View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20804_low_39 (Length: 242)

Name: NF20804_low_39
Description: NF20804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20804_low_39
NF20804_low_39
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (17-242)||(43998518-43998742)
chr8 (41-242)||(17955130-17955331)
chr8 (40-240)||(42513843-42514043)
chr8 (71-240)||(24885276-24885445)
chr8 (41-239)||(21641123-21641320)
chr8 (71-192)||(32016119-32016240)
chr8 (40-192)||(32010945-32011096)
chr8 (40-192)||(2165389-2165542)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (40-242)||(21080316-21080518)
chr7 (41-240)||(32211961-32212160)
chr7 (41-242)||(2233948-2234149)
chr7 (40-240)||(17496052-17496252)
chr7 (40-240)||(17556962-17557162)
chr7 (41-240)||(42572552-42572751)
chr7 (40-240)||(12935036-12935236)
chr7 (41-240)||(19308872-19309071)
chr7 (40-240)||(43893494-43893694)
chr7 (40-224)||(47176491-47176675)
chr7 (71-240)||(16538699-16538868)
chr7 (71-240)||(16626794-16626963)
chr7 (40-192)||(33238421-33238573)
chr7 (40-192)||(33243598-33243750)
chr7 (40-192)||(47994219-47994370)
chr7 (40-192)||(47999394-47999545)
chr7 (40-124)||(47544744-47544828)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (41-242)||(4162891-4163092)
chr2 (43-228)||(28751019-28751204)
chr2 (41-192)||(40392685-40392836)
chr2 (40-192)||(42728145-42728296)
chr2 (41-192)||(44096721-44096871)
chr2 (41-192)||(44754132-44754282)
chr2 (72-192)||(42723007-42723127)
chr2 (40-192)||(44759297-44759448)
chr2 (74-192)||(40520003-40520122)
chr2 (71-192)||(40518075-40518197)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (41-242)||(3585251-3585452)
chr1 (41-242)||(5730721-5730922)
chr1 (40-197)||(5725360-5725517)
chr1 (71-240)||(48245998-48246167)
chr1 (40-192)||(27711689-27711841)
chr1 (40-192)||(37403994-37404147)
chr1 (40-191)||(37409113-37409265)
chr1 (71-192)||(34317840-34317961)
chr1 (71-192)||(36684270-36684391)
chr1 (42-192)||(11250701-11250852)
chr1 (40-192)||(27716809-27716963)
chr1 (71-130)||(50959010-50959069)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (40-239)||(3481644-3481843)
chr3 (40-242)||(30338095-30338297)
chr3 (41-242)||(30341200-30341401)
chr3 (71-242)||(34128437-34128608)
chr3 (40-242)||(17358516-17358717)
chr3 (41-240)||(3476188-3476387)
chr3 (41-240)||(4116946-4117145)
chr3 (41-240)||(54271271-54271463)
chr3 (41-192)||(17369085-17369236)
chr3 (40-192)||(20090186-20090338)
chr3 (40-192)||(20095311-20095463)
chr3 (40-192)||(15767716-15767867)
chr3 (41-192)||(15762556-15762706)
chr3 (71-192)||(55129156-55129276)
chr3 (193-228)||(17358415-17358450)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (40-242)||(2817396-2817598)
chr6 (40-240)||(34142733-34142933)
chr6 (40-240)||(34155349-34155549)
chr6 (41-240)||(34376416-34376615)
chr6 (40-240)||(24190649-24190850)
chr6 (41-240)||(6727773-6727972)
chr6 (40-192)||(22702943-22703095)
chr6 (41-192)||(22697768-22697919)
chr6 (40-192)||(21402107-21402259)
chr6 (41-192)||(29490808-29490959)
chr6 (41-197)||(31983470-31983626)
chr6 (191-240)||(31982131-31982180)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (40-242)||(53798279-53798481)
chr4 (40-240)||(41393812-41394010)
chr4 (40-240)||(13711322-13711522)
chr4 (41-228)||(51018702-51018889)
chr4 (40-240)||(9763268-9763468)
chr4 (40-228)||(13695721-13695909)
chr4 (40-240)||(4206994-4207193)
chr4 (40-192)||(8984982-8985134)
chr4 (40-192)||(13700876-13701028)
chr4 (40-192)||(21304530-21304682)
chr4 (40-192)||(8979862-8980014)
chr4 (40-192)||(21299410-21299562)
chr4 (40-192)||(54991842-54991994)
chr4 (72-228)||(47045647-47045803)
chr4 (40-192)||(36354561-36354711)
chr4 (40-192)||(39999488-39999639)
chr4 (40-192)||(54343622-54343773)
chr4 (40-192)||(54348776-54348927)
chr4 (41-192)||(54990388-54990539)
chr4 (41-192)||(40004446-40004596)
chr4 (40-192)||(36359747-36359897)
[»] scaffold0594 (1 HSPs)
scaffold0594 (41-240)||(8530-8729)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (41-240)||(24770601-24770800)
chr5 (72-224)||(1413100-1413252)
chr5 (40-240)||(36254469-36254669)
chr5 (40-240)||(24776054-24776254)
chr5 (41-224)||(26709656-26709839)
chr5 (41-224)||(26979390-26979573)
chr5 (41-192)||(17510424-17510575)
chr5 (40-192)||(42019939-42020091)
chr5 (40-192)||(43580026-43580180)
chr5 (41-192)||(42024719-42024870)
chr5 (40-192)||(17505319-17505473)
chr5 (40-181)||(41853846-41853989)
chr5 (40-182)||(41858960-41859103)
[»] scaffold0166 (2 HSPs)
scaffold0166 (41-240)||(12982-13181)
scaffold0166 (40-240)||(18438-18638)
[»] scaffold0517 (1 HSPs)
scaffold0517 (40-192)||(3929-4082)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (71-192)||(31964-32085)
scaffold0014 (71-192)||(26792-26913)
[»] scaffold0055 (1 HSPs)
scaffold0055 (40-192)||(3443-3594)
[»] scaffold0052 (1 HSPs)
scaffold0052 (40-192)||(80941-81092)
[»] scaffold0060 (1 HSPs)
scaffold0060 (134-215)||(37631-37712)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 17 - 242
Target Start/End: Original strand, 43998518 - 43998742
Alignment:
Q  17 acttcgtaggtgtgtatgagtcgttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacac 116  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43998518 acttcgtaggtgtgtatttgtcgttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagttggtttgtggagcctttgaaatgtaaacac 43998617  T
Q  117 aaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcact 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43998618 aaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcact 43998717  T
Q  217 tccaagggtgtgtgcttggggtacac 242  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  43998718 tccaa-ggtgtgtgcttggggtacac 43998742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 17955130 - 17955331
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17955130 tgttggaacactagtgtataatggaaaagacttagagtatactagttgttttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtgaag 17955229  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  17955230 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccacgggtgtgcccttggggtac 17955329  T
Q  241 ac 242  Q
    ||    
T  17955330 ac 17955331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Original strand, 42513843 - 42514043
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  42513843 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagacattggaatgtaaacacaaggatgtagaaaatagtgtaaa 42513942  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42513943 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattggatagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtccttggggta 42514042  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  42514043 c 42514043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 71 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 24885445 - 24885276
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24885445 cttggagtatactagttgttatgtggagactttggaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 24885346  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  24885345 ggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtacccttggggtac 24885276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 41 - 239
Target Start/End: Original strand, 21641123 - 21641320
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||| ||||||||||||| | |||| || | |||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||    
T  21641123 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttgaagtatactagttgttatgtgcagacattggaatgtaaatacaaggatgtagat-ctagtgtaaag 21641221  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  21641222 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggta 21641320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 32016240 - 32016119
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32016240 cttggagtatactagtgaatttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 32016141  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  32016140 ggtagatcacacactctagtag 32016119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 32011096 - 32010945
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32011096 ttgttggaacactagtgtatattggaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 32010998  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  32010997 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcatacactctagtag 32010945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 2165389 - 2165542
