 aaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggatggtctttcttcttataatttgtggtttggttgagggaactcaatctgccacaatgaca 18746347  T
Q  222 tctcatcaacttcaaatagaagcaaatgctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgcacgcttcaatatctctgatcgttgtaattggcatg 321  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  18746346 tctcatcaacttcaaatggaagcaaatgctatattaaatagtggatggtggaacacttctgatgcaaacttcaatatctctgatcgttgtcatgggcatg 18746247  T
Q  322 atatatcttgcaatgatgatggaagcataaaagcaatcaaaataga 367  Q
     ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||| || |||||    
T  18746246 gtatattttgcaacgatgctggaagcataatagcaattaagataga 18746201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 123 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 18755655 - 18755490
Alignment:
Q  123 acaaaatatttagtttcaaatttctttggtccaaaaatgtggattgtctttcttcttatttgcagtttgattgtgggaactcaatc---tgccacaatga 219  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||||  || |||| | ||||||||||||   ||| |||||||    
T  18755655 acaaaatatttagtttcaaatttcattggtccaaatatgtggaatgcctttcttcttatttggggtgtgatcgagggaactcaatcttttgctacaatga 18755556  T
Q  220 catctcatcaacttcaaatagaagcaaatg-ctatattgaatagtggatggtggaacacttctgatgca 287  Q
    |||   ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||| | |||||||    
T  18755555 cat---atcaatttcaaatggaagcaaatgcctatattaaaccgtggatggtggaacacgtttgatgca 18755490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University