View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20717_low_3 (Length: 458)

Name: NF20717_low_3
Description: NF20717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20717_low_3
NF20717_low_3
[»] chr1 (24 HSPs)
chr1 (18-448)||(15009336-15009766)
chr1 (18-448)||(15030434-15030864)
chr1 (18-448)||(15023453-15023883)
chr1 (31-448)||(15000743-15001163)
chr1 (33-448)||(15015751-15016169)
chr1 (35-373)||(14534526-14534867)
chr1 (18-335)||(14501886-14502203)
chr1 (21-359)||(15035212-15035553)
chr1 (18-315)||(14465779-14466079)
chr1 (18-326)||(14480674-14480997)
chr1 (18-326)||(14524596-14524904)
chr1 (385-448)||(15031161-15031224)
chr1 (385-448)||(15036155-15036218)
chr1 (385-448)||(15024252-15024315)
chr1 (385-448)||(15031593-15031656)
chr1 (380-448)||(15009914-15009982)
chr1 (380-448)||(15031012-15031080)
chr1 (385-448)||(15024108-15024171)
chr1 (385-448)||(15031449-15031512)
chr1 (370-448)||(14503102-14503180)
chr1 (385-447)||(14533804-14533866)
chr1 (385-448)||(14533659-14533722)
chr1 (385-448)||(15009847-15009910)
chr1 (385-448)||(15030945-15031008)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (18-356)||(5184-5525)
scaffold0400 (18-359)||(10683-11024)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (18-356)||(5828-6169)
scaffold0365 (18-359)||(11326-11667)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (199-272)||(16023082-16023155)
chr7 (199-272)||(16101174-16101247)
chr7 (199-272)||(16170852-16170925)
chr7 (199-272)||(14603611-14603684)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 448
Target Start/End: Original strand, 15009336 - 15009766
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15009336 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcaacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctattgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 15009435  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
15009436 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcgaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 15009535  T
218 ttggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15009536 ttggactaaaaggtacacttcagagtctcaacttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 15009635  T
318 ccatattggagagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtcgattaacaatctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttggat 417  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
15009636 ccaaattggagagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtcgattaacaatctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttagat 15009735  T
418 acgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||    
15009736 actattgacctttcacaaaatactctctctg 15009766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 448
Target Start/End: Original strand, 15030434 - 15030864
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15030434 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcaacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctattgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 15030533  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
15030534 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcgaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 15030633  T
218 ttggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15030634 ttggactaaaaggtacacttcagagtctcaacttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 15030733  T
318 ccatattggagagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtcgattaacaatctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttggat 417  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
15030734 ccaaattggagagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtcgattaacaatctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttagat 15030833  T
418 acgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||    
15030834 actattgacctttcacaaaatactctctctg 15030864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 448
Target Start/End: Original strand, 15023453 - 15023883
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
15023453 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcaacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctattgaagtggaaaacaagccttgacaaccatagcagg 15023552  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
15023553 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcgaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 15023652  T
218 ttggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 317  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||    
15023653 ttggattaaacggtactcttcaaagtctcaatttctcatcacttccgaaaatacacaccttagttttaacaaacaactccttgtatggagttattccaca 15023752  T
318 ccatattggagagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtcgattaacaatctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttggat 417  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15023753 ccatattggagagatgtctagtctgaaaactcttaatttgtcgattaacaatctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttggat 15023852  T
