View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2083_high_1 (Length: 391)

Name: NF2083_high_1
Description: NF2083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2083_high_1
NF2083_high_1
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (143-356)||(28644560-28644773)
chr8 (145-340)||(33071918-33072113)
chr8 (145-340)||(42234656-42234851)
chr8 (145-356)||(30410275-30410486)
chr8 (145-340)||(38757003-38757186)
chr8 (145-297)||(43807486-43807640)
chr8 (145-297)||(43812045-43812199)
chr8 (145-356)||(30405766-30405960)
chr8 (145-297)||(197685-197841)
chr8 (145-297)||(202203-202359)
chr8 (145-297)||(312522-312678)
chr8 (145-297)||(317040-317196)
chr8 (145-245)||(41949802-41949902)
chr8 (145-241)||(41945339-41945434)
chr8 (173-323)||(27435169-27435314)
chr8 (348-376)||(28644775-28644803)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (145-356)||(16588424-16588635)
chr1 (145-339)||(39793831-39794025)
chr1 (145-372)||(43591754-43591978)
chr1 (145-356)||(26311522-26311720)
chr1 (145-356)||(26316013-26316211)
chr1 (145-297)||(10504436-10504587)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (145-383)||(30695293-30695541)
chr5 (143-375)||(32485915-32486145)
chr5 (145-372)||(19502307-19502533)
chr5 (145-340)||(26336767-26336964)
chr5 (145-372)||(36632314-36632526)
chr5 (143-297)||(12018729-12018887)
chr5 (165-330)||(43384972-43385138)
chr5 (145-297)||(7099375-7099531)
chr5 (145-297)||(7103944-7104100)
chr5 (145-297)||(12023289-12023445)
chr5 (145-356)||(40367557-40367757)
chr5 (145-287)||(40371750-40371892)
chr5 (145-297)||(16794108-16794264)
chr5 (145-297)||(16798669-16798825)
chr5 (193-326)||(20830304-20830437)
chr5 (145-254)||(10277204-10277313)
chr5 (145-297)||(10274546-10274697)
chr5 (145-297)||(37682036-37682181)
chr5 (145-297)||(37658732-37658877)
chr5 (193-267)||(20808675-20808749)
chr5 (309-356)||(40371695-40371742)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (145-356)||(27552055-27552267)
chr6 (145-340)||(17096236-17096431)
chr6 (145-339)||(8315466-8315661)
chr6 (145-356)||(8319989-8320199)
chr6 (145-372)||(17895656-17895881)
chr6 (144-356)||(17779913-17780126)
chr6 (144-372)||(14531720-14531946)
chr6 (145-356)||(27574683-27574884)
chr6 (145-340)||(17886810-17887000)
chr6 (17-144)||(31044073-31044195)
chr6 (183-297)||(6440866-6440979)
chr6 (158-247)||(17159610-17159700)
chr6 (158-247)||(17163640-17163730)
chr6 (157-248)||(7888212-7888305)
chr6 (95-141)||(31034621-31034667)
chr6 (158-245)||(21417159-21417245)
chr6 (49-85)||(31051800-31051836)
chr6 (49-85)||(31110303-31110339)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (145-340)||(31670090-31670286)
chr4 (144-340)||(10317025-10317221)
chr4 (145-340)||(53722007-53722202)
chr4 (145-340)||(8892582-8892778)
chr4 (142-340)||(27186139-27186341)
chr4 (152-340)||(43683636-43683813)
chr4 (145-297)||(3770842-3770998)
chr4 (145-297)||(44147023-44147179)
chr4 (145-297)||(44151558-44151714)
chr4 (145-340)||(50627904-50628087)
chr4 (241-372)||(35842843-35842971)
chr4 (145-297)||(41884925-41885075)
chr4 (145-297)||(31359151-31359302)
chr4 (145-297)||(49274518-49274668)
chr4 (144-297)||(31354677-31354828)
chr4 (172-222)||(35842797-35842847)
chr4 (179-327)||(53785880-53786028)
chr4 (196-248)||(45976222-45976274)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (145-356)||(27761397-27761608)
chr7 (145-356)||(22901154-22901366)
chr7 (151-356)||(47419524-47419729)
chr7 (145-356)||(27756846-27757057)
chr7 (145-340)||(35705634-35705830)
chr7 (145-372)||(7466456-7466669)
chr7 (145-297)||(7940084-7940240)
chr7 (145-297)||(7944637-7944793)
chr7 (158-336)||(733632-733811)
chr7 (157-295)||(13828109-13828248)
chr7 (157-254)||(37355573-37355670)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (145-356)||(21847109-21847322)
chr3 (145-356)||(21850199-21850412)
chr3 (145-340)||(11004365-11004560)
chr3 (142-340)||(9697583-9697783)
chr3 (145-340)||(9105275-9105470)
chr3 (145-340)||(43547723-43547920)
chr3 (145-297)||(54171925-54172081)
chr3 (145-297)||(54167345-54167501)
chr3 (145-297)||(39399128-39399279)
chr3 (221-341)||(43554645-43554765)
chr3 (145-222)||(43554292-43554371)
chr3 (191-297)||(38175791-38175896)
chr3 (206-326)||(755891-756012)
chr3 (215-248)||(755824-755857)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (144-372)||(12999394-12999623)
chr2 (145-339)||(8055392-8055586)
chr2 (145-339)||(8050839-8051033)
chr2 (145-356)||(6463384-6463583)
chr2 (145-297)||(36670503-36670659)
chr2 (145-297)||(36675051-36675207)
chr2 (145-297)||(35950444-35950595)
chr2 (145-307)||(13270980-13271131)
chr2 (145-297)||(41093824-41093975)
chr2 (158-245)||(29767953-29768041)
chr2 (210-297)||(34590280-34590365)
chr2 (202-236)||(27403696-27403730)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (145-297)||(2980-3136)
scaffold0440 (145-297)||(7506-7661)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (145-297)||(44866-45022)
scaffold0044 (145-297)||(49446-49602)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (147-247)||(60201-60302)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 143 - 356
Target Start/End: Original strand, 28644560 - 28644773
Alignment:
Q  143 agtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644560 agtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 28644659  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644660 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacagtgtatataagctacctcctttgtatatttttg 28644759  T
Q  343 tatggagaatcaat 356  Q
     ||| |||||||||    
T  28644760 catgtagaatcaat 28644773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Original strand, 33071918 - 33072113
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33071918 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactttcttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 33072017  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33072018 ggaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 33072113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 42234851 - 42234656
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234851 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 42234752  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  42234751 agaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataaactaccttctttgtatatttt 42234656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 30410486 - 30410275
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410486 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttaatttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 30410387  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  30410386 agaggttagtagataagatctagattttgttacattgcttgtacttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttata 30410287  T
Q  345 tggagaatcaat 356  Q
    || |||||||||    
T  30410286 tgtagaatcaat 30410275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Original strand, 38757003 - 38757186
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||            |||||||||||||||    
T  38757003 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtt------------tgttacaagtttgtt 38757090  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757091 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgattcaagcaacctagccagatattgtatataagctacctcctttgtatatttt 38757186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 43807640 - 43807486
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43807640 tgttagcttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 43807541  T
Q  245 agaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43807540 agaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 43807486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 43812199 - 43812045
