View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20824_high_5 (Length: 457)

Name: NF20824_high_5
Description: NF20824
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20824_high_5
NF20824_high_5
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (1-457)||(37704794-37705250)
chr5 (165-307)||(34599459-34599603)
chr5 (165-313)||(2143247-2143394)
chr5 (62-285)||(13953394-13953616)
chr5 (58-135)||(1629760-1629837)
chr5 (41-157)||(1629683-1629799)
chr5 (41-157)||(29532047-29532161)
chr5 (210-313)||(26325678-26325781)
chr5 (114-155)||(2143379-2143420)
chr5 (62-147)||(30384213-30384297)
chr5 (262-310)||(38458771-38458819)
chr5 (60-147)||(37704830-37704917)
chr5 (93-156)||(41232901-41232964)
chr5 (333-375)||(30384256-30384298)
chr5 (232-292)||(29531914-29531975)
chr5 (61-157)||(38458805-38458899)
chr5 (338-374)||(1630012-1630048)
chr5 (41-137)||(29531855-29531950)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (62-298)||(4558769-4559007)
chr2 (43-294)||(8198509-8198759)
chr2 (43-294)||(8203269-8203519)
chr2 (43-126)||(45385838-45385921)
chr2 (43-157)||(4923428-4923542)
chr2 (62-157)||(42053964-42054059)
chr2 (217-298)||(6739472-6739554)
chr2 (62-151)||(3289442-3289531)
chr2 (253-313)||(42054042-42054102)
chr2 (45-111)||(4558680-4558745)
chr2 (232-285)||(4923553-4923607)
chr2 (62-120)||(8198419-8198477)
chr2 (62-120)||(8203179-8203237)
chr2 (41-116)||(32546464-32546538)
chr2 (95-155)||(28358958-28359018)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (56-298)||(16419591-16419837)
chr6 (170-297)||(196111-196238)
chr6 (43-154)||(12458392-12458504)
chr6 (62-200)||(33547750-33547889)
chr6 (165-313)||(17411121-17411270)
chr6 (171-295)||(28477384-28477509)
chr6 (171-295)||(29789836-29789961)
chr6 (124-313)||(7004200-7004390)
chr6 (331-373)||(17411089-17411131)
chr6 (61-157)||(10544282-10544376)
chr6 (183-279)||(32548138-32548235)
chr6 (93-149)||(7202300-7202356)
chr6 (209-292)||(33547849-33547933)
chr6 (165-270)||(7202313-7202419)
chr6 (217-290)||(10544136-10544210)
chr6 (171-271)||(29693282-29693383)
chr6 (60-157)||(31314513-31314609)
chr6 (331-374)||(196244-196287)
chr6 (188-282)||(9405267-9405362)
chr6 (62-135)||(196063-196135)
chr6 (116-157)||(33547744-33547785)
chr6 (62-142)||(33547811-33547890)
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (43-313)||(41331168-41331439)
chr7 (43-298)||(18128375-18128632)
chr7 (61-154)||(30551947-30552040)
chr7 (61-154)||(6589558-6589651)
chr7 (58-137)||(12422044-12422123)
chr7 (41-148)||(32804629-32804736)
chr7 (62-150)||(1532197-1532285)
chr7 (51-239)||(20389633-20389822)
chr7 (62-157)||(28003341-28003434)
chr7 (212-298)||(48447315-48447402)
chr7 (62-155)||(5755594-5755685)
chr7 (209-298)||(12264801-12264890)
chr7 (219-298)||(12422262-12422342)
chr7 (41-145)||(12422352-12422455)
chr7 (41-241)||(21920965-21921164)
chr7 (247-298)||(28002279-28002330)
chr7 (76-141)||(32918529-32918595)
chr7 (93-154)||(1532441-1532501)
chr7 (61-137)||(6586862-6586938)
chr7 (252-292)||(32857850-32857890)
chr7 (63-142)||(48447283-48447362)
chr7 (336-374)||(12422352-12422390)
chr7 (99-156)||(5762696-5762753)
chr7 (265-313)||(28002235-28002283)
chr7 (331-363)||(32857805-32857837)
chr7 (43-147)||(45477966-45478070)
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (182-313)||(22519386-22519518)
chr4 (62-313)||(31095124-31095377)
chr4 (43-157)||(22519807-22519921)
chr4 (62-151)||(48194394-48194483)
chr4 (183-313)||(49291205-49291335)
chr4 (43-135)||(33617920-33618010)
chr4 (62-298)||(20141745-20141983)
chr4 (62-150)||(22889586-22889674)
chr4 (62-150)||(22941250-22941338)
chr4 (333-373)||(31095092-31095132)
chr4 (62-137)||(53769786-53769861)
chr4 (41-147)||(2323266-2323372)
chr4 (56-130)||(42676809-42676883)
chr4 (248-313)||(51580077-51580140)
chr4 (64-147)||(34013780-34013861)
chr4 (67-142)||(22519373-22519448)
chr4 (61-156)||(34717567-34717660)
chr4 (106-157)||(40070309-40070360)
chr4 (93-147)||(31095078-31095131)
chr4 (256-298)||(53769786-53769828)
chr4 (116-157)||(22519313-22519354)
chr4 (93-154)||(48194179-48194239)
chr4 (58-130)||(22519774-22519846)
chr4 (62-142)||(31095106-31095186)
chr4 (83-147)||(55368780-55368844)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (41-179)||(3866-4003)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (62-148)||(2277209-2277295)
chr8 (61-141)||(27532989-27533069)
chr8 (78-157)||(37064689-37064768)
chr8 (43-145)||(15907689-15907790)
chr8 (43-157)||(15907944-15908058)
chr8 (61-313)||(2510015-2510263)
chr8 (43-125)||(12807666-12807748)
chr8 (183-313)||(3806871-3807000)
chr8 (328-373)||(18080600-18080645)
chr8 (58-154)||(32566875-32566969)
chr8 (60-148)||(2967707-2967794)
chr8 (62-157)||(3806998-3807091)
chr8 (166-298)||(12189869-12190002)
chr8 (166-298)||(12434297-12434430)
chr8 (78-148)||(45445141-45445210)
chr8 (39-131)||(41123-41216)
chr8 (248-312)||(8453098-8453163)
chr8 (90-135)||(32566724-32566769)
chr8 (65-141)||(3806856-3806932)
chr8 (177-292)||(32566752-32566867)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (62-298)||(363615-363853)
chr1 (63-298)||(47726457-47726693)
chr1 (63-298)||(47747763-47747999)
chr1 (61-154)||(16554303-16554396)
chr1 (167-297)||(29954870-29955000)
chr1 (62-151)||(18470189-18470279)
chr1 (62-157)||(802251-802346)
chr1 (43-150)||(12656368-12656474)
chr1 (62-148)||(16026108-16026194)
chr1 (41-237)||(11016877-11017075)
chr1 (232-298)||(26706207-26706274)
chr1 (62-157)||(46530163-46530258)
chr1 (93-150)||(48130213-48130268)
chr1 (56-145)||(48130428-48130516)
chr1 (43-142)||(363806-363906)
chr1 (78-157)||(26706353-26706432)
chr1 (43-145)||(46530411-46530517)
chr1 (252-298)||(18470384-18470430)
chr1 (93-154)||(16026346-16026406)
chr1 (93-150)||(18470439-18470495)
chr1 (165-313)||(47600499-47600648)
chr1 (41-157)||(23808083-23808199)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (66-301)||(30534432-30534666)
chr3 (62-298)||(51265744-51265984)
chr3 (93-250)||(44291025-44291182)
chr3 (61-157)||(44291413-44291509)
chr3 (43-147)||(48200367-48200471)
chr3 (43-137)||(33291582-33291676)
chr3 (93-154)||(51265679-51265739)
chr3 (331-374)||(44291420-44291463)
chr3 (232-298)||(50898882-50898948)
chr3 (43-144)||(1662257-1662357)
chr3 (121-157)||(9343215-9343251)
chr3 (43-135)||(14747077-14747167)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 37705250 - 37704794
Alignment:
Q  1 tagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  37705250 tagttaagaaccatacaaaaaacacgtacataaaataaatgttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattggtcatttaagat 37705151  T
Q  101 ttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37705150 ttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaatttttttcgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 37705051  T
Q  201 gaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttaca 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37705050 caaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttacgaaaaatacttaca 37704951  T
Q  301 taactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacgnnnnnnnnnnnnnnnnccgatttgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||                |||||||||    
T  37704950 taactaacttgttttttgagcaactacataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgcaagtgatacgaaaaaatcttaaaaaaccgatttgt 37704851  T
Q  401 tataattaaataacttaaaagtatcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaa 457  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704850 tataattaaataacttaaaagtctcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaa 37704794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 165 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 34599603 - 34599459
Alignment:
Q  165 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaa 262  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  34599603 cgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctggacctaaaagttacaattaaa 34599504  T
Q  263 taacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaa 307  Q
     |||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  34599503 caacttaaaggacttaagcattaagaaaaatacttaaataactaa 34599459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 313
Target Start/End: Original strand, 2143247 - 2143394
Alignment:
Q  165 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 263  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||  || || ||  ||||||| | ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  2143247 cgtactaattaggtcctttaagttatttaact--aacaatttaggggattttatatcttaaacatgtaagttattcggggcctcaaagtttcaattaaat 2143344  T
Q  264 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    ||||||||  |||||| ||||| |||||||||| | |  |||||||||||    
T  2143345 aacttaaaaaacctaaatgttacgaaaaatactgaaaggactaacttgtt 2143394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 13953616 - 13953394
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnn 161  Q
    |||||||| |||| || ||| |||||| |  |||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||        
T  13953616 tttaagttgtttaattataataaattggttttttaagtttttt-cataccgcttaagtcatttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagttt 13953518  T
Q  162 nnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaatta 260  Q
       ||||||||||| ||| | |||| |||||||  |||| || || |||||||||||| | ||||| || |||||||||  || |  ||||||||| |||    
T  13953517 ttccgtaccaattacgtcttttaagttatttaatcgtaaaaatttaagggatttcaga-cctaaaaatgtaagttattcaaggtctaaaagttacagtta 13953419  T
Q  261 aataacttaaacgacctaagtgtta 285  Q
    ||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  13953418 aataatttaaaggacttaaatgtta 13953394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 135
Target Start/End: Original strand, 1629760 - 1629837
Alignment:
Q  58 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 135  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  1629760 gtcttttaagttaattaattgtaacaaatcgatcctttaagttttttccgtagcaattaagtcctttaagttatttaa 1629837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 157
Target Start/End: Original strand, 1629683 - 1629799
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 140  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||   ||||  |||| | ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1629683 gttaaattacaccaaaagtcctttaagttatttaattgtaataaattcgttctttaaaaattttctgtacaaattaggtcttttaagttaattaattgta 1629782  T
Q  141 acaagttggtcctttaa 157  Q
    |||| | | ||||||||    
T  1629783 acaaatcgatcctttaa 1629799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 29532161 - 29532047
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 140  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||||| | ||||| |||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||| | ||    
T  29532161 gttaaattacatcatatgtcttt-aagttattcaattgtaacaaattgaacctttaaatttttt-cgtatcacttagcttctttatgttaattaactgta 29532064  T
Q  141 acaagttggtcctttaa 157  Q
    | ||||||||| |||||    
T  29532063 aaaagttggtcatttaa 29532047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 210 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 26325781 - 26325678
Alignment:
Q  210 ggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaact 309  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||  | ||||||||| || |||||||    
T  26325781 ggatttcaaatattaaaaatataagttattcaggatctaaagttataattaaataatttaaaggatttaagtgttacaataaatacttaaatgactaact 26325682  T
Q  310 tgtt 313  Q
    ||||    
T  26325681 tgtt 26325678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 114 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 2143420 - 2143379
Alignment:
Q  114 ttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2143420 ttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttagtccttt 2143379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 147
Target Start/End: Original strand, 30384213 - 30384297
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 147  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| ||||  ||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  30384213 tttaagttatttaattgtaacaaatttgtcttttaagtttttt-cgtattacttacgtcttttaagttatttaattgtaacaagtt 30384297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 310
Target Start/End: Original strand, 38458771 - 38458819
Alignment:
Q  262 ataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaactt 310  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38458771 ataacttaaaggacccaagtgttatgaaaaatacttaaatgactaactt 38458819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 147
Target Start/End: Original strand, 37704830 - 37704917
Alignment:
Q  60 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 147  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| | |  |||||| ||||| |||| |||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37704830 cttttaagttatttaattataacaaatcggttttttaagattttttcgtatcacttgcgtcatttaagttatttaattataacaagtt 37704917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 156
Target Start/End: Original strand, 41232901 - 41232964
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 156  Q
    ||||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41232901 tttaagtttttttgataccacttagatcctttaagtcaattaattgtaataagttggtctttta 41232964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 333 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 30384298 - 30384256
Alignment:
Q  333 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatacg 375  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  30384298 taacttgttacaattaaataacttaaaagacgtaagtaatacg 30384256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 29531975 - 29531914
Alignment:
Q  232 aagttattcgggacctaaag-ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 292  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||| || || ||||||    
T  29531975 aagttattcgggacctaaaaattacaattaaataacttaaatgacgtaaatgatacgaaaaa 29531914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 38458899 - 38458805
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||||||||| |||||||||||  || ||||||||| || ||| ||| ||||| ||| |||||    
T  38458899 ttttaagttatttaattgtaataaattagt--tttaagtttttttcgtaccacttatatcttttaagttattttattgtaataagttagtcatttaa 38458805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 338 - 374
Target Start/End: Original strand, 1630012 - 1630048
Alignment:
Q  338 tgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 374  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1630012 tgttatgattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 1630048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 41 - 137
Target Start/End: Original strand, 29531855 - 29531950
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 137  Q
    |||||||||||  | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||  || |||||||||||| |||| || ||| ||| ||||||||| ||||||    
T  29531855 gttaaattacatgagatgtcatttaagttatttaattgtaataaattagtcctttaagtttttt-cgtatcatttacgtcatttaagttatttaatt 29531950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 62 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 4559007 - 4558769
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacg-taccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 160  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||       
T  4559007 tttaagttatttaattgtaataaattgatc-tttaagttttttttggtacaacttaggtactttatgttaattaattgtaacaagttgttcctttaagtt 4558909  T
Q  161 nnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 258  Q
        | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||    
T  4558908 ttgtctgtaccaattaggtcctttaagctatttaaccgtaactatttgaggtattttagatcttaaaaatgcaagttattcatggcctaaaagttacaat 4558809  T
Q  259 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4558808 taaataaattaaaagacctaagtgttacgaaaaatactta 4558769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 43 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 8198759 - 8198509
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8198759 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8198661  T
Q  143 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 241  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8198660 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8198561  T
Q  242 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 294  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8198560 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8198509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 43 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 8203519 - 8203269
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    ||||||| |||| || || ||||||||| ||| |||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  8203519 taaattataccagaaatcctttaagttagttaattgtaacaaattggtc-tttaagttttttccgtaccacttaggtcctttaagataattaattgtaat 8203421  T
Q  143 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 241  Q
    ||||||| |||||||        ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  8203420 aagttggccctttaagttttttccgtaccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggggatttcagatcttaaaaatgtaagttagttg 8203321  T
Q  242 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaata 294  Q
    |  ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  8203320 gagcctaaaagtttcaattaaataacttaaa--acctaagtgttaagaaaaata 8203269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 43 - 126
Target Start/End: Original strand, 45385838 - 45385921
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaa 126  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  45385838 taaattacaccataggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaagtttttttcgtaccacttacgtcctttaa 45385921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 43 - 157
Target Start/End: Original strand, 4923428 - 4923542
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    |||||||||||  | |||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  |||| |||||| |||| |||     
T  4923428 taaattacaccggatgtctcttaagttttttaattataataaattgatcatttatgttttttccgtaccatttaggttttttacgttaataaattgtaat 4923527  T
Q  143 aagttggtcctttaa 157  Q
    |||||  ||||||||    
T  4923528 aagttaatcctttaa 4923542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 157
Target Start/End: Original strand, 42053964 - 42054059
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    |||||||||||||||| ||| || || ||| |||||||||| |   || ||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  42053964 tttaagttatttagttataataagttaatcctttaagttttgtttatatcacttaggttctttaagttgtttaattttaacaagttagtcctttaa 42054059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 6739554 - 6739472
Alignment:
Q  217 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagtt-acaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    ||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  6739554 agatcttaaaaatgtaagttattagaggcttaaagtttacaattaaataacttaaatgacctaaatgttacaaaaaatactta 6739472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 3289531 - 3289442
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 151  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  ||| ||||||  || ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  3289531 tttaaattatttaattgtaataaattggtcttttaagttttttttgtatcacttaaatcttttaattgaattaattgtaacaagttggtc 3289442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 253 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 42054102 - 42054042
Alignment:
Q  253 tacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| |  |||||||||||    
T  42054102 tacaattaaataacttaaagaacctaagtgataggaaaaatacttaaaggactaacttgtt 42054042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 45 - 111
