View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20721_high_2 (Length: 761)

Name: NF20721_high_2
Description: NF20721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20721_high_2
NF20721_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-741)||(43900971-43901712)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 701; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 701; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 741
Target Start/End: Original strand, 43900971 - 43901712
Alignment:
Q  1 ggggtcaaaataacaatgagggtaccctaacagaaacatgtgcaaaaggaaactacaacaactactcctatgtaatcatagcttttcttaacaaatttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43900971 ggggtcaaaataacaatgagggtaccctaacagaaacatgtgcaaaaggaaactacaacaactactcctatgtaatcatagcttttcttaacaaatttgg 43901070  T
Q  101 gaatggaacaacacctgaaatcaacttagcagatcattgtgacccttcttccaatgattgcacaatgttaagcacacacattaagaattgccaaatgaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901071 gaatggaacaacacctgaaatcaacttagcagatcattgtgacccttcttccaatgattgcacaatgttaagcacacacattaagaattgccaaatgaaa 43901170  T
Q  201 aggatcaaagtcttgctttcaattggcggagcagatggagaatatggtttaggttccactgatgatgcaaaaaatgtttctgattacttgtggaacaagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901171 aggatcaaagtcttgctttcaattggcggagcagatggagaatatggtttaggttccactgatgatgcaaaaaatgtttctgattacttgtggaacaagt 43901270  T
Q  301 ttttgggtggaaattcatcttcacgtccatttggcgatgctatattagatggtattgattttgatattgnnnnnnnctccaaaggaaaacaaaaccaaca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
T  43901271 ttttgggtggaaattcatcttcacgtccatttggcgatgctatattagatggtattgattttgatattgaaaaaaactccaaaggaaaacaaaaccaaca 43901370  T
Q  401 acattgggaagaacttgcacgttttcttaagtcacgtaacacttcaacacaaaatgtttacttaagtgcagcacctcaatgtccata-cctgatggagaa 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43901371 acattgggaagaacttgcacgttttcttaagtcacgtaacacttcaacacaaaatgtttacttaagtgcagcacctcaatgtccataccctgatggagaa 43901470  T
Q  500 ttaggtgtcgcacttgaaacgggcatttttgactatgtttggatacagttttacaacaatcctgaatgtgactatagtgaaagcgaggttaaccgcttgt 599  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901471 ttaggcgtcgcacttgaaacgggcgtttttgactatgtttggatacagttttacaacaatcctgaatgtgactatagtgaaagcgaggttaaccgcttgt 43901570  T
Q  600 tggattcgtggaagcgatggacaaagtcgttaacgtcgggaaaagtgtttttgggattgcctgcttcccctgcagcagcagataatggctatgttccagc 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43901571 tggattcgtggaagcgatggacaaagtcgttaacgtcgggaaaagtgtttttgggattgcctgcttcccctgcagcagcagataatggctatgttccagc 43901670  T
Q  700 tgatttgttgtgtgagattgtacttcctgttttaaggatatc 741  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43901671 tgatttgttgtgtgagattgtagttcctgttttaaggatatc 43901712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University