View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20721_low_28 (Length: 351)

Name: NF20721_low_28
Description: NF20721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20721_low_28
NF20721_low_28
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (16-324)||(2776711-2777019)
chr2 (16-334)||(2120102-2120420)
chr2 (16-316)||(26391215-26391515)
chr2 (16-316)||(4174372-4174660)
chr2 (16-305)||(40613101-40613390)
chr2 (16-305)||(694989-695276)
chr2 (16-334)||(31501386-31501704)
chr2 (18-281)||(34458130-34458386)
chr2 (18-305)||(29901845-29902120)
chr2 (224-334)||(28652212-28652322)
chr2 (16-125)||(19508349-19508458)
chr2 (18-106)||(26172511-26172599)
chr2 (16-113)||(21833258-21833355)
chr2 (188-321)||(21833050-21833183)
chr2 (250-316)||(20723195-20723261)
chr2 (52-87)||(20725397-20725432)
chr2 (19-65)||(15738468-15738514)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (16-334)||(18907754-18908072)
chr3 (16-315)||(52560661-52560961)
chr3 (16-335)||(18943249-18943568)
chr3 (16-316)||(45034245-45034545)
chr3 (16-316)||(48164382-48164678)
chr3 (37-316)||(38110713-38110992)
chr3 (91-316)||(180641-180866)
chr3 (20-305)||(8771-9056)
chr3 (16-335)||(55150390-55150709)
chr3 (16-97)||(178072-178153)
chr3 (237-316)||(13826783-13826862)
chr3 (16-80)||(13826561-13826626)
chr3 (20-113)||(54315537-54315628)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (16-334)||(37980510-37980828)
chr5 (15-313)||(23066826-23067123)
chr5 (16-249)||(7262576-7262808)
chr5 (16-209)||(19876261-19876453)
chr5 (144-316)||(9039270-9039442)
chr5 (16-147)||(10825966-10826097)
chr5 (16-110)||(24169323-24169417)
chr5 (243-315)||(7253109-7253181)
chr5 (247-313)||(19876195-19876261)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (16-334)||(8317291-8317609)
chr8 (16-334)||(41269414-41269732)
chr8 (16-316)||(42096016-42096316)
chr8 (16-305)||(44116168-44116457)
chr8 (16-113)||(20477868-20477965)
chr8 (251-316)||(23713987-23714052)
chr8 (19-65)||(18701423-18701469)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (16-334)||(10554167-10554481)
chr7 (16-334)||(46526666-46526984)
chr7 (16-316)||(41963903-41964203)
chr7 (99-334)||(6321179-6321413)
chr7 (16-164)||(42013861-42014008)
chr7 (16-88)||(3939729-3939801)
chr7 (16-88)||(28507650-28507722)
chr7 (16-73)||(6273104-6273161)
chr7 (237-305)||(11405553-11405621)
chr7 (237-305)||(28507871-28507939)
chr7 (237-295)||(3939522-3939580)
chr7 (237-281)||(11382183-11382227)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (16-316)||(5619891-5620191)
chr6 (16-305)||(19269004-19269293)
chr6 (16-305)||(33522564-33522853)
chr6 (23-113)||(33523212-33523302)
chr6 (17-80)||(2946044-2946107)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (16-315)||(46192542-46192841)
chr1 (16-312)||(15291838-15292135)
chr1 (14-289)||(42055997-42056272)
chr1 (19-334)||(31387083-31387398)
chr1 (14-334)||(50914433-50914753)
chr1 (18-335)||(42463874-42464191)
chr1 (16-334)||(18242508-18242826)
chr1 (16-305)||(4912185-4912474)
chr1 (16-334)||(27106275-27106592)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (14-313)||(12025132-12025430)
chr4 (52-316)||(39389081-39389340)
chr4 (16-199)||(54602799-54602982)
chr4 (18-102)||(16347326-16347410)
chr4 (252-334)||(54602988-54603070)
chr4 (251-305)||(16357915-16357969)
[»] scaffold0079 (2 HSPs)
scaffold0079 (18-102)||(45451-45535)
scaffold0079 (251-305)||(22769-22823)
[»] scaffold0013 (2 HSPs)
scaffold0013 (237-305)||(63207-63275)
scaffold0013 (16-78)||(62994-63056)
[»] scaffold0097 (2 HSPs)
scaffold0097 (250-316)||(27024-27090)
scaffold0097 (52-87)||(29226-29261)
[»] scaffold0751 (1 HSPs)
scaffold0751 (108-224)||(1794-1910)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 16 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 2777019 - 2776711
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2777019 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttgtcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacgc 2776920  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2776919 atctccctaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacggatgtctgggaaca 2776820  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2776819 tcctgtacatagaaaagatgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctttccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagct 2776720  T
Q  316 ggaatgagt 324  Q
    |||||||||    
T  2776719 ggaatgagt 2776711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Original strand, 2120102 - 2120420
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  2120102 tgggaggagatcctttatcaggagggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccagaagcatgatgtcatggtctctcacacgc 2120201  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  2120202 atctccccaagcagtgaagaaccacaccttagcgttttacagcacggtggtgagatcatgcgtaggcacctgagcgacagatgacagatgtctgggaaca 2120301  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  2120302 tcctgtatatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataaact 2120401  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  2120402 ggaatgggtgcacgtctct 2120420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 26391515 - 26391215
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  26391515 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccatggtctctcacacgc 26391416  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    ||| |||||||  || |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  26391415 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgatcgttttgcagcacggtggtcaacaaatgcgtaggcatatgcgcgacagatgacggatgtctaggaaca 26391316  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  26391315 tcctgtacatagaaaagctgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacactagccatcccgagtaagtgacaataagct 26391216  T
Q  316 g 316  Q
    |    
T  26391215 g 26391215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 4174660 - 4174372
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |    
T  4174660 tgggaggagatccttcatcgggtgggagaataggagggtgagagactttggcataccaagccatgtagtcaggcgcatgatgtcatggtctctcacacgc 4174561  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||             ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4174560 atctccccaagcagtgaagaaccacatctgagcattctgcagcaa------------atgcgtaggcacctgagcgacagatgacggatgtctgggaaca 4174473  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||  |||||  ||||||||||||||||||    
T  4174472 tcctgtacatagaaaagctgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccatctccttcccacacatcactcatcccaagtaagtgacaataagct 4174373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 305
Target Start/End: Original strand, 40613101 - 40613390
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  ||||||||||| || |||||||| |    