Target Start/End: Original strand, 4558680 - 4558745
Alignment:
Q  45 aattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtacc 111  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||| ||||||    
T  4558680 aattacacgataattctcttaagttatttaattgtaataaattggtc-tttaagtttttttcgtacc 4558745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 232 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 4923607 - 4923553
Alignment:
Q  232 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgtta 285  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4923607 aagttattcggaacctaaaagttgcaattaaataacttaaagtacctaagtgtta 4923553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 120
Target Start/End: Original strand, 8198419 - 8198477
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 120  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8198419 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8198477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 120
Target Start/End: Original strand, 8203179 - 8203237
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtc 120  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8203179 tttaagttatttaattgtaataaattggttctttaaatttttttcgtaccacttaggtc 8203237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 32546538 - 32546464
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtt-ttttacgtaccactta 116  Q
    |||||||||||||| | ||  |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  32546538 gttaaattacaccagaggt--tttaagttttttaatcgtaataaattgatcatttaagttatttttcgtaccactta 32546464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 95 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 28359018 - 28358958
Alignment:
Q  95 taagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 155  Q
    |||||||| | |||| || |||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  28359018 taagttttgttcgtatcaattagttcctttaagttaattaaatgtaacaggttggtccttt 28358958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 298
Target Start/End: Original strand, 16419591 - 16419837
Alignment:
Q  56 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac---gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcc 152  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||     |||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16419591 aagtcctttaagttatttaattgtaacaaattgatcattgaagtattttcttttgtaccaattagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggtca 16419690  T
Q  153 tttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-g 251  Q
    |||||       |||||||||| | |||| |||| |||||||| |||| || ||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||| |||||| |    
T  16419691 tttaagttttttcgtaccaatttgatcctttaagttatttaaccgtaacaatttgagggattttagatcttagaaatgtaagttatttggggcctaaaag 16419790  T
Q  252 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  16419791 tttcaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgacaaatactta 16419837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 170 - 297
Target Start/End: Original strand, 196111 - 196238
Alignment:
Q  170 caattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactt 268  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| || | | |||||||||||||||||||||    
T  196111 caattaggtcctttaagttacttaaccgtaacaatttgaggtatttcatatcttaaaaatgtaagttattcagggcttaaaagttacaattaaataactt 196210  T
Q  269 aaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 297  Q
    ||| ||||||||||||  |||| ||||||    
T  196211 aaa-gacctaagtgtttcgaaatatactt 196238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 43 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 12458504 - 12458392
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 141  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  |||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12458504 taaattacactagaagtcctttaagttatttaattgtaacaatttggtactttaagttttttcccgtacttcttaggtcctttaagttaataaattaaaa 12458405  T
Q  142 caagttggtcctt 154  Q
    |||||||||||||    
T  12458404 caagttggtcctt 12458392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 200
Target Start/End: Original strand, 33547750 - 33547889
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttt-tttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 160  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||       
T  33547750 tttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaagtttatttttgttccacttatgtcctttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtt 33547849  T
Q  161 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaa 200  Q
        | ||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  33547850 ttttcataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaa 33547889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 165 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 17411270 - 17411121
Alignment:
Q  165 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgg-gacctaaagttacaattaaat 263  Q
    ||||||||||| || || |||| |||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||||||    
T  17411270 cgtaccaattatgtactttaagttatttaatcgtaataatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcggagactaaacgttacaattaaat 17411171  T
Q  264 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    |||| ||| ||| || || ||| |||||||| ||| |  |||||||||||    
T  17411170 aactcaaaagacttatgtattacgaaaaatatttaaaagactaacttgtt 17411121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 295
Target Start/End: Original strand, 28477384 - 28477509
Alignment:
Q  171 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 269  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  28477384 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 28477483  T
Q  270 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 295  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  28477484 aagaacctaactgttatgaaaaatac 28477509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 295
Target Start/End: Original strand, 29789836 - 29789961
Alignment:
Q  171 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 269  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||| |||    
T  29789836 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaattgtaagttattcggggcctaaaaattacgattaaataattta 29789935  T
Q  270 aacgacctaagtgttatgaaaaatac 295  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||    
T  29789936 aagaacctaactgttatgaaaaatac 29789961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 124 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 7004390 - 7004200
Alignment:
Q  124 taagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatct 222  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||        | ||||||||||||| || |||| |||||||| |||| || |||||  |||| ||||||    
T  7004390 taagtttattaattataacaagttgatcctttatgttttctctgtaccaattaggttctttaagttatttaaccgtaacaatttgagaaattttagatct 7004291  T
Q  223 taaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    ||||| |  ||||||||| ||   |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||  ||||||||||| |  |||||||||||    
T  7004290 taaaagtataagttattcagggtttaaatgttgcaattaaataacttaaa-gacataagtgatacaaaaaatacttaaaggactaacttgtt 7004200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 331 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 17411131 - 17411089
Alignment:
Q  331 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 373  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17411131 actaacttgttacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 17411089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 10544376 - 10544282
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||   |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  10544376 ttttaagttatttatctgtaacaaattgac--tttaagtttttttcgtactagttagatccattaagttaattaattataataagttgatcatttaa 10544282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 279
Target Start/End: Original strand, 32548138 - 32548235
Alignment:
Q  183 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaa 279  Q
    |||| |||||||| |||| || ||| || |||| | ||||||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32548138 taagttatttaaccgtaacaatttgcggtattttaaatcttaaaaatgtaagctattcgggatctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaa 32548235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 149
Target Start/End: Original strand, 7202300 - 7202356
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 149  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  7202300 tttaagtttttttcgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgg 7202356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 209 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 33547933 - 33547849
Alignment:
Q  209 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 292  Q
    ||||||||||| ||||||| |  ||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  33547933 gggatttcagaccttaaaaatttaagttattcgaaacttaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaaatggtatgaaaaa 33547849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 270
Target Start/End: Original strand, 7202313 - 7202419
Alignment:
Q  165 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 263  Q
    ||||||| ||||||||| || | || |||| ||||| |  ||| | ||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7202313 cgtaccatttaggtcctttatgttaattaattgtaacatgttgggagattttagatcttaaaaatttaagttattcggggcctaaaagttacaattaaat 7202412  T
Q  264 aacttaa 270  Q
    |||||||    
T  7202413 aacttaa 7202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 217 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 10544210 - 10544136
Alignment:
Q  217 agatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaa 290  Q
    ||||||||||| || || ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10544210 agatcttaaaaatgtaaattattcaagacctaaaagttacaattaactaacttaaatgacctaagtgttacgaaa 10544136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 171 - 271
