View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20722_low_2 (Length: 744)

Name: NF20722_low_2
Description: NF20722
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20722_low_2
NF20722_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (22-734)||(36539237-36539955)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 734
Target Start/End: Original strand, 36539237 - 36539955
Alignment:
Q  22 gcatataaggacagcaatgtagatttttaagggctggagtaccttgtactcctattagtattactaccatttttgcttattaaaaacgattcaaaaacac 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36539237 gcatataaggacagcaatgtagatttttaagggcaggagtaccttgtactcctattagtattactaccatttttgcttattaaaaacgattcaaaaacac 36539336  T
Q  122 cgttaa--------ttaatatgacctgcttcaatggttctatcagcgtatttattacttgagtnnnnnnnnnnnnnnn--tactgaataacgacgaatac 211  Q
    ||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||    
T  36539337 cgttaaggcgttaattaatatgacctgcttcaatggttctatcagcgtatttattacttgagtaaaaaaaaaaaaaacaatactgaataacgacgaatac 36539436  T
Q  212 taatgtataagttttgattctattattgtgtgcaatctgatcaatacaatgtccaactcaaagttgccctaaagaaaaggtccaactcaagttccaagat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36539437 taatgtataagttttgattctattattgtatgcaatctgatcaatacaatgtccaactcaaagttgccctaaaaaaaaggtccaactcaagttccaagat 36539536  T
Q  312 tgaactaaagaggatgcacatcgccactggatttatcagtgatcactgaatgcagcaacatgtccccaacaatcttcctcacttgatttacccatgtttc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36539537 tgaactaaagaggatgcacatcgccactggatttatcagtgatcactgaatgcagcaacatgtccccaacaatcttcctcacttgatttacccatgtttc 36539636  T
Q  412 tcttgtaatcttttgctcctgagccccaacataatttagttttaatcacttattaccgcaaatctaagtaacaaagcattgcatatatacaagacaaaat 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36539637 tcttgtaatcttttgctcctgagccccaacataatttagttttaatcacttattaccgcaaatctaagtaacaaagcattgcatatatacaagacaacat 36539736  T
Q  512 actaacaaccttaaagcatagcatggcaattataaaaatattgtttacttacttggtaaatacggcagcttttgagtaacagagacatttgtgatggttt 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36539737 actaacaaccttaaagcatagcatggcaattataaaaatattgtttacttacttggtaaatacggcagcttttgagtaacagagacatttgtgatggttt 36539836  T
Q  612 caaatgatttgaaacttttgccactagattaggtaacaatacatattctgattggggttttagtgtcccaaatacaccttgatctgttccaaaatcaata 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||    
T  36539837 caaatgatttgaaacttttgccactagattaggtaacaatacatattctgattggggttttagtgtcccaaatacaccttgatctgttccaa----aata 36539932  T
Q  712 tatggttagtagttaagcctttg 734  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  36539933 tatggttagtagttaagcctttg 36539955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University