T  40613101 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaaaccatgtagttagggtcatgatgccattgtttctcacaccc 40613200  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    || | ||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||| ||    || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40613201 atgtacccaatcagggtagaaccacacctgagcattttgcaacacagtggtcagcaactgcgtaggcatctgagcgacagatgacggatgtctgggaaca 40613300  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    ||||||||| |||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  40613301 tcctgtacaaagaaaaactgcctctttacacgctcacgtaaatgacggtacaccctctccttcccgaacatcagccatcccgagtaagtg 40613390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 305
Target Start/End: Original strand, 694989 - 695276
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||||||| |    
T  694989 tgggaggagatccttcatcaggtgagagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggctcatgatgccat-gtttctcacaccc 695087  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    || ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||    ||  ||||||  |||| ||||  |||||| |||||| |||||    
T  695088 atttccccaatcagtgtacaaccacgcctgagcgttttgcaacatagtggtcagcaactgcataggcatttgagtgacatctgacggatgtctgagaaca 695187  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    ||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  695188 tcacgtacatagaaaaactatctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctcctt-ccgcacatcagtcatcccgagtaagtg 695276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Original strand, 31501386 - 31501704
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||| |    
T  31501386 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagtcaggcgcatgatgacatgctctctcacaccc 31501485  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
     |||||| |||||||||| |||||||| |||||||    |  ||| ||||| ||    || ||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||     
T  31501486 ttctcccgaagcagtgaataaccacgcttgagcgtccatcgacacagtggtcagcaactgcgtaggcacctgagggacatctgacggatgtctgggaacg 31501585  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || |||||| || | |  || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||   | |||||    
T  31501586 tcttgtacaaaggataattgcctctttacccgctcaggtaaatgacagtacaccctctccttcccgcacatgagtcatcccgagtaagtgcacagaagct 31501685  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    | |||| ||||||||||||    
T  31501686 gaaatgggtgcacgtctct 31501704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 34458386 - 34458130
Alignment:
Q  18 ggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacacat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||| |||    
T  34458386 ggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttgacataccaagccatgtagtcagggtcatgatgtcatggtctctcacacccat 34458287  T
Q  118 ctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaacatc 217  Q
     |||||||  || | |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||    || ||||||| || |||||||  |||||| ||||||| ||||||    
T  34458286 gtccccaataagggtagaaccacgcatgagcgttttgcaacacagtggtcagcaactgcgtaggcatctaagcgacatctgacggatgtctggaaacatc 34458187  T
Q  218 ctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccg 281  Q
     |||||| | |||| ||||||||       ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  34458186 atgtacagataaaaactgtctct-------ctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccg 34458130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 29902120 - 29901845
Alignment:
Q  18 ggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacacat 117  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||    
T  29902120 ggagaagatccttcatcaggtggtagaatatgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggatcatgatgccatgctctctgacacctat 29902021  T
Q  118 ctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaacatc 217  Q
     | ||||| ||| | ||||||||||||||  || | ||| ||| ||||| |            ||| ||||||||||| ||| || ||||||| ||  ||    
T  29902020 gtacccaatcagggtagaaccacgcctgaaagtctagcaacacagtggtca------------gcatctgagcgacagctgaaggatgtctggaaatgtc 29901933  T
Q  218 ctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
     |||||| ||  || |   || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  29901932 ttgtacaaagtcaaacaacctttttacccgctcaggtaaatgacgatacaccttctccttctcgcacatcagccatcccgagtaagtg 29901845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 224 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 28652322 - 28652212
Alignment:
Q  224 atagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctggaatgag 323  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |    
T  28652322 atagaaaagctgcctctttacccgctcaggtaaatgacgcaacaccctctccttcccgcacattagccatctcgagtaagtgacaataagctggaatggg 28652223  T
Q  324 tgcacgtctct 334  Q
    |||||||||||    
T  28652222 tgcacgtctct 28652212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 19508458 - 19508349
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| || |    
T  19508458 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagagtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatcatgcaatggtctctcataccc 19508359  T
Q  116 atctccccaa 125  Q
    || |||||||    
T  19508358 atttccccaa 19508349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 26172599 - 26172511
Alignment:
Q  18 ggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtct 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  26172599 ggaggagatccttcatcaggtgggttaatccgagggtgagagactttggaataccaagccatgtagccaggctcgtgatgccatggtct 26172511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 21833355 - 21833258
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||| |||||    
T  21833355 tgggaggagatccttcatcaggtgggataatctgacggtgagtgactttggcataccaagccatgtatccaggctcatgttgccatggtctcccacac 21833258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 188 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 21833183 - 21833050
Alignment:
Q  188 agcgacagatgacgggtgtctgggaacatcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatc 287  Q
    |||||||  |||||| ||| ||||||  || |||||| || ||| ||| | ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||  ||||||||||||     
T  21833183 agcgacatctgacggatgtttgggaatgtcatgtacaaaggaaaactgccacttaacccgctctggtaaatgacagtacaccctcttcttcccgcacata 21833084  T
Q  288 agccatcctgagtaagtgacaataagctggaatg 321  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  21833083 agccatcccgagtaagtgacaataagctgaaatg 21833050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 250 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 20723261 - 20723195
Alignment:
Q  250 caggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctg 316  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  20723261 caggtaaatgacggtacaccttttccttcccgcacataagttatcccgagtaagtgacaataagctg 20723195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 20725432 - 20725397
Alignment:
Q  52 ggtgagagactttggcataccaagccatgtagccag 87  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20725432 ggtgagagactttgacataccaagccatgtagccag 20725397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 65
Target Start/End: Original strand, 15738468 - 15738514
Alignment:
Q  19 gaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttg 65  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  15738468 gaggagatccttcatcagatgggagaatatgagggttagagactttg 15738514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 18908072 - 18907754
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  18908072 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccatggtatctcacacac 18907973  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18907972 atctccccaagcagtaaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagatcatgcgtaggcacctgagcgacagatgacggatgtctgggaaca 18907873  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18907872 tcctatacataaaaaagttgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcctgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagct 18907773  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    | |||| ||||||||||||    
T  18907772 gaaatgggtgcacgtctct 18907754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 52560961 - 52560661
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |    
T  52560961 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgtcatggtctctcacacgc 52560862  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgag-attatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||    
T  52560861 atctccccaagcagtgaagaaccacacctgagcgttctgcagcacggtggtcagcaaaatgtgtaggcacctgagcgacatatgatggatgtctgggaac 52560762  T
Q  215 atcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagc 314  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52560761 atcctgtacatagaaaagctgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcctgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagc 52560662  T
Q  315 t 315  Q
    |    
T  52560661 t 52560661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 18943249 - 18943568
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |    
T  18943249 tgggaggaggtccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatctagctaggcgcatgatgccatggtctcttacacgc 18943348  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18943349 atctccccaagcagtgaagtaccacgcatgagcgttttgcaacacggtggtgagatcatgcgtaggcacctgagcgacagatgacggatgtctgggaaca 18943448  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||  ||||||| ||||||| |||    
T  18943449 tcctgtacataaaaaagcttcctctttacccgcttaggtaaatgacggtacaccctctccatcccacacatcagccatctcgagtaagcgacaataggct 18943548  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctcta 335  Q
    | |||| |||||||||||||    
T  18943549 gaaatgggtgcacgtctcta 18943568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 45034545 - 45034245
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  45034545 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagctaggcgcatgatgccatggtctctcacacgc 45034446  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||||| |||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||    
T  45034445 atctccccgagcaatgaagaaccacatctgagcgttctgcagcacggtggtcagcaaatgcgtaggcacctgagcgacggatgacagatgtctcggaaca 45034346  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  45034345 tcctgcacatagaaaagctgcctctttacccgctcaggtaaattacggtacaccctctccttcccgcacatcagtcatcccgagtaagtgacaataagct 45034246  T
Q  316 g 316  Q
    |    
T  45034245 g 45034245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 48164678 - 48164382
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |    
T  48164678 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggtataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccatgatctctcacacgc 48164579  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||   ||| |||||||||||||||||| ||||    |   ||||||||    
T  48164578 atctccccaagcagtgaagaaccacacctgagcgttttgcggcacggtggtcagcgaatgcgtaggcacctgagcgacatatga----tagatgggaaca 48164483  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  48164482 tcttgtacatagaaaagctgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacatcatctccttcccgcacatcagtcatcccgagtaagtgacaataagct 48164383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 37 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 38110992 - 38110713
Alignment:
Q  37 gtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacacatctccccaagcagtgaagaa 136  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  38110992 gtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccttgtagccaggctcatgatgccatggtttctcacaagcatctctccaagcagtgaagaa 38110893  T
Q  137 ccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaacatcctgtacatagaaaagctgt 236  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   ||| ||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38110892 ccacgcttgagcgttttgcagcacagtggttagcaaatgcgtaggcatctgaacgatagatgacggatgtctgggaacatcatgtacatagaaaagctgt 38110793  T
Q  237 ctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctg 316  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||| | |  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  38110792 ctctttacccactcaggtaaatgacggtacatcatatccttcccgcacatcaaccatcccgagtaagtgacaataagctg 38110713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 91 - 316
Target Start/End: Original strand, 180641 - 180866
Alignment:
Q  91 catgatgccatggtctctcacacacatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagc 190  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    || ||||||||||||||    
T  180641 catgatgccatggtttctcacacgcatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtcagcaactgcgtaggcacctgagc 180740  T
Q  191 gacagatgacgggtgtctgggaacatcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagc 290  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||     
T  180741 gacagatgacggatgtctgggaacatcctgtacatagaaaagttgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatcagt 180840  T
Q  291 catcctgagtaagtgacaataagctg 316  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  180841 catcccgagtaagtgacaataagctg 180866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9056 - 8771
Alignment:
Q  20 aggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacacatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9056 aggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagtcatgtagccaggcgcatgatgccatggtctctcacacgcatct 8957  T
Q  120 ccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaacatcct 219  Q
    |||||||||||||| |||||||  |||||||    || ||| ||||| ||    || ||| ||||||||| ||||  || | | ||||||||||  ||||    
T  8956 ccccaagcagtgaataaccacgtgtgagcgtccatcaacacagtggtcagcaactgcgtatgcacctgagggacatctggcagatgtctgggaatgtcct 8857  T
Q  220 gtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||| |||| | |||||||||    
T  8856 gtacatagacaagctgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctatccttcctgcacatcacccattccgagtaagtg 8771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 55150709 - 55150390
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||| |    