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttgg-aatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2165389 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaattttggagtatactagtgagtttgtggagtctttgggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 2165488  T
Q  139 agtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2165489 agtgtgaattgaaaattttatgtctcacatcgggtagatcacacactctagtag 2165542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 40 - 242
Target Start/End: Original strand, 21080316 - 21080518
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21080316 ttgttggaacactagtgtataatggaaaaaacttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 21080415  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  21080416 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacgttgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggta 21080515  T
Q  240 cac 242  Q
    |||    
T  21080516 cac 21080518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Original strand, 32211961 - 32212160
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32211961 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgttgagactttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 32212060  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32212061 tgtgaattgaaaattttatgtctcacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 32212160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 2233948 - 2234149
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    ||||||||| |||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2233948 tgttggaaccctagtgtatattggaaaaaacttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatgaagaaactagtgtaaag 2234047  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  2234048 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatatgggatatcacttccaagggtgttcccttggggtac 2234147  T
Q  241 ac 242  Q
    ||    
T  2234148 ac 2234149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 17496252 - 17496052
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    |||||||||||||||| |||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17496252 ttgttggaacactagtatatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagactttgaaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaa 17496153  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  17496152 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggta 17496053  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  17496052 c 17496052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Original strand, 17556962 - 17557162
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    |||||||||||||||| |||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17556962 ttgttggaacactagtatatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagactttgaaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaa 17557061  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  17557062 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggta 17557161  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  17557162 c 17557162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 42572751 - 42572552
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42572751 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagactttgaaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaag 42572652  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  42572651 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 42572552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 12935236 - 12935036
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12935236 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagactttgaaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaa 12935137  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  12935136 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactttagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaatggtgtgcccttggggta 12935037  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  12935036 c 12935036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Original strand, 19308872 - 19309071
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19308872 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagactttgaaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaag 19308971  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  19308972 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattggatagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaaggatgtgcccttggggtac 19309071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 43893694 - 43893494
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  43893694 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagcgtaaa 43893595  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  43893594 gtgtgaattgaaaattttatgtccctcattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggta 43893495  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  43893494 c 43893494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 40 - 224
Target Start/End: Original strand, 47176491 - 47176675
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  47176491 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaa 47176590  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaaggg 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47176591 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaaggg 47176675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 71 - 240
Target Start/End: Original strand, 16538699 - 16538868
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16538699 cttggagtatactagttgttatgtggagactttggaatgtagacacaaggatgtagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccatattg 16538798  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
     |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  16538799 agtagatcacacactttaatagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 16538868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 71 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 16626963 - 16626794
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16626963 cttggagtatactagttgttatgtggagactttggaatgtagacacaaggatgtagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccatattg 16626864  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
     |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  16626863 agtagatcacacactttaatagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 16626794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 33238573 - 33238421
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33238573 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 33238474  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33238473 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 33238421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 33243750 - 33243598
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33243750 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 33243651  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33243650 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 33243598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 47994370 - 47994219
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47994370 ttgttggaacactagtgtatattgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 47994272  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47994271 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 47994219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 47999545 - 47999394
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47999545 ttgttggaacactagtgtatattggaaaaa-cttggagtatattagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaa 47999447  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47999446 gtgtgaattgaaaattttatgtctcacatcgggtagatcacacactctagtag 47999394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 124
Target Start/End: Original strand, 47544744 - 47544828