Target Start/End: Original strand, 29693282 - 29693383
Alignment:
Q  171 aattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaataactta 269  Q
    |||||||| || |||| |||| |||||||| || ||  | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||    
T  29693282 aattaggttctttaagttattgaactgtaataatttaggcgattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggtcctaaaagttacgattaaataattta 29693381  T
Q  270 aa 271  Q
    ||    
T  29693382 aa 29693383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 60 - 157
Target Start/End: Original strand, 31314513 - 31314609
Alignment:
Q  60 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    ||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  31314513 cttttgagttatttaattataacaagttgatcatttaagttttttcagtatcacttatgt-ttttaagttatttaattataacaaattagtcatttaa 31314609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 331 - 374
Target Start/End: Original strand, 196244 - 196287
Alignment:
Q  331 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 374  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196244 actaaattattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 196287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 282
Target Start/End: Original strand, 9405267 - 9405362
Alignment:
Q  188 tatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 282  Q
    |||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||| |   |||||||||| |  || || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  9405267 tatttaaccgtaacaatttgaggaatttcagatcttaaaaattttagttattcggcatttataaattacaattaaataacttaaaggatctaagtg 9405362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 135
Target Start/End: Original strand, 196063 - 196135
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 135  Q
    ||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  196063 tttaaattaattaattgtaacaaattgat-atttaagttttttcagtatcaattaggtcctttaagttacttaa 196135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 157
Target Start/End: Original strand, 33547744 - 33547785
Alignment:
Q  116 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||    
T  33547744 aggtcctttaagttatttaattgtaacaaattggtcctttaa 33547785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 62 - 142
Target Start/End: Original strand, 33547811 - 33547890
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    ||||||||| ||| |||||| || ||  || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  33547811 tttaagttaattaattgtaacaagtttgtcttttaagtttttt-cataccatttaggtcctttaagttatttaattgtaac 33547890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 43 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 41331439 - 41331168
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  41331439 taaattatatcataagtcatttaagttatttaattgtaataaattgatcatttaagtttttctcgtaccacctagctcatttaagttaataaattataac 41331340  T
Q  143 aagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg 241  Q
    |||||||| ||||||         |||||||| ||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||    
T  41331339 aagttggttctttaagtttttcatgtaccaatgaggtcatttaagttatttaaccgtaacaattttggggattctagatcctaaaaattgaagttattcg 41331240  T
Q  242 ggacct-aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
      |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  41331239 atacctaaaagttataattaaataacttaaa-gacctaagtgctatgaaaaatatttaaactactaacttgtt 41331168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 18128632 - 18128375
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcattt-aagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 141  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||  ||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18128632 taaattacaccataggtcctttaaattatttaaatgtaataaattggtccttttaagtttttt-cgtactacttaggttctttaagttaattaattgtaa 18128534  T
Q  142 caagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc 240  Q
     |||||||| ||||||        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||  ||| || |||  | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  18128533 taagttggtgctttaattttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaaccataacaatttggcgaatttcagatcttaaaaatgtaagttattc 18128434  T
Q  241 -gggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
      ||    ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  18128433 aaggtttaaaagttacaattaaaaaatttaaaggatctaagtgttacgaagaatactta 18128375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 61 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 30552040 - 30551947
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 154  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  30552040 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 30551947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 6589651 - 6589558
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 154  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  6589651 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatcctttaagtttttttggtaccacttaggtcatttaagttaatcaattgtaataagttggtcctt 6589558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 58 - 137
Target Start/End: Original strand, 12422044 - 12422123
Alignment:
Q  58 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 137  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12422044 gtcttttaagttattaaattgtaataaattggtcatttaagtttttttcataccacttaggtcctttaagtaaattaatt 12422123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 32804736 - 32804629
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 140  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||  |    
T  32804736 gttaaattacaccacaagtcttttaggatatttaattgtaataaattgatcttttaggtttttttcatacaacttaagtcatttaagttaattaattgca 32804637  T
Q  141 acaagttg 148  Q
    ||||||||    
T  32804636 acaagttg 32804629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 150
Target Start/End: Original strand, 1532197 - 1532285
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 150  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  1532197 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacattttttttgtacctcttaggtcctttaagttatttaactataacaagttggt 1532285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 239
Target Start/End: Original strand, 20389633 - 20389822
Alignment:
Q  51 accataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttgg 149  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| |  |  ||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20389633 accataggtcttttaagttatttaaatgtaacaaagtagttctttaagttttttttcgtactacttagatgctttaagttaattaattgtaacaagttgg 20389732  T
Q  150 tcctttaannnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 239  Q
    || || |        ||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||  | |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20389733 tctttaagtttttttcgtacgaattagatcctttaagttatttaactgtaacaatttggcgaattttagatcttaaaaatgtaagttatt 20389822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 62 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 28003434 - 28003341
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  28003434 tttaaattatttaattgtaacaagttgatcgtt-aagtttttt-cgtaccaattaggtcctttaagttaattaaatgtaacaagttgatcctttaa 28003341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 212 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 48447402 - 48447315
Alignment:
Q  212 atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||  || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  48447402 attttagatcttaaaaatgtaagttattttgggcataaaagttacaattaaataacttaaaggacctaagcgttacgaaaaatactta 48447315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 155
Target Start/End: Original strand, 5755594 - 5755685
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttt 155  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||  | ||||| |||||  |||||||||||  || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5755594 tttaagttatttaattgtaacaaattggccctttaatttttt--cgtaccacttaaatcatttatgttaattaattgtaacaagttggtccttt 5755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 209 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 12264890 - 12264801
Alignment:
Q  209 gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||||||||  | || ||||||||| ||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||    
T  12264890 gggatttcaaatctttaaaatgtaagttattcatggccaaaagttacacttaaataacttgaaagacctaagtggtacgaaaaatactta 12264801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 298
Target Start/End: Original strand, 12422262 - 12422342
Alignment:
Q  219 atcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||  || ||||||||    
T  12422262 atcttaaaagtataagttattcgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggatttaagtgttacaaacaatactta 12422342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 12422455 - 12422352
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 140  Q
    |||||||||||||  || |  ||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||    
T  12422455 gttaaattacaccggaatttctttaagttatttaattgtaacaaattcatcctttaagtttttt-tgtatcacttacgtcttttaagttatttaatttta 12422357  T
Q  141 acaag 145  Q
    |||||    
T  12422356 acaag 12422352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 21921164 - 21920965
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 140  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  | |||  ||||  |||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  21921164 gttaaattacatcataagtcatttaagttatttaactataactaatttgtcatttaagtttttt-tttaccacttatgt-ctttaagttaattaactgta 21921067  T
Q  141 acaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttatt 239  Q
