View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20807_low_8 (Length: 426)

Name: NF20807_low_8
Description: NF20807
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20807_low_8
NF20807_low_8
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-411)||(10755390-10755800)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (6-407)||(2980206-2980607)
chr8 (1-411)||(9850830-9851240)
chr8 (1-411)||(3170000-3170410)
chr8 (1-411)||(2711019-2711426)
chr8 (6-411)||(3141901-3142306)
chr8 (1-411)||(3002295-3002705)
chr8 (1-407)||(2989314-2989717)
chr8 (100-321)||(3173664-3173885)
chr8 (159-411)||(2916019-2916271)
chr8 (89-322)||(2910991-2911224)
chr8 (51-411)||(3282284-3282638)
chr8 (51-411)||(13791256-13791610)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-409)||(3918882-3919290)
[»] scaffold0065 (2 HSPs)
scaffold0065 (1-411)||(45429-45842)
scaffold0065 (33-411)||(50599-50976)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-407)||(18355714-18356117)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 411
Target Start/End: Original strand, 10755390 - 10755800
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755390 cacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 10755489  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagtta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755490 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagtta 10755589  T
Q  201 tcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaatac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755590 tcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaatac 10755689  T
Q  301 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755690 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattc 10755789  T
Q  401 taacacaaaag 411  Q
    |||||||||||    
T  10755790 taacacaaaag 10755800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 6 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 2980607 - 2980206
Alignment:
Q  6 atcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagca 105  Q
    |||||||||||| | || |||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||| || | |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  2980607 atcaaataagtcgtcaattgatcccacttttcattactcttgttccaaatgtcatctaggactaacaagtattttttaccagttaaattgtcacgaagca 2980508  T
Q  106 tattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagttatcaga 205  Q
    | ||||||||||| | ||||||||| || ||||||| |||  | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2980507 tgttttgcaagttttgcaatgataacgtatcatcaaatttcctattggttaatgactccattatgttcttcagaatagttttgacatcaaagttatcaga 2980408  T
Q  206 gacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaataccaaca 305  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  2980407 gacacatacccacattctcttttcaaacaaattctgcacttcttcatcgttgtataccaattgagcaagagccgtctttcccaaaccaccaataccaaca 2980308  T
Q  306 atagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattctaaca 405  Q
    ||||||||||  || || |  |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2980307 atagcaaccacagaaacttgttgattttcatgtgattgcctcaacaagcttataatcttgtttttatcatcttctcttccaatgatatttgattctaaca 2980208  T
Q  406 ca 407  Q
    ||    
T  2980207 ca 2980206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 411
Target Start/End: Original strand, 9850830 - 9851240
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||||||||| | || ||| |||| |||||| |||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  9850830 cacacatcaaataagtcttcaattgagcccatttttcataactctcattccaaatgtcatctagaactaacaagtatctcttaccagttaaatggtcacg 9850929  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagtta 200  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  9850930 aagcttagtttgcaagttgtccaatgataatgcatcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcacaatagttttgacttcaaagttt 9851029  T
Q  201 tcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaatac 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||  | ||    || | || |||||||||||  ||||| || ||||||||||  |    
T  9851030 tcagagacacatacccacatcctcttttcaaacaaatttttcacttccatgtcacaataaatcatttgagcaagagttgtctttcccaaaccaccaaatc 9851129  T
Q  301 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattc 400  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||    
T  9851130 caacaacagcaatcaaagagacattttgattttcatgtggttgtctcaacaagcttataatcttcattttatcatcttctcttccaatgatatccgattc 9851229  T
Q  401 taacacaaaag 411  Q
     ||||||||||    
T  9851230 caacacaaaag 9851240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 411