T  55150709 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgggagaatttggcataccaagccatgtaaccaggcgcatgatatcatggtctctcacacgc 55150610  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    || ||| ||||| ||    ||  ||||||| |||| ||||  |||||| |||||||||||     
T  55150609 atctcctcaagcagtgaataaccacgtctgagcgtccatcaacacagtggtcagcaattgcctaggcacttgagggacatctgacggatgtctgggaacg 55150510  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || |||||| || | | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||   | |||||    
T  55150509 tcatgtacaaaggataactgtctctttacccgctcatgtaaataacgatacaccctctccttcccgcacatgagccatcccgagtaagtgcacagaagct 55150410  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctcta 335  Q
    | |||| ||||| |||||||    
T  55150409 gaaatgggtgcatgtctcta 55150390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 97
Target Start/End: Original strand, 178072 - 178153
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatg 97  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||    
T  178072 tgggaggagatccttcatcacgtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatatagtcaggcgtatgatg 178153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 237 - 316
Target Start/End: Original strand, 13826783 - 13826862
Alignment:
Q  237 ctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctg 316  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13826783 ctcttaactcgctcaggtaaatgacggtacatcctctccttctcgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagctg 13826862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 80
Target Start/End: Original strand, 13826561 - 13826626
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcata-ccaagccatg 80  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13826561 tgggacgagatccttcatcaggtgggataatccgagggtgagagactttggcatacccaagccatg 13826626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 113
Target Start/End: Original strand, 54315537 - 54315628
Alignment:
Q  20 aggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacac 113  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||   ||||||||||||| ||| ||||    
T  54315537 aggagatccttcatcatgtgggataatccaagggtgaaagactttgg--taccaagccatgtaagcaggctaatgatgccatggtttctgacac 54315628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 243; Significance: 1e-135; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Original strand, 37980510 - 37980828
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37980510 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcagaccaagccatgtagacgggagcatgatgccatggtctctcacacgc 37980609  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||    
T  37980610 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagctttttgcagcacggtggtgggatcatgtgtaggcacctgagagacagatgacggatgtctaggaaca 37980709  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37980710 tcatgtacatagaaaagcttcctctttactcgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagct 37980809  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  37980810 ggaatgggtgcacgtctct 37980828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 15 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 23067123 - 23066826
Alignment:
Q  15 ttgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacaca 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||     
T  23067123 ttgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccagc-gcatgaagccatggtctctcacacg 23067025  T
Q  115 catctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaac 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |    ||| |||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||    
T  23067024 catctccccaagcagtgaagaaccacacctgagcgttctgcaacacggtggtcatcaaatgcgtaggcacttgagcgacagatgatggatgtctgtgaac 23066925  T
Q  215 atcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataag 313  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23066924 atcctgtacatagaaaagctggctctttacccgctcaggtaaatgatggtacaccctctccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataag 23066826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 7262808 - 7262576
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  7262808 tgggaggagatccttcatcaggtgggcgaatacgagggtgagagactttggcataccaagc-atgtagccaggcgcatgatgccaaggtctctcacacgc 7262710  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  7262709 atctccccaagcagtgaagaaccacgcttgagcgttttgcagcacggtggtcagcaaatgcgtaggcatctgagcgacagatgacaaatgtctgggaaca 7262610  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgct 249  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7262609 tcctgtacatagaaaagctgcctctttacccgct 7262576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 19876453 - 19876261
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  19876453 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtag-caggcgcatgatgccatggtctctcacacgc 19876355  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||| ||   |||  |||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  19876354 atctccccaagcagtgaagaaccacacctgagcgttatgcaatacggtggtcagcaaatgcataggcacctgagtgacagatgacagatgtctg 19876261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 144 - 316
Target Start/End: Original strand, 9039270 - 9039442
Alignment:
Q  144 tgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaacatcctgtacatagaaaagctgtctcttta 243  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  9039270 tgagcgttttgcagcacggtggcgagatcatgcgtaggcacctgagtgacagatgacaaatgtctgggaacatcatgtacatagaaaagctgcctcttta 9039369  T
Q  244 cccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctg 316  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9039370 cccgctcaggtaaatgacggtaccccctctccttcccgcacatcagtcatcctgagtaagtgacaataagctg 9039442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 147
Target Start/End: Original strand, 10825966 - 10826097
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |    
T  10825966 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgtcatggtctttcacaccc 10826065  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgag 147  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10826066 atctccccaagcagtgaataaccacgcctgag 10826097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 24169417 - 24169323
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctca 110  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24169417 tgggaggagatcctttatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcatatcaaaccatgtagccaggagcatgatgccatagtctctca 24169323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 243 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 7253181 - 7253109
Alignment:
Q  243 acccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7253181 acccgctcaggtaaatgacggtacaccccctccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagct 7253109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 247 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 19876261 - 19876195
Alignment:
Q  247 gctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataag 313  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19876261 gctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataag 19876195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Original strand, 8317291 - 8317609
