View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20807_low_5 (Length: 458)

Name: NF20807_low_5
Description: NF20807
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20807_low_5
NF20807_low_5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (40-448)||(10754823-10755231)
chr1 (1-42)||(10755419-10755460)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (48-448)||(2989881-2990281)
chr8 (48-448)||(2710455-2710855)
chr8 (50-441)||(9850273-9850664)
chr8 (48-433)||(2980779-2981164)
chr8 (48-441)||(3002869-3003262)
chr8 (48-344)||(2915398-2915694)
chr8 (48-346)||(2910438-2910736)
chr8 (166-344)||(3141433-3141611)
chr8 (178-431)||(3173019-3173268)
chr8 (49-346)||(3281772-3282069)
chr8 (49-346)||(13791825-13792122)
chr8 (48-430)||(3169448-3169830)
chr8 (369-433)||(2915309-2915373)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (48-442)||(18356281-18356675)
chr6 (257-337)||(6124507-6124587)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (48-346)||(3918417-3918715)
chr7 (166-274)||(7157318-7157426)
[»] scaffold0065 (1 HSPs)
scaffold0065 (47-439)||(46008-46401)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 10755231 - 10754823
Alignment:
Q  40 aaccaggatcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagta 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755231 aaccaggatcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagtaccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagta 10755132  T
Q  140 aagaaattgaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataactt 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755131 aagaaattgaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataactt 10755032  T
Q  240 gtcacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggt 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755031 gtcacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggt 10754932  T
Q  340 tatcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattga 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754931 tatcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattga 10754832  T
Q  440 atgatgatg 448  Q
    |||| ||||    
T  10754831 atgacgatg 10754823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 42
Target Start/End: Original strand, 10755419 - 10755460
Alignment:
Q  1 cacttttcaaaactcttattccaagcgtcatccagaagtaac 42  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10755419 cacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaac 10755460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 48 - 448
Target Start/End: Original strand, 2989881 - 2990281
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  2989881 tcttgaatcaattggtaagaagatagcagaaaagtgcaaaggagttccgttagcaattagatcactaggaggcatattacgaagtgaaagtaaagaaagt 2989980  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| |  |||| ||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  2989981 gaatggatcaatgtcttacaaggtgaatgttggaaattgtgtgatggtgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccagaacttatcacctc 2990080  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 347  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2990081 aacaaaggcaatgttttgcttattgctctttatttcctcaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 2990180  T
Q  348 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgat 447  Q
    ||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  2990181 ttgttcagttgaaaatcaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgaagaattcattcttccaagatgcaaattttaatgatgat 2990280  T
Q  448 g 448  Q
    |    
T  2990281 g 2990281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 48 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 2710855 - 2710455
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    ||||||| |||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||      
T  2710855 tcttgaaccaattggaaagaagatagcagaaaagtgcaaaggagttccattagcaattagatcactgggaggcatattacgaagtaaaagggaagaaagg 2710756  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    || |||| | ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  2710755 gagtggatcgatgtcttacaaggtgacttttggaaattgtgcgaggataaagatagcatcatgccggtcctaaaattgagttacaataacttgtcgcctc 2710656  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 347  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  2710655 aacaaagacaatgttttgcttattgctctatatttcctcaagattggaaattgaagaaggatgagttaattcaaatgtggatagcacaaggatatcttgg 2710556  T
Q  348 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgatgat 447  Q
     ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  2710555 atgttcagttgaagagcaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgatgaattcattcttccaagatgcagaattgaatgacgat 2710456  T
Q  448 g 448  Q
    |    
T  2710455 g 2710455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 50 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 9850664 - 9850273
Alignment:
Q  50 ttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattga 149  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||    