418 acgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||    
15023853 agtattgacctttcacaaaataatctctctg 15023883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 31 - 448
Target Start/End: Original strand, 15000743 - 15001163
Alignment:
31 acatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagggcatttctctctt 130  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
15000743 acatcacctcatgctgcaagaaaaaaccaaggtagtgaggttgatgctctgttgaaatggaaggcaagccttgacaaccacagcagggcattgctctctt 15000842  T
131 catggattggtaataatccttgtggt---tgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaatattggactaaa 227  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
15000843 catggattggcaataatccttgtagtagttgggaaggaatcacgtgtgattatcaatcaaaatccatcaacatgataaatctcaccaatattggactaaa 15000942  T
228 aggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccacaccatattgga 327  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
15000943 aggtacgcttcaaactctcaatttctcatcacttacaaaaatccacaccttagttttaacaaacaacttcttgcacggagttgttccacaccatattgga 15001042  T
328 gagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtcgattaacaatctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacc 427  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
15001043 gagatgtctagtctaaaaactcttgatttgtcggttaacaatctcgctgagtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttagatactattgacc 15001142  T
428 tttcacaaaataatctctctg 448  Q
    |||||||||||| ||||||||    
15001143 tttcacaaaatactctctctg 15001163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 33 - 448
Target Start/End: Original strand, 15015751 - 15016169
Alignment:
33 atcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagggcatttctctcttca 132  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||| ||  |||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||  ||||| |||||||||    
15015751 atcacctcatgctgcaacaaaaatcaaaggccgtgaggcagagtctctgttgaagtggaaagaaagctttgacaaccaaagcaaagcattactctcttca 15015850  T
133 tggattggtaataatccttgtggt---tgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaatattggactaaaag 229  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15015851 tggattggtaataatccttgtagtagctgggaaggaatcacatgtgatgatgattcaaaatccatcaacaaggtaaatctcaccaatattggactaaaag 15015950  T
230 gtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccacaccatattggaga 329  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||    
15015951 gtacacttcaaagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccgtaccttagttttaagaaacaacttcctgtacggcattgttccacaccatattggaga 15016050  T
330 gatgtctagtctcaaaactcttaatttgtcgattaacaatctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctt 429  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
15016051 gatgtctagtctaaaaactcttgatttgtcgattaacaatctttttggatcaataccactatccataggtaatttgattaatttggatactattaacctt 15016150  T
430 tcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||| |||||||| ||||||    
15016151 tcagaaaataatatctctg 15016169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 35 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 14534867 - 14534526
Alignment:
35 cacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagggcatttctctcttcatg 134  Q
    ||||| ||||||| |||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || || |||||||||||    
14534867 caccttatgctgcaacaaatgaccaaggcagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaagcaagccttgacaaccatagcaatgctttgctctcttcatg 14534768  T
135 gattggtaataatccttgtggt---tgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaatattggactaaaaggt 231  Q
    |||||| |||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
14534767 gattggcaataatccttgtagtagttgggaaggaatcacgtgtgattataaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcactgatattggactaaaaggt 14534668  T
232 acgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccacaccatattggagaga 331  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14534667 acgcttcaaagtctcaatttctcatcacttacaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccacaccatattggagaga 14534568  T
332 tgtctagtctcaaaactcttaatttgtcgattaacaatctct 373  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||    
14534567 tgtctagtctaaaaactcttgatttgtcagttaacaatctct 14534526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Original strand, 14501886 - 14502203
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || |||    
14501886 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcaacaataatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaagcaagccttgacaacaacagtagg 14501985  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 217  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
14501986 gcattgctttcttcatggaatggtaataatccttgtagttgggaaggaatcacatgtgataatgattcaaaatccatcaacaaggtaaatctcactgata 14502085  T