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatgg 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47544744 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagagagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatgg 47544828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 9e-91; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 4162891 - 4163092
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4162891 tgttggaacactggtgtataatggaaaaaacttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 4162990  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4162991 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 4163090  T
Q  241 ac 242  Q
    ||    
T  4163091 ac 4163092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 43 - 228
Target Start/End: Original strand, 28751019 - 28751204
Alignment:
Q  43 ttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtg 142  Q
    |||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28751019 ttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtg 28751118  T
Q  143 tgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28751119 tgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 28751204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 40392836 - 40392685
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40392836 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttgcaatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaag 40392737  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40392736 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 40392685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 42728145 - 42728296
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42728145 ttgttggaacactagtgtatattggaaaaa-cttggagtttactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 42728243  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42728244 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 42728296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 44096871 - 44096721
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44096871 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcatttggaatgtaaacaaaaggatggagaaactagtgtaaag 44096773  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44096772 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 44096721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Original strand, 44754132 - 44754282
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44754132 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaag 44754230  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44754231 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 44754282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Original strand, 42723007 - 42723127
Alignment:
Q  72 ttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgg 171  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42723007 ttggagtttactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgg 42723106  T
Q  172 gtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  42723107 gtagatcacacactctagtag 42723127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 44759297 - 44759448
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  44759297 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacataaggatggagaaattagtgtaaa 44759395  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44759396 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 44759448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 74 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 40520122 - 40520003
Alignment:
Q  74 ggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacat-tggg 172  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  40520122 ggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggg 40520023  T
Q  173 tagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  40520022 tagatcacacactctagtag 40520003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Original strand, 40518075 - 40518197
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacat-t 169  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  40518075 cttggagtataatagtgagtttgtggagcctttggaatataaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcg 40518174  T
Q  170 gggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  40518175 gggtagatcacacactctagtag 40518197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 3585452 - 3585251
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3585452 tgttggaacactagtgtatattggaaaaaacttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaaa 3585353  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  3585352 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccgagggtgtgcccttggggtac 3585253  T
Q  241 ac 242  Q
    ||    
T  3585252 ac 3585251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 5730922 - 5730721
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||| ||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5730922 tgttagaacactagtgtataatggaaaaaatttggagtatactagttggtttgtgaaacctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 5730823  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  5730822 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcactcccaagggtgtgcccttggggtac 5730723  T
Q  241 ac 242  Q
    ||    
T  5730722 ac 5730721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 40 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 5725517 - 5725360
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5725517 ttgttggaacactagtgtataatggaaaaaacttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 5725418  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgttt 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5725417 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgttt 5725360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 71 - 240
Target Start/End: Original strand, 48245998 - 48246167
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  48245998 cttggagtatactagttgttatgtggagactttggaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaagtgtgaattaaaatttttatgtcccacattg 48246097  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  48246098 ggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgcgatatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 48246167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 27711841 - 27711689
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27711841 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 27711742  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27711741 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 27711689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 37403994 - 37404147
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnn-cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37403994 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 37404093  T
Q  139 agtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37404094 agtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 37404147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 40 - 191
Target Start/End: Original strand, 37409113 - 37409265
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnn-cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37409113 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 37409212  T
Q  139 agtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagta 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37409213 agtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagta 37409265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Original strand, 34317840 - 34317961
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34317840 cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcg 34317939  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  34317940 ggtagatcacacactctagtag 34317961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Original strand, 36684270 - 36684391
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36684270 cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcg 36684369  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  36684370 ggtagatcacacactctagtag 36684391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 42 - 192
Target Start/End: Original strand, 11250701 - 11250852
Alignment:
Q  42 gttggaacactagtgtataatgnnnnnnn-cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    ||||||||||||||||||||||        |||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11250701 gttggaacactagtgtataatggaaaaaaacttggagtataccagtgagtttgtggagtctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 11250800  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  11250801 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcggttagatcacacactctagtag 11250852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 27716963 - 27716809
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnn--cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgta 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27716963 ttgttggaacactagtgtataatggaaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaacgtaagcacaaggatggagaaactagtgta 27716864  T
Q  138 aagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27716863 aagtgtgaattgaaatttttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 27716809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 71 - 130
Target Start/End: Original strand, 50959010 - 50959069
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaac 130  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50959010 cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaagaatggagaaac 50959069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 40 - 239
Target Start/End: Original strand, 3481644 - 3481843
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3481644 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 3481743  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  3481744 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggta 3481843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 40 - 242
Target Start/End: Original strand, 30338095 - 30338297
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||       |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30338095 ttgttggaacagtagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaattagtgtaaa 30338194  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  30338195 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggta 30338294  T
Q  240 cac 242  Q
    |||    
T  30338295 cac 30338297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 41 - 242
Target Start/End: Original strand, 30341200 - 30341401
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30341200 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 30341299  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30341300 tgtgaattgaaaattttatggcccacattaggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 30341399  T
Q  241 ac 242  Q
    ||    
T  30341400 ac 30341401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 71 - 242
Target Start/End: Original strand, 34128437 - 34128608
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34128437 cttggagtatactagttgatttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 34128536  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtacac 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||    
T  34128537 ggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagagtgtgcctttggggtacac 34128608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 40 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 17358717 - 17358516
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||| |||||||||| |||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17358717 ttgttagaacactagtatataatggaaaaaacttggattatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaa-tagtgtaaa 17358619  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  17358618 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtccccttggggta 17358519  T
Q  240 cac 242  Q
    |||    
T  17358518 cac 17358516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Original strand, 3476188 - 3476387
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || ||||   ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  3476188 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagaaattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaag 3476287  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  3476288 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 3476387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Original strand, 4116946 - 4117145
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||  | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  4116946 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggaaacattggaatgtaaacacaatgatgaagaaactagtgtaaag 4117045  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4117046 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 4117145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 54271463 - 54271271
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    ||||||||||||||| |||| ||       |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54271463 tgttggaacactagtttatattggcaaaaacttgaagtatactagttgttatgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtctaaag 54271364  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||  ||||||||||    
T  54271363 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatg-------tcacttccaagggtgtgcccttggggtac 54271271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17369236 - 17369085
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    ||||||||||||||| |||||||       ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17369236 tgttggaacactagtatataatggaaaaaacttcgattatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 17369137  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17369136 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 17369085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 20090186 - 20090338
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  20090186 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacatcaggatggagaaactagtgtaaa 20090285  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20090286 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 20090338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 20095311 - 20095463
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  20095311 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacatcaggatggagaaactagtgtaaa 20095410  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20095411 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 20095463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 15767716 - 15767867
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15767716 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaa 15767814  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15767815 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 15767867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Original strand, 15762556 - 15762706
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15762556 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaag 15762654  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15762655 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 15762706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 55129276 - 55129156
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  55129276 cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaag-atggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcg 55129178  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  55129177 ggtagatcacacactctagtag 55129156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 17358450 - 17358415
Alignment:
Q  193 tgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17358450 tgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 17358415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 40 - 242
Target Start/End: Original strand, 2817396 - 2817598
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2817396 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 2817495  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  2817496 gtgtgaattgaaaatttaatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggta 2817595  T
Q  240 cac 242  Q
    |||    
T  2817596 cac 2817598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 34142933 - 34142733
