View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20803_high_1 (Length: 857)

Name: NF20803_high_1
Description: NF20803
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20803_high_1
NF20803_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-841)||(43405531-43406370)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 841
Target Start/End: Original strand, 43405531 - 43406370
Alignment:
Q  12 atgaaccatagtaaaatataagccgttaaatgtgatacacccagaatatgtaagaatattcttccttcacaggacaccgcatgtaccttacaggctgtgt 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43405531 atgaaccatagtaaaatataagccgttaaatgtgatacacccagaatatgtaagaatattcttccttcacaggacaccgcatgtgccttacaggctgtgt 43405630  T
Q  112 tggaaccatagaggcagagccacccagacataatcttcagaaaatcactttgttgggtcacttctttttgctttttgggcccacaacgtgggccacttca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43405631 tggaaccatagaggcagagccacccagacataatcttcagaaaatcattttgttgggtcacttctttttgctttttgggtccacaacgtgggccacttca 43405730  T
Q  212 aaataagtcaaacgttatagaagatatgg---agaggcaataatttcaatctgaaacagaccgtttggtgatggtctacttcagtttggttgatgttaag 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43405731 aaataagtcaaacgttatagaagatatggtggagaggcaataatttcaatctgaaacagaccgtttggtgatggtctacttcagtttggttgatgttaag 43405830  T
Q  309 atcttagtgcatcatatcatataggtaggtgagtgcagtctgtactgcaaactttgcttaatgtgtacaatgaactatggagcaaataagtgttcaattt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43405831 atcttagtgcatcatatcatataggtaggtgagtacagtctgtactgcaaactttgcttaatgtgtacaatgaactatggagcaaataagtgttcaattt 43405930  T
Q  409 ttcaacaattattgtgaattatctttgtaatatatcattacttatttaatttaatacaaaacagtatacagggaattgaaagtgtcaataagaaaataac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43405931 ttcaacaattattgtgaattatctttgtaatatatcattacttatttaatttaatacaaaacagtatacagggaattgaaagtgtcaataagaaaataac 43406030  T
Q  509 catgcaaatatcattgctcaacagctaagtgtgcatgattatcactgcaatccaaaactcatgcttctttctgcaaagaatcacaacaaagattacaaca 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43406031 catgcaaatatcattgctcaacagctaagtgtgcatgattatcactgcaatccaaaactcatgcttctttctgcaaagaatcacaacaaagattacaaca 43406130  T
Q  609 tttcagaagagaacacttggatgggacttccttgttgaccaatgagtgtgt-------aagctttctttcaattatttggtgttttcttggtgcatgaga 701  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43406131 tttcagaagagaacacttggataggacttccttgttgaccaatgagtgtgtaatgtgaaagctttctttcaattatttggtattttcttggtgcatgaga 43406230  T
Q  702 aaatgtatcacgtggaatgatcagttccttctgaggtagctgtcagtagttcattccaggtggctagtttttccctaggcttgttccttaaactaccaag 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43406231 aaatgtatcacgtggaatgatcagttccttctgaggtagctgtcagtagttcattccaggtggctagtttttccctaggcttgttccttaaactaccaag 43406330  T
Q  802 cctcttttcttcagagtctatcttttcccaatcattgaat 841  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43406331 cctcttttcttcagagtctattttttcccaatcattgaat 43406370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University