    |||||||| |  |||||        ||||| ||||||||||| |||| ||||||||  ||| || ||| || |||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  21921066 acaagttgtttatttaagttttttccgtactaattaggtcctttaagttatttaaccataaaaatttggggaattttagaccttaaaaatgtaagttatt 21920967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 247 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 28002330 - 28002279
Alignment:
Q  247 taaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  28002330 taaagttacaattaaacaacttaaaggacctaagtggtatgaaaagtactta 28002279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 141
Target Start/End: Original strand, 32918529 - 32918595
Alignment:
Q  76 ttgtaagaaattgatcatttaagtttt-ttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 141  Q
    |||||| ||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918529 ttgtaataaattgatcttttgagttttatttcgtatcacttagctcctttaagttaattaattataa 32918595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 93 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 1532501 - 1532441
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 154  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1532501 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 1532441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 137
Target Start/End: Original strand, 6586862 - 6586938
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 137  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  6586862 ttttaagtaatttaattgtaataaattgatctcttaaatttttttggtactacttaggtcatttaagttaatcaatt 6586938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 32857890 - 32857850
Alignment:
Q  252 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaa 292  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  32857890 ttacaattaaataacttaaaagacctaagtgttacgaaaaa 32857850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 142
Target Start/End: Original strand, 48447283 - 48447362
Alignment:
Q  63 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  |  ||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  48447283 ttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaagtatttttcgtaacgcttaggtcctttaagttatttaattgtaac 48447362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 336 - 374
Target Start/End: Original strand, 12422352 - 12422390
Alignment:
Q  336 cttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 374  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12422352 cttgttaaaattaaataacttaaaagacgtaagtgatac 12422390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 156
Target Start/End: Original strand, 5762696 - 5762753
Alignment:
Q  99 ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 156  Q
    |||||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5762696 ttttttccgtaccacttaggtaatatatgttaattaattgtaacaagttggttcttta 5762753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 28002283 - 28002235
Alignment:
Q  265 acttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  28002283 acttaaatgacctaagtggtatgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 28002235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 331 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 32857837 - 32857805
Alignment:
Q  331 actaacttgttataattaaataacttaaatgac 363  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32857837 actaacttgttacaattaaataacttaaatgac 32857805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 45478070 - 45477966
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    |||||||||||  |  |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |  ||||||   || |||||||| ||| ||||||||| | || ||||    
T  45478070 taaattacacctcatatcttttaaattatttaattgtaataaattgatcattaattttttttttttatcacttaggccctataagttaataagttgtaac 45477971  T
Q  143 aagtt 147  Q
    |||||    
T  45477970 aagtt 45477966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 182 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 22519518 - 22519386
Alignment:
Q  182 ctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaag 280  Q
    ||||| |||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22519518 ctaagttatttaaccgtagcaatttgggggatttcagatcttaaaaatgtaagttatttgggacctaaaagttacaattaaataacttaaaggacctaag 22519419  T
Q  281 tgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||||||    
T  22519418 tgttacgaaaaatacttaaaggactaacttgtt 22519386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 62 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 31095377 - 31095124
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 160  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||  || | |||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||  |||| |||       
T  31095377 tttaagttatttaattgtaataaatttgtccacttaaattattttcgtaccatttaggtcttttaagttaattagttgtaacaagttaatcctataagtt 31095278  T
Q  161 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatt 259  Q
        | ||||||| ||||| | |||||||||| ||  ||  || ||   |||||||||||||||||| || |||||||||  |||||||| |||||||||    
T  31095277 ttttcctaccaataaggtcatttaagctattttaccatatcaatttttaggatttcagatcttaaaaatgtaagttattcaagacctaaaagttacaatt 31095178  T
Q  260 aaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||| || | |||||||||    
T  31095177 aaataacttaaagaacctaagtgttacaaacaatacttaaatgattaacttgtt 31095124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 43 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 22519921 - 22519807
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 141  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||| |||||| |||||| || || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22519921 taaattacaccagaggtctttaaa-ttatttaattgtaacaaattggtccttaaagtttttttccgtaccacttaggtcttttaagttaattaattataa 22519823  T
Q  142 caagttggtcctttaa 157  Q
    ||||||| ||||||||    
T  22519822 caagttgatcctttaa 22519807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 48194483 - 48194394
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 151  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  48194483 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgtttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 48194394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 183 - 313
Target Start/End: Original strand, 49291205 - 49291335
Alignment:
Q  183 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 282  Q
    |||| |||||||  |||| || || ||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  49291205 taagttatttaatcgtaacaatttcaggaatttcagatcttcaaaatgtaagttactcgggtttaaaagttacaattaaataacttaaaagacttaaatg 49291304  T
Q  283 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  49291305 ttataaaaaatacttaaatgactaacttgtt 49291335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 43 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 33618010 - 33617920
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 135  Q
    |||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33618010 taaattacacaagaggtcatttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagttttt--cgtaccgcttaggtcctttaagttaattaa 33617920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 298
Target Start/End: Original strand, 20141745 - 20141983
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 160  Q
    ||||||||||||| |||||| || | | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |        
T  20141745 tttaagttatttaattgtaataagtaggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtctttaagttt 20141844  T
Q  161 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaat 258  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||  || ||| ||| |||||||    
T  20141845 tattcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaataatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattatgggcctaaaaattacaat 20141944  T
Q  259 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  20141945 taaacaacttaaa-gacttaagcattacgaaaaatactta 20141983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 150
Target Start/End: Original strand, 22889586 - 22889674
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 150  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22889586 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22889674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 150
Target Start/End: Original strand, 22941250 - 22941338
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 150  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| || || |||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22941250 tttaagttatttaattataataaattggtccttaaagttttttttgtaccgctttgatcctttaagttaataaattgtaacaagttggt 22941338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 333 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 31095132 - 31095092
Alignment:
Q  333 taacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31095132 taacttgttataattaaataacttaaaggacgtaagtgata 31095092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 53769861 - 53769786
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 137  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  53769861 tttaaattatttaattgtaataaattaatcatttaagtatttttcataccacttaggtcttttaaattatttaatt 53769786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 147
Target Start/End: Original strand, 2323266 - 2323372
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 140  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||   | ||||||||||||  ||||||  ||| || || ||||||||||||| ||    
T  2323266 gttaaattacatcaaaagtcctttaaattatttaattgtaacaaattagccctttaagtttttttggtaccatgtagttctttcaagttaattaattgta 2323365  T
Q  141 acaagtt 147  Q
    |||||||    
T  2323366 acaagtt 2323372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 42676883 - 42676809
Alignment:
Q  56 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 130  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  42676883 aagtcttttaagttaattaattgtaacaagttaatcctttatgtttttttcgtatcacttaggtcatttaagtta 42676809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 248 - 313
Target Start/End: Original strand, 51580077 - 51580140