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34142933 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagactttggaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaa 34142834  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  34142833 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggta 34142734  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  34142733 c 34142733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 34155549 - 34155349
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34155549 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagactttggaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaa 34155450  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  34155449 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggta 34155350  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  34155349 c 34155349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 34376615 - 34376416
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  34376615 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaag 34376516  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  34376515 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagataacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 34376416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Original strand, 24190649 - 24190850
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  24190649 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaa 24190748  T
Q  140 gtgtgaattgaaaatttt-atgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggt 238  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||    
T  24190749 gtgtgaattgaaaatttttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtccccttggggt 24190848  T
Q  239 ac 240  Q
    ||    
T  24190849 ac 24190850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Original strand, 6727773 - 6727972
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  6727773 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaag 6727872  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||||||    
T  6727873 tgtgaattgaaaattttatgttccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaaatgtgtgcccttggggtac 6727972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 22702943 - 22703095
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22702943 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 22703042  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22703043 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 22703095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Original strand, 22697768 - 22697919
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22697768 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 22697867  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22697868 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 22697919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 21402259 - 21402107
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21402259 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatagtagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 21402160  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21402159 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 21402107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Original strand, 29490808 - 29490959
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29490808 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcttttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 29490907  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29490908 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 29490959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 41 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 31983626 - 31983470
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||  | || |||| | ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  31983626 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagtttttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaattagtgtaaag 31983527  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgttt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31983526 tgtgaattgaaaattttatgtcccgcattgggtagatcacacactctagtagtgttt 31983470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 31982180 - 31982131
Alignment:
Q  191 agtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||    
T  31982180 agtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggcgtgcccttggggtac 31982131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 40 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 53798481 - 53798279
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53798481 ttgttggaacattagtgtatattggaaaaaacttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaagaatggagaaactagtgtaaa 53798382  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||    
T  53798381 gtgtgaattgaaaattttatgtcctacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcctttggggta 53798282  T
Q  240 cac 242  Q
    |||    
T  53798281 cac 53798279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 41394010 - 41393812
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41394010 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtgaagcctttggaatgtaaacacaaggatggaaaaactagtgtaaa 41393911  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  41393910 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgtg--atcacttccaagggtgtgcccttggggta 41393813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 13711522 - 13711322
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  13711522 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaa 13711423  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  13711422 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggta 13711323  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  13711322 c 13711322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 41 - 228
Target Start/End: Original strand, 51018702 - 51018889
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    ||||| |||||||||||||| ||       |||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  51018702 tgttgaaacactagtgtatattggcaaaaacttggaatatactagttgttatgtggagactttggaatgtacacacaaggatgtagaaactagtgtaaag 51018801  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51018802 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 51018889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Original strand, 9763268 - 9763468
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9763268 ttgttggaacactagtgtatattggcataaacttggagtatactagttgttatgtggagactttggaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaa 9763367  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  9763368 gcatgaattgaaaattttatgtcccacattgagtagatcacacactctagtagtgtttatatatgagggatatcacctccaagggtgtgcccttggggta 9763467  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  9763468 c 9763468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 13695909 - 13695721
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  13695909 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaa 13695810  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13695809 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtg 13695721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4207193 - 4206994
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  4207193 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaa-cacaatgatgtagaaactagtgtaaa 4207095  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  4207094 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcactttcaagggtgtgcccttggggta 4206995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 8984982 - 8985134
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984982 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 8985081  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8985082 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 8985134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 13701028 - 13700876
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13701028 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 13700929  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13700928 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 13700876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 21304530 - 21304682
