View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20808_high_22 (Length: 374)

Name: NF20808_high_22
Description: NF20808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20808_high_22
NF20808_high_22
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-372)||(7622630-7623001)
chr1 (1-372)||(7627181-7627552)
chr1 (1-372)||(7634317-7634688)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (28-95)||(23610280-23610347)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Original strand, 7622630 - 7623001
Alignment:
Q  1 cctttaaaatccactgaacttataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcattccaattctcaggatcccttgctatggcccatgcattaacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7622630 cctttaaaatccactgaacttataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcattccaattctcaggatcccttgctatggcccatgcattaacat 7622729  T
Q  101 agactagagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaactttctattgtttctcttggtaatagtaatggtgatggagggaataatcttaatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7622730 agactagagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaactttctattgtttctcttggcaatagtaatggtgatggagggaataatcttaatgt 7622829  T
Q  201 ctctttcactactgatttaagataaggaagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcatataagtttctgatttccatttgaaccttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7622830 ctctttcactactgatttaagataaggaagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcatataagtttctgatttccatttgaaccttg 7622929  T
Q  301 ttcatcactcttggattgttcatcaatgctgtcatagcccaaaccactactgctgaacttgtctctgctcct 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7622930 ttcatcactcttggattgttcatcaatgctgtcatagcccaaaccactactgctgaacttgtgtctgttcct 7623001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Original strand, 7627181 - 7627552
Alignment:
Q  1 cctttaaaatccactgaacttataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcattccaattctcaggatcccttgctatggcccatgcattaacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7627181 cctttaaaatccactgaacttataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcattccaattctcaggatcccttgctatggcccatgcattaacat 7627280  T
Q  101 agactagagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaactttctattgtttctcttggtaatagtaatggtgatggagggaataatcttaatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7627281 agactagagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaactttctattgtttctcttggcaatagtaatggtgatggagggaataatcttaatgt 7627380  T
Q  201 ctctttcactactgatttaagataaggaagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcatataagtttctgatttccatttgaaccttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7627381 ctctttcactactgatttaagataaggaagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcatataagtttctgatttccatttgaaccttg 7627480  T
Q  301 ttcatcactcttggattgttcatcaatgctgtcatagcccaaaccactactgctgaacttgtctctgctcct 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  7627481 ttcatcactcttggattgttcatcaatgctgtcatagcccaaaccactgctgctgaacttgtgtctgttcct 7627552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Original strand, 7634317 - 7634688
Alignment:
Q  1 cctttaaaatccactgaacttataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtcattccaattctcaggatcccttgctatggcccatgcattaacat 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7634317 cctttaaagtccactgaactcataatgaacctttcaggataaaactcttcagggtctttccaattctcaggatcccttcctatggcccatgcattaacat 7634416  T
Q  101 agactagagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaactttctattgtttctcttggtaatagtaatggtgatggagggaataatcttaatgt 200  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| | |||    
T  7634417 acactaaagtttttggtttaatctcataaccatctatgttacaattttctattgtttctcttggtactagtaatggtgatggtggaaataatctcattgt 7634516  T
Q  201 ctctttcactactgatttaagataaggaagcttttcaatatcatcttcatttataaaatctttgtcttcatataagtttctgatttccatttgaaccttg 300  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7634517 ctctttcaccactgctttaagataaggtagcttttcaatatcatcttcatttataaaatatttgtcttcatataagtttctgatttccatttgaaccttg 7634616  T
Q  301 ttcatcactcttggattgttcatcaatgctgtcatagcccaaaccactactgctgaacttgtctctgctcct 372  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  7634617 ttcatcactctaggattgttcatcaatgttgtcatagcccaaaccactattgctgaacttgtgtctgttcct 7634688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 28 - 95
Target Start/End: Original strand, 23610280 - 23610347
Alignment:
Q  28 aacctttcaggataaaactcttcagggtcattccaattctcaggatcccttgctatggcccatgcatt 95  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||||||||||  | |||||||||| |||| ||||| |||||    
T  23610280 aacctttcaggataaaacttatctgggtcattccaatatttaggatcccttcctattgcccaagcatt 23610347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University