Alignment:
Q  248 aaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  51580077 aaagttacaattaaataacgtaaa-gacctaaatgttacgaaaaatactta-agaactaacttgtt 51580140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 34013861 - 34013780
Alignment:
Q  64 taagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 147  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34013861 taagttatttaattgtaacaaattaatcatttaa--ttttttcatactacttaagtcctttaaattaattaaatataataagtt 34013780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 142
Target Start/End: Original strand, 22519373 - 22519448
Alignment:
Q  67 gttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    |||||||| |||||| || ||  || ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22519373 gttatttaattgtaacaagttagtcctttaagtatttttcgtaacacttaggtcctttaagttatttaattgtaac 22519448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 34717660 - 34717567
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtccttta 156  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||||||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  34717660 ttttaagttatttaattgtaataaatttgt-atttaagtttttt-cgtatcacctaagtcttttaagttaattaattgaaacaagtttgtctttta 34717567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 40070360 - 40070309
Alignment:
Q  106 cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  40070360 cgtatcacttagatcatttaagttaattaaatataacaagttgatcctttaa 40070309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 93 - 147
Target Start/End: Original strand, 31095078 - 31095131
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 147  Q
    |||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31095078 tttaagtttttt-catatcacttacgtcctttaagttatttaattataacaagtt 31095131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 256 - 298
Target Start/End: Original strand, 53769786 - 53769828
Alignment:
Q  256 aattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  53769786 aattaaataatttaaaagacctaagtggtatgaaaaatactta 53769828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 157
Target Start/End: Original strand, 22519313 - 22519354
Alignment:
Q  116 aggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||    
T  22519313 aggtcctttaagttagttaattataacatgctggtcctttaa 22519354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 154
Target Start/End: Original strand, 48194179 - 48194239
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 154  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  48194179 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaactgtaacaagttggtcctt 48194239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 22519846 - 22519774
Alignment:
Q  58 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagtta 130  Q
    ||||||||||||| ||| || ||| || |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||| |||||||||    
T  22519846 gtcttttaagttaattaattataacaagttgatcctttaagttttttctgtatcaattaggtcatttaagtta 22519774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 62 - 142
Target Start/End: Original strand, 31095106 - 31095186
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    ||||||||||||| || ||| || || ||||||||||| || |  ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||    
T  31095106 tttaagttatttaattataacaagttaatcatttaagtattgtttgtaacacttaggttctttaagttatttaattgtaac 31095186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 83 - 147
Target Start/End: Original strand, 55368780 - 55368844
Alignment:
Q  83 aaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagtt 147  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||| ||| ||| || ||| |||||    
T  55368780 aaattgatcatttaagtttttttcgtaccatttatatcctttaaattatttatttgtaataagtt 55368844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 41 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 4003 - 3866
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 140  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||    
T  4003 gttaaattacaccagaagtcatttatgttatttaattgtaataaattgatcatttaagttattttcctaccactgaggt-ctttaagttaattgattgta 3905  T
Q  141 acaagttggtcctttaannnnnnncgtaccaattaggtc 179  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  3904 acaagttggtcctttaagttttttcgtaccaattaggtc 3866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 62 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 2277295 - 2277209
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 148  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2277295 tttaagttatttaattgtaacaaattgatcctttaagttttttttgtaccacttaggtcctttaagttaattaattgtaacaagttg 2277209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 61 - 141
Target Start/End: Original strand, 27532989 - 27533069
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 141  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  27532989 ttttaagttatttaattgtaataaattgatcttttaagttttttatgtaccacttacgtcctttaagttatttaattataa 27533069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 78 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 37064768 - 37064689
Alignment:
Q  78 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37064768 gtaataaattaatcaattaagtttttttcgcaccacttaagtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 37064689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 43 - 145
Target Start/End: Original strand, 15907689 - 15907790
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  15907689 taaattacaccagaaatcctttaagttatttacttgtgataaattggtc-tttaagtttttttcgtaccacttatattctttaagttaattaattataac 15907787  T
Q  143 aag 145  Q
    |||    
T  15907788 aag 15907790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 43 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 15908058 - 15907944
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||||  ||||| |||||  | ||||||||||||| | ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  15908058 taaattacaccaaaaatcctttaagatatttaactgtaataaattagttatttaagtttttttcataccacttaggttttttaggttaattaattataac 15907959  T
Q  143 aagttggtcctttaa 157  Q
    |||||| ||||||||    
T  15907958 aagttgatcctttaa 15907944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 61 - 313
Target Start/End: Original strand, 2510015 - 2510263
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaag-ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaann 159  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| |  |||| | |||||| | |||||||||||||    |||||||||||||  ||||| ||| ||||||||      
T  2510015 ttttaagttatttaattgtaataaattggt--tttatgttttttttcataccacttaggtc----aagttaattaattgcaacaaattgttcctttaagt 2510108  T
Q  160 nnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcg-ggacctaaagttacaat 258  Q
         ||||| |||||| |||| |||| || |||| || || || ||||| ||||||| || |||||| || |||||||||| || |  ||| ||||| |    
T  2510109 ttttccgtacaaattagatcctttaagttacttaattgcaacaatttgagagatttcatattttaaaaatgtaagttattcgtggtctaaaaattacact 2510208  T
Q  259 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  2510209 taaataacttaaaggagctaagtgttacaaaaaataattaaagaactaacttgtt 2510263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 12807748 - 12807666
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttta 125  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12807748 taaattacaccagagatcttttaagttatttaattgttataaattgattttttaaattttttacataccacttaggtccttta 12807666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 183 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 3807000 - 3806871
Alignment:
Q  183 taagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaagttacaattaaataacttaaacgacctaagtg 282  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||  |||||| ||||||||| || |||||| || || |  ||| ||| |||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3807000 taagttatttaactgtaacaa-ttgagatatttcatatcttaaaaatgtaagttactcagggctaaaaattataattaaataattaaaaggacctaagtg 3806902  T
Q  283 ttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
     || |||||||||||| || |||||||||||    
T  3806901 ctacgaaaaatacttaaatgactaacttgtt 3806871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 328 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 18080645 - 18080600
Alignment:
Q  328 ataactaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgata 373  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18080645 ataactaacttattacaattaaataacttaaatgacgtaagtgata 18080600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 58 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 32566969 - 32566875
Alignment:
Q  58 gtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 154  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| |  ||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | ||||||    
T  32566969 gtcttttaagttattttattataagaaattgatcctttagg--ttttatgtactatttaggtcatttaagtttattaattgtaacaagctagtcctt 32566875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 60 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 2967794 - 2967707
Alignment:
Q  60 cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 148  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||| |  |||||||||||| | | | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2967794 cttttaagttatttaatcctaacaaattgttt-tttaagtttttttccttctacttagatcctttaaattaattaattataacaagttg 2967707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 3807091 - 3806998
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    ||||| ||||||| | |||| |||||| || | |||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  3807091 tttaaattatttaatagtaacaaattggtcctctaagtttttta--tacaacttatgtcttttaagttaattaattttaacaagttagtactttaa 3806998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 298
Target Start/End: Original strand, 12189869 - 12190002
Alignment:
Q  166 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 263  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12189869 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12189967  T