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43812199 tgttagcttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 43812100  T
Q  245 agaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43812099 agaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 43812045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 30405960 - 30405766
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405960 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacattc-----------------tgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 30405878  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  30405877 agaggttagtagataagatctagaatttgttacattgcttgtacttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttata 30405778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 197841 - 197685
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197841 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 197742  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197741 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 197685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 202359 - 202203
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202359 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 202260  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202259 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 202203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 312678 - 312522
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312678 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 312579  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312578 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 312522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 317196 - 317040
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317196 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 317097  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317096 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 317040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 145 - 245
Target Start/End: Original strand, 41949802 - 41949902
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  41949802 tgttagtttcttttaattcaagcttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactctgttttagtttgttttgaagtttgttacaagttggtt 41949901  T
Q  245 a 245  Q
    |    
T  41949902 a 41949902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 241
Target Start/End: Original strand, 41945339 - 41945434
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagttt 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  41945339 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcaatgattaatcacactttgttttagtttgtta-caagttggttacaagttt 41945434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 27435314 - 27435169
Alignment:
Q  173 ttagtgataatcacaatcagtggttaatcacact-ttgttttagtttgttatgaagt-ttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagt 270  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||  | |||||||||||||      | |||||| || |||  ||| ||    
T  27435314 ttagtgataatctcacttagtggttaatcacattattgttttagtttgttatgagttattgttacaagttt------gattagcacat-agagttagggt 27435222  T
Q  271 ttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagcta 323  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||    
T  27435221 ttgttacatagcttgtgcttcaagcaacctaagtagatattgtatataagcta 27435169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 348 - 376
Target Start/End: Original strand, 28644775 - 28644803
Alignment:
Q  348 agaatcaattacaatttcatcataatttt 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644775 agaatcaattacaatttcatcataatttt 28644803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 16588635 - 16588424
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588635 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaataagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 16588536  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588535 agaggttatcatataagatctagagtttgttacattgcttgtgttttaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 16588436  T
Q  345 tggagaatcaat 356  Q
    ||||||||||||    
T  16588435 tggagaatcaat 16588424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 145 - 339
Target Start/End: Original strand, 39793831 - 39794025
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793831 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatctcattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 39793930  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 339  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39793931 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattt 39794025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 145 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 43591978 - 43591754
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  43591978 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcgcactttattttagtttgttatgaagtttgttacaatattgtt 43591879  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  43591878 agaggttagcaaataaaatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttggctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttcata 43591779  T
Q  345 tggagaatcaattacaatttcatcataa 372  Q
       || |||||| |||||||||||||||    
T  43591778 ---agcatcaataacaatttcatcataa 43591754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Original strand, 26311522 - 26311720
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||            |||||||||||||||    
T  26311522 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtt------------tgttacaagtttgtt 26311609  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26311610 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacttcctttgtata-ttttgta 26311708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Original strand, 26316013 - 26316211
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||            |||||||||||||||    
T  26316013 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtt------------tgttacaagtttgtt 26316100  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26316101 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacttcctttgtata-ttttgta 26316199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 10504436 - 10504587
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  10504436 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtgattaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 10504535  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  10504536 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 10504587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 145 - 383
Target Start/End: Original strand, 30695293 - 30695541
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695293 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 30695392  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  30695393 agaggttagtatataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattttcgta 30695492  T
Q  345 tggaga----------atcaattacaatttcatcataatttttcttctc 383  Q
    || |||          |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695493 tgtagaatcaataaagatcaattacaatttcatcataatttttcttctc 30695541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 143 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 32486145 - 32485915
Alignment:
Q  143 agtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagttt 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486145 agtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcaatgattaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagttt 32486046  T
Q  242 gttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttt 341  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  32486045 gttagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaacctccttagctagacattgtatataagctacctcctttatatattttc 32485946  T
Q  342 gtatggagaatcaattacaatttcatcataattt 375  Q
