View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2073_low_1 (Length: 740)

Name: NF2073_low_1
Description: NF2073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2073_low_1
NF2073_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (8-726)||(32200144-32200864)
chr1 (8-461)||(11337581-11338034)
chr1 (8-461)||(11495600-11496053)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (606-665)||(5528561-5528620)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 726
Target Start/End: Original strand, 32200144 - 32200864
Alignment:
Q  8 gacatcatcaacaatttacacaactttgaaacaattaacggctcattctccttataaatccgtttctcttcctccagaaactgaaggagatgatcactga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  32200144 gacatcatcaacaatttacacaactttgaaacaattaacggctcattctccttataaatccgtttctcttcctgcagaaactgaaggagatgatcgctga 32200243  T
Q  108 cacggagaaatttcacaggttcggttttgggttttatacgatcatagtatacatcgaataaaaaaggattttgattcaaaaaggtatcaattttaacctt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32200244 cacggagaaatttcacaggttcggttttgggttttatacgatcatagtatacatcgaataaaaaaggattttgattcaaaaaggtatcaattttaacctt 32200343  T
Q  208 gagacgcatcctttggcggcgtttctcaagataacgtagagggatgacttgacctggttcattaagaacttccttaacaacgcgggcacattgcttgaag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  32200344 gagacgcatcctttggcggcgtttctcaagataacgtagagggatgacttgacctggttcattgagaacttctttaacgacgcgggcacattgcttgaag 32200443  T
Q  308 cgtttatcttgttctatagcttggtcaagtgattggtccctgcgccatactactttgagactggatataagtcttgtgtgaacgtgaatgttgagattgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32200444 cgtttatcttgttctatagcttggtcaagtgattggtccttgcgccatactactttgagactggatataagtcttgtgtgaacgtgaatgttgagattgt 32200543  T
Q  408 tgttgaggtagtagcagaaggaagtttgaatttttgtcttggagaacatgtcttgatctagaggaaagaattacgttagtcgtataacattgtcattttt 507  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32200544 tgttgaggtagtagcagaagaaagtttgaatttttgtcttggagaacatgtcttgagctagaggaaagaattacgttagtcgtataacattgtcattttt 32200643  T
Q  508 gactaatacataagtcgtacaataacagcacttagcaactacataaacacaaaaacatagcacattacattttgcttatataccatagtcactgagtgtt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32200644 gactaatacataagtcgtacaataacagcacttagccactacataaacacaaaaacatagcacattacattttgcttatataccatagtcactgagtgtt 32200743  T
Q  608 gtgacatttcaacaaataccttgtttgcaaaattcaagcttatacaaagagagtaactga--atacccaacaaaaccaaatgatacaatgtcaagaaaaa 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32200744 gtgacatttcaacaaataccttgtttgcaaaattcaagcttatacaaagagagtaactgaatatacccaacaaaaccaaatgatacaatgtcaagaaaaa 32200843  T
Q  706 caatcagttgcacataaaaaa 726  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  32200844 caatcggttgcacataaaaaa 32200864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 8 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 11338034 - 11337581
Alignment:
Q  8 gacatcatcaacaatttacacaactttgaaacaattaacggctcattctccttataaatccgtttctcttcctccagaaactgaaggagatgatcactga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  11338034 gacatcatcaacaatttacacaacttggaaacaattaacggttcattctccttataaattcgtttctcttcctccagaaactgaagaagatgatcgctga 11337935  T
Q  108 cacggagaaatttcacaggttcggttttgggttttatacgatcatagtatacatcgaataaaaaaggattttgattcaaaaaggtatcaattttaacctt 207  Q
    |||| |||||||| || || | ||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  11337934 cacgaagaaatttaacgggcttggttttgggcttgatgcgatcatagtagacatcgaataaaaaagggttttgattcaaaaaggtgtcgattttaacctt 11337835  T
Q  208 gagacgcatcctttggcggcgtttctcaagataacgtagagggatgacttgacctggttcattaagaacttccttaacaacgcgggcacattgcttgaag 307  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| || || || |||| ||| || |||||||||||||| || |||||||| || || ||||||  |||||| ||||||    
T  11337834 gagtcgcatcctttgacggcgtttttcgaggtagcgtaaaggaataacttgacctggttcgttgagaacttctttgacgacgcggaaacattgtttgaag 11337735  T
Q  308 cgtttatcttgttctatagcttggtcaagtgattggtccctgcgccatactactttgagactggatataagtcttgtgtgaacgtgaatgttgagattgt 407  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||  || || ||||| |||||    
T  11337734 cgtttatcttgctctatggcttggtctagtgatggatccttgcgccatacaactttgagactggatatagatcttgtgtgattgtaaaggttgaaattgt 11337635  T
Q  408 tgttgaggtagtagcagaaggaagtttgaatttttgtcttggagaacatgtctt 461  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  11337634 tgttgaggtagtagcagaaaaaagtgttgattttggtcttggagaacatgtctt 11337581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 8 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 11496053 - 11495600
Alignment:
Q  8 gacatcatcaacaatttacacaactttgaaacaattaacggctcattctccttataaatccgtttctcttcctccagaaactgaaggagatgatcactga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  11496053 gacatcatcaacaatttacacaacttggaaacaattaacggttcattctccttataaattcgtttctcttcctccagaaactgaagaagatgatcgctga 11495954  T
Q  108 cacggagaaatttcacaggttcggttttgggttttatacgatcatagtatacatcgaataaaaaaggattttgattcaaaaaggtatcaattttaacctt 207  Q
    |||| |||||||| || || | ||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  11495953 cacgaagaaatttaacgggcttggttttgggcttgatgcgatcatagtagacatcgaataaaaaagggttttgattcaaaaaggtgtcgattttaacctt 11495854  T
Q  208 gagacgcatcctttggcggcgtttctcaagataacgtagagggatgacttgacctggttcattaagaacttccttaacaacgcgggcacattgcttgaag 307  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| || || || |||| ||| || |||||||||||||| || |||||||| || || ||||||  |||||| ||||||    
T  11495853 gagtcgcatcctttgacggcgtttttcgaggtagcgtaaaggaataacttgacctggttcgttgagaacttctttgacgacgcggaaacattgtttgaag 11495754  T
Q  308 cgtttatcttgttctatagcttggtcaagtgattggtccctgcgccatactactttgagactggatataagtcttgtgtgaacgtgaatgttgagattgt 407  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||  || || ||||| |||||    
T  11495753 cgtttatcttgctctatggcttggtctagtgatggatccttgcgccatacaactttgagactggatatagatcttgtgtgattgtaaaggttgaaattgt 11495654  T
Q  408 tgttgaggtagtagcagaaggaagtttgaatttttgtcttggagaacatgtctt 461  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  11495653 tgttgaggtagtagcagaaaaaagtgttgattttggtcttggagaacatgtctt 11495600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 606 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 5528620 - 5528561
Alignment:
Q  606 ttgtgacatttcaacaaataccttgtttgcaaaattcaagcttatacaaagagagtaact 665  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||  | |||||||||    
T  5528620 ttgtgacatttcaacaaacaccttgtctgcaaaattcaaacctatactcaaagagtaact 5528561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University