Q  264 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12189968 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12190002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 298
Target Start/End: Original strand, 12434297 - 12434430
Alignment:
Q  166 gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattga-gggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttacaattaaat 263  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||| | ||||| | || |||||||||||| |||  | ||| |||| |||  || ||||||||||||||||    
T  12434297 gtaccaattaggtcatttaagttatttaactgt-acaaattaacggaatttcagatcttgaaaacgtaagatattaggggtctaaaagttacaattaaat 12434395  T
Q  264 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    || |||||  ||||||||||||   ||||||||||    
T  12434396 aaattaaagaacctaagtgttacagaaaatactta 12434430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 45445210 - 45445141
Alignment:
Q  78 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 148  Q
    |||| |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||    
T  45445210 gtaataaattggtcgtttaagtttttt-cgtaccaattaggtcctgtaaattatttaatcataacaagttg 45445141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 41216 - 41123
Alignment:
Q  39 atgttaaattacaccataag-tcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaa 131  Q
    ||||||||||||||||  || || ||||| ||||||| |||||| |||||  || ||||||||||||  |||||||||| ||  ||||||||||    
T  41216 atgttaaattacaccaagagatcctttaaattatttaattgtaacaaattagtcctttaagttttttgtgtaccacttatgttatttaagttaa 41123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 248 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 8453163 - 8453098
Alignment:
Q  248 aaagttacaattaaataacttaaacg-acctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgt 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  8453163 aaagttacaatcaaataacttaaaaggatgtaagtgttatgagaaatacttaaatgactaacttgt 8453098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 135
Target Start/End: Original strand, 32566724 - 32566769
Alignment:
Q  90 tcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 135  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  32566724 tcatttaagtttttttcgtgccacttaagtcctttaagttatttaa 32566769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 141
Target Start/End: Original strand, 3806856 - 3806932
Alignment:
Q  65 aagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 141  Q
    ||||||||||  ||||| || ||  |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  3806856 aagttatttaactgtaacaagttagtcatttaagtatttttcgtagcacttaggtccttttaattatttaattataa 3806932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 177 - 292
Target Start/End: Original strand, 32566752 - 32566867
Alignment:
Q  177 gtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgac 275  Q
    ||||| |||| |||||||| |||| || ||  | ||||||| ||||||||| |  |||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||     
T  32566752 gtcctttaagttatttaaccgtaacaatttaggagatttcaaatcttaaaa-tataagttattcgagacctaaaagtttcaattcaataacgtaaaagat 32566850  T
Q  276 ctaagtgttatgaaaaa 292  Q
     ||||||||||||||||    
T  32566851 gtaagtgttatgaaaaa 32566867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 298
Target Start/End: Original strand, 363615 - 363853
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagt-tttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannn 160  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| | |  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||       
T  363615 tttaagttatttaattgtaataaataggttctttaagtctttttttgtatcacttaggttctttatgttaattaattgtaacaagttggtc-tttaagtt 363713  T
Q  161 nnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgaggg-atttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaat 258  Q
        ||||| ||||||||| | |||| |||||||| |||| || ||  ||| |||| ||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||    
T  363714 ttttcgtactaattaggtcatttaagttatttaaccgtaacaatttttgggtattttagatcttaaaaatgtaagttattctgggcctaaaagttacaat 363813  T
Q  259 taaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||| |||||||| ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  363814 taaacaacttaaatgacttaagcattacgaaaaatactta 363853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 47726693 - 47726457
Alignment:
Q  63 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 162  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47726693 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47726595  T
Q  163 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 260  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47726594 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47726495  T
Q  261 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47726494 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47726457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 47747999 - 47747763
Alignment:
Q  63 ttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnn 162  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | ||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||  |  |||||| |||||||||||         
T  47747999 ttaagttattttattgtaataaattggt-atttaagtttttttcatatcacttaggtcatttaagttaattagctcgaacaagatggtcctttaagtttt 47747901  T
Q  163 nnc-gtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaatta 260  Q
        |||||||  ||||||| |  | ||||| ||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  47747900 tcttgtaccaacaaggtcctttgtgttattttaccttaacaatttgaggaatttcatatcttaaaaatgcaagttattcgggatctaaaagttacaatta 47747801  T
Q  261 aataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || ||||||||    
T  47747800 aataacttaaagcacctaagtgttacaaacaatactta 47747763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 154
Target Start/End: Original strand, 16554303 - 16554396
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 154  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  16554303 ttttaagttatttaattgtaataaattggtcctttaagtttttttggtaccacttaagtcatttaagttaatcaattgtaacaagttggtcctt 16554396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 167 - 297
Target Start/End: Original strand, 29954870 - 29955000
Alignment:
Q  167 taccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattc-gggacctaaagttacaattaaataa 265  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  29954870 taccaattaggtcctttaagttatttaaccgtaataatttggagaatttcatatcttaaaaatgtaagttattctgggactaaaagttacaattaaataa 29954969  T
Q  266 cttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactt 297  Q
    |||||| |||||||||| || | |||||||||    
T  29954970 cttaaa-gacctaagtggtacggaaaatactt 29955000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 151
Target Start/End: Original strand, 18470189 - 18470279
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtc 151  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  18470189 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaacaagttggtc 18470279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 62 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 802346 - 802251
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||| || |||||  ||||| |||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  802346 tttaagttatttaaatgtaataaattggtcctttaaacttttttcgtaccacttatatcctttgaattaattaattgtaacaagttggtcctttaa 802251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 12656474 - 12656368
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||  ||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| |||     
T  12656474 taaattacaccgaaagtcctttaagttatttaattgtaacatattgattttttaaatttttt-cgtaccacttaaaccctttaagttaattaattgtaat 12656376  T
Q  143 aagttggt 150  Q
    ||||||||    
T  12656375 aagttggt 12656368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 148
Target Start/End: Original strand, 16026108 - 16026194
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttg 148  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||    
T  16026108 tttaagttatttaattgtaataagttaatcatttacatttttttcgtacctcttaggtcctttaagttatttaactgtaataagttg 16026194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 11017075 - 11016877
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcat-ttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattat 139  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||| | |||  |||||| | || |||||||||  ||||||||| |||||| |    
T  11017075 gttaaattacactatatgtcctttaagttatttaattataataaattaatcttcttattttttttgcatatcacttaggtgttttaagttatttaattgt 11016976  T
Q  140 aacaagttggtcctttaa--nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagtta 237  Q
    ||||||||| | ||||||         ||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  11016975 aacaagttgat-ctttaagttgtttttcgttccaattaggtcctttaaactatttaaccgtaacaatttgagagatttaaaatcttaaaaatgtaagtta 11016877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 232 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 26706274 - 26706207
Alignment:
Q  232 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||    
T  26706274 aagttattcgaggcctaaaagttacaattaaataacttaaagaacctaagtgttacgaaaactactta 26706207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 157
Target Start/End: Original strand, 46530163 - 46530258
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    ||||||||||||| |||| | ||| || |  ||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  46530163 tttaagttatttaattgtcacaaactggttctttaattctttttcgcaccacttaggtcttttaagttaattaattgtaacaagtttgccctttaa 46530258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 150
Target Start/End: Original strand, 48130213 - 48130268
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 150  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48130213 tttaagtttttt--gtaccacttagatcatttaagttaattaattgtaacaagttggt 48130268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 56 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48130516 - 48130428