     |    | ||||||| ||||||||||||||||||    
T  32485945 at---taaaatcaataacaatttcatcataattt 32485915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 145 - 372
Target Start/End: Original strand, 19502307 - 19502533
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaa-tcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19502307 tgttagtttgttttaatttaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 19502406  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 342  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  19502407 ttagaggttagaaaataagatatagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttagctaaacattgtatataagctacctcctttatatattttca 19502506  T
Q  343 tatggagaatcaattacaatttcatcataa 372  Q
    ||   ||||||||| |||||||||||||||    
T  19502507 ta---agaatcaataacaatttcatcataa 19502533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 26336964 - 26336767
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt-agtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  26336964 tgttagtttgttttaattcaagtttaattttagtgataatcacaatcggtgattaatcacattttgtttttagtttgttatgatgtttgttacatgtttg 26336865  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26336864 ttagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttaactagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 26336767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 145 - 372
Target Start/End: Original strand, 36632314 - 36632526
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||    
T  36632314 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgaataatcacactttgttttagtt------------tgttacaagtttgtt 36632401  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  36632402 agaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttcata 36632501  T
Q  345 tggagaatcaattacaatttcatcataa 372  Q
       || |||||| |||||||||||||||    
T  36632502 ---agcatcaataacaatttcatcataa 36632526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 143 - 297
Target Start/End: Original strand, 12018729 - 12018887
Alignment:
Q  143 agtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtt 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018729 agtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtt 12018828  T
Q  241 tgttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018829 tgttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 12018887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 165 - 330
Target Start/End: Original strand, 43384972 - 43385138
Alignment:
Q  165 agtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatc 264  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||    
T  43384972 agtttagtttagtgataatcataattagtggttaatcacatttgcttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaagttagcaaataaaatc 43385071  T
Q  265 tagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatat-aagctacctcctt 330  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43385072 tagggtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataaagctacctcctt 43385138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 7099531 - 7099375
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099531 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 7099432  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099431 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 7099375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 7104100 - 7103944
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104100 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 7104001  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104000 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 7103944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 12023289 - 12023445
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023289 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 12023388  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023389 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 12023445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 40367757 - 40367557
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||            ||||||||||    
T  40367757 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagagattaatcacattttgttttagtttgtta------------caagtttgtt 40367670  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagc-aatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgt 343  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |    
T  40367669 agaggctagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaaacttggttagatattgtatataagctacctcctttgtacattttcat 40367570  T
Q  344 atggagaatcaat 356  Q
    ||| |||||||||    
T  40367569 atgtagaatcaat 40367557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 145 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 40371892 - 40371750
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40371892 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagagattaatcacattttgttttagtttgttatgaagattgttacaagtttgtt 40371793  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtg 287  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  40371792 agaggctagtagataagatctagagtttattacattgtttgtg 40371750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 16794108 - 16794264
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794108 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaataagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 16794207  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794208 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 16794264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 16798669 - 16798825
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798669 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaataagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 16798768  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798769 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 16798825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 193 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 20830437 - 20830304
Alignment:
Q  193 tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttca 292  Q
    |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  20830437 tggttaatcacatttagtttcagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagagattagcaaataagatcaagtgtttgttacattgcttgtgcttca 20830338  T
Q  293 agcaatttagctagacattgtatataagctacct 326  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20830337 agcaacttaactagacattgtatataagctacct 20830304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 145 - 254
Target Start/End: Original strand, 10277204 - 10277313
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  10277204 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 10277303  T
Q  245 agaggttagc 254  Q
    |||| |||||    
T  10277304 agagattagc 10277313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 10274546 - 10274697
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  10274546 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattaatggttaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 10274645  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||  | |||||| ||||||||||    
T  10274646 agagattagctcataaggt-tagggtttgttatttagcttgtacttcaagcaa 10274697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 37682036 - 37682181
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcac-actttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||           |||||||    
T  37682036 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatg-----------aagtttg 37682124  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37682125 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 37682181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 37658732 - 37658877
