View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20717_low_9 (Length: 380)

Name: NF20717_low_9
Description: NF20717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20717_low_9
NF20717_low_9
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (15-380)||(4864592-4864957)
chr7 (28-322)||(4711202-4711499)
chr7 (22-322)||(4637528-4637831)
chr7 (25-322)||(4654173-4654473)
chr7 (28-322)||(4845130-4845427)
chr7 (22-303)||(4696318-4696599)
chr7 (27-322)||(4782950-4783251)
chr7 (47-303)||(4673402-4673664)
chr7 (27-322)||(4815379-4815680)
chr7 (25-301)||(4644372-4644648)
chr7 (25-256)||(4663367-4663604)
chr7 (27-111)||(4667617-4667701)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (27-73)||(18925115-18925161)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 380
Target Start/End: Original strand, 4864592 - 4864957
Alignment:
Q  15 tgctttcgaaggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaactt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864592 tgctttcgaaggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaactt 4864691  T
Q  115 gagagagagatacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864692 gagagagagatacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaag 4864791  T
Q  215 taaagagatttttgttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaaggtagtatttgttgtggagccacaaccgatggctaaactgaaatcagg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864792 taaagagatttttgttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaaggtagtatttgttgaggagccacaaccgatggctaaactgaaatcagg 4864891  T
Q  315 gctgtatgctattgatttagctactnnnnnnnngaataggaaaaggagagatagtagggtgatttt 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864892 gctgtatgctattgatttagctactaaaaaaaagaataggaaaaggagagatagtagggtgatttt 4864957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 28 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 4711499 - 4711202
Alignment:
Q  28 tcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgagagagagatac 127  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||| | || ||||||||| |   |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  4711499 tcaaagttttggtatgaagttgggtaaaaatgaaggctaataaaaacaggggtgttagtgatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagagatac 4711400  T
Q  128 gcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagagattttt 227  Q
    |||||||||||  |||||| ||||| || |||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||      
T  4711399 gcgcggttgtgagtggaatatcgatattggaaagggaattaggtgatgatttaagagatgggtttgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttga 4711300  T
Q  228 gttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaag---gtagtatttgttgtggagccacaaccgatggctaaactgaaatcagggctgtatg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||   ||||| ||||||| | ||||||||  |||||||||| || |||||||| ||||||    
T  4711299 gttatcaatattatcaccaacccaaattcgactatctaaggcagtagtgtttgttgagaagccacaattgatggctaaattgtaatcagggttgtatg 4711202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 22 - 322
Target Start/End: Original strand, 4637528 - 4637831
Alignment:
Q  22 gaaggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgagagag 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  4637528 gaaggttcaaagttttgataagatgtagggtaaaaatgaagacgaagaaaaacagtggaattagtgatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagag 4637627  T
Q  122 agatacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagag 221  Q
    | | ||| |||  ||||||||||| || ||| |||||   |||| ||| |  |   |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4637628 aaacacgtgcgtgtgtgtatggaacttggatatttgagagggaattagcttgtacattaaaagatgggtttgtggtttttggttcaatgaaagtaaagag 4637727  T
Q  222 atttttgttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaaggtagtatt---tgttgtggagccacaaccgatggctaaactgaaatcagggctg 318  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||  ||||||||||  |||||||||| || |||||||| ||    
T  4637728 atttttgttattaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaaggcagtattgtcggttaaggagccacaattgatggctaaattgtaatcagggttg 4637827  T
Q  319 tatg 322  Q
    ||||    
T  4637828 tatg 4637831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 322
Target Start/End: Original strand, 4654173 - 4654473
Alignment:
Q  25 ggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgagagagaga 124  Q
    |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||   ||||||||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  4654173 ggttcaaatttttgatacgaagtagggtaaaaatgaaggcggttaaaaacaggggaagtagtgatgttagaaaatgagtatgtgaaatatgagagagaga 4654272  T
Q  125 tacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagagatt 224  Q
