View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20775_high_2 (Length: 784)

Name: NF20775_high_2
Description: NF20775
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20775_high_2
NF20775_high_2
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (291-750)||(6523130-6523587)
chr6 (63-457)||(6465361-6465766)
chr6 (312-454)||(6526403-6526545)
chr6 (66-298)||(6520315-6520549)
chr6 (149-301)||(13035575-13035727)
chr6 (534-630)||(6465191-6465287)
chr6 (312-364)||(1841894-1841946)
chr6 (150-302)||(6472877-6473029)
chr6 (235-282)||(6523667-6523714)
chr6 (522-624)||(6520785-6520887)
chr6 (357-457)||(6528221-6528321)
chr6 (555-630)||(6473288-6473363)
chr6 (66-301)||(6515849-6516089)
chr6 (133-298)||(1822098-1822259)
chr6 (312-438)||(6505527-6505653)
chr6 (20-108)||(6528587-6528677)
chr6 (205-301)||(6526565-6526661)
chr6 (549-671)||(6505297-6505419)
chr6 (521-631)||(6528050-6528160)
chr6 (337-366)||(1831843-1831872)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (29-671)||(35231148-35231794)
chr1 (163-437)||(35242929-35243203)
chr1 (549-628)||(35244264-35244343)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (150-643)||(9665133-9665641)
chr7 (525-626)||(3754043-3754144)
chr7 (525-626)||(4046094-4046195)
chr7 (555-630)||(46383274-46383350)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (150-643)||(13536157-13536665)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 291 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 6523587 - 6523130
Alignment:
Q  291 ttgattgcaaggttggcttcaatagctgaagaggtttgtttcctcgatgtgatttcaaaagttagaaagtatttgaaagagatcattgagctttggcttg 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6523587 ttgattgcaaggttggcttcaatagctgaagaggtttgtttccttgatgtgatttcaaaagttaaaaagtatttgaaagagatcattgagccttggcttg 6523488  T
Q  391 atggaacaatcaaagaaaatgaatttctatatgatcagaaatggggagatattgttaccaaacaaggatgttctgctgactctagttctgattcttgttc 490  Q
    |||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||     
T  6523487 atggaactttcaaataaaatggatttctatatgatcagaaatggggagatattgttaccaaacaaagatgttctgctgactctagttctgattttggttg 6523388  T
Q  491 ttagtcttattgttctcagcttcatcgctagggatatttcctttatggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagctt 590  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6523387 --agtcttattgttctcagcttcatcgctagggatatttcctttatggtatttctgttcttgtaatgattgatccatattggggtgagaagtataagctt 6523290  T
Q  591 caagtttattcactcatggaagattttatgaacttgagcacatgttcgaacccaaatcatatgcatctaaggtgtttcgattgttataaaatgcattctt 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6523289 caagtttattcactcatggaagattttatgaacttgagcacatgttcgaacccaaatcatatgcatctaaggtgtttcgattgttataaaatgcattctt 6523190  T
Q  691 gagctgtagggttaagggttacaagaattgaaaatggcagataccagaagggagctagtg 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6523189 gagctgtagggttaagggttacaagaattgaaaatggcagataccagaagggagctagtg 6523130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 63 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 6465766 - 6465361
Alignment:
Q  63 ataatgttactgttttgaatgatttaaagtataatagcattaatggagagtttgttggtgaagttg---atctatggcctttgaaaagtcgatcctgttt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||| ||  |||||||||  ||||   ||  ||||   |||||||  |||||| ||||    
T  6465766 ataatgttactgttttgaatgattttaagtatagaagtattgatggtgatcttgttggtgttgttggtgattcatggttgttgaaaac-cgatccggttt 6465668  T
Q  160 ctgtaacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaattcatctgcaat 259  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||  ||||||||| | ||| |||| |||||||| ||||||| ||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||    
T  6465667 ctgtaacttggcattctactaagggtgttaaagaagaatctcatgatgagattgtttccgttcttttgaaagatgttgaaggtttgaattcgtctgcaat 6465568  T
Q  260 aacaacgacttcgtcttatttttatggaaaattgat---------tgcaaggttggcttcaatagctgaagaggtttgtttcctcgatgtgatttcaaaa 350  Q
    | | |||| ||||||||| |||||||| || |||||         ||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||    
