View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20731_low_4 (Length: 380)

Name: NF20731_low_4
Description: NF20731
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20731_low_4
NF20731_low_4
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (19-366)||(14588878-14589225)
chr6 (19-366)||(14622536-14622883)
chr6 (44-362)||(12846458-12846776)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-362)||(29954455-29954798)
chr4 (19-362)||(51369655-51369998)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (56-362)||(11531805-11532111)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (46-362)||(20492617-20492933)
chr2 (43-345)||(1354943-1355245)
chr2 (19-345)||(1361805-1362131)
chr2 (224-354)||(1357911-1358041)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Original strand, 14588878 - 14589225
Alignment:
Q  19 agagacgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttggga 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14588878 agagatgacgaagaagatgaaaagaatcctgaatgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttggga 14588977  T
Q  119 gcgaatcaaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagaggg 218  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14588978 gcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagaggg 14589077  T
Q  219 tgtacttgaattaccgaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatca 318  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14589078 tgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggtaccccagtttaagatcttaactcatggatca 14589177  T
Q  319 attggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtcattgaaatg 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14589178 attggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtctttgaaatg 14589225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Original strand, 14622536 - 14622883
Alignment:
Q  19 agagacgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttggga 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14622536 agagatgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttggga 14622635  T
Q  119 gcgaatcaaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagaggg 218  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14622636 gcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagaggg 14622735  T
Q  219 tgtacttgaattaccgaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatca 318  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14622736 tgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatgaatca 14622835  T
Q  319 attggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtcattgaaatg 366  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14622836 attagtggttgtatgactcattgtggtcccagttcagtcattgaaatg 14622883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 44 - 362
Target Start/End: Original strand, 12846458 - 12846776
Alignment:
Q  44 atcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttgggagcgaatcaaagttaagtcaacaaga 143  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||   |||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  ||| ||||    
T  12846458 atcctgattggttgaaaataaaaaaatggctggattcaagagaatcatcttccgttgtttacattggatttgggagcgagttgaggttaacgcaaaaaga 12846557  T
Q  144 tataactgagttagctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagagggtgtacttgaattaccgaaagggttc 243  Q
    | |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | || ||| |||||  |||||| ||||| ||||| |||    
T  12846558 tctaaccgaattagctcatggaattgagctttctaggttacctttcttttgggctttgaaaaacctaaaaaagggtacacttgagttacctaaaggattc 12846657  T
Q  244 gaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtg 343  Q
    || ||  |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||| || ||||||| ||||||||    
T  12846658 gaagatcgaaccaaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccccagcttaagatcttatcccatggagcaattggggggtgtatgagtcattgtg 12846757  T
Q  344 gtccaagttcagtcattga 362  Q
    || || |||||||||||||    
T  12846758 gttcaggttcagtcattga 12846776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Original strand, 29954455 - 29954798
Alignment:
Q  19 agagacgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttggga 118  Q
    |||||||||||||| || ||||  || |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29954455 agagacgacgaagaggaagaaagcaaccctagttgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctgttgtttacattggatttggga 29954554  T
Q  119 gcgaatcaaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagaggg 218  Q
    |||| |  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  29954555 gcgagttgaagttaagccaacaagatctaactgagttagcgcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaggg 29954654  T
Q  219 tgtacttgaattaccgaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatca 318  Q
    |  |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29954655 tacacttgaattacctaaaggatttgaggaaagaacaaaagaatgtggaatcgtttggaaaacatgggcacctcaacttaagatcttagctcatggatca 29954754  T
Q  319 attggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtcattga 362  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||    
T  29954755 attggtggatgtatgagtcattgtggttcaggttcagtcattga 29954798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 51369998 - 51369655
Alignment:
Q  19 agagacgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttggga 118  Q
    ||||||||| || | |||||||| || ||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  51369998 agagacgaccaacatgatgaaaacaaccctgattgggtccacatcaaggcatggttggactcaaaagaatcatcttctgttgtttacattggatttggaa 51369899  T
Q  119 gcgaatcaaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagaggg 218  Q
    |||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||    