    |||| ||||||||| |||||||||   | |||||   ||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  4654273 tacgtgcggttgtgaatggaatttgagtatttgagagggaactacgtggtgttgtaagagatgggttcgtggtttttggttcaatgaaagtaaagatatt 4654372  T
Q  225 tttgttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaaggtagta---tttgttgtggagccacaaccgatggctaaactgaaatcagggctgtat 321  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||   | ||||  |||||||||| |||| |||||| || |||||||| |||||    
T  4654373 tttgttatcaatattctcaccaatccaaattcgtttatctaaggtagtagtgtctgttagggagccacaatcgatagctaaattgtaatcagggttgtat 4654472  T
Q  322 g 322  Q
    |    
T  4654473 g 4654473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 28 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 4845427 - 4845130
Alignment:
Q  28 tcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgagagagagatac 127  Q
    |||||||| || || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||     
T  4845427 tcaaagttctggtatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaataaaaacaggggaactaggaatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagaaagagatat 4845328  T
Q  128 gcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagagattttt 227  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| || |||  |||| |||| |||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||      
T  4845327 gcgcggttgtgaatggaatttggatattggaaagggaattaggagatgatttaaaagatggatttgtggtttttggttcaatgaaggtaaagagatttga 4845228  T
Q  228 gttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaagg---tagtatttgttgtggagccacaaccgatggctaaactgaaatcagggctgtatg 322  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    | | ||||||| ||| ||||||  |||||||||| || |||||||| ||||||    
T  4845227 gttatcaatattatcaccaatccaaattcgtttatctaaggcaacattgtttgttgaggaaccacaattgatggctaaattgtaatcagggttgtatg 4845130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 4696599 - 4696318
Alignment:
Q  22 gaaggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgagagag 121  Q
    ||||||||||||||| | || || || |||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||| ||| ||| || ||||||||| |||||||||    
T  4696599 gaaggttcaaagtttcggtacgaagtcgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacaggggaagtagtgatgctaggaaaagagtatgtgaaatttgagagag 4696500  T
Q  122 agatacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagag 221  Q
    ||| ||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||   ||   |||||| | || ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| | ||||||    
T  4696499 agacacgtgcggttgtgaatggaatttggatatttgagagggtgttaggtggtattgtaagagatgtgtttgtggtttttggttcattgaaggaaaagag 4696400  T
Q  222 atttttgttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaaggtagtatttgttgtggagccacaaccgatggctaaa 303  Q
     ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| | || || ||||||||||  ||||||||||    
T  4696399 ttttgtgttatcattattatcaccaacccatattcgtttgtcgaaggtagtgtctgatgaggagccacaattgatggctaaa 4696318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 4783251 - 4782950
Alignment:
Q  27 ttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggt---agaaaatgaatatgtgaaacttgagagagag 123  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||  |||||||| |   ||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  4783251 ttcaaaattttgatatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaatagtggagttagtgatgatgttagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagag 4783152  T
Q  124 atacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagagat 223  Q
      |||  |||||||| ||||||||| ||| |||||   |||| |||||  |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| | ||||||||    
T  4783151 gcacgtacggttgtgaatggaatttggatatttgagagggaattaggttttgttttaagagatgggtttgtattttttggttcaatgaaggaaaagagat 4783052  T
Q  224 ttttgttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaag---gtagtatttgttgtggagccacaaccgatggctaaactgaaatcagggctgta 320  Q
    |   ||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||| |||   ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4783051 tagagttatcaatgttatcaacaacccaaattcgtccatcaaaggcagtagtgtttgttgaggagccacaactgatggctaaactgtaatcagggttgta 4782952  T
Q  321 tg 322  Q
    ||    
T  4782951 tg 4782950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 47 - 303
Target Start/End: Original strand, 4673402 - 4673664
Alignment:
Q  47 ttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgagagagagatacgcgcggttgtgtatggaat 146  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||  ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| |||  |||||||||||     
T  4673402 ttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaacagtggaattagtgatgctagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagaaacacgtgcgtgtgtgtatggaac 4673501  T
