View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20783_low_4 (Length: 680)

Name: NF20783_low_4
Description: NF20783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20783_low_4
NF20783_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-664)||(46297374-46298011)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 46298011 - 46297374
Alignment:
Q  14 agcagagaatccaattcatgaggtacacacaagtacactacaaacttcacaaaggcaatggagtagaagcagcatattagatnnnnnnn-gaaaagtttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||    
T  46298011 agcagagaatccaattcatgaggtacacacaagtacactacaaacttcacaaaggcaatggagtagaagcagcatattagataaaaaaaagaaaagtttg 46297912  T
Q  113 gaaagcatttaccttgtatagcatagttagcttgcgagttgatgcatcaatatgtgcactaacatgataatttgccacaccaacaatttgcttatgtgta 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46297911 gaaagcatttaccttgtatagcatagttagcttgcgagttgatgcatcaatatgtgcactaacatgataatttgccacaccaacaatttgcttatgtgta 46297812  T
Q  213 tcattgctgccattttcatcggctaatgcagtcagctcatgaaagtgggttgcaaataaagtaggtgctttgatcacgtcaacaatgtgctcacaaatgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46297811 tcattgctgccattttcatcggctaatgcagtcagctcatgaaagtgggttgcaaataaagtaggtgctttgatcacatcaacaatgtgctcacaaatgg 46297712  T
Q  313 cccaagcaagaccttcatatcacaatataacatacaaacttattttaatgagctgaaatgtttattaagggatttttatgctaagccaactatatgaaaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46297711 cccaagcaagaccttcatatcacaatataacatacaagcttattttaatgagctgaaatgtttattaagggatttttatgctaagccaactatatgaaaa 46297612  T
Q  413 cacgaattgatacgtatatcctgacaccaatgtaaaacaccatactataactcgtttgataataattttgcagaatgcaattctcatcaatccgactatc 512  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46297611 catgaattgatacgtatatcctgacaccaatgtaaaacaccatactataactcgtttgataataattttgcagaatgcaattctcatcaatccgactatc 46297512  T
Q  513 aaattccaagcagccagaatattatcattgcgtgtccaatttaaaaaatatgaatatcaataaacttctaaccatatcgnnnnnnnactactcacattga 612  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  46297511 aaattccaagcagccagcatattatcattgcgtgtccaatttaa--------------aataaacttctaaccatatcgtttttttactactcacattga 46297426  T
Q  613 gaagcatatatcaatgtataaattggtttagcatgcattaatatgaacattt 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46297425 gaagcatatatcaatgtataaattggtttagtatgcattaatatgaacattt 46297374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University