218 ttggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 317  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  || || |||| |||||||||    
14502086 ttggactaaaaggtacgcttcaaagtctcaatttatcatcacttccaaaaatccgcaccttagttttaaaaaacaactcattctatggagctgttccaca 14502185  T
318 ccatattggagagatgtc 335  Q
    ||||||||||| ||||||    
14502186 ccatattggagtgatgtc 14502203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 359
Target Start/End: Original strand, 15035212 - 15035553
Alignment:
21 tgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagggca 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||    
15035212 tgtaattgccacatcacctcatgctgcaacaaaaatcaaaggcagtgaggcagatgctctgttgaagtggaaagcaagccttgacaaccacaacagggca 15035311  T
121 tttctctcttcatggattggtaataatcctt---gtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 217  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
15035312 ttgctctcttcatggattggtaataatccttgtagtagttgggaaggaatcacatgtgatgatgattcaaaatccatcaacaaggtaaatctcaccaata 15035411  T
218 ttggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 317  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |  | | |||||||||||  | ||||| ||| ||||| || ||||||||    
15035412 ttggactaaaaggtacgcttcaaactctcaatttctcatcacttccgaaattgaaaagtttagttttaagcagcaactccttctacggtgtagttccaca 15035511  T
318 ccatattggagagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtc 359  Q
    ||||||||| |  ||||| | |||  |||||||| |||||||    
15035512 ccatattggtgtaatgtccaatctagaaactcttgatttgtc 15035553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 315
Target Start/End: Original strand, 14465779 - 14466079
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    |||||| || || |||||| ||||| |||| ||||||||| || | || ||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| |    
14465779 gtttgttatggccacatcatctcatactgcaacaaaaatcaaaagcagtgagacagatgctctgttgaagtggaaagcaagctttgacaaccaaagcaag 14465878  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggt---tgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcacca 214  Q
     || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
14465879 acactactctcttcatggattggtaataatccttgtagtagttgggaaggaatcacatgtgatgatgaatcaaaatcaatctacaaggtaaatctcacca 14465978  T
215 atattggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttcc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| | |||||||| ||| || |||||| ||||    
14465979 atattggactaaaaggtacgcttcaaactctcaatttctcatcacttccaaaaatccaagaattagttttgagaaacaactccttctatggagttattcc 14466078  T
315 a 315  Q
    |    
14466079 a 14466079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 326
Target Start/End: Original strand, 14480674 - 14480997
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||   |||||| |||||| | |||||| |||||||| || ||||||||| ||||| ||||||| || |||| |    
14480674 gtttgtaatggttacatcacctcatgctgatgcaaaaaaccaaggcaacgaggcagatgctcttttaaagtggaaagcaagctttgacaaacaaagcaag 14480773  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggt---------------tgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaagg 202  Q
    | | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||               |||||||||||||  |||||| || | ||||| || || ||||||     
14480774 gaaatactctcttcatggattggtaataatccttgtagtagtattggactaagttgggaaggaatcatatgtgataataactcaaaatctattaacaaga 14480873  T
203 taaatctcaccaatattggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgta 302  Q
    || ||||||||| | ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| | |||||||||||| ||    
14480874 tagatctcaccagttttgaactaaaaggtacacttcaaagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccaaaaattagttttgagaaacaacttcttcta 14480973  T
303 cggagttgttccacaccatattgg 326  Q
     |||||| ||||| ||||||||||    
14480974 tggagttattccataccatattgg 14480997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 14524904 - 14524596
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    ||||||||| || |||||||||| |||| |  |||| || ||| | ||||||||  ||||| | ||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |    
14524904 gtttgtaatggccacatcacctcttgcttcagcaaatatgcaaagcagcgaggcaaatgctttattgaaatggaaagcaagctttgacaaccaaagcaag 14524805  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 217  Q
     | || ||||||||||||||||||||||| |||||   |||||  |||||||| ||||||    | ||||| || ||| ||||| || ||||  | | ||    
14524804 tctttgctctcttcatggattggtaataagccttgcaattgggtgggaatcacatgtgatggcaagtcaaaatctatctacaagatacatcttgcaagta 14524705  T
218 ttggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 317  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||  || || ||||||||||||||    
14524704 ttggactaaaaggtacacttcaaaatctcaatatctcatcacttccaaaaatccatagcttagttttaagaaacaactcattctatggagttgttccaca 14524605  T
318 ccatattgg 326  Q
    |||||||||    
14524604 ccatattgg 14524596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 15031161 - 15031224
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
