View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20816_low_16 (Length: 544)

Name: NF20816_low_16
Description: NF20816
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20816_low_16
NF20816_low_16
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (20-537)||(31865606-31866124)
chr4 (20-537)||(31855713-31856231)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-530)||(108349-108860)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 471; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 31866124 - 31865606
Alignment:
Q  20 ctagtcctagcttccgagtcttgtagatttaccaatgctaaacaatctacaattggacgatacacaagtgtccacatgcacaacccaaaacaatgtacaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31866124 ctagtcctagcttccgagtcttgtagatttaccaatgctaaacaatctacaattggacgatacacaagtgtccacatgcacaacccaaaacaatgtacaa 31866025  T
Q  120 gtgcaagaaaagccaagaaaacaaaggcttcaaacataaaatgctcaggtctagataaaacagataaaccaagaaaaagaactcgtaacggaaggaaaca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31866024 gtgcaagaaaagccaagaaaacaaaggcttcaaacataaaatgctcaggtctagataaaacagataaaccaagaaaaagaactcgtaacggaaggaaaca 31865925  T
Q  220 caaaacagggaatagcaatgtgtaaaccctttttcacaaacctttgttgatgactaacttcaaaatccgactaccaagccaagaaaggtaggaagtcaag 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31865924 caaaacagggaatagcaatgtgtaaaccctttttcgcaaacctttgttgatgactaacttcaaaatccgactaccaagccaagaaaggtaggaagtcagg 31865825  T
Q  320 atcatggcaaaaaggccaaggagggccgtactaag-aaaaggtaagtacaaatggtgatatcattattctccctttcccttgaagatgagctgattgtac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31865824 atcatggcaaaaaggccaaggagggccgtactaagcaaagggtaagtacaaatggtgatatcatcattctccctttcccttgaagatgagctgattgtac 31865725  T
Q  419 ttgtaaaataatgaggaggcttcttcccaagaccattattttcttctaattgaggtccgacaaaaacaacaaaaacctgaacaattaacattggaaggca 518  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  31865724 ttgtaaaataatgaggaagcttcttcccaagaccattattttcttctaattgaggtcccacaaaaacaacaaaaacctgaacaattaacggtggaaggca 31865625  T
Q  519 ataaagaataatctaccca 537  Q
    |||||| ||||| ||||||    
T  31865624 ataaaggataatataccca 31865606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 31856231 - 31855713
Alignment:
Q  20 ctagtcctagcttccgagtcttgtagatttaccaatgctaaacaatctacaattggacgatacacaagtgtccacatgcacaacccaaaacaatgtacaa 119  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31856231 ctagccctagcttctgagtcttgtagctttaccaacgctaaacaatctgcaattggacgatacacaagtgtccacatgcacaacccaaaacaatatacaa 31856132  T
Q  120 gtgcaagaaaagccaagaaaacaaaggcttcaaacataaaatgctcaggtctagataaaacagataaaccaagaaaaagaactcgtaacggaaggaaaca 219  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  31856131 gtgaaagaaaagccaagaaaacaaaggcttcaaacataaaatgatcaggtctagatagaacagataaaccaagaaaaagaacttgtaatggaaggaaaca 31856032  T
Q  220 caaaacagggaatagcaatgtgtaaaccctttttcacaaacctttgttgatgactaacttcaaaatccgactaccaagccaagaaaggtaggaagtcaag 319  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  31856031 caaaacagggaataacaatgtgtaaaccctttttcgcaaacctttgttgatgaccaacttcaaaatccgactaccaagacaagaaaggtaggaagtcagg 31855932  T
Q  320 atcatggcaaaaaggccaaggagggccgtactaag-aaaaggtaagtacaaatggtgatatcattattctccctttcccttgaagatgagctgattgtac 418  Q
    ||||| |||||||  || ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  31855931 atcatagcaaaaataccgaggagagcggtactaagtaaagggtaagtacaaatggtgatatcatcattctccctttccattgaaaatgagttgattgtac 31855832  T
Q  419 ttgtaaaataatgaggaggcttcttcccaagaccattattttcttctaattgaggtccgacaaaaacaacaaaaacctgaacaattaacattggaaggca 518  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||| || | |||||| || | ||||||||||||||||||||||||    
T  31855831 ttgtaaaataatgaggaagcttcttcccaagaactttatttttctctaattgaggtcccaccataacaaccaagatctgaacaattaacattggaaggca 31855732  T
Q  519 ataaagaataatctaccca 537  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  31855731 ataaagaataatataccca 31855713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 20 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 108860 - 108349
Alignment:
Q  20 ctagtcctagcttccgagtcttgtagatttaccaatgctaaacaatctacaattggacgatacacaagtgtccacatgcacaacccaaaacaatgtacaa 119  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||    
T  108860 ctagtcctagcttccaagtcttgtagatttcccagagctaaacaatctgcaactggacggtacacaagtgtgcacatgcacaacccagaacaacatacaa 108761  T
Q  120 gtgcaagaaaagccaagaaaacaaaggcttcaaacataaaatgctcaggtctagataaaacagataaaccaagaaaaagaactcgtaacggaaggaaaca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  108760 gtgcaagaaaagccaagaaaacaaaggcttcaaacataaaatgctcaggtccagataaaacagataaaccaagaaaaagaacccttaatggaaggaaaca 108661  T
Q  220 caaaacagggaatagcaatgtgtaaaccctttttcacaaacctttgttgatgactaacttcaaaatccgactaccaagccaagaaaggtaggaagtcaag 319  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  108660 caaaacagagaatagcaatgtgtaaacccttttctgtaaacctttgttgatgactaatttcaaaatccgactaccaagccaaaaaaggtaggaagtcagg 108561  T
Q  320 atcatggcaaaaaggccaaggagggccgtactaag-aaaaggtaagtacaaatggtgatatcattattctccctttcccttgaagatgagctgattgtac 418  Q
    || ||||||||||||||||| ||  | |||||||| ||| |||||||||| | || |||||||| |||| ||||| ||  |||||| ||||    ||| |    
T  108560 ataatggcaaaaaggccaagaagaacagtactaagtaaagggtaagtacacagggcgatatcatcattcccccttgccactgaagaggagccagctgtgc 108461  T
Q  419 ttgtaaaataatgaggaggcttcttcccaagaccattattttcttctaattgaggtccgacaaaaacaacaaaaacctgaacaattaacattggaaggca 518  Q
    ||||||||||||| ||   ||||||| ||  ||| ||||| |  ||||| |||||||| || ||||  ||||||| ||||| ||  ||||||||||||||    
T  108460 ttgtaaaataatgcggcaacttcttctcagaacccttattcttgtctaactgaggtccaaccaaaatgacaaaaagctgaagaagaaacattggaaggca 108361  T
Q  519 ataaagaataat 530  Q
    ||||||||||||    
T  108360 ataaagaataat 108349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University