View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20816_low_6 (Length: 746)
Name: NF20816_low_6
Description: NF20816
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20816_low_6 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 682; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 682; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 31791124 - 31790411
Alignment:
| Q |
17 |
aatatatttaaaccacattttaattaacaatgtttccattggttaagaggtggacaataacaccctatatattagaaaagttcatgttttgatggaaatg |
116 |
Q |
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| T |
31791124 |
aatatatttaaaccacattttaattaacaatgtttccattggttaagaggtggtcaataacaccctatatattagaaaagttcatgttttgatggaaata |
31791025 |
T |
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| Q |
117 |
tcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctgttgggagcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgccactgcaaagaacca |
216 |
Q |
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| T |
31791024 |
tcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctattgggagcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgccactgcaaagaacca |
31790925 |
T |
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| Q |
217 |
taaaaggaggcctatcaagggaatgtgtagagattttaaatgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaattttagatttagcaagaaa |
316 |
Q |
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| T |
31790924 |
taaaaggaggcctatcaagggaatgtgtagagattttaaatgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaattttagatttagcaagaaa |
31790825 |
T |
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| Q |
317 |
acttccagattcaaggcttgtctaccttgaaaactttagtcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatctcaagttcatactc |
416 |
Q |
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| T |
31790824 |
acttccagattcaaggcttgtctaccttgagaactttagtcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatctcaagttcatactc |
31790725 |
T |
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| Q |
417 |
tttaggttctctcaccacagctaaatttcatggcatgaagcttatatatttcctaattcaacttaaataagtgtgtttcaggcgatacttgtcaccttgt |
516 |
Q |
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| T |
31790724 |
tttaggttctctcaccacagctaaatttcatggcatgacgcttatatatttcctaattcaacttaaataagtgtgtttcaggcgatacttgtcgccttgt |
31790625 |
T |
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| Q |
517 |
ctatagacccaaaaaatattcatttacatgatgccttaacaagtgtcttatttttattatatatgagaatatttatctgacttactaaaaatataaccaa |
616 |
Q |
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| T |
31790624 |
ctatagacccaaaaaatattcatttacatgatgccttaacaagtgtcttatttttattatatatgagaatatttatctgaattactaaaaatataaccaa |
31790525 |
T |
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| Q |
617 |
cagcattcctgcttgaattaagatgaactgacttactcatttttgtgaatcaggatttgaaaatggggatggttcatgctgtggcattgcaaatatagag |
716 |
Q |
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| T |
31790524 |
cagcattcctgcttgaattaagatgaactgacttactcatttttgtgaatcaggatttgaaaatggggatggttcatgctgtggcattgcaaatatagaa |
31790425 |
T |
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| Q |
717 |
cttggtcctctctg |
730 |
Q |
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| T |
31790424 |
cttggtcctctctg |
31790411 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 103 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 31786619 - 31786245
Alignment:
| Q |
103 |
ttttgatggaaatgtcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctgttgggagcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgcc |
202 |
Q |
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| T |
31786619 |
ttttgatggaaatgtcatgaaacttcacgatgaaggatctttatctattgggagcaagaagaattggaatattcagtttatcaccagtaggatgtgtgcc |
31786520 |
T |
|
| Q |
203 |
actgcaaagaaccataaaaggaggcctatcaagggaatgtgtagagattttaaatgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaatttta |
302 |
Q |
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| T |
31786519 |
attccaaagaactgtaaaaggaggcctattaagggaatgtgtagagattgtaaatgagggagcattgatctttaactccaagctttcctcttccattata |
31786420 |
T |
|
| Q |
303 |
gatttagcaagaaaacttccagattcaaggcttgtctaccttgaaaactttagtcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatc |
402 |
Q |
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| T |
31786419 |
gatctagcaaaaaaacatccagattccaggcttgtctaccttgagaactttagtcaactgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatc |
31786320 |
T |
|
| Q |
403 |
tcaagttcatactctttaggttctctcaccacagctaaatttcatggcatgaagcttata-tatttcctaattca |
476 |
Q |
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|
| T |
31786319 |
tcaagttcatactctttaggttctctcaccacagataaatttcatggcatgaagcttatattatttcctacttca |
31786245 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 521 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 31785671 - 31785462
Alignment:
| Q |
521 |
agacccaaaaaatattcatttacatgatgccttaacaagtgtcttatttttattatatatgagaatatttatctgacttactaaaaatataaccaacagc |
620 |
Q |
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| T |
31785671 |
agaccccaaaaaaattcatttacatgatgccttaacaagtgtcttatttttattatatatgagaatatttatctgaattactaaaaatattaccaacagc |
31785572 |
T |
|
| Q |
621 |
attcctgcttgaattaagatgaactgacttactcatttttgtgaatcaggatttgaaaatggggatggttcatgctgtggcattgcaaatatagagcttg |
720 |
Q |
| |
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| T |
31785571 |
attcctgcttgaattaagattaactgacttactcatttttgtgaatcaggatttgaaaatggggatgcttcatgctgtggcattgcaaatatagaacttg |
31785472 |
T |
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| Q |
721 |
gtcctctctg |
730 |
Q |
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| T |
31785471 |
gtcctctctg |
31785462 |
T |
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