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    |    
T  8317291 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttgggataccaagctatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcaatagc 8317390  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  8317391 atctccccaagcagtgaagaatcacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgatatcatctgtaagcacctgagcgacagatggcggatgtctgggaaca 8317490  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  8317491 tcttgtacatagaaaagctgtatcgttacccgctcaggtaaatgacggtttaccctctccttcccgcacatcagccatcccgagttagtgacaataagct 8317590  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8317591 ggaatgagtgcacgtctct 8317609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 41269732 - 41269414
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  41269732 tgggaggagatccttcattaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagtcaggcgcatgatgccatggtctctcacacgc 41269633  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41269632 atctccccaagcagtgaagaaccatgcctgagcgttttgcagcacagtggtgagatcatgcgtaggcacctgagcaacagatgacggatgtctgggaaca 41269533  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||  ||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  41269532 tcctgtacatagaaaagcctcctctttacccgctcaaataaatgacgttacaccatctcctttccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagtt 41269433  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    | |||  ||||||||||||    
T  41269432 gaaataggtgcacgtctct 41269414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Original strand, 42096016 - 42096316
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||  |||||||| |    
T  42096016 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagacattggcataccaagccatatagccaggctcatgatgccatggattctcacacgc 42096115  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||   ||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  42096116 atctccccaagcagtgaagaaccacgccttaacgttttgcagcacagtggtcagcaaatgcgtaagcatctgagcgacagatgacggatgtctgagaaca 42096215  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| || ||| || ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  42096216 tcttgtacatagaaaagctacctctttacccgcacaggtaaatgacggtataccatctccttcccgctcatcagtcatcccgagtaagtgacaataagct 42096315  T
Q  316 g 316  Q
    |    
T  42096316 g 42096316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 305
Target Start/End: Original strand, 44116168 - 44116457
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |    
T  44116168 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagtcatgtagccaggcgaatgatgccatggtctctctcaccc 44116267  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    || ||| ||||| ||    || |||||||||| || ||||  ||| || |||||||||||     
T  44116268 atctccccaagcagtgaataaccacgcctgagcgtccatcaacacagtggttagcaactgcgtaggcacctaagggacatctgatggatgtctgggaacg 44116367  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    ||||||||| || | | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  44116368 tcctgtacaaaggataactgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgaacatgagccatcccgagtaagtg 44116457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 113
Target Start/End: Original strand, 20477868 - 20477965
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20477868 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccatggtctctcacac 20477965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 251 - 316
Target Start/End: Original strand, 23713987 - 23714052
Alignment:
Q  251 aggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctg 316  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  23713987 aggtaaacgacggtacaccctctccttcccgcacataagtcatcccgagtaagtgacaataagctg 23714052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 65
Target Start/End: Original strand, 18701423 - 18701469
Alignment:
Q  19 gaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttg 65  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  18701423 gaggagatccttcatcagatgggagaatatgagggttagagactttg 18701469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 10554481 - 10554167
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  10554481 tgggaggagatccttcatcaggtcggagaatacgaggttgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgtcatggtctctcacacgc 10554382  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  10554381 atctccccaagcagtgaagaaccatgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagatcatgtgtaggcaccttagcgacagatgaaggatgtctgggaaca 10554282  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10554281 tcttgtacatagaaaagttgcctctttacccgctcgggta----acggtacaccctctccttcccgcacaccagccatcccgagtaagtgacaataagct 10554186  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  10554185 ggaatgggtgcacgtctct 10554167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Original strand, 46526666 - 46526984
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |    
T  46526666 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaaaccatgtagccaggcacatgatgccatggtctctcacacgc 46526765  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  46526766 atctccccaagcagtaaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggttgtgagatcatgcgtaggcacctgagcgacagatgacggatgtctggaaaca 46526865  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46526866 tcttgtacatagaaaagttgcatctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccatatccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagct 46526965  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    | ||||  |||||| ||||    
T  46526966 gaaatggatgcacgactct 46526984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 41964203 - 41963903
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |    
T  41964203 tgggaggagatccttcaccaggtggtagaatacgagggtgtgagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccattgtctctcacacgc 41964104  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  41964103 atctccccaagtagtgaagaaccacacctgagcgttctgcagcacggtggtcagcaaatgtgtaggcacctgagcgacagatgacagatgtctgtgaaca 41964004  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    |||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41964003 tcctgtacatagaaacactacctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcctgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagct 41963904  T
Q  316 g 316  Q
    |    
T  41963903 g 41963903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 99 - 334
Target Start/End: Original strand, 6321179 - 6321413
Alignment:
Q  99 catggtctctcacacacatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatg 198  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  6321179 catggactctcacacgcatctccccaagcagtgaagaaccatggccgagcgttttgcagcatggtggtgagatcatgcgtaggcaccttagcgacagatg 6321278  T
Q  199 acgggtgtctgggaacatcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctga 298  Q
    || | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||    
T  6321279 acagatgtctgggaacatcttgtacatagaaaaggtgcctctttacctgttcaggtaaatgacggtacaccctctccttctcgcacatcagccatcccga 6321378  T
Q  299 gtaagtgacaataagctggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    ||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||    
T  6321379 gtacgtgacaataagctgaaatg-gtgctcgtctct 6321413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 42014008 - 42013861
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  42014008 tgggagtagatccttcatcagg-gggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccatggtctctcacacgc 42013910  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtg 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42013909 atctccccaagcagtgaagaaccacgtctgagcgttttgcagcacggtg 42013861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 3939801 - 3939729
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccagg 88  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3939801 tgggaggagatcgttcatcaggtgggataatcctagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccagg 3939729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 88
Target Start/End: Original strand, 28507650 - 28507722
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccagg 88  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28507650 tgggaggagatccgtcatcaggtgggataatcttagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccagg 28507722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 73
Target Start/End: Original strand, 6273104 - 6273161
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcatacca 73  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6273104 tgggaggaaatccttcaccaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcatacca 6273161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 237 - 305
Target Start/End: Original strand, 11405553 - 11405621
Alignment:
Q  237 ctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  11405553 ctctttaccctctcaggtaaatgacggtacaccctctcctacccgcacatcagccatctcgagtaagtg 11405621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 237 - 305
Target Start/End: Original strand, 28507871 - 28507939
Alignment:
Q  237 ctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  28507871 ctcttcacccgcttaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcaaatcagccatcttgagtaagtg 28507939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 3939580 - 3939522
Alignment:
Q  237 ctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcc 295  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  3939580 ctcttaacccgctcaggtaaatgacgatacaccctctccttcccgcacaccagtcatcc 3939522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 237 - 281
Target Start/End: Original strand, 11382183 - 11382227
Alignment:
Q  237 ctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccg 281  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11382183 ctctttaccctctcaggtaaatgacgatacaccctctccttcccg 11382227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 5620191 - 5619891
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |    
T  5620191 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgacatggtctctcacacgc 5620092  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5620091 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtcagcgaatgcgtaggcatctgagcgacagatgacggatgtctgggaaca 5619992  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5619991 tcatgtacatagaaaagatgcctctttacccactcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatcagccattccgagtaagtgacaataagct 5619892  T
Q  316 g 316  Q
    |    
T  5619891 g 5619891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 305
Target Start/End: Original strand, 19269004 - 19269293
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||| ||||| ||||      
T  19269004 tgggaggagatccttcatcaggtaggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccatgatcatgcttccatgctctctaacacct 19269103  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    || | ||||| ||| | |||||||| | ||||||| | ||| ||| ||| | ||    |  ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||     
T  19269104 atgtacccaatcagggtagaaccacacttgagcgtctagcaacacagtgtttagcaactacgtaggcatctgagctacagatgacggatgtatgggaacg 19269203  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    || |||||| |   || ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  19269204 tcttgtacaaactcaaactgcctctatacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctcattcctgcacatcatccatcccgagtaagtg 19269293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 305
Target Start/End: Original strand, 33522564 - 33522853
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||| |    
T  33522564 tgggaggagatccttcagcaggtgagagaatacgagggtaagagactttggcattacaagccatgtagtcagggtcatgatgccatggtttctcacaccc 33522663  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    || | | ||| ||  | ||||||  |||||||||| |||||  || ||||| |     ||  || ||| |||||||||| ||||| | ||||| |||||     
T  33522664 atgtactcaatcaaggtagaaccgagcctgagcgtcttgcaatacagtggtcatcaactgcatatgcatctgagcgacatatgacagatgtctaggaacg 33522763  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    ||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33522764 tccggtacaaaggaaaactgcctctttacccgctaagttaaatgacggtacaccttatccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtg 33522853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 33523302 - 33523212
Alignment:
Q  23 agatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacac 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||| |||||| ||||||||    
T  33523302 agatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcatagcaagccatgtagctagggtcatgatgtcatggtttctcacac 33523212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 2946107 - 2946044
Alignment:
Q  17 gggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatg 80  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  2946107 gggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgatggtgagagactttgacataccaagtcatg 2946044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 16 - 315
Target Start/End: Original strand, 46192542 - 46192841
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  46192542 tgggaggagattcttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccatggtttctcacacac 46192641  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||   ||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  46192642 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagtgtcttgcagcacggtggtcagcaaatgtgtaggcatctgagcgacatctgacggatgtctgggaaca 46192741  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  46192742 tcctgtacatagaaaagctacctcttttcccgctcaggtaaatgacggtacatcctcttcttcccgcacatcagtcatcccgagtaagtgacaataagct 46192841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 312
Target Start/End: Original strand, 15291838 - 15292135
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctc--tcacac 113  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||    
T  15291838 tgggaggagatccttcataaggtaggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagtcatgtagccaggcgcacgatgccatggtctctctcacac 15291937  T
Q  114 acatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||   ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15291938 acatctccccaagcagtgaagaaccacacctgagcgttctgcaacacggtggtcagcaaatgcgtaggcacctgagcgacagatgacggatgtctgggaa 15292037  T
Q  214 catcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataa 312  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15292038 catcctgtacatagaaaagctg-ccctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataa 15292135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 14 - 289
Target Start/End: Original strand, 42055997 - 42056272
Alignment:
Q  14 cttgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42055997 cttgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttgacataccaaatcatgtagccaggcgcatgatgccatggtctctcacac 42056096  T
Q  114 acatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaa 213  Q
     ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||| |    |||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  42056097 gcatctccccaagcagtgaagaaccacaactgagagttctgcagcacggtggtcaacaaatgcataggcacctgagcgacagatgacagatgtctgggaa 42056196  T
Q  214 catcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcag 289  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  42056197 catcctgtacatagaaaagctgcctctttacccactcatgtaaatgacgatacaccttctccttcccgcacatcag 42056272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 31387398 - 31387083
Alignment:
Q  19 gaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacacatc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  31387398 gaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgtcatggtctctcacacccatc 31387299  T
Q  119 tccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaacatcc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    || ||| ||||| ||  | || |||||||| |||| ||||  |||||| ||||| ||||| ||     
T  31387298 tccccaagcagtgaataaccacgcctgagcgtccatcaacacagtggttagcatctgcgtaggcacatgagggacatctgacggatgtctaggaacgtca 31387199  T
Q  219 tgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctgga 318  Q
    |||||| || | | ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||   |||||||| |    
T  31387198 tgtacaaaggataactgcctctttactcgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatgagccatcccgagtaagtgcacataagctgaa 31387099  T
Q  319 atgagtgcacgtctct 334  Q
    ||| ||||||||||||    
T  31387098 atgggtgcacgtctct 31387083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 14 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 50914753 - 50914433
Alignment:
Q  14 cttgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  50914753 cttgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtaactaggtgcatgatgtcatggtctctcacac 50914654  T
Q  114 acatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaa 213  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    || ||| ||||| ||    || |||||||| |||| ||||  |||||| ||||||||||    
T  50914653 gcatctccccaagcagtgaataaccacgcctgagcgtccatcaacacagtggtcagcaactgcgtaggcacttgagggacatctgacggatgtctgggaa 50914554  T
Q  214 catcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataag 313  Q
    | ||||||||| || | | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||   | |||    
T  50914553 cgtcctgtacaaaggataactgcctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatgagccatcccgggtaagtgcacagaag 50914454  T
Q  314 ctggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    ||| |||| ||||||||||||    
T  50914453 ctgaaatgggtgcacgtctct 50914433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Original strand, 42463874 - 42464191
Alignment:
Q  18 ggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacacat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  42463874 ggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccatggtctctcacacccat 42463973  T
Q  118 ctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaacatc 217  Q
    ||||| ||| || ||| |||||| |||||||||    || ||| ||||| ||    || ||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||| ||    
T  42463974 ctccctaagtagggaataaccacacctgagcgtccatcaacacagtggtcagcaactgcgtaggcacctgagggacatctgacggatgtctgggaacgtc 42464073  T
Q  218 ctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctgg 317  Q
    || |||| || | | ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||   | ||||||     
T  42464074 ctatacaaaggataactgcctctttacccactcaggtaaatgacggtacaccatctccttcccgcacatgagccatcccgagtaagtgcacagaagctga 42464173  T
Q  318 aatgagtgcacgtctcta 335  Q
    ||||  ||||||||||||    
T  42464174 aatggatgcacgtctcta 42464191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 18242826 - 18242508
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  | |||||||| |    
T  18242826 tgggagaagatccttcatcaggtaggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagccatgtaaccaggcgcatgatgccataatatctcacacgc 18242727  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| || |||||||    || ||| ||||| ||    || ||||||||||||| ||||  | |||| |||||||||||     
T  18242726 atctccccgagcagtgaataaccaggcatgagcgtccatcaacacagtggtcagcaactgcgtaggcacctgagggacatcttacggatgtctgggaacg 18242627  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || |||||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||||   |||||||    
T  18242626 tcttgtacaaaggataactgtctctttacccgctcaggtaaatgacagtacaccctctccttcccgcacatgagtcatcccaagtaagtgcacataagct 18242527  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    | |||| ||||||||||||    
T  18242526 gaaatgggtgcacgtctct 18242508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 305
Target Start/End: Original strand, 4912185 - 4912474
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||| |    
T  4912185 tgggaggagatccttcatcggatgggagaatacgagggtgagagactttgacataccaagccatgtagccaagcgcataatgccatggtctctcccaccc 4912284  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    || ||| ||||| ||    |  | ||||||||||| ||||  |||| | ||||| |||||     
T  4912285 atctccccaagcagtgaataaccacgcctgagcgtccatcaacacagtggtcagcaactacggaggcacctgagggacatctgacagatgtctcggaacg 4912384  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    |  |||||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  4912385 ttatgtacaaaggataactgtctctttacccgctcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatgagtcatcctgagtaagtg 4912474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 334
Target Start/End: Original strand, 27106275 - 27106592
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  27106275 tgggtggagatcctttatcagatgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagcaaggcgcatgatgccatggtctctcacaccc 27106374  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaaca 215  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    || ||| ||| | ||     | ||||||||||||| ||||   ||||| ||||||| |||     