Target Start/End: Original strand, 3170000 - 3170410
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||||||||| | || ||| |||| ||||||||||| |  |||||||  ||||| |||| ||||| ||||||| || |||||||  | |||||    
T  3170000 cacacatcaaataagtcttcaattgagcccatttttcaaaactgtcgttccaaatatcatctagaactaacaggtatctcatagcagttaaggtgtcacg 3170099  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagtta 200  Q
     |||||  |||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3170100 tagcatgctttgtaagttttccaatgataacttatcatcaattttcttattggttaatgactccaacattttcttcagaatagttttgacatcaaagtta 3170199  T
Q  201 tcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaatac 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||  | | |   ||||    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  3170200 tcagagacacatacccacatcctcttttcaaaagactttgttacttgagcatcattgtataccaattgagcaagagctgtctttcccaaaccaccaatac 3170299  T
Q  301 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  3170300 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcctcaacaagcttatgatcttctttttatcatcttctcttccaatgatctctgattc 3170399  T
Q  401 taacacaaaag 411  Q
    |||||||||||    
T  3170400 taacacaaaag 3170410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 411
Target Start/End: Original strand, 2711019 - 2711426
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||||||||| | || | ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||||||| |||||  | ||    
T  2711019 cacacatcaaataagtcctcaattcatcccacttttcataactctcgttccaaatgtcatccaagactaacaagtatctcgtaccagtcaaattggctcg 2711118  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagtta 200  Q
    ||||||||| ||||| |  || ||  ||  | | ||  |||| ||||  ||||||||  || | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2711119 aagcatattctgcaactcttctaa--attct-tatctgcaatattgtctttggttaacaacgcaaccatgttcttcagaatagttttgacatcaaagtta 2711215  T
Q  201 tcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaatac 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  2711216 tccgagacacatacccacatactcttttcaaacaaattttgcacttgatcatcattgtataccaattgagcaagagctgtctttcccaaaccaccaatac 2711315  T
Q  301 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||    
T  2711316 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcctcaacaagcttataatcttctttttatcatcttctcttccaataatctctgattc 2711415  T
Q  401 taacacaaaag 411  Q
    |||||||||||    
T  2711416 taacacaaaag 2711426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 411
Target Start/End: Original strand, 3141901 - 3142306
Alignment:
Q  6 atcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagca 105  Q
    |||||||||||| | || ||| |||| ||| |||||||||  ||||||| |||||| || | |||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||    
T  3141901 atcaaataagtcctcaattgagcccattttccaaaactctcgttccaaatgtcatctaggactaacaagtattttttaccagttagattttctcgaagca 3142000  T
Q  106 tattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagttatcaga 205  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||   | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  3142001 tgttttgcaagttttctaatgataatgtatcattaattggttcctttgttaatgactccaacatgttcttcacaatagttttgacatcaaagttatcaga 3142100  T
Q  206 gacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaataccaaca 305  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||||  ||| |   ||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    
T  3142101 gacacaaacccacatacacttttcaaaataatttgttacttcaccatcattgtataccaattgagaaagagctgtctttcccaaaccaccaatcccaaca 3142200  T
Q  306 atagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattctaaca 405  Q
    ||||||||||  ||||||   |||||||||||||||||| ||||||  |||| ||| |  ||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  3142201 atagcaaccacagagacacgttgattttcatgtgattgcctcaacatgcttacaatgtcatttttatcatcatctcttccaatgatatctgactctaaca 3142300  T
Q  406 caaaag 411  Q
    ||||||    
T  3142301 caaaag 3142306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 3002705 - 3002295
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||||  ||||||| |||||| || | ||| ||  ||||||| ||| |||||||||  |     
T  3002705 cacacatcaaataagtcctcaattgagcccatttttcaaaactctcgttccaaatgtcatcgaggattaagaaaaatctcttcccatttaaatttttgca 3002606  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagtta 200  Q
    |||||||||||||||||| || | ||| ||  | |||||||||||| | ||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||| || ||||||||     
T  3002605 aagcatattttgcaagttttcaagtgacaacttatcatcaattttgctattggttaatgattcaaccatgttcttcacaatagtttttacatcaaagttt 3002506  T
