View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20768_high_7 (Length: 453)

Name: NF20768_high_7
Description: NF20768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20768_high_7
NF20768_high_7
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (1-446)||(38182592-38183037)
chr5 (1-446)||(38188094-38188539)
chr5 (1-446)||(38209818-38210263)
chr5 (1-446)||(38169563-38170008)
chr5 (1-446)||(38215320-38215764)
chr5 (12-446)||(38452902-38453336)
chr5 (1-446)||(38185352-38185797)
chr5 (1-446)||(38212560-38213005)
chr5 (1-393)||(38443148-38443540)
chr5 (1-234)||(38183243-38183476)
chr5 (1-234)||(38214881-38215114)
chr5 (1-172)||(38197370-38197541)
chr5 (267-446)||(38219947-38220126)
chr5 (212-394)||(38155845-38156027)
chr5 (140-305)||(28340977-28341142)
chr5 (101-363)||(28382583-28382845)
chr5 (113-295)||(28399582-28399764)
chr5 (59-97)||(38452129-38452167)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38183037 - 38182592
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38183037 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtcgt 38182938  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38182937 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctctgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38182838  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38182837 tttgcttcaagtatcaactacttggtgaagatttggatgctttgatcccagtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 38182738  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaa 400  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38182737 gtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgac 38182638  T
Q  401 tcgctcaattccgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  38182637 tcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctc 38182592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 38188094 - 38188539
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38188094 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtcgt 38188193  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38188194 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctctgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38188293  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38188294 tttgcttcaagtatcaactacttggtgaagatttggatgctttgatcccagtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 38188393  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaa 400  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38188394 gtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgac 38188493  T
Q  401 tcgctcaattccgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  38188494 tcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctc 38188539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38210263 - 38209818
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38210263 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtcgt 38210164  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38210163 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctctgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38210064  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38210063 tttgcttcaagtatcaactacttggtgaagatttggatgctttgatcccagtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 38209964  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaa 400  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38209963 gtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgac 38209864  T
Q  401 tcgctcaattccgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  38209863 tcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctc 38209818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 38169563 - 38170008
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  38169563 cctctctaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcttcgt 38169662  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38169663 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctctgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38169762  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38169763 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagatttcgatgctttgatcccaatttataacgaagaagatctcaatcatattatgttcgagtatgatcgtat 38169862  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38169863 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcaaa 38169962  T
Q  401 tcgctcaattccgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38169963 tcgctcaatttcgttcgagtttctccttttgaagaatattcatctc 38170008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 38215320 - 38215764
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38215320 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaa-tccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtcgt 38215418  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38215419 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctctgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38215518  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215519 tttgtttcaagtatcaactccttggtgaagatttggatgctttgatcccagtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 38215618  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaa 400  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38215619 gtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgac 38215718  T
Q  401 tcgctcaattccgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  38215719 tcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctc 38215764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38453336 - 38452902
Alignment:
Q  12 actttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctttattcctacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38453336 actttcaaacgatggagagagtcaagttcatgattacctatggtggaaaaatccaaccaaggcttacttctcttcatgatcatcgtcgttattcctacat 38453237  T
Q  112 cggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatgtttgcttcaag 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  38453236 cggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccatattcatgttttccgatgtttgcttcaag 38453137  T
Q  212 tatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtatgtgtcactttt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  38453136 tatcaactccttggtgaagatttcgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttagagtatgatcatatgtgtcactttt 38453037  T
Q  312 cacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaatcgctcaattc 411  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  38453036 cacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccttgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttaacttccgtcgactcgctcaattc 38452937  T
Q  412 cgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38452936 cgttcaagtttctccttttgaagaatattcatctc 38452902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 38185352 - 38185797
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  38185352 cctctcaaaacactttcaaactatggagagagtcaagctcatgattacctatggtgcaaaaatccaacctaggcttacttctcttcatgatcatcgtcgt 38185451  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38185452 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctctgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38185551  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38185552 tttgcttcaagtatcaactacttggtgaagatttggatgctttgatcccagtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 38185651  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaa 400  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38185652 gtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagagtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgac 38185751  T
Q  401 tcgctcaattccgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  38185752 tcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctc 38185797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38213005 - 38212560