T  9850664 ttgaatcaattggtaggaagatagcggaaaagtgcaaaggagttccattagcaattagatcgttaggaggcatattacaaagtaaaagtgaagaaaggga 9850565  T
Q  150 atggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaa 249  Q
    || ||   ||||| | |||||  | || ||||  || || || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9850564 attgattgatgtcctacaaggaaatttttggaacttgtgtgaggataaagatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcgcctcaa 9850465  T
Q  250 caaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggtt 349  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||  |    
T  9850464 caaagacaatgttttgcttattgctctttatatcctaaggattgggaatttgagaaggatgagttgattcgaatgtggatggcgcatggttatcttgact 9850365  T
Q  350 gttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaat 441  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9850364 gttcagttgaagggaagagcatggaagatgttggtaaccaatttgttaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaat 9850273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 48 - 433
Target Start/End: Original strand, 2980779 - 2981164
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||      
T  2980779 tcttgagtcaattggtgagaagatagcagaaaagtgcaaaggagttccattagcaataagatcattgggaggcatattacaaagcaaaagggaagaaagg 2980878  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    || ||||   | ||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| ||| || |||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  2980879 gagtggattgaagtcttacaaggtgacttttggaaattgtgcgaggataaagatagcatcttgccagtcctaagattgagttactataacttgtcacctc 2980978  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 347  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2980979 aacaaaggcaatgttttgcttattgctctttatttccccaggattggaaatttatgaaggatgaattaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttga 2981078  T
Q  348 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaa 433  Q
      ||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2981079 cggttcagttgaaaagcaatgcatgaaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgaagaattcattcttccaagatgcaa 2981164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 48 - 441
Target Start/End: Original strand, 3002869 - 3003262
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||      
T  3002869 tcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggagttccattagcaattagataattgggaggcatattacaaaataaaagtgaagaaagg 3002968  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||| || |||| ||| || || ||| |   || |||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||    
T  3002969 gaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgaggataacggtaccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttc 3003068  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 347  Q
    |||| ||  ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||  | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  3003069 aacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaaggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttga 3003168  T
Q  348 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaat 441  Q
     |||||| ||||   | | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3003169 atgttcaattgaaaagcactgcatggaagatgttggtaaccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaat 3003262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 48 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 2915694 - 2915398
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    |||||||||||| |||| | |||||||  |||| |||| |||||||||| | || |||||| |||| |||||| |||| | ||||||||||||||| | |    
T  2915694 tcttgaatcaattggtatggagatagcagaaaaatgcagaggagttccactagctattagaacattaggaggcctattgcaaagtaaaagtaaagagagt 2915595  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| || |  |||||||| ||||    
T  2915594 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggttctgaaactgagctatcgaaacttgtcgcctc 2915495  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatct 344  Q
    | || ||  |||| ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||  |||||  |||| |||||||||||||||||    
T  2915494 agcacagacaatgctttgcatattgctccgtatatcctaaggattgggaaatagagaaggatgagtggattcagctgtgcatggcacaaggttatct 2915398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 48 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 2910736 - 2910438
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    |||||||||||| |||| | |||||||  |||||||||  || |||||| | || |||||| |||| |||||| |||| | | |||| |||||| ||| |    
T  2910736 tcttgaatcaattggtatggagatagcagaaaagtgcagtggggttccactagctattagaacattaggaggcctattgcaaggtaagagtaaacaaagt 2910637  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  2910636 gaatggaacaatgtcttacaaggtgacttttggagattatgccaagacgaaaatagcatcgtgccggttctgaaactgagttaccaaaacttgtcacctc 2910537  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttg 346  Q
    |||| ||  |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||| | || || ||||||||||||||||    
T  2910536 aacagagacaatgttttgcatattgctctatatatcctaaggattgggaaatagagaaggatgagttgattcaactatgcattgcacaaggttatcttg 2910438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 166 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 3141611 - 3141433
