View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20838_high_1 (Length: 758)

Name: NF20838_high_1
Description: NF20838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20838_high_1
NF20838_high_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (26-731)||(32126391-32127103)
chr1 (26-722)||(32138195-32138877)
chr1 (26-722)||(32147588-32148267)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 731
Target Start/End: Original strand, 32126391 - 32127103
Alignment:
Q  26 tcatcatttatattcaccatcgaatttgcaccaaacatgctccaaatcacattgttctgtgaagcaagctcaatcgtaggcacagatgcacccaatggcg 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  32126391 tcatcatttatattcaccatcgaatttgcaccaaacatgctccaaatcacattgttctgtaaaagaagctcaattgtaggcacagacgcacccaatggcg 32126490  T
Q  126 tccctggcaaattgtcaaaactataacaaaattcaaaaggcggagatgaatcctctatcgatatgtttcttgcaacagatgctttcacaaaagcgtctgt 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32126491 tccctggcaaattgtcaaaactataacaaaattcaaaaggcggagatgaatcctctgttgttatgtttcttgcaacagatgctttcacaaaagcgtctgt 32126590  T
Q  226 aactgctttgtaaatagaagcttctagaaccatgtaaggatcaaccgtactaatctttgttccaccaacacccttgttg-------acaacaaactcgag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  32126591 aactgctttgtaaatagaagcttctagaaccgtgtaaggatcaaccgtactaatctttgttccaccaacacccttgttgtcgatagacaacaaactcgag 32126690  T
Q  319 ttaagtgaaaccacttttccatcaattttgattgttttcactccgatgaaatactcgactgaagactctccctgcaagaaagcggaagctgtgctaacat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32126691 ttaagtgaaaccacttttccatcaattttgattgttttcactccgatgaaatactcgactgaagactctccctgcaagaaagcggaagctgtgctaacat 32126790  T
Q  419 gattgattaaaagcggcgtgtatgtgagtgactttgaatcaaatacaacgttagggagagaagcgttgtcagcgagaaaactgtaaggaccatcaccgaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32126791 gattgattaaaagcggcgtgtatgtgagtgactttgaatcaaatacaacgttagggagagaagggttgtcagcgagaaaactgtaaggaccatcaccgaa 32126890  T
Q  519 gatgatgacaccatctgaagaagaaaaacaaaaagcaaattttcttttgaaactaaaagcagaagctagttgagatggaagagcgattttggttcttcca 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32126891 gatgatgacaccatctgaagaagaaaaacaaaaagcaaattttcttttgaaaataaaagcagaagctagttgagatggaagagcgattttggttcttcca 32126990  T
Q  619 agaccagccatgccagaagtaccacttgcaagtcctcgtaataatgatgttggtgcgcatgaaaatagaaagcgtgaagcaacgacattttgtcctgggt 718  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  32126991 agaccagccatgccagaagcaccacctgcaagtcctcgtaataatgatgttggtgcgcatgaaaatagaaagcgtgaaacaacgacattttgtcctgtgt 32127090  T
Q  719 tgaaaccgttagt 731  Q
    |||||||| ||||    
T  32127091 tgaaaccgctagt 32127103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 26 - 722
Target Start/End: Original strand, 32138195 - 32138877
Alignment:
Q  26 tcatcatttatattcaccatcgaatttgcaccaaacatgctccaaatcacattgt---tctgtgaagcaagctcaatcgtaggcacagatgcacccaatg 122  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| |   | ||  ||   |||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  32138195 tcatcatttatactcaccattgaatttgcaccaaatatcctccaaaccacattttcattttgcaaaaagagctcaatagtaggcacagctgcacccaatc 32138294  T
Q  123 gcgtccctggcaaattgtcaaaactataacaaaattcaaaaggcggagatgaatcctctatcgatatgtttcttgcaacagatgctttcacaaaagcgtc 222  Q
    | ||||| | ||||||      | | ||||||||||||||||||| |   ||| || |  ||  ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  32138295 gtgtcccagtcaaatt------agtgtaacaaaattcaaaaggcgcaaccgaacccaccctctttatgtttcttgcagcagacgctttcacgaaagcgtc 32138388  T
Q  223 tgtaactgctttgtaaatagaagcttctagaaccatgtaaggatcaaccgtactaatctttgttccaccaacacccttgttg-------acaacaaactc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||       ||||||||||     
T  32138389 tgtaactgctttgtaaatagaagcttctaaaaccgtgtaaggatcaaccgtactaatctttgttccaccaacaccgttattgtctatagacaacaaacta 32138488  T
Q  316 gagttaagtgaaaccacttttccatcaattttgattgttttcactccgatgaaatactcgactgaagactctccctgcaagaaagcggaagctgtgctaa 415  Q
