View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20753_low_2 (Length: 471)

Name: NF20753_low_2
Description: NF20753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20753_low_2
NF20753_low_2
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (21-467)||(32175043-32175500)
chr2 (17-412)||(32119390-32119791)
chr2 (17-412)||(32111368-32111748)
chr2 (165-412)||(32183205-32183455)
chr2 (166-467)||(32158905-32159220)
chr2 (17-413)||(32205404-32205785)
chr2 (38-413)||(32211125-32211485)
chr2 (17-123)||(32183078-32183184)
chr2 (33-124)||(32157378-32157469)
chr2 (17-123)||(32158780-32158886)
chr2 (344-462)||(32178495-32178625)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 467
Target Start/End: Original strand, 32175043 - 32175500
Alignment:
Q  21 aaaactctccagccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32175043 aaaactctccagccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaa 32175142  T
Q  121 cttaacaggttcctgattccaacgaatggttccatcatagtcatcatattcaattgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaatttgtttagct 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32175143 cttaacaggttcctgattccaacgaatggttccatcatagtcatcatattcaattgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaatttgtttagct 32175242  T
Q  221 atctccatcacataaggaaaatatgaatcaatgatcttgtttttgtgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgacacggctgagtcat 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32175243 atctccatcacataaggaaaatatgaatcaatgatcttgtttttgtgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgactcggctgagtcat 32175342  T
Q  321 tatcataacttcgaatccgcgaagagtccacttgtatgcaaattagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttcttca-------- 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  32175343 tatcataacttcgaatccgcgaagagtccacttgtatgcaaattagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttcttcatttctatc 32175442  T
Q  413 ---cttgaatgcaatctctttatgatcctcagatttgcctaccttaactctctctgct 467  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32175443 aatattgaatgcaatctctttatgatcctcagatttgcctaccttaactctttctgct 32175500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 412
Target Start/End: Original strand, 32119390 - 32119791
Alignment:
Q  17 ctataaaactctccagccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggt 116  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32119390 ctataaaactctctagcactcacaaatttgtccaaatcattcataatatccctttgaagcccttcatcaattgcaagagtgttgaaactcattggatggt 32119489  T
Q  117 tgaacttaacaggttcctgattccaacgaatggttccat-catagtcatcatattcaat---tgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaattt 212  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  | |  ||  || ||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32119490 tgaacttaacaggttcgtgattccaaaca-tatttatattcatagtcatcatattcattatttgagcgaatcttgattgccatgtttccttgtttcattt 32119588  T
Q  213 gtttagctatctccatcacataaggaaaatatgaatcaatgatcttgtttttgtgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgacacggc 312  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  32119589 gattagctatctcaatcacataaggcaaatatgaatcgaaaatcttgttcttgtgtttcttgtgaaaagttagctcataggatcttatttctgacacggc 32119688  T
Q  313 tgagtcattatca---taacttcgaatccgcgaagagtccacttgtatgcaaattagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttct 409  Q
    ||||   | ||||   |||||||||||||||||   ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  32119689 tgaggagtcatcactgtaacttcgaatccgcgacttgtctacctgtatgcaaattagtttccactttacactaataccttcaaaaacatcactcacttct 32119788  T
Q  410 tca 412  Q
    |||    
T  32119789 tca 32119791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 412
Target Start/End: Original strand, 32111368 - 32111748
Alignment:
Q  17 ctataaaactctccagccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggt 116  Q
    |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32111368 ctataaaattctttagccctcacaaatttgtccaaatcattcttaatttccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtggtgaaactcattggatggt 32111467  T
Q  117 tgaacttaacaggttcctgattccaacgaatggttccatcatagtcatcatattcaattgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaatttgttt 216  Q
    ||||||||| ||| || |||  ||||||| |                  ||||||| ||||||||||||| | || |    |||||||||||||||||||    
T  32111468 tgaacttaataggatcatgacaccaacgatt------------------atattcatttgagtgaatcttaagtgtcacaattccttgtttaatttgttt 32111549  T
Q  217 agctatctccatcacataaggaaaatatgaatcaatgatcttgtttttgtgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgacac-ggc--t 313  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||       
T  32111550 agctatctccatcacataaggcaaatatgaatcaatgatcttgtttttgtgtttcttgtgaaaagttagctcatatgatcttatttctgacacaggcgag 32111649  T
Q  314 gagtcattatcataacttcgaatccgcgaagagtccacttgtatgcaaattagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttcttca 412  Q
    ||| |  ||||| ||  |||||  |  || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32111650 gagcccctatcaaaatgtcgaactcttgatgagtcgacttgtatgcatattagtttccactttacactaacaccttcaaaaacatcactcacttcttca 32111748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 165 - 412
Target Start/End: Original strand, 32183205 - 32183455
Alignment:
Q  165 catattcaattgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataaggaaaatatgaatcaatgatcttgttttt 264  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  32183205 catattcatttgagtgaatcttgtttgccatgtctccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcaatgatcttgtcttt 32183304  T
Q  265 gtgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgacacggc---tgagtcattatcataacttcgaatccgcgaagagtccacttgtatgcaa 361  Q
    ||| || ||||||||| | |||||||| ||||||| ||||||||| ||    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32183305 gtgcttcttgtgaaaagtcagctcataggatcttatttctgacacagccgaggagtcatcatcgtaacttcgaatccgcgaagagtccacttctatgcaa 32183404  T
Q  362 attagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttcttca 412  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||    
T  32183405 attagtttccactttacactaataccttcgaaaacatcactcacttcttca 32183455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 166 - 467
Target Start/End: Original strand, 32158905 - 32159220