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21304530 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 21304629  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21304630 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 21304682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 8979862 - 8980014
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8979862 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 8979961  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  8979962 gtgtgaattgaaaattttatgtcccatatcgggtagatcacacactctagtag 8980014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 21299410 - 21299562
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21299410 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatgaagaaactagtgtaaa 21299509  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21299510 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 21299562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 54991994 - 54991842
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54991994 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 54991895  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  54991894 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcggatagatcacacactctagtag 54991842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 72 - 228
Target Start/End: Original strand, 47045647 - 47045803
Alignment:
Q  72 ttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgg 171  Q
    ||||||||||||||||| | || |||| | || |||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47045647 ttggagtatactagttgttatgaggagacattagaatgtaaacacaatgaaatagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgg 47045746  T
Q  172 gtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 228  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47045747 atagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtg 47045803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 36354711 - 36354561
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36354711 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaa--cttggagtatactagtgaatttgtggagcctttggaatgttaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 36354614  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36354613 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 36354561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 39999639 - 39999488
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39999639 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaa 39999541  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39999540 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 39999488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 54343773 - 54343622
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  54343773 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaa 54343675  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  54343674 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 54343622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 54348927 - 54348776
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  54348927 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaa 54348829  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  54348828 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 54348776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Original strand, 54990388 - 54990539
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    ||||||||||||| |||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54990388 tgttggaacactaatgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgttaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 54990487  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  54990488 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcggatagatcacacactctagtag 54990539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 40004596 - 40004446
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40004596 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggcatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaag 40004498  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40004497 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 40004446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 36359897 - 36359747
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    |||||||||||||| |||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36359897 ttgttggaacactactgtataatgaaaaa--cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttgaaatgttaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 36359800  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36359799 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 36359747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0594 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0594
Description:

Target: scaffold0594; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Original strand, 8530 - 8729
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8530 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 8629  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  8630 tgtgaatttaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcactttcaagggtgtgcccttggggtac 8729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Original strand, 24770601 - 24770800
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  24770601 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaag 24770700  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24770701 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 24770800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 72 - 224
Target Start/End: Original strand, 1413100 - 1413252
Alignment:
Q  72 ttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgg 171  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1413100 ttggagtatactagttgttatgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatgaagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattga 1413199  T
Q  172 gtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaaggg 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1413200 gtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaaggg 1413252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 36254669 - 36254469
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    |||||| |||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36254669 ttgttgaaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgtggagacattggaatgtaaacacaaggatgtagaaactagtgtaaa 36254570  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  36254569 gtgtgaattgaaaattttatgttccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggta 36254470  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  36254469 c 36254469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Original strand, 24776054 - 24776254
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       ||| |||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  24776054 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaactttgagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtataaa 24776153  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  24776154 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggta 24776253  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  24776254 c 24776254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 41 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26709839 - 26709656
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||| ||||||||||||        ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26709839 tgttggaacattagtgtataatggaaaaaatttgaagtatactagttggtttgtggagcctatggaatgtaaacacaagaatggagaaactagtgtaaag 26709740  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaaggg 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26709739 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgagtagattacacattgtagtagtgtttatatatgtgagatatcacttccaaggg 26709656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 41 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26979573 - 26979390