    | |||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||  || ||  ||||||| |||||||||||||    
T  32138489 gtgttaagtgaaacaactttttcatcgatttttattgttttcacgccgatgaaatactcggctgaaggctgaccttgtgagaaagcagaagctgtgctaa 32138588  T
Q  416 catgattgattaaaagcggcgtgtatgtgagtgactttgaatcaaatacaacgttagggagagaagcgttgtcagcgagaaaactgtaaggaccatcacc 515  Q
    || ||||||| |||||||| || ||||| || || |  || ||||| |||||||| ||||                 ||||||| |||||| ||||| ||    
T  32138589 caggattgatcaaaagcggtgtatatgtaagcgaatccgagtcaaaaacaacgtt-ggga-----------------agaaaaccgtaaggtccatcccc 32138670  T
Q  516 gaagatgatgacaccatctgaagaagaaaaacaaaaagcaaattttcttttgaaactaaaagcagaagctagttgagatggaagagcgattttggttctt 615  Q
    ||| |  |  || || | |||||| |||| ||||| ||| ||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32138671 gaataaaacaactccctttgaagaggaaagacaaatagcgaattttctagcgaagctaaaagccgaagctagttgagatggaagagctattttggttctt 32138770  T
Q  616 ccaagaccagccatgccagaagtaccacttgcaagtcctcgtaataatgatgttggtgcgcatgaaaatagaaagcgtgaagcaacgacattttgtcctg 715  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||  || |||  | |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  32138771 ccaagaccagccataccagaagcaccagttgcaagtccttttagtaagaaagttggtgcacatgagaataggaagcgtgaaaccacgacattttgtcctg 32138870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 26 - 722
Target Start/End: Original strand, 32147588 - 32148267
Alignment:
Q  26 tcatcatttatattcaccatcgaatttgcaccaaacatgctccaaatcacattgttctgtgaagcaagctcaatcgtaggcacagatgcacccaatggcg 125  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||| |||   ||||||||| | |    
T  32147588 tcatcatttatattcaccattgaatttgcaccaaatatcctccaaatcacattgttctgcaaataaagctcaatagtaggtacatccgcacccaatcgtg 32147687  T
Q  126 tccctggcaaattgtcaaaactataacaaaattcaaaaggcggagatgaatcctctatcgatatgtttcttgcaacagatgctttcacaaaagcgtctgt 225  Q
    |||| | || |||      | | |||||||| |||||||| | |   |||||| |  |   ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  32147688 tcccagtcacatt------agtgtaacaaaactcaaaaggtgcaaccgaatccaccctttttatgtttcttgcagcagacgctttcacgaaagcgtctgt 32147781  T
Q  226 aactgctttgtaaatagaagcttctagaaccatgtaaggatcaaccgtactaatctttgttccaccaacacccttgtt----------gacaacaaactc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||| |          || ||||||||     
T  32147782 aactgctttgtaaatagaagcttccaaaactgtgtaaggatcaacggtacttatctttgttccaccagcaccgttgctactgtctatagataacaaacta 32147881  T
Q  316 gagttaagtgaaaccacttttccatcaattttgattgttttcactccgatgaaatactcgactgaagactctccctgcaagaaagcggaagctgtgctaa 415  Q
    | || ||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| | ||    ||||||   |||||||||||    
T  32147882 gtgtcaagcgaaacaacttttccatctattttaatagttttcacgccgatgaaatactcggctgaaggctcactctttgcgaaagc---agctgtgctaa 32147978  T
Q  416 catgattgattaaaagcggcgtgtatgtgagtgactttgaatcaaatacaacgttagggagagaagcgttgtcagcgagaaaactgtaaggaccatcacc 515  Q
       ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||                  |||| |||||| ||||| ||    
T  32147979 agggattgatcaaaagcggtgtgtatgtgagtgacttagaatcaaaaacgacgttggggaga------------------aaaccgtaaggtccatcccc 32148060  T
Q  516 gaagatgatgacaccatctgaagaagaaaaacaaaaagcaaattttcttttgaaactaaaagcagaagctagttgagatggaagagcgattttggttctt 615  Q
    ||| |  |  || || | |||||| |||| ||||| ||| |||||| |   ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||    
T  32148061 gaataaaacaactccctttgaagaggaaagacaaatagcgaattttttagcgaagctaaaagccgaagctaattgagatggaagagctaatttgtttctt 32148160  T
Q  616 ccaagaccagccatgccagaagtaccacttgcaagtcctcgtaataatgatgttggtgcgcatgaaaatagaaagcgtgaagcaacgacattttgtcctg 715  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  || |||  | ||| |||| ||||| ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||    
T  32148161 ccaagaccagccataccagaagcaccacttgcaagtccttctagtaagaaagttcgtgcacatgagaataggaagcgtgaaaccatgacattttgtcctg 32148260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University