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttag-tttagtgataatcacaatcagtggttaatcac-actttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||           |||||||    
T  37658732 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtcataatcataatcagtggttaatcacaagtttgttttagcttgttatg-----------aagtttg 37658820  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37658821 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 37658877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 193 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 20808749 - 20808675
Alignment:
Q  193 tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctag 267  Q
    |||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  20808749 tggttaatcacatttagtttcagtttgttatgaagttagttacaagtttgttagaggttaacaaataagatctag 20808675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 309 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 40371742 - 40371695
Alignment:
Q  309 attgtatataagctacctcctttgtatatttttgtatggagaatcaat 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||    
T  40371742 attgtatataagctacctcctttgtacattttcatatgtagaatcaat 40371695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 27552267 - 27552055
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27552267 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaggtttgtt 27552168  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttt-gt 343  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  27552167 aaacgttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttcgt 27552068  T
Q  344 atggagaatcaat 356  Q
    |||||||||||||    
T  27552067 atggagaatcaat 27552055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 17096431 - 17096236
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096431 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 17096332  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17096331 agaggttagcagataagatctatagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtacatttt 17096236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 145 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 8315661 - 8315466
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315661 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 8315562  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 339  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8315561 tagaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattt 8315466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 8320199 - 8319989
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320199 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaatatgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 8320100  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | ||    
T  8320099 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagaaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttct-ta 8320001  T
Q  345 tggagaatcaat 356  Q
    || |||||||||    
T  8320000 tgtagaatcaat 8319989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 145 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 17895881 - 17895656
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17895881 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttattttagtttgttctgaagtttgttacaagtttgt 17895782  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgt 343  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  17895781 tagaggttagcaaataagatctagaatttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctaggcattgtatataagctacctcctttgtattttttcat 17895682  T
Q  344 atggagaatcaattacaatttcatcataa 372  Q
    |   ||||| ||| |||||||||||||||    
T  17895681 a---agaataaataacaatttcatcataa 17895656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 144 - 356
Target Start/End: Original strand, 17779913 - 17780126
Alignment:
Q  144 gtgttagtttgtttt-aattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17779913 gtgttagtttgttttgaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagagattaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttaaaagtttg 17780012  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 342  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |    
T  17780013 ttagaggctagtagataagatttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctatctcctttgtacattttcg 17780112  T
Q  343 tatggagaatcaat 356  Q
    |||| |||||||||    
T  17780113 tatgtagaatcaat 17780126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 144 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 14531946 - 14531720
Alignment:
Q  144 gtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  14531946 gtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagttataatcacaatcaatgattaatcacattttgttttagttcgttatgaagtttgttacaggtttg 14531847  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 342  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||      
T  14531846 ttagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttgaagcaacttagctagacattgtatatactctaccacctttgtatattttca 14531747  T
Q  343 tatggagaatcaattacaatttcatcataa 372  Q
    |    ||||||||| |||||||||||||||    
T  14531746 t---tagaatcaataacaatttcatcataa 14531720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 27574884 - 27574683
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||              
T  27574884 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgtta---------- 27574795  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttt-gt 343  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  27574794 -gaggttagcagataagatctaaagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgaacatttttcgt 27574696  T
Q  344 atggagaatcaat 356  Q
    ||||| |||||||    
T  27574695 atggaaaatcaat 27574683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 17887000 - 17886810
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||       ||||||||    
T  17887000 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttgttttagtttgttataaagta------aagtttgt 17886907  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17886906 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcagcttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatttttt 17886810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 31044195 - 31044073
Alignment:
Q  17 atttttaggaaattgaaggatctttaaagaagtgctatatatgaaagttggtgattcaccttttcaatatatatggcatgcatggattctaaccactctc 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||    
T  31044195 atttttaggaaattgaaggat-tttaaagaagtgctatatatgaaagttggtgattcaccttttcaatatatatgg----catggattctaaccactatc 31044101  T
Q  117 tccttttctcaaaattgtagataagaag 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31044100 tccttttctcaaaattgtagataagaag 31044073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 183 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 6440979 - 6440866
Alignment:
Q  183 tcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgc 282  Q
    ||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | ||    
T  6440979 tcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagttagagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagc 6440881  T
Q  283 ttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| ||||||||||    
T  6440880 ttgtacttcaagcaa 6440866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 247
Target Start/End: Original strand, 17159610 - 17159700
Alignment:
Q  158 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgg-ttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttaga 247  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  || ||| | || |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  17159610 taattcaagtttagattagtgataatcatgattagttgattgatcatactttgttttagtttgttttgacgtttgttacaagttggttaga 17159700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 247
Target Start/End: Original strand, 17163640 - 17163730