T  51369898 gcgagtcaaagttagatcaacaagatttaactgagttagctcatggaattgaactttctgggttacctttcttttgggctttgaaagatcgtaaagacgg 51369799  T
Q  219 tgtacttgaattaccgaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatca 318  Q
    ||||  |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| | || |||||| |||||  ||||    
T  51369798 tgtatctgaattacctcaaggattcgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacctgggtaccccagatcaaaatcttagctcatccatca 51369699  T
Q  319 attggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcagtcattga 362  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||| ||||    
T  51369698 attggtggatgtatgagtcactgtggtggaagttcagtcgttga 51369655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 56 - 362
Target Start/End: Original strand, 11531805 - 11532111
Alignment:
Q  56 tgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttgggagcgaatcaaagttaagtcaacaagatataactgagtt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||  |||||||||||||| ||| ||||||    
T  11531805 tgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcgtcttctgttgtttacattggatttgggagcgagacgaaaataagtcaacaagatctaattgagtt 11531904  T
Q  156 agctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagagggtgtacttgaattaccgaaagggttcgaggaaagaaca 255  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||  || ||||||||||||    
T  11531905 agctcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaagaatttgaggaaagaaca 11532004  T
Q  256 aaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtggtccaagttcag 355  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||| || ||||||    
T  11532005 aaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccacaacttaagatcttagcacatggatcaatcggtggatgtatgagtcactgtggttcaggttcag 11532104  T
Q  356 tcattga 362  Q
    |||||||    
T  11532105 tcattga 11532111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 46 - 362
Target Start/End: Original strand, 20492617 - 20492933
Alignment:
Q  46 cctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttgggagcgaatcaaagttaagtcaacaagata 145  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||     
T  20492617 cctgattgggtgaaaatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatc 20492716  T
Q  146 taactgagttagctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagagggtgtacttgaattaccgaaagggttcga 245  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| |||  ||||||||||||  |||| || ||    
T  20492717 taactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaaccttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttga 20492816  T
Q  246 ggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgtggt 345  Q
     |||||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  20492817 agaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccacagctaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcattgtggt 20492916  T
Q  346 ccaagttcagtcattga 362  Q
     || |||||||||||||    
T  20492917 tcaggttcagtcattga 20492933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 43 - 345
Target Start/End: Original strand, 1354943 - 1355245
Alignment:
Q  43 aatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttgggagcgaatcaaagttaagtcaacaag 142  Q
    |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |  ||||| |||||  |||    
T  1354943 aatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcaggaag 1355042  T
Q  143 atataactgagttagctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagagggtgtacttgaattaccgaaagggtt 242  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||  | ||||||||| |||| ||  |||| |||||||||  ||||||||||||  |||| ||    
T  1355043 atttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatt 1355142  T
Q  243 cgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattggtggttgtatgactcattgt 342  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  1355143 cgaggaaaggacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaagatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcattgt 1355242  T
Q  343 ggt 345  Q
    |||    
T  1355243 ggt 1355245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 345
Target Start/End: Original strand, 1361805 - 1362131
Alignment:
Q  19 agagacgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattgtttacattggatttggga 118  Q
    |||||||| ||||| || || || |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1361805 agagacgatgaagaggaagagaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttggga 1361904  T
Q  119 gcgaatcaaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcacggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagaggg 218  Q
    | || |  ||||| |||||  | ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  1361905 gtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagaggg 1362004  T
Q  219 tgtacttgaattaccgaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatca 318  Q
    |  ||||||||||||  |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||| |||||||| ||    
T  1362005 tacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagca 1362104  T
Q  319 attggtggttgtatgactcattgtggt 345  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  1362105 attggtggatgtatgagtcactgtggt 1362131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 224 - 354
Target Start/End: Original strand, 1357911 - 1358041
Alignment:
Q  224 ttgaattaccgaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattgg 323  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||| |  || || || ||||||| |||||| || ||   ||||||||||  |||||| ||| ||||    
T  1357911 ttgagttaccaaatgggtttgaggataggacaaaagatcatggtatagtgtggaaaagttgggccccacaacctaagatcttaggtcatggttcagttgg 1358010  T
Q  324 tggttgtatgactcattgtggtccaagttca 354  Q
    ||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  1358011 tggttgtttgactcattgtggttcaggttca 1358041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University