T  6465567 agcgacgaattcgtcttacttttatggcaagttgattgctagggctgctaggttggctttgattgctgaagaggtttgtttccttgatgtgattccgaaa 6465468  T
Q  351 gttagaaagtatttgaaagagatcattgagctttggcttgatggaacaatcaaagaaaatgaatttctatatgatcagaaatggggagatattgttacca 450  Q
     |||| |||| |||||| || |  ||||||| |||||||||||||||  | || | ||||| |||||| ||||||   ||||||||||  ||||||||||    
T  6465467 attaggaagtttttgaaggaaactattgagccttggcttgatggaacttttaatggaaatggatttctctatgatggaaaatggggaggaattgttacca 6465368  T
Q  451 aacaagg 457  Q
    |||||||    
T  6465367 aacaagg 6465361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 312 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 6526545 - 6526403
Alignment:
Q  312 atagctgaagaggtttgtttcctcgatgtgatttcaaaagttagaaagtatttgaaagagatcattgagctttggcttgatggaacaatcaaagaaaatg 411  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||||  | || | |||||    
T  6526545 atagcggaagaggtttgtttccttgatgtgattccaaaagttagaaagtatttgaaggaaaccattgagccttggcttgatggaacttttaatggaaatg 6526446  T
Q  412 aatttctatatgatcagaaatggggagatattgttaccaaaca 454  Q
     |||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  6526445 gatttctttatgataaaaaatggggagatattgtaaccaaaca 6526403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 298
Target Start/End: Original strand, 6520315 - 6520549
Alignment:
Q  66 atgttactgttttgaatgatttaaagtataatagcattaatggagagtttgttggtgaagttg---atctatggcctttgaaaagtcgatcctgtttctg 162  Q
    |||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||  |||||||||   |||   ||  ||||  |||||||| | |||||||||||||    
T  6520315 atgttactattttgagtgattttaagtataaaagcattgatggagaccttgttggtgtcattggtgattcatggtttttgaaaact-gatcctgtttctg 6520413  T
Q  163 taacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaattcatctgcaataac 262  Q
    |||||||||| ||| |||||||||  ||  |||||   ||| | ||||||||||| |  |||| ||| |||||||||| |||||||||||| |  ||| |    
T  6520414 taacttggcattcttcaaatggtgttaagaaagaataccataaagaaattgtttcagcacttttgaaagatgttgaggatctaaattcatcagatatatc 6520513  T
Q  263 aacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgc 298  Q
    ||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  6520514 aacaacatcgtcttattcttatggaaagttgattgc 6520549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 149 - 301
Target Start/End: Original strand, 13035575 - 13035727
Alignment:
Q  149 cgatcctgtttctgtaacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaat 248  Q
    |||| |||||||||||||||||||  | |  || ||||  ||||||||| ||||| |  |||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||     
T  13035575 cgattctgtttctgtaacttggcatacaagcaaaggtgtaaaagaagaatcacatgacaaaattgtttcagctctttcgaaagatgttgaaggtctaaag 13035674  T
Q  249 tcatctgcaataacaacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgcaag 301  Q
    |||||  | ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  13035675 tcatcaccgataacaacgacatcatcttacttttatggaaaattgatagcaag 13035727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 534 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 6465287 - 6465191
Alignment:
Q  534 tatggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatgaacttgagca 630  Q
    ||||| |||| ||| |||| |||||||||||||  |||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  6465287 tatggaattgctgtgcttgcaaagattgatccaatttggggtaggaagtataagcctcaagcttattcactcatggctgattttatgaacttgagca 6465191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 312 - 364
Target Start/End: Original strand, 1841894 - 1841946
Alignment:
Q  312 atagctgaagaggtttgtttcctcgatgtgatttcaaaagttagaaagtattt 364  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1841894 atagctgaagaggtttgtttccttgatgtgattccaaaagttagaaagtattt 1841946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 302
Target Start/End: Original strand, 6472877 - 6473029
Alignment:
Q  150 gatcctgtttctgtaacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaatt 249  Q
    |||||||||||| | |||||||| || |  || ||||  ||||||||| ||||| | ||||||||||| | |||||| || ||||||||| ||||||| |    
T  6472877 gatcctgtttctattacttggcattcaagcaaaggtgtaaaagaagaatcacatgacgaaattgtttcagctctttcaaaagatgttgagagtctaaagt 6472976  T