Q  147 ttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagagatttttgttatcaa---tattatca 243  Q
    || ||| |||||   |||| |||||  |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||   ||||||||    
T  4673502 ttggatatttgagagggaattaggttgtgttgtaagagatgggtatgtggtttttggttcaatgaaagtaaagagatttgtgttattaatattattatca 4673601  T
Q  244 ccaacccaaattcgtttatctaaggtag---tatttgttgtggagccacaaccgatggctaaa 303  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||   | ||||||| ||| ||||||  ||||||||||    
T  4673602 ccaacccacattcggttatcgaaggtagcattgtttgttgaggaaccacaattgatggctaaa 4673664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 4815680 - 4815379
Alignment:
Q  27 ttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggt---agaaaatgaatatgtgaaacttgagagagag 123  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| ||  ||  |||||||| |   ||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  4815680 ttcaaaattttgatatgaagttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaatagtggagttagtgatgatgttagaaaatgagtatgtgaaatttgagagagag 4815581  T
Q  124 atacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagagat 223  Q
      |||  |||||||| ||||||||| | | |||||   |||| |||||  |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| | ||||||||    
T  4815580 gcacgtccggttgtgaatggaatttgggtatttgagagggaattaggttttgttttaagagatgggtttgtattttttggttcaatgaaggaaaagagat 4815481  T
Q  224 ttttgttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaag---gtagtatttgttgtggagccacaaccgatggctaaactgaaatcagggctgta 320  Q
    |   ||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||| |||   ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4815480 tagagttatcaatgttatcaacaacccaaattcgtccatcaaaggcagtagtgtttgttgaggagccacaactgatggctaaactgtaatcagggttgta 4815381  T
Q  321 tg 322  Q
    ||    
T  4815380 tg 4815379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 301
Target Start/End: Original strand, 4644372 - 4644648
Alignment:
Q  25 ggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgagagagaga 124  Q
    |||||||| |||||||| ||||  |||||||||| ||| |||| ||||||||| |||  ||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||    
T  4644372 ggttcaaaattttgatacgatgcagggtaaaaataaaggcgaagaaaaacaggggaaacagtgatgctagaaaatgagtatgtaaaatttgagaaagaga 4644471  T
Q  125 tacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactaggtgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaagagatt 224  Q
     ||| |||  ||||||||||| |  ||  ||||    |||  || ||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  4644472 cacgtgcgtgtgtgtatggaactgtgaaatttgg---ggatttaagtgatgttttaggagatggattagtggtttttggttcaatgaaagtaaagagttt 4644568  T
Q  225 tttgttatcaatattatcaccaacccaaattcgtttatctaag---gtagtatttgttgtggagccacaaccgatggcta 301  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||   ||||| || |||| |||||||||||  |||||||    
T  4644569 tgtgttatcattattatcaccaacccaaattcgactatctaaggcagtagtgttcgttgaggagccacaactaatggcta 4644648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 25 - 256
Target Start/End: Original strand, 4663367 - 4663604
Alignment:
Q  25 ggttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaacttgagagagaga 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||  |||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  4663367 ggttcaaagtttttataagatgttgagtaaaaatgaaggcgaagaaaaacagggcaactagggatggtaggaaatgagtatgtgaaatttgagagcgaga 4663466  T
Q  125 tacgcgcggttgtgtatggaatttcgatgtttgaagcggaactagg------tgatgttttaagagatgggtttgtggttttttgttcaatgaaagtaaa 218  Q
    |||| |||||| ||  |||||||  ||| ||||||  | ||  | |      |||   |||||||||||| ||| | |||||| | |||| ||||| |||    
T  4663467 tacgtgcggttttgagtggaattgggatatttgaaaggtaatcatggggtagtgacaatttaagagatggattttttgtttttggctcaaggaaagaaaa 4663566  T
Q  219 gagatttttgttatcaatattatcaccaacccaaattc 256  Q
    ||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4663567 gagttctgtgttatcattattatcaccaacccaaattc 4663604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 27 - 111
Target Start/End: Original strand, 4667617 - 4667701
Alignment:
Q  27 ttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaacaggcgaactagtgatggtagaaaatgaatatgtgaaa 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||   |||| |||| | |||||||||  ||||||||    
T  4667617 ttcaaagttttgatacgatgttgggtaaaaatggaggcgaagaaaaacagggccactattgatcggagaaaatgagaatgtgaaa 4667701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 18925161 - 18925115
Alignment:
Q  27 ttcaaagttttgataagatgttgggtaaaaatgaagacgaacaaaaa 73  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  18925161 ttcaaagttttgatacgatgttgggtaaaaatgaaggcgaagaaaaa 18925115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University