Alignment:
Q  158 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgg-ttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttaga 247  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||   || ||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  17163640 taattcaagtttagattagtgatgatcgtgattagttgattgatcacactttgttttagtttgttttgaagtttgttacaagttggttaga 17163730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 7888305 - 7888212
Alignment:
Q  157 ttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgg-ttaatcacactttg-ttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagag 248  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||   | ||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7888305 ttaattcaagtttacattagtgataatcatgtttagttgattaatcacactttgattttagtttgttttgaagtttgttacaactttgttagag 7888212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 31034667 - 31034621
Alignment:
Q  95 tgcatggattctaaccactctctccttttctcaaaattgtagataag 141  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||    
T  31034667 tgcatggattctaaccactatctccctttcttgaaattgtagataag 31034621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 158 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21417245 - 21417159
Alignment:
Q  158 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcag-tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtta 245  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||| ||| || || || || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  21417245 taattcaagtt-agtttagtattaatcataattagctgattgattacactttgttttagtt-gttttgaagtttgttacaagttggtta 21417159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 49 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 31051836 - 31051800
Alignment:
Q  49 tgctatatatgaaagttggtgattcaccttttcaata 85  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31051836 tgctatatatgaaacttggtgattcaccctttcaata 31051800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 49 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 31110339 - 31110303
Alignment:
Q  49 tgctatatatgaaagttggtgattcaccttttcaata 85  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31110339 tgctatatatgaaacttggtgattcaccctttcaata 31110303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Original strand, 31670090 - 31670286
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670090 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 31670189  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670190 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttctgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 31670286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 144 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 10317221 - 10317025
Alignment:
Q  144 gtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317221 gtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagttataatcacaatcagtgattaatcacactttgttgtagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 10317122  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317121 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttaactagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 10317025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Original strand, 53722007 - 53722202
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722007 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 53722106  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53722107 agaggctagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctatatattgtatataagctacctcctttgtacatttt 53722202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 8892778 - 8892582
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8892778 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaaatttgt 8892679  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892678 tagagattagcaaataagatatagagtttgttacatcgcttgtgcttcaagcaacttaactagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 8892582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 142 - 340
Target Start/End: Original strand, 27186139 - 27186341
Alignment:
Q  142 aagtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt--agttt-gttatgaagtttgttacaa 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  27186139 aagtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaattagtgattaatcacattttgttttttagttttgttatgaagtttgttacaa 27186238  T
Q  238 gtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatat 337  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27186239 gtttgttagaggttagcaaataagatctagagtttgtaacattgcttgtgcttcaagaaacttagctagacattgtatataagctgcctcctttgtatat 27186338  T
Q  338 ttt 340  Q
    |||    
T  27186339 ttt 27186341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 152 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 43683813 - 43683636
Alignment:
Q  152 ttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggtt 251  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||    
T  43683813 ttgttttaattcaagtttattttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgtta-----------gaggtt 43683725  T
Q  252 agcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43683724 agcaaataagatatagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacatcctttgtatatttt 43683636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 3770842 - 3770998
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770842 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 3770941  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770942 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 3770998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 44147023 - 44147179
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147023 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 44147122  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147123 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 44147179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 44151558 - 44151714
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151558 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 44151657  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151658 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 44151714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 50628087 - 50627904
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||            |||||||||    
T  50628087 tgttagtttgttttaattcaagattagttttagtg-taatcacaatcagtgattaatcacttttttttttagtttgtta------------caagtttgt 50628001  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50628000 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtacttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttatatatttt 50627904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 241 - 372
Target Start/End: Original strand, 35842843 - 35842971
Alignment:
Q  241 tgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35842843 tgttagaggttagcaaataagatctagagtttgttacaatgcttgtgcttcaagcaacttagttagacattgtatataaactacctcctttgtatatttt 35842942  T
Q  341 tgtatggagaatcaattacaatttcatcataa 372  Q
      ||   || |||||| |||||||||||||||    
T  35842943 cata---agcatcaataacaatttcatcataa 35842971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 41884925 - 41885075
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  41884925 tgttggtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaa-tttgttacaagttagtt 41885023  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| |||||  ||||||| ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  41885024 agagattagctcataagat-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 41885075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 31359151 - 31359302