Q  250 catctgcaataacaacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgcaagg 302  Q
    ||||  | ||||||||  | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6472977 catcaccgataacaacagcatcatcttacttttatggaaaattgatagcaagg 6473029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 235 - 282
Target Start/End: Original strand, 6523667 - 6523714
Alignment:
Q  235 ttgagggtctaaattcatctgcaataacaacgacttcgtcttattttt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6523667 ttgagggtctaaattcatctgcaataacaacgacttcgtctcattttt 6523714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 522 - 624
Target Start/End: Original strand, 6520785 - 6520887
Alignment:
Q  522 ggatatttcctttatggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatga 621  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||  |||||||  |||||||    |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  6520785 ggatatttcctttatggtattgctgttcttgctaaacttgatcccgattggggaagaaagtataagcctcaagcttatgcactcatggaagatttcatga 6520884  T
Q  622 act 624  Q
    |||    
T  6520885 act 6520887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 357 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 6528321 - 6528221
Alignment:
Q  357 aagtatttgaaagagatcattgagctttggcttgatggaacaatcaaagaaaatgaatttctatatgatcagaaatggggagatattgttaccaaacaag 456  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||  |||| |||||| |||||| | ||||||||||  ||| |||| |||||||    
T  6528321 aagtatttgaaggagatgattgagccttggcttgatggaactttcaaaggtaatggatttctctatgataaaaaatggggagggattattacaaaacaag 6528222  T
Q  457 g 457  Q
    |    
T  6528221 g 6528221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 555 - 630
Target Start/End: Original strand, 6473288 - 6473363
Alignment:
Q  555 aagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatgaacttgagca 630  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||| ||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6473288 aagattgatccagtttggggtaagaaatataagcctcaagcctatgcactcatggaagattttatgaccttgagca 6473363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 301
Target Start/End: Original strand, 6515849 - 6516089
Alignment:
Q  66 atgttactgttttgaatgatttaaagtataatagcattaatggagagtttgttggtgaagttg---atctatggcctttgaaaagtcgatcctgtttctg 162  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||| | |||||| |||||||  |||||||||  ||||   ||  ||||  ||||||||  ||||||  ||||||    
T  6515849 atgtaactgttttggatgatttcaagtatcaaagcattgatggagaccttgttggtgttgttggtgattcatggattttgaaaac-cgatccgatttctg 6515947  T
Q  163 taacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaattcatctgcaataa- 261  Q
    |||||||||| || |  || |||   ||||||||| ||||| ||||||||||||||   ||||  || |||||||| ||| |||||||||| |||||||     
T  6515948 taacttggcattcaagcaaaggtataaaagaagaatcacatgatgaaattgtttcgtcgcttttaaaagatgttgaaggtttaaattcatcagcaataac 6516047  T
Q  262 --caacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgcaag 301  Q
      |||  ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||    
T  6516048 atcaattacttcatcttacttctatggacaattgattgcaag 6516089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 133 - 298
Target Start/End: Original strand, 1822098 - 1822259
Alignment:
Q  133 atggcctttgaaaagtcgatcctgtttctgtaacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatga 232  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |  || ||||  ||| ||||| | |||   ||||||||||| | | ||| ||| ||    
T  1822098 atggcttttgaaaa-tcgatcctgtttccgtaacttggcattcaagcaaaggtgttaaacaagaatctcat---gaaattgtttcagctattttgaaaga 1822193  T
Q  233 tgttgagggtctaaattcatctgcaataacaacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgc 298  Q
    |||||| ||| | || ||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||| | |||||||||||    
T  1822194 tgttgaaggtatgaactcatctgcaataacaacaaattcttcttacttttatagtaaattgattgc 1822259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 312 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 6505653 - 6505527
Alignment:
Q  312 atagctgaagaggtttgtttcctcgatgtgatttcaaaagttagaaagtatttgaaagagatcattgagctttggcttgatggaacaatcaaagaaaatg 411  Q
    ||||||||||||||||  ||| | ||||  |||  |||||| ||||| | |||||| || | |||||||| |||||||||||||||  | || | |||||    
T  6505653 atagctgaagaggttttcttctttgatgctattgaaaaagtaagaaactttttgaaggaaaccattgagccttggcttgatggaacttttaatggaaatg 6505554  T
Q  412 aatttctatatgatcagaaatggggag 438  Q
     ||||||||||||| | ||||||||||    
T  6505553 gatttctatatgataaaaaatggggag 6505527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 6528677 - 6528587
Alignment:
Q  20 tagcacactctcttcatctacagcttt-atctgagaacgattatat-aatgttactgttttgaatgatttaaagtataatagcattaatgg 108  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||  ||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||    
T  6528677 tagcacaccctcttcatcttcagcttttatctgagaaagattgtaagaatattactgttttgagtgatttcaagtataaaagcattgatgg 6528587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 205 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 6526661 - 6526565
Alignment:
Q  205 atgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaattcatctgcaataacaacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgcaag 301  Q
    ||||||||||||| |  ||||  || |||||||| || || ||||||||  |||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6526661 atgaaattgtttcagcactttgtaaggatgttgaaggactgaattcatcaacaataaaaacaaaatcatcttatttttatggaaaattgattgcaag 6526565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 549 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 6505419 - 6505297
Alignment:
Q  549 cttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatgaacttgagcacatgttcgaacccaaatc 648  Q
    ||||||||||| ||||||   ||||||  ||| ||||||  |||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |   |||||| |||||     
T  6505419 cttgtaaagatcgatccaacatggggtaggaaatataaggctcaagcctattcacttgtggaagattttatgaacttaagcatagaatcgaactcaaatt 6505320  T
Q  649 atatgcatctaaggtgtttcgat 671  Q
    ||| || | ||||||||||||||    
T  6505319 atacgcgtttaaggtgtttcgat 6505297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 521 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 6528160 - 6528050
Alignment:
Q  521 gggatatttcctttatggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatg 620  Q
    |||||||||  ||||||  |||| ||| ||||  ||||||||||||  |||||||  ||||||||||  |||||  |||||| |  ||||||||||||||    
T  6528160 gggatattttgtttatgcaattgctgtgcttgctaagattgatccagcttggggtaggaagtataaggctcaagcatattcattattggaagattttatg 6528061  T
Q  621 aacttgagcac 631  Q
    || ||||||||    
T  6528060 aatttgagcac 6528050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 366
Target Start/End: Original strand, 1831843 - 1831872
Alignment:
Q  337 atgtgatttcaaaagttagaaagtatttga 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1831843 atgtgatttcaaaagttagaaagtatttga 1831872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 29 - 671
Target Start/End: Original strand, 35231148 - 35231794
Alignment:
Q  29 ctcttcatctacagcttt-atctgagaacgattata-taatgttactgttttgaatgatttaaagtataatagcattaatggagagtttgttggtgaagt 126  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || | ||  |||||||||  ||    
T  35231148 ctcttcatcttcagcttttatctgagaatgattgtaataatgttactgttttgaatgattttaagtataaaagcattgatagtgaacttgttggtgttgt 35231247  T
Q  127 tg------atctatggcctttgaaaagtcgatcctgtttctgtaacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggt 220  Q
    ||      ||| ||||| ||||||||  | || |||||| |||||||||||||| || ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  35231248 tggttgtgatccatggcttttgaaaac-caattctgtttttgtaacttggcactttataaatggtgttaaagaagaattacattatgaaattgtttcggt 35231346  T
Q  221 tctttcgaatgatgttgagggtctaaattcatctgcaataacaacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgcaaggttggcttcaatagctgaa 320  Q
    || || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  35231347 tcctttgaatgatgttgagggactaaattcatctgcgataacaaggacttcatcttatttttatggaaaattgattgcaaggttggctttgatagctgaa 35231446  T