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  38213005 cctctcaaaacactttcaaactatggagagagtcaagctcatgattacctatggtgcaaaaatccaacctaggcttacttctcttcatgatcatcgtcgt 38212906  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38212905 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctctgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38212806  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38212805 tttgcttcaagtatcaactacttggtgaagatttggatgctttgatcccagtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 38212706  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaa 400  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38212705 gtgtcgcttttcacaaaagcctgcatggttgagagtcttcctcttcccggtccctattaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttccgtcgac 38212606  T
Q  401 tcgctcaattccgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  38212605 tcgctcaattccgttcaagtttttccttttgaagaatattcatctc 38212560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Original strand, 38443148 - 38443540
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38443148 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacttatggtggagaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtcgt 38443247  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||    
T  38443248 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttcctcattcatggtttccaatg 38443347  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38443348 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccagtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 38443447  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttc 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38443448 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttc 38443540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 38183243 - 38183476
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38183243 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtcgt 38183342  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38183343 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcatcgtcgatcgtaatatcaacttctttgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38183442  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38183443 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattt 38183476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 38215114 - 38214881
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38215114 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtcgt 38215015  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38215014 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcatcgtcgatcgtaatatcaacttctttgacctcatggcaaagctttccacgttcatgttttccgatg 38214915  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214914 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattt 38214881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 38197541 - 38197370
Alignment:
Q  1 cctctcaaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgtctt 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  38197541 cctctctaaacactttcaaacgatggagagagtcaagctcatgattacctatggtggaaaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcttcgt 38197442  T
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggca 172  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38197441 tattcctacatcggtggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctctgacctcatggca 38197370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 267 - 446
Target Start/End: Original strand, 38219947 - 38220126
Alignment:
Q  267 atctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtatgtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaa 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  38219947 atctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtatgtgtcgcttttcacgaaagcctgcatggttgagggtcttcctcttcccggtccctattaacaacaa 38220046  T
Q  367 caaggcatcttttgattctttggcttccgtcgaatcgctcaattccgttcatgtttctccttttgaagaatattcatctc 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  38220047 caaggcatcttttgattctttggcttccatcaaatcgctcaattccgttcaagtctctccttttgaagaatattcatctc 38220126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 212 - 394
Target Start/End: Original strand, 38155845 - 38156027
Alignment:
Q  212 tatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtatgtgtcactttt 311  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||| | |||  |||||    
T  38155845 tatcaactccttggtgaagatctcgatgctttgattccggtttataacgaagaagatcttgatcatatgatgttcgagaacgatcgtttatgttgctttt 38155944  T
Q  312 cacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaacaacaaggcatcttttgattctttggcttcc 394  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38155945 cacgaaagcctgcaaagttgagggtcttcctcttccctctccctattagcaacaacaaggcatcttttaattctttggcttcc 38156027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 140 - 305
Target Start/End: Original strand, 28340977 - 28341142
Alignment:
Q  140 gatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatgtttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatg 239  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||  |   ||||||| | |||| |||||||||||| || |||| |||||||||| || |||    
T  28340977 gatcgtaatatcaaattctccgacctcgttgaaaagctttcttcaaccatgtttgctgatgcttgcttcaagtaccagctccctggtgaagatcttaatg 28341076  T
Q  240 ctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtatgtgtc 305  Q
     ||||||| | ||| | ||||| || |||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28341077 atttgatctccgttcacaacgatgatgatctcgaaaatatgatggtcgagtatgatcgtatgtgtc 28341142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 101 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 28382845 - 28382583
Alignment:
Q  101 tattcctacatcggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatg 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||   |||||| |  ||||| ||  |  | | |||||| |||     
T  28382845 tattcctacatcggcggtgacaccaaaatcctcaccgtcgatcgtagtatcaaattctctagcctcattgagaagctatcatcaatgacgttttctgatc 28382746  T
Q  201 tttgcttcaagtatcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgatcgtat 300  Q
    ||||| | ||||||||||  | ||||| |||  | ||| |||||||| | || |  ||||| || |||||| ||  ||||||||| ||||||||| | ||    
T  28382745 tttgcctaaagtatcaacaacctggtggagagctcgattctttgatctcagtattcaacgatgacgatctcgatagtatgatgtttgagtatgattgcat 28382646  T
Q  301 gtgtcacttttcacgaaagcctgcatggctgagggtcttcctcttccctgtccctgttaacaa 363  Q
    ||||| | ||||||  || |||||| || ||| ||| || ||||||||| |||| ||||||||    
T  28382645 gtgtcgcgtttcacctaaacctgcaaggatgaaggtttttctcttccctctcccagttaacaa 28382583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 113 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 28399764 - 28399582
Alignment:
Q  113 ggcggagacaataaaatcatcaccgtcgatcgtaatatcaacttctccgacctcatggcaaagctttccactttcatgttttccgatgtttgcttcaagt 212  Q
    ||||| ||||| | |||| || |||| |||||| ||||||| || ||| ||||| |  |||||||||| ||| | |||| |||  |  ||||||||||||    
T  28399764 ggcggtgacaacataatcgtccccgttgatcgtgatatcaagttttccaacctcgtcacaaagctttctactatgatgtattctaaattttgcttcaagt 28399665  T
Q  213 atcaactccttggtgaagattttgatgctttgatcccggtttataacgaagaagatctcaatcatatgatgttcgagtatgat 295  Q
    ||||||| | |||| ||||| | ||| |||||||||| || |  ||| | |||||| |  || ||||||||||| ||||||||    
T  28399664 atcaacttcctggtcaagatctcgatactttgatcccagtcttaaaccaggaagatttggatgatatgatgttcaagtatgat 28399582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 59 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 38452167 - 38452129
Alignment:
Q  59 aaaatccaacctaggcttactgctcttcatgatcatcgt 97  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  38452167 aaaatccaacctagacttactgctcttcatgttcatcgt 38452129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University