15031161 ccaccttccataggtaacttgatcaatttggatantattgacctttcacaaaataatctctctg 15031224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 15036155 - 15036218
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||    
15036155 ccaccttccataggtaatttgattaatttggattctattcacctttcactaaataatctctctg 15036218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 15024252 - 15024315
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||  |||||||||||||||||||||||    
15024252 ccaccttccataggtaatttgattaatttggattacatttccctttcacaaaataatctctctg 15024315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 15031593 - 15031656
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||  |||||||||||||||||||||||    
15031593 ccaccttccataggtaatttgattaatttggattacatttccctttcacaaaataatctctctg 15031656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 380 - 448
Target Start/End: Original strand, 15009914 - 15009982
Alignment:
380 caatcccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||  |||||||||||||||||||||||    
15009914 caattccaccttccataggtaatttgattaatttggattacttttccctttcacaaaataatctctctg 15009982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 380 - 448
Target Start/End: Original strand, 15031012 - 15031080
Alignment:
380 caatcccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||  |||||||||||||||||||||||    
15031012 caattccaccttccataggtaatttgattaatttggattacttttccctttcacaaaataatctctctg 15031080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 15024108 - 15024171
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||    
15024108 ccaccttccataggaaatttgataaatttggatactatttacctttcaaaaaatcatctctctg 15024171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 15031449 - 15031512
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||    
15031449 ccaccttccataggaaatttgataaatttggatactatttacctttcaaaaaatcatctctctg 15031512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 370 - 448
Target Start/End: Original strand, 14503102 - 14503180
Alignment:
370 ctctttgggtcaatcccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||  |||||  |||||||| |||||||    
14503102 ctctctgggccaatcccaccatccataggtaatttggttaatttgaattctattatcctttttcaaaataacctctctg 14503180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 385 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 14533866 - 14533804
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctct 447  Q
    ||||| |||||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
14533866 ccaccttccataggtaacctggttaatttggatactattgacctttcagaaaataaactctct 14533804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 14533722 - 14533659
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| |||||||||||  || ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||    
14533722 ccaccttccataggtaacatggttaatttggatactatttacctttcagaaaataaactctctg 14533659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 15009847 - 15009910
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||  |||| |||||||||    
15009847 ccaccttccataggtaacttgatcaatttggatattattgacctttcaagaaatcatctctctg 15009910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 385 - 448
Target Start/End: Original strand, 15030945 - 15031008
Alignment:
385 ccaccatccataggtaatttgattaatttggatacgattgacctttcacaaaataatctctctg 448  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||  |||| |||||||||    
15030945 ccaccttccataggtaacttgatcaatttggatattattgacctttcaagaaatcatctctctg 15031008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 356
Target Start/End: Original strand, 5184 - 5525
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||| |  |||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||    
5184 gtttgtaatagccacatcacctcatgccacaacaaaaatccaaggcagcgaagtagatgttctattgaagtggaaagcaagctttgacaaccatagtagg 5283  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggt---tgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcacca 214  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||  |||||||| ||   |||||||||||||| |||  | |||| ||||| || |||  |||| ||||||||||||    
5284 gcattgctctcttcatggatcggtaacgatccttgtagtagttgggaaggaatcacatgttgtgatgactcaaaatctatctgcaagttaaatctcacca 5383  T
215 atattggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttcc 314  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||    
5384 atattggcctaaaaggtatgcttcaaagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccgcatcttagttttaaaaaacaattccttttacggagttgttcc 5483  T
315 acaccatattggagagatgtctagtctcaaaactcttaattt 356  Q
     ||||||||||| | |||||| | |||  |||||||| ||||    
5484 tcaccatattggggtgatgtcaaatctggaaactcttgattt 5525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 359
Target Start/End: Original strand, 10683 - 11024
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||  ||| | ||||||||  ||||| | ||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |    