Q  201 tcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaatac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||| |    
T  3002505 tcagagacacatacccacatacttatttcaaacaaattttgcacttctccatcattatataccaactgagcaagagttgtctttcctaaaccaccaatcc 3002406  T
Q  301 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattc 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||| |||  |||| |    |||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||  |||||    
T  3002405 caacaatagcaatcaaggagacattttggtttccatgtggttgtctcaaaaggtgtataatctcctttttatcgtcttctcttccaatgatatccgattc 3002306  T
Q  401 taacacaaaag 411  Q
    |||||| ||||    
T  3002305 taacaccaaag 3002295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 2989717 - 2989314
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||||||| | | || ||||||||||||||||||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||||||||||  |  |    
T  2989717 cacacatcaaataaggcctcaattgatcccacttttcaaaacactcattccaaacgtcgtcgagaactaacaagtatctctgaccagttaaattgacttg 2989618  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcat---caattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaag 197  Q
    ||||||| ||||||| |  |       |||||| | ||   |||  |  |  |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2989617 aagcatactttgcaactcttg------taatgtcttatttacaacatcatctttggttaatgacgcaaccatgttcttcagaatagttttgaaatcaaag 2989524  T
Q  198 ttatcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaa 297  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| || |||||| | ||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  2989523 ttatccgagacacatacccacatatgcttttcaaacaaatttttcacttcaccatctttgtataccagttgagcaagagctgtctttcccaaaccaccaa 2989424  T
Q  298 taccaacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttga 397  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||  | |||| ||| | ||||||||||||||| |  ||    
T  2989423 taccaacaatagcaaccaatgagacattctgatgttcatgtgattgcctcaacaagcttataatcgtgttttgatcttcttctcttccaatgatctcaga 2989324  T
Q  398 ttctaacaca 407  Q
    ||||||||||    
T  2989323 ttctaacaca 2989314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 100 - 321
Target Start/End: Original strand, 3173664 - 3173885
Alignment:
Q  100 gaagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagtt 199  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||| | ||||| ||||||||| | || ||| | | ||  |||||||| ||||||||    
T  3173664 gaagcatattttgcaagttttccaatgataacttatcatcaattttgatattggtcaatgactccgaaattttcgtaacaactgttttgacatcaaagtt 3173763  T
Q  200 atcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaata 299  Q
    |||||||||||| ||||||||  || | || || | || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  3173764 atcagagacacaaacccacatcgtcatttcgaaaagattttgcacttctccatcattgtataccaattgagcaagagctgtcttccccaaaccaccaatt 3173863  T
Q  300 ccaacaatagcaaccaaggaga 321  Q
    ||||| || ||||||| |||||    
T  3173864 ccaactattgcaaccagggaga 3173885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 159 - 411
Target Start/End: Original strand, 2916019 - 2916271
Alignment:
Q  159 gactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagttatcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgt 258  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| ||  |||| ||||||   | ||||||||| | ||| || |    
T  2916019 gactccaatatgttcttcaaaatagttttgacatcaaagtcttcagacacacatacccatatcttcttttcaaactttttttgcacttccccatcattat 2916118  T
Q  259 ataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaataccaacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttat 358  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||  ||||| |||| |||| ||| |||     
T  2916119 ataccagttgagcaagagctgtcttacctaaaccgccaataccaacaatggcaatcaaggagacattgtggtttctatgtggttgcctcaataaatttac 2916218  T
Q  359 aattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattctaacacaaaag 411  Q
    ||| |  ||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2916219 aatctcttttttattatcttctctaccaatgatatctgattctaatacaaaag 2916271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 89 - 322
Target Start/End: Original strand, 2910991 - 2911224
Alignment:
Q  89 taaattttcacgaagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttg 188  Q
    |||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||  | || |||| |||    ||   |||||||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  2910991 taaattttgacggaggttattttgcaagttgtccaatgataagttttcgtcaactttcccatttaataatgactccaatattttcttcaaaatagttttg 2911090  T
Q  189 acgtcaaagttatcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttcccta 288  Q
