View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20783_low_1 (Length: 771)

Name: NF20783_low_1
Description: NF20783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20783_low_1
NF20783_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-755)||(54472165-54472933)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 755
Target Start/End: Original strand, 54472165 - 54472933
Alignment:
Q  1 gtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttgtcattatcctactctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472165 gtggtataatagcagttgcaggtgcagcttgtataatcctccttgtcattatcctactctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctca 54472264  T
Q  101 tcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttatatatctcctatttcnnnnnnnaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472265 tcacattcattactaccctactccagcacacggtatatatttttatatatctcctatttctttttttaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagt 54472364  T
Q  201 ttagaatagttaatggaggaag------------ttaattaattaatgattcatagcctattcttannnnnnngatcagaaatggatcctctaaagcttt 288  Q
    |||||||||||||||| |||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  54472365 ttagaatagttaatgggggaagctaattaattaattaattaattaatgattcatagcctattcttatttttttgatcagaaatggatcctctaaagcttt 54472464  T
Q  289 tgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaaccgttagatatnnnnnnnn 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||            
T  54472465 tgcatggtgccatagtcgacgcggtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaactgtaagatataaaaaaaa 54472564  T
Q  389 n--gttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtcttataa 486  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  54472565 aatgttatctttgaatttatcaatccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtgttataa 54472664  T
Q  487 tgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgtggggtgattaggggc 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  54472665 tgctaataagtgggagagtcaattaagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgaggggtgattagggac 54472764  T
Q  587 gcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaatttaaatcctaatcttttaagatgacgatgatagaaaggaactgcacaattggt 686  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472765 gcgggtttgaagcctgaaccgtaatatataaatacaagttgtacaatttaaatcctattcttttaagatgacgatgatagaaaggaactgcacaattggt 54472864  T
Q  687 ataactttgttaccaaacatatgtgttctctgcttatggaatttcttgcttctactctaccgatatata 755  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472865 ataactttgttaccaaacatatgtgttctctgcttatggaatttcttgcttctactctaccgatatata 54472933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University