Alignment:
Q  166 caaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttg 265  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||||||  | ||| |||||||||| |||||||| ||||||| | || |||||||||    
T  3141611 caaggtgacttttggaaattatgtgaagacgaagaaagcatcatgccggtgttgaaactgagttaccaaaacttgtctcctcaactacggcaatgttttg 3141512  T
Q  266 cttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatct 344  Q
    | || |||||||||| | |||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  3141511 cctactgctctttatatactaaagattggaaaatagagaaggatgagttgattcaactatggatggcacaaggttatct 3141433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 178 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 3173268 - 3173019
Alignment:
Q  178 tggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctctt 277  Q
    |||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||  | ||| |||||||||  |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||    
T  3173268 tggaaattatgtgaagacgaagaaagcatcatgccagtgttgaaactgagttacctaaacttgtcacctcaactaagacaatgttttgcttactgctctt 3173169  T
Q  278 tatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaaga 377  Q
    ||| ||| |||||||||| | | |||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  |||  | ||||| |   || || |  ||||||||    
T  3173168 tatatcccaaggattggagaatagagaagcatgagttgattcaactgtgggtggcacaaggttactttgaattttcaggt---ggaaagtttatggaaga 3173072  T
Q  378 tgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgc 431  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  3173071 tattggtaa-caatttgtaaatattttcttgatgaagtcatttttccaagatgc 3173019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 3282069 - 3281772
Alignment:
Q  49 cttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattg 148  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||  |||||||||  ||||||||| | ||||||| | ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||  |    
T  3282069 cttgaatcaattggtaaaaaaattgcagaaaagtgcatgggagttccactagcaattaaaacattgggaggcctattacagagtaaaagcaaagaaaggg 3281970  T
Q  149 aatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctca 248  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || || |||  || ||| ||||| ||||| |||||||||  | |||| | |||| ||||||| |  ||||| | ||     
T  3281969 aatggatcaatgtcttacaaggcgaattttgggaatcatgtgaagacgaaaaaagcatcatgttgatcctgacattgggttaccaaagtttgtcgcttcg 3281870  T
Q  249 acaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttg 346  Q
        ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||  ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  3281869 gttgagacaatgttttgcttattgctctctatttcctaaggattgggaaatcgagaaggatatgttgattcaactttggatggcacaaggttatcttg 3281772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 346
Target Start/End: Original strand, 13791825 - 13792122
Alignment:
Q  49 cttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattg 148  Q
    ||||||||||| ||||  || |||||  |||||||||  ||||||||| | ||||||||| | ||||||||| || | | ||| |||||| ||||||  |    
T  13791825 cttgaatcaattggtataaaaatagcagaaaagtgcatgggagttccactagcaattagaactttgggaggcttactgcaaaggaaaagtgaagaaaggg 13791924  T
Q  149 aatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctca 248  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||  || | ||||||  | |  |||| ||||| |||||||| |  ||||| | |||    
T  13791925 aatggatcgatgtcttacaaggtgacttttgggaattatgcgaagacaaagaaagcatctcgtcaatcctgaaatttagttaccaaagtttgtcgcttca 13792024  T
Q  249 acaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttg 346  Q
    |   ||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  13792025 attgagacaatgttttgcttattgctctttatatcccaaggattgggaaattgagaaggatgcgttgattcaactttggatggcacagggttatcttg 13792122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 48 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 3169830 - 3169448
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||   ||||||||  || |||||| | ||||| ||| || | |||||| | |||| | |||||||| | |||| |    
T  3169830 tcttgaaactattggtaagaagatagctgtaaagtgcagtggtgttccactagcaatcagaacactaggaggccttttacaaggtaaaagtgatgaaact 3169731  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    ||||||     ||| || |||| |||||| ||||  ||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||  | ||| |||||||||||||||||||||| |    
T  3169730 gaatgggttggtgttttacaagatgacttttggaagttatgtgaagaagaagaaagcatcatgccagtgttgaaactgagttaccataacttgtcacccc 3169631  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 347  Q
    |||  ||  |||||||||| || ||  || ||| |||||||||||||||| |  | ||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  3169630 aacttagacaatgttttgcatactgtgctatatatcctaaggattggaaaatacataagcatgagttaattcatttgtggatggcacaaggttatcttga 3169531  T
Q  348 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatg 430  Q
     ||||| | | |    ||    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||    
T  3169530 atgttcggctaaaaaaaagctgatggaagatattggtaaccaattcgtaaatattttcttgatgaagtcatttttgcaagatg 3169448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 369 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 2915373 - 2915309