    || |||||||| | ||||||||| ||||| ||  |||| || || |  | ||  |||||  |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  2911091 acatcaaagtttttagagacacacacccatatcttcttttcgaaaatgttttctacttccttatcattgtataccaactgagcaagagctgtcttgccta 2911190  T
Q  289 aaccaccaataccaacaatagcaaccaaggagac 322  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  2911191 aaccaccaataccaacaatagctatcaaggagac 2911224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 411
Target Start/End: Original strand, 3282284 - 3282638
Alignment:
Q  51 caaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttct 150  Q
    |||| |||||||| ||  |||||||| |||| ||||||| |||| ||| ||||  ||| ||| | ||  || ||||||||  | || ||||||||| | |    
T  3282284 caaatgtcatccaaaaccaacaagtacctctcaccagttcaattctcatgaagtgtatgttgtatgtattcaaatgataacttatcgtcaattttgctgt 3282383  T
Q  151 tggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagttatcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctct 250  Q
     |||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||  |||| |||||   || |||||||||       
T  3282384 cggttaatgactccaacattttcttcacaatggtcttgacatcaaagttattagatatacatacccacattttcttttcaaaatgattttgcacttcctc 3282483  T
Q  251 atcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaataccaacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaac 350  Q
    ||| || || |  || ||||||||||  ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||   | ||||       |||| || ||| |||| ||||     
T  3282484 atcattataaatgaactgagcaagagttgtcttgcctatacctccaatacctacaatagcaattgatgaga------tatttccacgtggttgcctcaag 3282577  T
Q  351 aaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattctaacacaaaag 411  Q
    | | ||||||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  3282578 agatttataatctcctttttatcatcttctcttccattgatatttgattctaacaaaaaag 3282638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 13791610 - 13791256
Alignment:
Q  51 caaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttct 150  Q
    |||| ||||||||  | ||||||||| || | |||||||||||||||| ||||  | | ||| | ||  || ||||||||  | ||||||||||||   |    
T  13791610 caaatgtcatccaagactaacaagtacctttcaccagttaaattttcatgaagtttctgttgtatgtattcaaatgataacttatcatcaattttgcgat 13791511  T
Q  151 tggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagttatcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctct 250  Q
     | |||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||  |||| |||||    | |||||||||       
T  13791510 cgattaatgactccaacattttcttcacaatggtcttgacatcaaagttactagatacacatacccacattttcttttcaaaatgcttttgcacttccac 13791411  T
Q  251 atcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaataccaacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaac 350  Q
    ||| || ||||| ||| |||||||||  ||||| || | ||| |||||||| |||||| |||   | ||||       |||| |||||| |||  ||||     
T  13791410 atcattatatacgaatcgagcaagagttgtcttgccaatacctccaatacctacaataacaattgacgaga------tatttccatgtggttgtgtcaag 13791317  T
Q  351 aaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattctaacacaaaag 411  Q
    | | ||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  13791316 agatttataatctcctttttatcatcttctcttcccatgatgtttgattctaacaaaaaag 13791256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 409
Target Start/End: Original strand, 3918882 - 3919290
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||| ||||| | || ||| |||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  3918882 cacacatcaaaaaagtcctcaagtgagcccatttttcaaaactctcgttccaaatgtcatccaaaactaacaagtatctcttacctgttaaattgtcacg 3918981  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagtta 200  Q
    || |||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  ||||  |||||||||    
T  3918982 aaacatattttgcatattctccaatgataatgcatcatcaattttgttcttggttaatgactccaacattttcttcattatagccttgagttcaaagtta 3919081  T
Q  201 tcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaatac 300  Q
    || ||||||||||||||||||||| | |||||| | | |||||||||   ||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |    
T  3919082 tcggagacacatacccacatactcctttcaaacgagttttgcacttccacatcattgtatatcaattgagcaagagttgtctttcctaaaccaccaatcc 3919181  T
Q  301 caacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattc 400  Q
    |||||||| ||||||   ||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||    
T  3919182 caacaataccaaccacaaagacattttgatttccatgtggttgcatcaacaagcttataatcttctttttatcatcttctcttccaatgatatccgattc 3919281  T
Q  401 taacacaaa 409  Q
    |||| ||||    
