View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20758_low_7 (Length: 550)

Name: NF20758_low_7
Description: NF20758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20758_low_7
NF20758_low_7
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (18-538)||(2350111-2350631)
chr2 (28-542)||(2292918-2293432)
chr2 (28-542)||(2309249-2309763)
chr2 (18-542)||(2320238-2320756)
chr2 (26-542)||(2326092-2326602)
chr2 (18-521)||(2302558-2303055)
chr2 (18-541)||(2329808-2330325)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (20-115)||(41126540-41126635)
chr8 (233-316)||(41126345-41126428)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 2350631 - 2350111
Alignment:
Q  18 aacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350631 aacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagt 2350532  T
Q  118 tgaagtgtggcataactttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350531 tgaagtgtggcataactttaatataatcagctgtttccaattcggatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaggacccacttacggatttctga 2350432  T
Q  218 gaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttgg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350431 gaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttgg 2350332  T
Q  318 ttgctggagatgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggaga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350331 ttgctggagatgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggaga 2350232  T
Q  418 tgaaaatggaaggtcggtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2350231 tgaaaatggaaggtcggtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcg 2350132  T
Q  518 gagccataggatacttgtgat 538  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2350131 gagccataggatacttgtgat 2350111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 28 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 2293432 - 2292918
Alignment:
Q  28 tcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtgg 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  2293432 tcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtgg 2293333  T
Q  128 cataactttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttg 227  Q
    |||||| |||||| |||| | | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  2293332 cataaccttaatagaatccgttagttccgattctgatgcagttttgagacgattgatgagagtgcgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttg 2293233  T
Q  228 atcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggaga 327  Q
    |  || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||  |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |    
T  2293232 agtttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacgaagggtacgccatgttgggccataataagcggtgttgatgttgtgttggttgctggaca 2293133  T
Q  328 tgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatgga 427  Q
      |||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||   |||||||||||    
T  2293132 acattttggaagtaggaagagctgtagggcgatcagagaagatggatgagttttgaacgagaacatggtgggccagagtatggtcgttaatgaaaatgga 2293033  T
Q  428 aggtcggtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccatagg 527  Q
    ||||||  ||| ||| | || ||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||| ||||| || ||    
T  2293032 aggtcgagaaccgatatggacagtgatgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggagattgatttttggagcaattgg 2292933  T
Q  528 atacttgtgatgatg 542  Q
    |   |||||||||||    
T  2292932 aagtttgtgatgatg 2292918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 28 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 2309763 - 2309249
Alignment:
Q  28 tcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtgg 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  2309763 tcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtgg 2309664  T
Q  128 cataactttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttg 227  Q
    |||||| |||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||  | ||||||||||| ||||||    
T  2309663 cataaccttaatagaatccgttggttccgattctgatgcagttttgagacggttgatgagagtgcgtaagacccacttctgaatttctgagaacgatttg 2309564  T
Q  228 atcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctggaga 327  Q
    |  || |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |    
T  2309563 agtttggatggatgaagcatctcgaaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggtgttgatgttgtgttggttgctggaca 2309464  T
Q  328 tgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatgga 427  Q
      |||||||  || ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| |||||||  ||||||||||||    
T  2309463 acattttggaagtaggaagagctgtagggcgatcagagattatggctgagttttgaacgagaacatggtgagccagagcatggtcgttgatgaaaatgga 2309364  T
Q  428 aggtcggtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccatagg 527  Q
    |||| |  ||| ||| | || | ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||| ||||| || ||    
T  2309363 aggttgagaaccgatatggacaatgatgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggagattgatttttggagcaattgg 2309264  T
Q  528 atacttgtgatgatg 542  Q
    |   |||||||||||    
T  2309263 aagtttgtgatgatg 2309249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 18 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 2320756 - 2320238
Alignment:
Q  18 aacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||      
T  2320756 aacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataac 2320657  T
Q  118 tgaagtgtggcataactttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctga 217  Q
      ||||| |  |  ||  ||||| ||||       || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||    
T  2320656 gaaagtgagaaacgaccgtaatagaatcc------tcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctga 2320563  T
Q  218 gaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttgg 317  Q
    ||| |||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320562 gaacgatttggttttggatggatgaagcatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaagcggagctgatgttgtgttgg 2320463  T
Q  318 ttgctggagatgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggaga 417  Q
    |||||||| |  ||| |||  || |||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| |||||||  ||    
T  2320462 ttgctggacaacattatggaagtaggaagagctacggggcgatccgagaagatggctgagttttgaacgagaacatggtgagccagagcatggtcgttga 2320363  T
Q  418 tgaaaatggaaggtcggtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcg 517  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||| | || ||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||| |    
T  2320362 tgaaaatggaaggtcgagaaccgatatggacagtgatgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggagattgatttttg 2320263  T
Q  518 gagccataggatacttgtgatgatg 542  Q
    |||| || |||   |||||||||||    
T  2320262 gagcaattggaagtttgtgatgatg 2320238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 26 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 2326602 - 2326092
Alignment:
Q  26 tgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgt 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||    
T  2326602 tgtcctttgtacacgctcaatatcattaattttttcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacagaacatagcataatgaaagtgt 2326503  T
Q  126 ggcataactttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatt 225  Q
    || |||||| ||| |||||| |  |      |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||    
T  2326502 ggaataactgtaacataatctgtag------attctgatgcaattttgagacggttgatgagagtgtgtagaacccacttccgaatttcagagaatgatt 2326409  T
Q  226 tgatcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttggttgctgga 325  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  2326408 tgatcttggatggatgaagcatctcagaggcgaggttacgacggagggtacaccatgttgggccataaaaagcggcgctgatgttgtgctggttgctaga 2326309  T
Q  326 gatgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggagatgaaaatg 425  Q
     |||| ||||    ||||||| ||| |||| ||||| |||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||    
T  2326308 tatgagtttgtgactgggaagtgctttaggacgatcggagaagagagatgaattttgaacgagggcgtggtgggccagagcacggtcggagatgtaaatg 2326209  T
Q  426 gaaggtcggtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcggagccata 525  Q
    ||||||| | | | ||| || ||| ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||     
T  2326208 gaaggtctggagccgatattaagattgatgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggaaaatgattttcggagccatt 2326109  T
Q  526 ggatacttgtgatgatg 542  Q
    | || ||||||||||||    
T  2326108 gtatgcttgtgatgatg 2326092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 2303055 - 2302558
Alignment:
Q  18 aacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagt 117  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||      
T  2303055 aacataattgtcatttgcacacgctcaatatcactgatattctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaagctaaacatagcataac 2302956  T
Q  118 tgaagtgtggcataactttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctga 217  Q
      ||| | |  | |||  | | | |||| || | ||||||| |||      |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| || ||||||||    
T  2302955 gaaagggagaaacaaccgtgacagaatctgcagattccgatgcgg------ttttgagacggttgatgagagtgtgtaacacccacttccgaatttctga 2302862  T
Q  218 gaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttgg 317  Q
    ||| |||||| | || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2302861 gaacgatttggttttggaaggatgaagtatctcggaagcaaggttacgacggagggtacgccatgttgggccataaaaaccggagctgatgttgtgttgg 2302762  T
Q  318 ttgctggagatgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggaga 417  Q
    |||||||| |  |||||||  || |||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||   ||    
T  2302761 ttgctggacaacattttggaagtaggaaaagctttagggcgatcagagtagatgtctgagttttgaacgagaacatggtgggccagagcatggtcatcga 2302662  T
Q  418 tgaaaatggaaggtcggtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcg 517  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  2302661 tgaaaatggaaggtcgagaaccgatgtggagagtgatgataggaccatgtttggcatggagagttttgagaaaaggttcaagttgggaggatggttttcg 2302562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 2330325 - 2329808
Alignment:
Q  18 aacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagt 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||      
T  2330325 aacagaatcgtcctttgtacacgctcaatatcgttaattttctcatcgttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataac 2330226  T
Q  118 tgaagtgtggcataactttaatataatcagctggttccgattcggatgcagttttgagacggttgatgagattgtgtaggacccacttacggatttctga 217  Q
      ||||| |  |  ||  ||| | ||||       || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || || |||||||| || ||||| ||    
T  2330225 gaaagtgagaaacgaccgtaacagaatcc------tcagattccgatgcagttttgagacggttgatgagagtctgcagaacccacttccgaatttcaga 2330132  T
Q  218 gaaagatttgatcttagatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttgg 317  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  2330131 gaatgatttgatcttagatggatgaagcatctcggaggcgaggttacgacggagagtacgccatgttggtccataaaaagcggagctgatattgtgctgg 2330032  T
Q  318 ttgctggagatgattttggcggtgggaagagctctagggcgatcagagaagatggctgagttttgaacgagagcgtggtgggcgagagtatggtcggaga 417  Q
    |||||||| |||| ||||   |||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||    
T  2330031 ttgctggacatgagtttgttagtgggaagtgctttaggacgatcagagaagacggaggagttttgaacgagagcgtggtgggccagagcacggtcggcga 2329932  T
Q  418 tgaaaatggaaggtcggtaactgattttgagagtgatgataggaccatatttggtgtggagggttttgataaaaggttcgagttgggacgatgattttcg 517  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||  || || ||| ||| ||||||||| || ||||   ||||||||||    
T  2329931 tgaaaatggaaggtcgagaaccgatattaagattgatgataggaccatgtttggcatgaagagttctgagaaaaggttcaagctgggcgaatgattttcg 2329832  T
Q  518 gagccataggatacttgtgatgat 541  Q
     |||||| |||| |||||||||||    
T  2329831 aagccattggatgcttgtgatgat 2329808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 41126635 - 41126540
Alignment:
Q  20 cagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcattaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcata 115  Q
    ||||| || |||||||||| | || || || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||    
T  41126635 cagaagtgccctttgtacaagttcgatgtcgctgattttatcatcattaactcgttcaccaaaacacataaaaacgagtaagcaaaacattgcata 41126540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 233 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 41126428 - 41126345
Alignment:
Q  233 agatggatgaagcatctcagaagcaaggtttcgacggagggcacgccatgttgcaccataaaaagcggagctgatgttgtgttg 316  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||| ||||| |||| ||||||||| || |||||| |||| | | ||||| |||||||    
T  41126428 agatgggtgaagcatctcagcggcaaggttacgacgtagggtacgccatgtagctccataagaagcagtgttgatggtgtgttg 41126345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University