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || | || |||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  31359151 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttaatgataatcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgctatgaattttgttacaagttagtt 31359250  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  31359251 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 31359302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 49274668 - 49274518
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  49274668 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgatgatcataattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaa-tttgttacaagttagtt 49274570  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  49274569 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 49274518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 144 - 297
Target Start/End: Original strand, 31354677 - 31354828
Alignment:
Q  144 gtgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || | || || |||||||||| |||||||||||||  |    
T  31354677 gtgttagtttgttttaatttaagtttagtttagtgataattacaattagtggttaatcacatttagattcag-ttgttatgaattttgttacaagttact 31354775  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||| | |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| | ||||||||    
T  31354776 tagggattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacgtcaagcaa 31354828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 222
Target Start/End: Original strand, 35842797 - 35842847
Alignment:
Q  172 tttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgtta 222  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  35842797 tttagtgataatcacaatcagtgattaatcacactttgttttagtatgtta 35842847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 327
Target Start/End: Original strand, 53785880 - 53786028
Alignment:
Q  179 ataatcacaatcagtggttaatcacactt--tgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgtta 276  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||   ||||  || | |  ||| ||||||||    
T  53785880 ataatcacactcagtggttaatcacatttagtgtttttgtttgttaagaa-tttgttacaagtttgttagaaactagcttat-atagttagggtttgtta 53785977  T
Q  277 cattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctc 327  Q
    ||| |||||||||||||||||  || ||||   | ||||||||||||||||    
T  53785978 catagcttgtgcttcaagcaacctaactagttctagtatataagctacctc 53786028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 45976274 - 45976222
Alignment:
Q  196 ttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagag 248  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  45976274 ttaatcacatcttgttttagtttgttttgaagtttgttacaagttttttagag 45976222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Original strand, 27761397 - 27761608
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761397 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 27761496  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  27761497 agaggtttgtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttata 27761596  T
Q  345 tggagaatcaat 356  Q
    || |||||||||    
T  27761597 tgtagaatcaat 27761608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Original strand, 22901154 - 22901366
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22901154 tgttagtttgttttaattaaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 22901253  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22901254 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtata-ttttg 22901352  T
Q  343 tatggagaatcaat 356  Q
    |||| |||||||||    
T  22901353 tatgtagaatcaat 22901366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 151 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 47419729 - 47419524
Alignment:
Q  151 tttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggt 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47419729 tttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttcttagaggt 47419630  T
Q  251 tagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgtatggaga 350  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  47419629 tagcagataatatctagagtttgttacattgtttgtgtttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttcgtatgtaga 47419530  T
Q  351 atcaat 356  Q
    ||||||    
T  47419529 atcaat 47419524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Original strand, 27756846 - 27757057
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756846 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcgcattctgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 27756945  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  27756946 agaggtttgtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttata 27757045  T
Q  345 tggagaatcaat 356  Q
    || |||||||||    
T  27757046 tgtagaatcaat 27757057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Original strand, 35705634 - 35705830
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgtt-atgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  35705634 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgattaatcacattttgttttagtttgtttatggagtttgttacaagtttgt 35705733  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacc-tcctttgtatatttt 340  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  35705734 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa-ccagctagacattgtatataagctacctttctttgtatatttt 35705830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 145 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 7466669 - 7466456
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||            |||||||||    
T  7466669 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcaatgattaatcacattttgttttagtttgtta------------caagtttgt 7466582  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgt 343  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  7466581 tagaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattttcat 7466482  T
Q  344 atggagaatcaattacaatttcatcataa 372  Q
    |   || |||||| |||||||||||||||    
T  7466481 a---agtatcaataacaatttcatcataa 7466456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 7940240 - 7940084
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940240 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 7940141  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940140 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 7940084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 7944793 - 7944637
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944793 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 7944694  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944693 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 7944637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 158 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 733811 - 733632
Alignment:
Q  158 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcag-tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcag 256  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||   | |  ||||||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||     
T  733811 taattcaagtttagattagtgataatcatgtttaaatggttaatcacatattcagttagtttgttatgaaatttgttacaattttgttagaggttagcaa 733712  T
Q  257 ataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtata 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  733711 ataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcgagcaacttagctagacattgtatataagctacctcctttgtata 733632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 157 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 13828248 - 13828109
Alignment:
Q  157 ttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcag-tggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagca 255  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||   | || |||||||||||| |||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |     
T  13828248 ttaattcaagtttaccttagtgataatcatgtttagttggttaatcacattttcattttgtttgttctgaagtttgttacaagtttgttagagtgtatct 13828149  T