T  3919282 taacgcaaa 3919290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 45842 - 45429
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45842 cacacatcaaataagtcttcaattgatcccacttttctaaactctcattccaaacgtcatcaagaagtagcaagtatctcttaccagttaaattgtcacg 45743  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtca-tcaatt--ttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaag 197  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||| ||  ||  || ||  || ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  45742 aagcattttttgcaagttatcaaatgataaattgtcaatctcttcattcttgatgtttaatgacttcaacatgttctttagaatagttttgacatcaaag 45643  T
Q  198 ttatcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaa 297  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||  | | |   ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||    
T  45642 ttattagagacacatacccacatcctcttttcaaaagactttgttacttcaccatcattgtataccaattgagcaagagctgtctttcccaaaccgccaa 45543  T
Q  298 taccaacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttga 397  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || || ||| |||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  45542 tccctacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcctcaacaagcttatgatcttatttctatcatcttctcttccgatgatatctga 45443  T
Q  398 ttctaacacaaaag 411  Q
    |||| |||||||||    
T  45442 ttctgacacaaaag 45429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 33 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 50976 - 50599
Alignment:
Q  33 ttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacgaagcatattttgcaagttgtccaatgataatg 132  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||| || | |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||| || |||||||||||      
T  50976 ttttcaaaactctcgttccaaatgtcatctaggactaacaagtatctcttacctgttaaattatcacaaagcatgttttgcaaattttccaatgataact 50877  T
Q  133 tgtcatcaattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaagttatcagagacacatacccacatactcttctcaaa 232  Q
    | ||||| ||||   | |||||||||| |||||| || ||||| | |||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  50876 tatcatcgatttgccttttggttaatggctccaatattttcttaacaatagttttgacatc-cagttatcagagacacacacccacatactctttccaaa 50778  T
Q  233 caaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaataccaacaatagcaaccaaggagacattctgattt 332  Q
        | ||  ||||| |  || ||||| || |||||||||||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||  || |||| ||| |||    
T  50777 actcttttttacttcaccgtcattgtaaactaattgagcaagagttgtctttcccaaaccaccaatcccaacaatagcaaccacagaaacatgctggttt 50678  T
Q  333 tcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttgattctaacacaaaag 411  Q
    ||||||| || | ||||||| |||| ||| |  |||| ||| | ||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||    
T  50677 tcatgtggttacctcaacaagcttaaaatctcattttaatcgtcttctcttccgatgatatcagattcgaacacaaaag 50599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 153; Significance: 6e-81; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18356117 - 18355714
Alignment:
Q  1 cacagatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaacaagtatctcttaccagttaaattttcacg 100  Q
    |||| |||||||||| | | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||  |  |    
T  18356117 cacacatcaaataaggcctcaattgatcccacttttcaaaactctcattccaaacgtcgtcgagaactaacaagtatctcttaccagttaaattgacttg 18356018  T
Q  101 aagcatattttgcaagttgtccaatgataatgtgtcat---caattttgttcttggttaatgactccaacatgttcttcagaatagttttgacgtcaaag 197  Q
    ||||||| ||||||| |  ||      |||||| | ||   |||  |  |  ||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  18356017 aagcatactttgcaactcttc------taatgtcttatttacaacgtcctctttggttaataacgcaaccatgttcttcagaatagttttgaaatcaaag 18355924  T
Q  198 ttatcagagacacatacccacatactcttctcaaacaaatcttgcacttctctatcgttgtataccaattgagcaagagccgtcttccctaaaccaccaa 297  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| || |||||| | ||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  18355923 ttatctgagacacatacccacatatgcttttcaaacaaatttttcacttcaccatctttgtataccagttgagcaagagctgtctttcccaaaccaccaa 18355824  T
Q  298 taccaacaatagcaaccaaggagacattctgattttcatgtgattgcatcaacaaacttataattttctttttatcatattctcttccaatgatatttga 397  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||| | ||||||||||||||| |  ||    
T  18355823 taccaacaatagcaaccaatgagacattctgatgttcatgtgattgcctcaacaagcttataatcttgtttttatcttcttctcttccaatgatctcaga 18355724  T
Q  398 ttctaacaca 407  Q
    ||||||||||    
T  18355723 ttctaacaca 18355714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University