Alignment:
Q  56 aagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaag 145  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |   ||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  48130516 aagtcctttaaattatttaattgtaataaattgattatttaagttttct-tttaccatttaggtcttttaagttaattacttgtaacaag 48130428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 363906 - 363806
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagt-cttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataa 141  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| |||| ||||   |||| ||| ||||||||  |||||| |||    
T  363906 taaattacaccagatgttcttttaagttatttaattgtaagaaatttgtcatttaagtatttttcgtaatgcttaagtcatttaagttgtttaattgtaa 363807  T
Q  142 c 142  Q
    |    
T  363806 c 363806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 26706432 - 26706353
Alignment:
Q  78 gtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtccttt-aagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26706432 gtaataaattgattctttaagtttttt-cgtatcatttaagtccttttaagttaattaattattacaagtttgtcctttaa 26706353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 46530517 - 46530411
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatc-atttaag---ttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatta 138  Q
    |||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   |||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||     
T  46530517 taaattacaccagatgtcattttagttatttatttgtaacaaattgctctttttaagttttttttttcgtaccactcacgtcatttaagttaattaattg 46530418  T
Q  139 taacaag 145  Q
    |||||||    
T  46530417 taacaag 46530411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 298
Target Start/End: Original strand, 18470384 - 18470430
Alignment:
Q  252 ttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  18470384 ttacaattaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 18470430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 16026406 - 16026346
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 154  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  16026406 tttaagtttttt-cgtacaacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 16026346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 18470495 - 18470439
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggt 150  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  18470495 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggt 18470439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 47600648 - 47600499
Alignment:
Q  165 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa-gttacaattaaat 263  Q
    |||||||||| |||| | |||| |||||||  |||| |  ||| || ||||||||| |||||| |  |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||     
T  47600648 cgtaccaatttggtcatttaagttatttaatcgtaaaagtttgtggtatttcagatgttaaaaattgaagtaatttgggtcctaaaagttacaattaaac 47600549  T
Q  264 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacataactaacttgtt 313  Q
    ||||  || ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||| |||||    
T  47600548 aactcgaaagacctaagcattacgaaaaatacttaaatgactaatttgtt 47600499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 41 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 23808199 - 23808083
Alignment:
Q  41 gttaaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattata 140  Q
    ||||||||||| || |  ||||||||||| |||| |||||| |||||  || ||| |||||||  | || || |||||||  |||||||| |||||| ||    
T  23808199 gttaaattacatcaaagatcttttaagttgtttaattgtaataaattattctttttagtttttctcatatcagttaggtctattaagttatttaattgta 23808100  T
Q  141 acaagttggtcctttaa 157  Q
    | ||||||||| |||||    
T  23808099 ataagttggtcatttaa 23808083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 301
Target Start/End: Original strand, 30534432 - 30534666
Alignment:
Q  66 agttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttac-gtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaannnnnnn 164  Q
    ||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||||   ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| || || |            
T  30534432 agttatttaattgtaa-aaattggtcttttaagtttttttttgtaccgcttaggtc-tttatgttaattaattgtaaaaagttgctctttaagttttttc 30534529  T
Q  165 cgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggaccta-aagttacaattaaat 263  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| || |||||   ||| ||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  30534530 cgtaccaactagctctt-taagttatttaactgtaacaatttgagatgttttagatcttaaaaatgtaagttatttggggcctacaagttacaattaaat 30534628  T
Q  264 aacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatacttacat 301  Q
    || ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  30534629 aatttaaaagacctaagtcttacgaaaaatacttacat 30534666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 62 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 51265984 - 51265744
Alignment:
Q  62 tttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagtttttta-cgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa--- 157  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||       
T  51265984 tttaagttatttaattgtaataagttgatcatttacgttttttttcgtacctcttagatcctttaagttatttaactataacaagttggtctgttaagtt 51265885  T
Q  158 nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatttaactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacct-aaagttaca 256  Q
           |||| || ||| ||| | |||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||  | | | ||| |||||    
T  51265884 tttttcccgtatcactta-gtcttttaagttatttaaccgtaacaatttgagagatttcagatcttaaaaatttaagtttttcaaggcttgaaatttaca 51265786  T
Q  257 attaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||    
T  51265785 attaaataacttaaaggatctaagttgtatgaaaaatactta 51265744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 93 - 250
Target Start/End: Original strand, 44291025 - 44291182
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa-nnnnnnncgtaccaattaggtcctctaagctatt 191  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| | |||||        ||||||||  |||| || |||| ||||    
T  44291025 tttaagtttttttcgtaccacttaagtcatttaagttaattagttgtaacaagttggccttttaagttttttccgtaccaacaaggt-ctttaagttatt 44291123  T
Q  192 taactgtaagaaattgagggatttcagatcttaaaactgcaagttattcgggacctaaa 250  Q
    |||| |||| || ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  44291124 taaccgtaacaattttggggattttagatcttaaaaatgtaagttattcgggacctaaa 44291182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 61 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 44291509 - 44291413
Alignment:
Q  61 ttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| || | ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  44291509 ttttaagttatttaattgtaacaaattggtcctctaaatttttttagtatcacttatgtcctttaagttatttaattgtaacaagttagtcctttaa 44291413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 43 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 48200471 - 48200367
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||| ||| |||     
T  48200471 taaattacactagaaatcttttaacttatttaattgtaaagaattgatcatttaattttttttcgtaccgcttaagtcttttaaattaattgattgtaat 48200372  T
Q  143 aagtt 147  Q
    |||||    
T  48200371 aagtt 48200367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 33291676 - 33291582
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaatt 137  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||  |  |||||  |||||   ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  33291676 taaattacaacataagtcctttaagttatttaattgtaacaaattagtactttaaactttttttataccacttatgtcatttaagttaattaatt 33291582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 93 - 154
Target Start/End: Original strand, 51265679 - 51265739
Alignment:
Q  93 tttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataacaagttggtcctt 154  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  51265679 tttaagtttttt-cgtaccacttacgctctttaagttacttaattgtaacaagttggtcctt 51265739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 331 - 374
Target Start/End: Original strand, 44291420 - 44291463
Alignment:
Q  331 actaacttgttataattaaataacttaaatgacgtaagtgatac 374  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  44291420 actaacttgttacaattaaataacttaaaggacataagtgatac 44291463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 50898948 - 50898882
Alignment:
Q  232 aagttattcgggacctaaa-gttacaattaaataacttaaacgacctaagtgttatgaaaaatactta 298  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  50898948 aagttattcgagacgtaaaagttacaattaaacaacttaaat-acctaagtgttacgaaaaatactta 50898882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 1662357 - 1662257
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaattataac 142  Q
    ||||||||| || | ||| |||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||   |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||    
T  1662357 taaattacatcagaggtcctttaaagtatttaattgcaataaattgatcttttaagtttttt-tataccacttagatccattatgttaattaattgtaac 1662259  T
Q  143 aa 144  Q
    ||    
T  1662258 aa 1662257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 121 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 9343251 - 9343215
Alignment:
Q  121 ctttaagttaattaattataacaagttggtcctttaa 157  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  9343251 ctttaagttatttaattataataagttggtcctttaa 9343215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 14747167 - 14747077
Alignment:
Q  43 taaattacaccataagtcttttaagttatttagttgtaagaaattgatcatttaagttttttacgtaccacttaggtcctttaagttaattaa 135  Q
    |||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  14747167 taaattacacaaaaagtcttttaatttatttaattgtaacaatttgat-ttttaagtttttt-tttaccacttaggtcatttatgttatttaa 14747077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University