T  27106375 atctcctcaagcagtgaataaccacgcctgagcgtccatcaacacagtgatcagcaatcgcgtaggcacctgagggacatccgacggatgtctggaaacg 27106474  T
Q  216 tcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagct 315  Q
    || |||||| || | | ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| |||   | |||||    
T  27106475 tcatgtacaaaggataactg-ctctttacccgttcaggtaaatgacggtacaccctctccttcccgcacatgagtcatcccgagtacgtgcacagaagct 27106573  T
Q  316 ggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    | ||||  |||||||||||    
T  27106574 gaaatggatgcacgtctct 27106592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 14 - 313
Target Start/End: Original strand, 12025132 - 12025430
Alignment:
Q  14 cttgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacac 113  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  12025132 cttgggaagagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagacttttgcataccaaaccatgtagccagc-gcatgatgccatggtctctcacac 12025230  T
Q  114 acatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaa 213  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||   ||| |||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  12025231 gcatctccccaagcagtgaagaaccacgcctaagcgttttgcaacacggtggtcagcaaatgcgtagacatctgagcgacagatgacggatgtttgggaa 12025330  T
Q  214 catcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataag 313  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12025331 catcatgtacatagaaaagctgcctctttatccgctcaggtaaatgacgatacaccctcttcttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataag 12025430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 52 - 316
Target Start/End: Original strand, 39389081 - 39389340
Alignment:
Q  52 ggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacacatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgtt 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    ||||||||||| ||||||| ||    
T  39389081 ggtgagagactttggcataccaagccatttagc-agacgcatgatgccatggtctctcacgcacatctccccaa----tgaagaaccacacctgagcatt 39389175  T
Q  152 ttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtctgggaacatcctgtacatagaaaagctgtctctttacccgctca 251  Q
     |||||||||||||| ||   ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||    
T  39389176 ctgcagcacggtggtcagcaaatgcgtaggcacctgagcgacagatgacggatgtctgggaacatcctgtacatagaaaagctgcctctttacctgttca 39389275  T
Q  252 ggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctg 316  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39389276 ggtaaatgacgctacatcctctccttcccgcacatcagccatcccgagtaagtgacaataagctg 39389340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 16 - 199
Target Start/End: Original strand, 54602799 - 54602982
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatggtctctcacacac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  54602799 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacgagggtgatagactttggcataccaagccatgtagccaggcgcatgatgccatggtctctcacacgc 54602898  T
Q  116 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatga 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  54602899 atctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcatggtggtgagatcatgcgtaggcacctgagcgacagatga 54602982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 102
Target Start/End: Original strand, 16347326 - 16347410
Alignment:
Q  18 ggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatg 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||||||||||||    
T  16347326 ggaggagaaccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagacatgtacccaagctcatgatgccatg 16347410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 252 - 334
Target Start/End: Original strand, 54602988 - 54603070
Alignment:
Q  252 ggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctggaatgagtgcacgtctct 334  Q
    |||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  54602988 ggtaaacgacggtacaccctcttcttcccgcacatcagccatcccgagtaaatcacaataagctgaaatgggtgcacgtctct 54603070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 251 - 305
Target Start/End: Original strand, 16357915 - 16357969
Alignment:
Q  251 aggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    |||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  16357915 aggtaaatgacggtacaccttctccttcccgcacatcagccatcccgattaagtg 16357969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 57; Significance: 9e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 45535 - 45451
Alignment:
Q  18 ggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagccatgtagccaggagcatgatgccatg 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||||||||||||    
T  45535 ggaggagaaccttcatcaggtgggagaatacgagggtgagagactttggcataccaagacatgtacccaagctcatgatgccatg 45451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 251 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 22823 - 22769
Alignment:
Q  251 aggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    |||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22823 aggtaaatgacggtacaccttctccttcccgcacatcagccatcccgattaagtg 22769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 305
Target Start/End: Original strand, 63207 - 63275
Alignment:
Q  237 ctctttacccgctcaggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtg 305  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  63207 ctcttcacccgctcaggtaaatgatggtacaccatctccttcctgcacatcagccatcgtgagtaagtg 63275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 78
Target Start/End: Original strand, 62994 - 63056
Alignment:
Q  16 tgggaggagatccttcatcaggtgggagaatacaagggtgagagactttggcataccaagcca 78  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  62994 tgggaggagatccttcatccgttgggataatccgagggtgagagactttgacataccaagcca 63056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 250 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 27090 - 27024
Alignment:
Q  250 caggtaaatgacgatacaccctccccttcccgcacatcagccatcctgagtaagtgacaataagctg 316  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  27090 caggtaaatgacggtacaccttttccttcccgcacataagttatcccgagtaagtgacaataagctg 27024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 29261 - 29226
Alignment:
Q  52 ggtgagagactttggcataccaagccatgtagccag 87  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29261 ggtgagagactttgacataccaagccatgtagccag 29226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0751 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0751
Description:

Target: scaffold0751; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1910 - 1794
Alignment:
Q  108 tcacacacatctccccaagcagtgaagaaccacgcctgagcgttttgcagcacggtggtgagattatgtgtaggcacctgagcgacagatgacgggtgtc 207  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    || | | ||||| ||    || ||||||||||||| ||||  |||||| ||||    
T  1910 tcacacgcatctccccaagcagtgaataaccacgcctaagcgtccatcaacgcagtggtcagcaactgcgtaggcacctgagggacatctgacggatgtc 1811  T
Q  208 tgggaacatcctgtaca 224  Q
    ||||||| |||||||||    
T  1810 tgggaacgtcctgtaca 1794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University