View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20777_high_4 (Length: 628)

Name: NF20777_high_4
Description: NF20777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20777_high_4
NF20777_high_4
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-617)||(742148-742742)
chr2 (242-606)||(42449289-42449659)
chr2 (1-162)||(42449840-42449998)
chr2 (358-593)||(740079-740319)
chr2 (158-189)||(42449743-42449774)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (377-595)||(10046583-10046801)
chr7 (1-161)||(10046036-10046193)
chr7 (497-595)||(38708308-38708406)
chr7 (1-161)||(38707828-38707983)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (442-595)||(45468309-45468462)
chr4 (3-162)||(45467891-45468047)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (5-134)||(43065079-43065205)
chr5 (1-124)||(43064652-43064772)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 742742 - 742148
Alignment:
Q  1 cctattccttagtccaactggtgttggtaaaacagaagaacttgctaaagctcttgctgaacaactctttgatgatgaaaaccagttggtgagaatgaac 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  742742 cctattccttggtccaactggtgttggtaaaacagaa---cttgctaaagctcttgctgaacaactctttgatgatgaaaaccagttggtgagaatgaac 742646  T
Q  101 atgtcggagtacatggaacaacaccatgtgtcaagattgattgatgcagcaccagggtaagtgttttgtccatgtgaaataagagctacgtacaaatgtc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |  ||||||||||    
T  742645 atgtcggagtacatggaacaacactatgtgtccagattgattgatgcagcaccagggtaagtgttttgtccatgtgaaataattaagagctacaaatgtc 742546  T
Q  201 ggtcaattcaacctaagattgaagacatcattggnnnnnnncaattctagtttagacttatagtctttaacgttcaaaatatgcatctcatgtctcattc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  742545 ggtcaattcaacctaagattgaagacatcattg-----------------tttagacttatagtctttaacgttcaaaatatgcatctcatgtctcattc 742463  T
Q  301 acttattctgaattaaattttcaggtttgttgcacaattaacagaattgttgtgagaagaaggccaaacattgtgctacttttcgaagaagtggagaaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  742462 acttattctgaattaaattttcaggtttgttgcacaattaacagaa--gttgtgagaagaaggccaaacattgtgctacttttcgaagaagtggagaaag 742365  T
Q  401 cacatatttctgtaatcaacaaactactttatatcttagaggatgggagtttaactgatggacaaggcagaactgtggattttacgaacacggtcgttat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  742364 cacatatttctgtaatcaacaaactactttatatcttagaggatgggagtttaactgatggacaaggcagaactgtggattttacgaacacggtcgttat 742265  T
Q  501 catgacctcgaaccttggcgctgatcatctccaaagtggactttcaggaaaatgtaccatgcaagttgctcacgatcgagtaatgcaggaagtaactgat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  742264 catgacctcgaaccttggcgctgatcatctccaaagtggactttcaggaaaatgtaccatgcaagttgctcacgatcgagtaatgcaggaagtaactgat 742165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 242 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 42449659 - 42449289
Alignment:
Q  242 caattctagtttagacttatagtctttaac---------gttcaaaatatgcatctcatgtctcattcacttattctgaattaaattttcaggtttgttg 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||         |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  42449659 caattctagtttagacttatagtctttaacttatcttgagttcgaaatatgcatctcatgtctcattcacttattttgaattga-ttttcaggtttgttg 42449561  T
Q  333 cacaattaacagaattgttgtgagaagaaggccaaacattgtgctacttttcgaagaagtggagaaagcacatatttctgtaatcaacaaactactttat 432  Q
     || ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  42449560 gacgattaacagaa--gttgtgagaagaaggccaaacagtgtgctacttttggaagaagtggagaaagcacatacttcagtaatcaacaaattactttat 42449463  T
Q  433 atcttagaggatgggagtttaactgatggacaaggcagaactgtggattttacgaacacggtcgttatcatgacctcgaaccttggcgctgatcatctcc 532  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||     
T  42449462 atcttagaggatggaagtttaactgatggacaaggcagaactgtggattttacgaacatggtcattatcatgacctcgaaccttggtgccgatcatctct 42449363  T