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||| ||||||||||||        ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26979573 tgttggaacattagtgtataatggaaaaaatttgaagtatactagttggtttgtggagcctatggaatgtaaacacaagaatggagaaactagtgtaaag 26979474  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaaggg 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26979473 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgagtagattacacattgtagtagtgtttatatatgtgagatatcacttccaaggg 26979390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17510575 - 17510424
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17510575 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 17510476  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17510475 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 17510424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 42020091 - 42019939
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42020091 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactaatgtaaa 42019992  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  42019991 atgtgaattgaaaattttatgtcccacatcggatagatcacacactctagtag 42019939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 43580180 - 43580026
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnn--cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgta 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43580180 ttgttggaacactagtgtataatggaggaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgta 43580081  T
Q  138 aagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  43580080 aagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacatactctagtag 43580026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 41 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 42024870 - 42024719
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  42024870 tgttggaacactagtgtataatgaaaaaaacttgaagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacataaggatggagaaactagtgtaaaa 42024771  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  42024770 tgtgaattgaaaattttatgtcccacatcggatagatcacacactctagtag 42024719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17505473 - 17505319
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnn--cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgta 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||         |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  17505473 ttgttggaacactagtgtataatggaaaaaaaacttggaatatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggaaaaactattgta 17505374  T
Q  138 aagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17505373 aagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 17505319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 40 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 41853989 - 41853846
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnn--cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgta 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41853989 ttgttggaacactagtgtataatggaaaaaaaacttggagtatactagggagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgta 41853890  T
Q  138 aagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcaca 181  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  41853889 aagtgtgaattgaaaattctatgtcccacatcgggtagatcaca 41853846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 40 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 41859103 - 41858960
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnn-cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  41859103 ttgttggaacactagtgtataatggaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggaaaaattagtgtaa 41859004  T
Q  139 agtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacac 182  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  41859003 agtgtgaattgaaaattctatgtcccacatcgggtagatcacac 41858960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0166 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 2)
Name: scaffold0166
Description:

Target: scaffold0166; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 41 - 240
Target Start/End: Original strand, 12982 - 13181
Alignment:
Q  41 tgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaag 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  12982 tgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttggagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtgtaaag 13081  T
Q  141 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggtac 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  13082 tgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggaaatcacttccaagggtgtgcccttggggtac 13181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0166; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 240
Target Start/End: Original strand, 18438 - 18638
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       ||| |||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  18438 ttgttggaacactagtgtatattggcaaaaacttagagtatactagttgttatgaggagacattggaatgtaaacacaatgatgtagaaactagtataaa 18537  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgtgcttggggta 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  18538 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcacttccaagggtgtgcccttggggta 18637  T
Q  240 c 240  Q
    |    
T  18638 c 18638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0517 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0517
Description:

Target: scaffold0517; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 4082 - 3929
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnn-cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4082 ttgttggaacactagtgtataatgaaaaaaaacttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaa 3983  T
Q  139 agtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3982 agtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcgggtagatcacacactctagtag 3929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 32085 - 31964
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32085 cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcg 31986  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  31985 ggtagatcacacactctagtag 31964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 26913 - 26792
Alignment:
Q  71 cttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattg 170  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26913 cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacaaaaggatggagaaactagtgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacatcg 26814  T
Q  171 ggtagatcacacactctagtag 192  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  26813 ggtagatcacacactctagtag 26792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0055 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0055
Description:

Target: scaffold0055; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 3594 - 3443
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3594 ttgttggaacactagtgtatattggaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 3496  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  3495 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatccggtagatcacacactctagtag 3443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0052 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0052
Description:

Target: scaffold0052; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 192
Target Start/End: Original strand, 80941 - 81092
Alignment:
Q  40 ttgttggaacactagtgtataatgnnnnnnncttggagtatactagttggtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  80941 ttgttggaacactagtgtatattggaaaaa-cttggagtatactagtgagtttgtggagcctttggaatgtaaacacaaggatggagaaactagtgtaaa 81039  T
Q  140 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtag 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  81040 gtgtgaattgaaaattttatgtcccacatccggtagatcacacactctagtag 81092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0060 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0060
Description:

Target: scaffold0060; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 134 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 37712 - 37631
Alignment:
Q  134 tgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactctagtagtgtttatatatgtgggatatcac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712 tgtaaagtgtgaattgaaaattttatgtcccacattgggtagatcacacactccagtagtgtttatatatgtgggatatcac 37631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University