Q  256 gataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagc 295  Q
     |||| |  ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  13828148 aataatagttagggtctgttacattgcttgtgcttcaagc 13828109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 254
Target Start/End: Original strand, 37355573 - 37355670
Alignment:
Q  157 ttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacact-ttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagc 254  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||| | |||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||    
T  37355573 ttaattcaagtttacct-agtgataatcacacttagtggttaatcatattattgctttagtttgttatgaaagttgttacaagtttcttagagattagc 37355670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Original strand, 21847109 - 21847322
Alignment:
Q  145 tgttagtttgtttt-aattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21847109 tgttagtttgtttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 21847208  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21847209 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttg 21847308  T
Q  343 tatggagaatcaat 356  Q
    |||  |||||||||    
T  21847309 tatatagaatcaat 21847322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Original strand, 21850199 - 21850412
Alignment:
Q  145 tgttagtttgtttt-aattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21850199 tgttagtttgtttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 21850298  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21850299 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacatttttg 21850398  T
Q  343 tatggagaatcaat 356  Q
    |||  |||||||||    
T  21850399 tatatagaatcaat 21850412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 11004560 - 11004365
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11004560 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgaataatcacattttgttttagcttgttatgaagattgttacaagtttgtt 11004461  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004460 agaggttagcaaataagatctagagtttgttacattgtttgtgcttcaagcaacctagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 11004365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 142 - 340
Target Start/End: Original strand, 9697583 - 9697783
Alignment:
Q  142 aagtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt-agtttgttatgaagtttgttacaagt 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9697583 aagtgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaattagtgattaatcacattttgtttttagtttgttatgaagtttgttacaagt 9697682  T
Q  240 ttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 339  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9697683 ttgttagaggttagcaaataagatctagagtttgtaacattgcttgtgcttcaagaaacttagctagacattgtatataagctgcctcctttgtatattt 9697782  T
Q  340 t 340  Q
    |    
T  9697783 t 9697783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Original strand, 9105275 - 9105470
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9105275 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcaatgattaatcacattttgctttagtttgttatgaagtatgttacaagtttgtt 9105374  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9105375 agaggttaacaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacctaactagacattgtatatgagctacctcctttgtatatttt 9105470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 145 - 340
Target Start/End: Original strand, 43547723 - 43547920
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt-agtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43547723 tgttagcttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaattacattttgtttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 43547822  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttt 340  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43547823 ttagaggttaacaaataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagcaagacattgtatataagctatctcctttgtatatttt 43547920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 54172081 - 54171925
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172081 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 54171982  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54171981 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 54171925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 54167501 - 54167345
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167501 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 54167402  T
Q  243 ttagaggttagcagataa--gatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||||||||| || ||||  |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167401 ttagaggttaccaaataagggtgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 54167345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 39399279 - 39399128
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  39399279 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtggttaatcacatttagattcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 39399180  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  39399179 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 39399128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 221 - 341
Target Start/End: Original strand, 43554645 - 43554765
Alignment:
Q  221 tatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataag 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||    
T  43554645 tatgaagtttgttacaagtttgttagaggttaacaaataagatctagagtttattacattgcttctgtttcaagcaacttagtaagacattgtatatgag 43554744  T
Q  321 ctacctcctttgtatattttt 341  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  43554745 ctacctcttttgtatattttt 43554765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 145 - 222
Target Start/End: Original strand, 43554292 - 43554371
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttag-tttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttg-ttttagtttgtta 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  43554292 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattagtcacattttgtttttagtttgtta 43554371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 191 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 38175896 - 38175791
Alignment:
Q  191 agtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgctt 290  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||    
T  38175896 agtggttaatcacatttagtttcagtttgttatgaattttgttacaagttagttagagattagctcataagat-tagggtttgttacttagcttgtactt 38175798  T
Q  291 caagcaa 297  Q
    |||||||    
T  38175797 caagcaa 38175791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 206 - 326
Target Start/End: Original strand, 755891 - 756012
Alignment:
Q  206 tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataaga-tctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagct 304  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |  |||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  || ||    
T  755891 tttgttttagtttgttttgaagtttgttacaagtttgttagagtgtaactaataaaaggttagggtttgttacattgcttgtgcttcaagctacctaact 755990  T
Q  305 agacattgtatataagctacct 326  Q
    |||   ||||||||||||||||    
T  755991 agatggtgtatataagctacct 756012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 215 - 248
Target Start/End: Original strand, 755824 - 755857
Alignment:
Q  215 gtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagag 248  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  755824 gtttgttttgaagtttgttacaagtttgttagag 755857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 144 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 12999623 - 12999394
Alignment:
Q  144 gtgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12999623 gtgttagtttgttttaatttaagtttagttttagtgataataacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 12999524  T
