View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20808_low_4 (Length: 665)
Name: NF20808_low_4
Description: NF20808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20808_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 650
Target Start/End: Original strand, 592146 - 592777
Alignment:
| Q |
20 |
cgttgtcacggcgcctgtgagccggaattggcaggcatgggaagagaacactgattggaagcattccgttatcgagatcgtggaacaatgcagagacatc |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
592146 |
cgttgtcacggcgcctgtgagccggaattggcaggcatgggaagagaacactgattggaagcattccattatcgagatcgtggaacaatgcagagacatc |
592245 |
T |
|
| Q |
120 |
atcgaagagcttgtcacgaacttcacgacccaaaaggcatctactggttgtcaagatgatcagatgctcaagctcatacttcaaatcaacttcaccgctt |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
592246 |
atcgaagagcttgtcacgaacttcacgacccaaaaggcatctactggctgtcaagatgatcagatgctcaagctcatacttcaaatcaacttcaccgctt |
592345 |
T |
|
| Q |
220 |
gatccccactttgagaaatagtcctgtaaatttggttcatgtttcagaaaacaacacagccnnnnnnngttgcaagagaggaatttacaattatcaacat |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
592346 |
gatccccactttgagaaatagtcctgtaaatttggttcatgtttgagaaaacaacacagccaaagaaagctgcaagagaggaatttacaattatcaacat |
592445 |
T |
|
| Q |
320 |
aaagtaaccaacaatcaagtctcagaagtttgataccattattataccatgatcatgacaagtcgaaacagaattcaagagcttctccagcttatcaaaa |
419 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
592446 |
aaagtaacaaacaatcaagtctcagaagtttgataccattattataccatgatcatgtcaagtcgaaacagaattcaagagcttctccagcttatcaaaa |
592545 |
T |
|
| Q |
420 |
tatgataatgaattcaagttgaagtgtaaaattttattttcaattacgttaagaatttggcttcatgaacagtgtggagttgataaccattgggatgcaa |
519 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
592546 |
tatgataatgaattcaagttgcagtgtaaaattttattttcaattacgttaagaatttggcttcatgaacagtgtggagttgataaccattgggatgcaa |
592645 |
T |
|
| Q |
520 |
acatgactgctgaaattgtgataaaaatgtatcaccaccatctactataaagttattactacctccattcatgttcaattgtcgtctaaggttatcaccc |
619 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
592646 |
acatgactgctgacattgtgat--aaatgtatcaccaccatctactataaagttattactacctccattcattttcaattgtcgtctaaggttatcaccc |
592743 |
T |
|
| Q |
620 |
ccaactacca---tgttaattttgatggaattgt |
650 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
592744 |
ccaactaccatgttgttaattttgatggaattgt |
592777 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 580281 - 579651
Alignment:
| Q |
20 |
cgttgtcacggcgcctgtgagccggaattggcaggcatgggaagagaacactgattggaagcattccgttatcgagatcgtggaacaatgcagagacatc |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
580281 |
cgttgtcacggcgcctgtgagccggaattggcaggtatgggaagagaacactgattggaagcattccgttatcgagatcgtggaacaatgcagagacatc |
580182 |
T |
|
| Q |
120 |
atcgaagagcttgtcacgaacttcacgacccaaaaggcatctactggttgtcaagatgatcagatgctcaagctcatacttcaaatcaacttcaccgctt |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
580181 |
atcgaagagcttgtcacgaacttcacgacccaagagacatctactggctgtcaagatgatcagatgctcaagctcatacttcaaatcaacttcaccgctt |
580082 |
T |
|
| Q |
220 |
gatccccactttgagaaatagtcctgtaaatttggttcatgtttcagaaaacaacacagccnnnnnnngttgcaagagaggaatttacaattatcaacat |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
580081 |
gatccccactttgagaaatagtcctgtaaatttggttcatgtttgag-aaataacacagtgaaagaaagttgcaagagaggaatttacaattatcaacat |
579983 |
T |
|
| Q |
320 |
aaagtaaccaacaatcaagtctcagaagtttgataccattattataccatgatcatgacaagtcgaaacagaattcaagagcttctccagcttatcaaaa |
419 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
579982 |
aaagaaacaaacaatcaagtctcagaggtttgataccattattataccatggtcatgtcaagtccaaacagaattcaagagcttctccagcttatcaaaa |
579883 |
T |
|
| Q |
420 |
tatgataatgaattcaagttgaagtgtaaaattttattttcaattacgttaagaatttggcttcatgaacagtgtgga-gttgataaccattgggatgca |
518 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
579882 |
tatgataatgaattcaagttgcagtgtaaaattttattttca--------aagaatttggcttcatgaaaagtgtggaggtggataaccatt-agatgca |
579792 |
T |
|
| Q |
519 |
a--------acatgactgctgaaattgtgataaaaatgtatcaccaccatctactataaagttattactacctccattcatgttcaattgtcgtctaagg |
610 |
Q |
| |
|
| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
579791 |
aacatgagtacatgacagctgacattgtgat--aaatgtatcaccactatctactataaagttattattacctgctttcattttcaattgtcgtttaagt |
579694 |
T |
|
| Q |
611 |
ttatcacccccaactacca---tgttaattttgatggaattgt |
650 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
579693 |
ttatcacccccaactaccatgttgttaattttgatagaattgt |
579651 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University