10683 gtttgtaatggcaacatcacctcatgcttcgtcaaaaacgcaaagcagcgaggcaaatgctttattgaaatggaaagcaagctttgacaaccaaagcaag 10782  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 217  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| |||||   |||||  |||||||| ||||||    | ||||| || ||| ||||| || ||||  | | ||    
10783 tcattgctctcttcatggattggtaataagccttgcaattgggtgggaatcacatgtgatggcaagtcaaaatctatctacaagatacatcttgcaagta 10882  T
218 ttggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 317  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||  || |  ||||||||||||||    
10883 ttggactaaaaggtacacttcaaaatctcaatatctcatcacttccaaaaatccatagcttagttttaagaaacaactcattctttggagttgttccaca 10982  T
318 ccatattggagagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtc 359  Q
     |||||||| |  ||||| | |||  |||||||| |||||||    
10983 tcatattggtgtaatgtccaatctagaaactcttgatttgtc 11024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 356
Target Start/End: Original strand, 5828 - 6169
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||| |  |||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||    
5828 gtttgtaatagccacatcacctcatgccacaacaaaaatccaaggcagcgaagtagatgttctattgaagtggaaagcaagctttgacaaccatagtagg 5927  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggt---tgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcacca 214  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||  |||||||| ||   |||||||||||||| |||  | |||| ||||| || |||  |||| ||||||||||||    
5928 gcattgctctcttcatggatcggtaacgatccttgtagtagttgggaaggaatcacatgttgtgatgactcaaaatctatctgcaagttaaatctcacca 6027  T
215 atattggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttcc 314  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||    
6028 atattggcctaaaaggtatgcttcaaagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccgcatcttagttttaaaaaacaattccttttacggagttgttcc 6127  T
315 acaccatattggagagatgtctagtctcaaaactcttaattt 356  Q
     ||||||||||| | |||||| | |||  |||||||| ||||    
6128 tcaccatattggggtgatgtcaaatctggaaactcttgattt 6169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 359
Target Start/End: Original strand, 11326 - 11667
Alignment:
18 gtttgtaattgcaacatcacctcatgctgcgacaaaaatccaaggtagcgaggctgatgctctgttgaagtggaaatcaagccttgacaaccatagcagg 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||  ||| | ||||||||  ||||| | ||||| |||||| ||||| |||||||||| |||| |    
11326 gtttgtaatggcaacatcacctcatgcttcgtcaaaaacgcaaagcagcgaggcaaatgctttattgaaatggaaagcaagctttgacaaccaaagcaag 11425  T
118 gcatttctctcttcatggattggtaataatccttgtggttgggaaggaatcacgtgtgattatgaatcaaagtccatcaacaaggtaaatctcaccaata 217  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| |||||   |||||  |||||||| ||||||    | ||||| || ||| ||||| || ||||  | | ||    
11426 tcattgctctcttcatggattggtaataagccttgcaattgggtgggaatcacatgtgatggcaagtcaaaatctatctacaagatacatcttgcaagta 11525  T
218 ttggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatccacactttagttttaacaaacaacttcttgtacggagttgttccaca 317  Q
    |||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||  || |  ||||||||||||||    
11526 ttggactaaaaggtacacttcaaaatctcaatatctcatcacttccaaaaatccatagcttagttttaagaaacaactcattctttggagttgttccaca 11625  T
318 ccatattggagagatgtctagtctcaaaactcttaatttgtc 359  Q
     |||||||| |  ||||| | |||  |||||||| |||||||    
11626 tcatattggtgtaatgtccaatctagaaactcttgatttgtc 11667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 272
Target Start/End: Original strand, 16023082 - 16023155
Alignment:
199 aaggtaaatctcaccaatattggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatcca 272  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
16023082 aaggtaaatctcacaaatatgggattgaaaggtacgcttgaaagtcttaacttctcatcacttccaaatatcca 16023155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 272
Target Start/End: Original strand, 16101174 - 16101247
Alignment:
199 aaggtaaatctcaccaatattggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatcca 272  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
16101174 aaggtaaatctcacaaatatgggattgaaaggtacgcttgaaagtcttaacttctcatcacttccaaatatcca 16101247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 272
Target Start/End: Original strand, 16170852 - 16170925
Alignment:
199 aaggtaaatctcaccaatattggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatcca 272  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
16170852 aaggtaaatctcacaaatatgggattgaaaggtacgcttgaaagtcttaacttctcatcacttccaaatatcca 16170925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 199 - 272
Target Start/End: Original strand, 14603611 - 14603684
Alignment:
199 aaggtaaatctcaccaatattggactaaaaggtacgcttcagagtctcaatttctcatcacttccaaaaatcca 272  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| | |||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
14603611 aaggtaaatctgacaaatatgggattgaaaggtacgctcgaaagtcttaacttctcatcacttccaaatatcca 14603684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University