Q  243 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttg 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  12999523 ttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattacttgtgcttcaagcaacttagctagacattgtatataagctatctcctttgtatattttaa 12999424  T
Q  343 tatggagaatcaattacaatttcatcataa 372  Q
     |   |||||||||||||||||||||||||    
T  12999423 aaataagaatcaattacaatttcatcataa 12999394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 145 - 339
Target Start/End: Original strand, 8055392 - 8055586
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8055392 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctattttagtttgttatgaagtttgttgcaagtttgtt 8055491  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 339  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8055492 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacttagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattt 8055586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 145 - 339
Target Start/End: Original strand, 8050839 - 8051033
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8050839 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattctattttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 8050938  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatattt 339  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  8050939 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaacctagctagatattgtatataagctgcctcctttgtacattt 8051033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 145 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 6463583 - 6463384
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||            ||||||||||    
T  6463583 tgttagtttgtcttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacattttgttttagtttgtta------------caagtttgtt 6463496  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctagacattgtatataagctacctcctttgtatatttttgta 344  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  6463495 agaggttagtagataagatctagagtttgttacattatttgtgcttcaagcaacctagctagatattgtatataagctacctcctttgtacattttagta 6463396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 36670503 - 36670659
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670503 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 36670602  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670603 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 36670659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 36675051 - 36675207
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675051 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttcagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 36675150  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675151 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 36675207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 35950595 - 35950444
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  35950595 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaattagtggttaatcacatttaggttcagtttgttatgaattttgttacaagttagtt 35950496  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| |||||   |||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  35950495 agagattagctcgtaaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 35950444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 145 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 13271131 - 13270980
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||            ||||||||    
T  13271131 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaattacactttattttagtttgttat------------aagtttgt 13271044  T
Q  244 tagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaatttagctaga 307  Q
    |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  13271043 tagaggttagtaaataagatctaaagtttgttacattgtttttgcttcaagcaacttagctaga 13270980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 41093824 - 41093975
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtt 244  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | || | || ||||||||||||| |||||||||| || |||    
T  41093824 tgttggtttgttttaattcaaatttagtttagtgataatcacaattagtgattaatcatatttagattcagtttgttatgaattttgttacaaattagtt 41093923  T
Q  245 agaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||| |||||  ||||| | ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  41093924 agagattagctcataaggt-tagggtttgttacttagcttgtacttcaagcaa 41093975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 158 - 245
Target Start/End: Original strand, 29767953 - 29768041
Alignment:
Q  158 taattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtgg-ttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgtta 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || | | | || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  29767953 taattcaagtttagtttagtgataatcatgattaattgattgatcacactttgttttagtttgttttaaagtttgttacaagttggtta 29768041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 297
Target Start/End: Original strand, 34590280 - 34590365
Alignment:
Q  210 ttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgttagaggttagcagataagatctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||  ||| |||||||| || |||||||||| ||||||    
T  34590280 ttttagtttgttatgaa-tttgttacaagtttgttagagattagcatat-agagttagggtttgttatatagcttgtgctttaagcaa 34590365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 202 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27403730 - 27403696
Alignment:
Q  202 acactttgttttagtttgttatgaagtttgttaca 236  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27403730 acactttgttttagtttgttttgaagtttgttaca 27403696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 2980 - 3136
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2980 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 3079  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3080 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 3136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Original strand, 7506 - 7661
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtgattaatcacaatttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttgt 7605  T
Q  244 tagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    |||||||||||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7606 tagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgtttcaagcaa 7661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 45022 - 44866
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45022 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 44923  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44922 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 44866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 145 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 49602 - 49446
Alignment:
Q  145 tgttagtttgttttaattcaagtttagttt-agtgataatcacaatcagtggttaatcacac-tttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49602 tgttagtttgttttaattcaagtttagttttagtgataatcacaatcagtggttaatcacaagtttgttttagtttgttatgaagtttgttacaagtttg 49503  T
Q  243 ttagaggttagcagataagat--ctagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49502 ttagaggttagcaaataaggttgttagagtttgttacattgcttgtgcttcaagcaa 49446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 147 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 60302 - 60201
Alignment:
Q  147 ttagtttgttttaattcaagtttagtttagtgataatcacaatcagtggttaatcacactttgtttt-agtttgttatgaagtttgttacaagtttgtta 245  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||  |  ||||||||||| |||| ||||||||| ||  |||| |||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  60302 ttagtttgttttaattcaagttactttgtgatataatcacaattagtgattaatcacatttaatttttagtttgttataaattttgttaccagtttgtta 60203  T
Q  246 ga 247  Q
    ||    
T  60202 ga 60201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University