View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20727_low_2 (Length: 715)

Name: NF20727_low_2
Description: NF20727
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20727_low_2
NF20727_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-699)||(10599044-10599736)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 471; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 10599736 - 10599044
Alignment:
Q  1 tacgttaactgggttgatatctgtgtgtgctgagattcagtttttgtcgcttgggaaggagttgcattcgtgggttattaggtcgggtttggttttggat 100  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599736 tacgttgactgggttgatatcggtttgtgctgagattcagtttttgtcgcttgggaaggagttgcattcgtgggttattaggtcgggtttggttttggat 10599637  T
Q  101 ttgtgtgttaggtgtagtttggttgatatgtatgcgaaatgtggattggtgcgagaggctaggaaagtgtttgatggtatgagagagcataatgtgatgt 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10599636 ttgtgtgttgggtgtagtttggttgatatgtatgcgaaatgtggattggtgcaagaggctaggaaagtgtttgatggtatgagggagcataatgtgatgt 10599537  T
Q  201 cgtggacggcacttattaatggatatgtaagaggcggtggtggatatgaacgggaagctatgagattgtttagcgatatgttgcttcagggttgtgttgc 300  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  10599536 cgtggacggctcttgttaatggatatgtacgaggcggtggtggatatgaacgggaagctatgagaatgtttagtaatatgttgcttcagggtggtgttgc 10599437  T
Q  301 gccaaattgctttacgttttctggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctaattttgattttggtgaacaagttcacgggcaaacgattaaattaggt 400  Q
    ||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  10599436 gccgaactgctttacgttctccggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctgattttgattttggtgaacaggttcatgggcaaacgattaaattaggt 10599337  T
Q  401 ctttctgcgattgattgtgtagggtatggtcttgttagtgtgtatgcaaggtctgggagaatggaaggtgctcgcaagtgttttgatgttttgtttgaga 500  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599336 ctttctgcaattgattgtgtagggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaagtctggaagaatggaatctgctcgcaagtgttttgatgttttgtttgaga 10599237  T
Q  501 agaatttggtttcgggtagtgggatcgttggtgatgcaagtgtgaaagattcgaatttaaattctgaacaagacataaaccctgaaattgaatacactgg 600  Q
    |||||||||||||||  |  |   | |||| |||| ||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |  ||| |||| |||||||   |||    
T  10599236 agaatttggtttcggagacag---ttgttgatgatacaaatgtgaaagattttaatttgaattctgaacaagacttggaccgtgaagttgaatatgttgg 10599140  T
Q  601 tagtagcaaagttagttcgtttttatatgctagcctgttgagtggtgctgcttgtattggtacaataggtaagggtgaacaaattcatgccatggtggt 699  Q
    |||| |   |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599139 tagtgg---agttagttcgtttacatatgctagcctcttgagtggtgctgcttgtattggtacaattggtaagggtgaacaaattcatgccatggtggt 10599044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University