Alignment:
Q  166 atattcaattgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataaggaaaatatgaatcaatgatcttgtttttg 265  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||    
T  32158905 atattcatttgagtaaatcttgattgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttg 32159004  T
Q  266 tgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgacacggctgag---tcattatcataacttcgaatccgcgaagagtccacttgtatgcaaa 362  Q
    || || ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||   |||||||| |||  || ||| |  || ||||| |||||||| || |    
T  32159005 tgcttcttgtgaaaagttagctcataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacata 32159104  T
Q  363 ttagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttcttca-----------cttgaatgcaatctctttatgatcctcagatttgcctac 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||            |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  32159105 ttagtttccactttacactaacaccttcaaaaacatcactcacttcttcatttctatcaatattgaatgcaagctctttatgatcctcagatttgcttac 32159204  T
Q  452 cttaactctctctgct 467  Q
    ||||||||| ||||||    
T  32159205 cttaactctgtctgct 32159220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 32205785 - 32205404
Alignment:
Q  17 ctataaaactctccagccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggt 116  Q
    ||||||||||||   ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32205785 ctataaaactctttggccttcacaaaattgtccaaatcattcataatttccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgttgaaactcattggatggt 32205686  T
Q  117 tgaacttaacaggttcctgattccaacgaatggttccatcatagtcatcatattcaattgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaatttgttt 216  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||          | | |||||||||         |||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  32205685 tgaacttgacaggttcatgactcca---------gcaaccatagtcat---------ttgagtgaatcttgatagccatgtttgcttctttaatttgttt 32205604  T
Q  217 agctatctccatcacataaggaaaatatgaatcaatgatcttgtttttgtgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgacacggctgag 316  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| | |||||||| || ||||    
T  32205603 agccatctccatcacataaggcaaatatgaatcgatgatcttgttcttgtgtttcttgtgaaaagttagttcataggatctaatttctgacatggatgag 32205504  T
Q  317 tcat---tatcataacttcgaatccgcgaagagtccacttgtatgcaaattagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttcttcac 413  Q
     | |   |||||| |  |||||| || ||    ||  |||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  32205503 gcgtacatatcattatgtcgaattcgtgatccatcttcttgtatgcatattaatttccactttactctaataccttcaaaatcatcactcacttcttcac 32205404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 38 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 32211485 - 32211125
Alignment:
Q  38 acaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaacttaacaggttcctgat 137  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||         
T  32211485 acaaaattgtccaaatcattcataatttcccttcgaagttctatatcaattgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaacttgacaggttc----- 32211391  T
Q  138 tccaacgaatggttccatcatagtcatcatattcaattgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataagg 237  Q
            |||| |||| |||      ||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32211390 --------atggctccagcatc-----catgttcagttgagagaatcttgatagccatgtttccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataagg 32211304  T
Q  238 aaaatatgaatcaatgatcttgtttttgtgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgacacggctga---gtcattatcataacttcga 334  Q
     ||||||||||| | |||| |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| | ||||||||||| |||   ||   |||||| |  ||||    
T  32211303 gaaatatgaatcgaagatcgtgttcttgtgtttcttgtgaaaagttagttcataggatctaatttctgacacggatgaggtgtacatatcattatgtcga 32211204  T
Q  335 atccgcgaagagtccacttgtatgcaaattagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttcttcac 413  Q
    || || ||    ||  |||||||||| |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  32211203 attcgtgatccatcttcttgtatgcatattaatttccactttactgtaataccttcaaaatcatcactcacttcttcac 32211125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 123
Target Start/End: Original strand, 32183078 - 32183184
Alignment:
Q  17 ctataaaactctccagccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggt 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  32183078 ctataaaactctctagccctcacaaatttgtccaaatcattcacaatatccctttgaagttcttcatcaattgcaagagtgttgaaactcattggatgat 32183177  T
Q  117 tgaactt 123  Q
    |||||||    
T  32183178 tgaactt 32183184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 33 - 124
Target Start/End: Original strand, 32157378 - 32157469
Alignment:
Q  33 ccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaactta 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32157378 ccctcacaaatttgtccaaatcattcttaatttccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgttgaaagtcattggatggttgaactta 32157469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 123
Target Start/End: Original strand, 32158780 - 32158886
Alignment:
Q  17 ctataaaactctccagccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatttccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggt 116  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |    
T  32158780 ctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaatatccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgat 32158879  T
Q  117 tgaactt 123  Q
    | |||||    
T  32158880 taaactt 32158886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 344 - 462
Target Start/End: Original strand, 32178495 - 32178625
Alignment:
Q  344 gagtccacttgtatgcaaattagtttccactttacactaacacc-tccaaaaacatcactcacttcttca-----------cttgaatgcaatctcttta 431  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||            ||||||||| ||||||||    
T  32178495 gagtcgacttgtatacatattagtttccactttacactaacaccttcaaaaaacatcactcacttcttcatttctatcaatattgaatgcactctcttta 32178594  T
Q  432 tgatcctcagatttgcctaccttaactctct 462  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32178595 tgatcctcagatttgcgtaccttaactctct 32178625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University