Q  321 gaggtttgtttcctcgatgtgatttcaaaagttagaaagtatttgaaagagatcattgagctttggcttgatggaacaatcaaagaaaatgaatttctat 420  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  35231447 gaggtttgtttccttgatgtgattccaaaagttaagaagtatttgaaagagatcattgagccttggcttgatggagctatcaaagaaaatggatttctat 35231546  T
Q  421 atgatcagaaatggggagatattgttaccaaacaaggatgttctgctgactctagttctgattcttgttcttagtcttattgttctcagcttcatcgcta 520  Q
    |||||||| ||||| |||   ||||||| |||||||||||||   |||| ||||||| ||||| | | ||| | | ||||  |||||  ||  |||  |     
T  35231547 atgatcaggaatggagagtagttgttacaaaacaaggatgtt---ctgattctagttatgattttggatctgaattttatacttctcgactatatcattt 35231643  T
Q  521 gggatatttcctttatggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatg 620  Q
    | ||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||   ||  | ||||||||| ||| |||| ||||||    
T  35231644 gagatatttccttgatggtattgttattcttgtaaacattgatccatgttggggtaagaagtataaatgtcgggcttattcacttatgcaagagtttatg 35231743  T
Q  621 aacttgagcacatgttcgaacccaaatcatatgcatctaaggtgtttcgat 671  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||    
T  35231744 aacttgagcacatgttcgaacccgaattatacacatttaaggtgtttcgat 35231794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 163 - 437
Target Start/End: Original strand, 35242929 - 35243203
Alignment:
Q  163 taacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaattcatctgcaataac 262  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || ||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||||    
T  35242929 taacttggcactctacaaatggtgtgaaagaagaagcacattatgaaatagtttcggttcctttgaacgattttgagggactaaaggcatctgcaataac 35243028  T
Q  263 aacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgcaaggttggcttcaatagctgaagaggtttgtttcctcgatgtgatttcaaaagttagaaagtat 362  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||  ||||||    
T  35243029 aaggacttcatcttatttttatggaaaattgattgcatagttggctttgatagctgaagaggtttgtttctttgatgtgattccaaaagttaagaagtat 35243128  T
Q  363 ttgaaagagatcattgagctttggcttgatggaacaatcaaagaaaatgaatttctatatgatcagaaatgggga 437  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  35243129 ttgaaagaggtcattgagctttggcttgatggaactttcaaagaaaatgaatttgtatatgatcaagaatgggga 35243203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 549 - 628
Target Start/End: Original strand, 35244264 - 35244343
Alignment:
Q  549 cttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatgaacttgag 628  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||   |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35244264 cttgttaagattgatccaacttggggtaggaagtataaatctcaagcctattcactcatgaaagattttatgaacttgag 35244343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 150 - 643
Target Start/End: Original strand, 9665133 - 9665641
Alignment:
Q  150 gatcctgtttctgtaacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaatt 249  Q
    ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| | ||| |||||||  ||| | ||||| |||||    |||| || ||||||||||||||||||||    
T  9665133 gatccggtttctgtaacatggctatctacaaatggcgtgaaggaagaacaccataaagaaatcgtttcatcgcttttgagtgatgttgagggtctaaatt 9665232  T
Q  250 catctgcaataacaacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgca-----aggttggctt-ca---atagctgaagaggtttgtttcctcgatgt 340  Q
    |||||  ||||||||| || || || || |||||||||||||||||||||     || | ||||| ||   ||||||||||| |||| |||| | ||| |    
T  9665233 catctttaataacaacaacatcttcatacttttatggaaaattgattgcaagagcagctaggcttgcattgatagctgaagacgtttttttctttgatat 9665332  T
Q  341 gatttcaaaagtt-aga-----aagtatttgaaagagatcattgagctttggcttgatggaacaatcaaagaaaatgaatttctatatgatcagaaatgg 434  Q
    | || |||| ||| |||     |||| ||||||||| |  ||||| |  ||| ||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  9665333 ggttccaaatgttaagattaagaagtttttgaaagaaactattgaaccgtggtttgatggaactttcaaagaaaatggatttctgtatgatcagaaatgg 9665432  T
Q  435 ggagatattgttaccaaacaaggatgttctgctgactctagttctgattcttgttcttagtcttattgttctcagcttcatcgctagggatatttccttt 534  Q
    ||||  ||||| ||||||||||  | | ||||||| || | |  |  || | ||||| | | ||||  | | || |||||||  | ||||||||||||||    