Q  533 aaagtggactttcaggaaaatgtaccatgcaagttgctcacgatcgagtaatgcaggaagtaactgatcatttc 606  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  42449362 taagtggactttcaggaaaatgtaccatccaagtagctcacgatcgagtaatgcaggaagtcagtgagcatttc 42449289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 42449998 - 42449840
Alignment:
Q  1 cctattccttagtccaactggtgttggtaaaacagaagaacttgctaaagctcttgctgaacaactctttgatgatgaaaaccagttggtgagaatgaac 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42449998 cctattccttggtccaactggtgttggtaaaacagaa---cttgctaaggctcttgctgagcaactatttgatgatgaaaatcagttggtgagaatgaac 42449902  T
Q  101 atgtcggagtacatggaacaacaccatgtgtcaagattgattgatgcagcaccagggtaagt 162  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42449901 atgtcggagtacatggaacaacactatctgtcaagattgattgatgcagcaccagagtaagt 42449840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 358 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 740319 - 740079
Alignment:
Q  358 agaaggccaaacattgtgctacttttcgaagaagtggagaaagcacatatttctgtaatcaacaaactactttatatcttagaggatgggagtttaactg 457  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||  || ||| |  ||||| |  |||||||  ||||||    
T  740319 agaaggccacacagtgtgatacttttagagcaagtggagaaagcacatatatctgtattaaacactctgcttgaagtcttaaattatgggaggctaactg 740220  T
Q  458 atggacaaggcagaactgtggattttacga-----acacggtcgttatcatgacctcgaaccttggcgctgatcatctccaaagtggactttcaggaaaa 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||     |||| ||| ||||||||||||| ||||||||  | || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  740219 atggacaaggcagaactgtggattttaggataggaacacagtcattatcatgacctcaaaccttggttccgagcatctcctaagtggactttcaggaaaa 740120  T
Q  553 tgtaccatgcaagttgctcacgatcgagtaatgcaggaagt 593  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  740119 tgtaccatggaagttgctcgcgataaagtaatgcaggaagt 740079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 42449774 - 42449743
Alignment:
Q  158 taagtgttttgtccatgtgaaataagagctac 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42449774 taagtgttttgtccatgtgaaataagagctac 42449743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 377 - 595
Target Start/End: Original strand, 10046583 - 10046801
Alignment:
Q  377 tacttttcgaagaagtggagaaagcacatatttctgtaatcaacaaactactttatatcttagaggatgggagtttaactgatggacaaggcagaactgt 476  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||  |||||| ||||||  || ||| |  || |||| || || || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10046583 tactttttgatgaagtagagaaagcacatacatctgtattcaacactctgcttcaagtcctagatgacggaagattaactgatggccaaggaagaactgt 10046682  T
Q  477 ggattttacgaacacggtcgttatcatgacctcgaaccttggcgctgatcatctccaaagtggactttcaggaaaatgtaccatgcaagttgctcacgat 576  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  10046683 ggattttaggaacacagtcattatcatgacctcaaacctcggcgccgatcatctcataagtggactttcaggaaattgtaccatgcaagttgctcgcgac 10046782  T
Q  577 cgagtaatgcaggaagtaa 595  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  10046783 cgagtaatgctggaagtaa 10046801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 10046036 - 10046193
Alignment:
Q  1 cctattccttagtccaactggtgttggtaaaacagaagaacttgctaaagctcttgctgaacaactctttgatgatgaaaaccagttggtgagaatgaac 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||| |  ||    
T  10046036 cctattccttggtccaactggtgtcggtaaaacagaa---cttgctaaggctcttgctcaacaactctttgataatgaaaatcagatggttagacttgac 10046132  T
Q  101 atgtcggagtacatggaacaacaccatgtgtcaagattgattgatgcagcaccagggtaag 161  Q
    |||||||| ||||||||  || ||   || ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  10046133 atgtcggaatacatggagaaatactccgtatcaagattgattggtgcaccaccagggtaag 10046193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 497 - 595
Target Start/End: Original strand, 38708308 - 38708406