Alignment:
Q  369 catggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaa 433  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| || || | ||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  2915373 catggaagatgctggtaaccaattcgtgaagaatttcttgacaaagtcatttttccaagatgcaa 2915309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 48 - 442
Target Start/End: Original strand, 18356281 - 18356675
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    |||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  18356281 tcttgaatcaattggtaagaagatagtagaaaagtgcaaaggagttccgttagcaattagatcactaggaggcatattacgaggtgaaagtaaagaaagt 18356380  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| || || |||| ||| || ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  18356381 gaatggatcaatgtcttacaaggagaattttggaaattgtgtgatcgtgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccagaacttatcacctc 18356480  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 347  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18356481 aacaaaggcaatgttttgcttattgctctttatttcctcaggattgggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgg 18356580  T
Q  348 ttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatg 442  Q
    ||||||||||||   | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  18356581 ttgttcagttgaaaagcaatgcatgaaagatgttggtaatcaatttgtaaaaattttcttgaagaattcattcttccaagatgcagatttgaatg 18356675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 257 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 6124587 - 6124507
Alignment:
Q  257 aatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaag 337  Q
    ||||||| |||||||||||  ||| ||||| || |||| || |||| ||| ||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  6124587 aatgtttcgcttattgctccatatatcctatgggttgggaaattgaaaagaatgagttgattcaattatggatggcacaag 6124507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 48 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 3918715 - 3918417
Alignment:
Q  48 tcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaatt 147  Q
    |||||||||||| || |||||||||||  |||||||||  || |||||| | ||||| ||| || | |||||| | |||| | |||||||| |||||  |    
T  3918715 tcttgaatcaatcggcaagaagatagcagaaaagtgcactggggttccactagcaataagaacactaggaggcctgttacaaggtaaaagtgaagaatgt 3918616  T
Q  148 gaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctc 247  Q
    |||||||   |||| || ||||||||||| |||| |||||| ||||||||| | || |||||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  3918615 gaatggattgatgttttacaaggtgacttttggaaattatgtgaagatgaagaaagtatcatgccagtgttgaaactgagttaccaaaacttgtcgcctc 3918516  T
Q  248 aacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttg 346  Q
    |||   |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  | ||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  3918515 aactgcgacaatgttttgcttattgctctttatatcctaaggattgggatatagagaaggatgaattgatacaattgtggatggcacatggttatcttg 3918417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 166 - 274
Target Start/End: Original strand, 7157318 - 7157426
Alignment:
Q  166 caaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttg 265  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||  | ||| |||||||||| | |||||| ||||||   ||  |||||||||    
T  7157318 caaggtgacttttggaaattatgtgaagacgaagatagcattatgccagtgttgaaactgagttaccaaagcttgtctcctcaaatgagacaatgttttg 7157417  T
Q  266 cttattgct 274  Q
    |||| ||||    
T  7157418 cttactgct 7157426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 47 - 439
Target Start/End: Original strand, 46008 - 46401
Alignment:
Q  47 atcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagttccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaat 146  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||  || |||||| | ||||| ||| |||| |||||| | |||| | |||||||| ||||||     
T  46008 atcttgaagcaattggtaagaagatagctgaaaagtgcagtggtgttccactagcaatcagaacattaggaggccttttacaaggtaaaagtgaagaaac 46107  T
Q  147 tgaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacct 246  Q
     ||||||     ||| || |||| |||||| |||| |||||| ||||| ||| | | ||||||||| ||  | ||| |||||||||| ||||| || |||    
T  46108 ggaatgggttggtgttttacaagatgacttttggaaattatgtgaagacgaagaaaccatcatgccagtgttgaaactgagttaccaaaacttatcgcct 46207  T
Q  247 caacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattggaaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttg 346  Q
    |||| |||  |||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| || |  | ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46208 caactaagacaatgtttttcttactgctctttatatcctaaggattgggaaataaaaaaggatgagttgattcaactgtggatggcacaaggttatcttg 46307  T
Q  347 gttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaatttgtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgc-aaaattga 439  Q
      ||||||  | |     |  |   ||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  46308 aatgttcaactcaaaaacagggtccggaagatattggtaaccaattcgtaaagattttcttgatgaagtcattcttccaagatgctaaaattga 46401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University