T  9665433 ggaggaattgtaaccaaacaagactttgctgctgattccaatgatagttttggttctgaattttataatgcccaacttcatcatttgggatatttccttt 9665532  T
Q  535 atggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatgaacttgagcacatg 634  Q
    |||| |||| |||| | || ||| | |||||  ||||||||   |||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  9665533 atgggattgctgttatggttaagctcgatcccgattggggtagaaagtataagcctcaagcctattcacttatggaagatttcgtgaacttaagcacatg 9665632  T
Q  635 ttcgaaccc 643  Q
    ||| |||||    
T  9665633 ttcaaaccc 9665641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 525 - 626
Target Start/End: Original strand, 3754043 - 3754144
Alignment:
Q  525 tatttcctttatggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatgaact 624  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||  | |||||||| |  |||| |||||||||  || |||||||||||||||    
T  3754043 tattttctttatggaattgctgttcttgcaaagattgatccattttggggacaaaagtataaaccacaagcttattcacttttgcaagattttatgaact 3754142  T
Q  625 tg 626  Q
    ||    
T  3754143 tg 3754144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 525 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 4046195 - 4046094
Alignment:
Q  525 tatttcctttatggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatgaact 624  Q
    ||||| |||||||| ||||  ||||||| ||| |||||||| | ||||||  | |||||||| |  ||||||||||||||  || |||||||||||||||    
T  4046195 tattttctttatggaattggagttcttgcaaaaattgatccttcttggggacaaaagtataaaccacaagtttattcacttgtgaaagattttatgaact 4046096  T
Q  625 tg 626  Q
    ||    
T  4046095 tg 4046094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 555 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 46383350 - 46383274
Alignment:
Q  555 aagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaa-gtttattcactcatggaagattttatgaacttgagca 630  Q
    |||||||||||   |||||||  ||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46383350 aagattgatcctatttggggtaggaagtataagtctcaaagcttattcactcatggaagatattatgaacttgagca 46383274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 150 - 643
Target Start/End: Original strand, 13536157 - 13536665
Alignment:
Q  150 gatcctgtttctgtaacttggcactctacaaatggtgcgaaagaagaaccacattatgaaattgtttcggttctttcgaatgatgttgagggtctaaatt 249  Q
    ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| | ||| |||||||  ||| | ||||| |||||    |||| || ||||||||||||||||||||    
T  13536157 gatccggtttctgtaacatggctatctacaaatggcgtgaaggaagaacaccataaagaaatcgtttcatcgcttttgagtgatgttgagggtctaaatt 13536256  T
Q  250 catctgcaataacaacgacttcgtcttatttttatggaaaattgattgca-----aggttggctt-ca---atagctgaagaggtttgtttcctcgatgt 340  Q
    |||||  ||||||||| || || || || |||||||||||||||||||||     || | ||||| ||   ||||||||||| |||| |||| | ||| |    
T  13536257 catctttaataacaacaacatcttcatacttttatggaaaattgattgcaagagcagctaggcttgcattgatagctgaagacgtttttttctttgatat 13536356  T
Q  341 gatttcaaaagtt-aga-----aagtatttgaaagagatcattgagctttggcttgatggaacaatcaaagaaaatgaatttctatatgatcagaaatgg 434  Q
    | || |||| ||| |||     |||| ||||||||| |  ||||| |  ||| ||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  13536357 ggttccaaatgttaagattaagaagtttttgaaagaaactattgaaccgtggtttgatggaactttcaaagaaaatggatttctgtatgatcagaaatgg 13536456  T
Q  435 ggagatattgttaccaaacaaggatgttctgctgactctagttctgattcttgttcttagtcttattgttctcagcttcatcgctagggatatttccttt 534  Q
    ||||  ||||| ||||||||||  | | ||||||| || | |  |  || | ||||| | | ||||  | | || |||||||  | ||||||||||||||    
T  13536457 ggaggaattgtaaccaaacaagactttgctgctgattccaatgatagttttggttctgaattttataatgcccaacttcatcatttgggatatttccttt 13536556  T
Q  535 atggtattgatgttcttgtaaagattgatccatattggggtgagaagtataagcttcaagtttattcactcatggaagattttatgaacttgagcacatg 634  Q
    |||| |||| |||| | || ||| | |||||  ||||||||   |||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  13536557 atgggattgctgttatggttaagctcgatcccgattggggtagaaagtataagcctcaagcctattcacttatggaagatttcgtgaacttaagcacatg 13536656  T
Q  635 ttcgaaccc 643  Q
    ||| |||||    
T  13536657 ttcaaaccc 13536665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University