Alignment:
Q  497 ttatcatgacctcgaaccttggcgctgatcatctccaaagtggactttcaggaaaatgtaccatgcaagttgctcacgatcgagtaatgcaggaagtaa 595  Q
    ||||||||||||| |||||||| || || ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  38708308 ttatcatgacctcaaaccttggtgccgagcatctcataagtggactttcaggaaaatgcaccatgcaagttgctcgtgatcgagtaatgcaggaagtaa 38708406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 38707828 - 38707983
Alignment:
Q  1 cctattccttagtccaactggtgttggtaaaacagaagaacttgctaaagctcttgctgaacaactctttgatgatgaaaaccagttggtgagaatgaac 100  Q
    |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||  || | ||| |  ||    
T  38707828 cctattccttggtccaaatagtgttggtaaaacagaa---cttgctaaggctcttgctcaataactctttgctgatgaaaatcatatgattagactcgac 38707924  T
Q  101 atgtcggagtacatggaacaacaccatgtgtcaagattgattgatgcagcaccagggtaag 161  Q
    |||||||| ||||||||| || ||  | | ||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  38707925 atgtcggaatacatggaaaaagac--tctatcaagattgattggtgcaccaccagggtaag 38707983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 442 - 595
Target Start/End: Original strand, 45468309 - 45468462
Alignment:
Q  442 gatgggagtttaactgatggacaaggcagaactgtggattttacgaacacggtcgttatcatgacctcgaaccttggcgctgatcatctccaaagtggac 541  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||  | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||   |||||||    
T  45468309 gatgggaggttgactgacggacaaggcagaactgtggattttagaaacactgtgatcatcatgacctctaaccttggtgctgagcatctcttgagtggac 45468408  T
Q  542 tttcaggaaaatgtaccatgcaagttgctcacgatcgagtaatgcaggaagtaa 595  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  45468409 tttcaggaaaatgtaccatgcaagctgctcgcgatcgagtgatgcaggaagtaa 45468462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 162
Target Start/End: Original strand, 45467891 - 45468047
Alignment:
Q  3 tattccttagtccaactggtgttggtaaaacagaagaacttgctaaagctcttgctgaacaactctttgatgatgaaaaccagttggtgagaatgaacat 102  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||    ||||| || |||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  45467891 tattccttggtccgactggtgttggtaaaactgag---cttgcaaaggctcttgcagagcagctatttgatgatgaaaatcagttggtgagaattgacat 45467987  T
Q  103 gtcggagtacatggaacaacaccatgtgtcaagattgattgatgcagcaccagggtaagt 162  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  45467988 gtcggaatacatggaacaacactctgtatcaagattgattggtgcaccaccagggtaagt 45468047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 52; Significance: 2e-20; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 134
Target Start/End: Original strand, 43065079 - 43065205
Alignment:
Q  5 ttccttagtccaactggtgttggtaaaacagaagaacttgctaaagctcttgctgaacaactctttgatgatgaaaaccagttggtgagaatgaacatgt 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||    | |||||| || |||||||  |||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||    
T  43065079 ttcctttgtccaactggtgttggtaaaac---tggacttgcaaaggctcttgtggaacaactttttgatgatgaaaatcggttagtgagaattaacatgt 43065175  T
Q  105 cggagtacatggaacaacaccatgtgtcaa 134  Q
    |||| |||||||||||| || |||| ||||    
T  43065176 cggaatacatggaacaatacgatgtatcaa 43065205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 43064772 - 43064652
Alignment:
Q  1 cctattccttagtccaactggtgttggtaaaacagaagaacttgctaaagctcttgctgaacaactctttgatgatgaaaaccagttggtgagaatgaac 100  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||   ||||| |  |||||||| ||||||||  ||||||||||||| | ||| || |||||  ||    
T  43064772 cctattccttggtccaattggtgttggtaaaactgaa---cttgcaatggctcttgcagaacaacttcttgatgatgaaaatcggttagttagaattgac 43064676  T
Q  101 atgtcggagtacatggaacaacac 124  Q
    |||||||| |||||||||||||||    
T  43064675 atgtcggaatacatggaacaacac 43064652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University