View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20847_high_2 (Length: 629)
Name: NF20847_high_2
Description: NF20847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20847_high_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 45628757 - 45628171
Alignment:
| Q |
1 |
caattatatggacatgccaaaacaagacaaaaatgaattaccaatggatagaaatgtcaattaaataaatatatcttattgtgaatggctttagaatgta |
100 |
Q |
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| T |
45628757 |
caattaaatggacatgccaaaacaagacaaaaatgaattaccaatggatagaaatgtcattta----------tcttattgtgaatggctttagaatgca |
45628668 |
T |
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| Q |
101 |
atgatgcaatgaagatccaataaagatggggttatactgaattttggtaaaagtttattgttgggacttgaaggcagatcaatcaaactattacatagtg |
200 |
Q |
| |
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|
| T |
45628667 |
atgatgcaatgaagatccaataaagatggg-ttatactgaattttggtaaaagtttattgttgggacttggaggcagatgaatcaaactattacatagtg |
45628569 |
T |
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| Q |
201 |
tgggaaatgactataactgaattcttaacagtatgttaataaatccgtttagctttaacagagtacacccaaaacataatgtgcataaaagttatcaagc |
300 |
Q |
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| T |
45628568 |
tgggaaatgactataactgaattcttaacagtatgttaataaatccgtttagctttaacagagtacacccaaaacatagtgtgcataaaagttatcaagc |
45628469 |
T |
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| Q |
301 |
aacacataatgcttataactaaaagtgcttttaacttaactacaaaacagaataagattttcaactataaactctattaactataaatgtgaagtgtgaa |
400 |
Q |
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| T |
45628468 |
aacacataatgcttataactaaaagtgcttttaacttaactacaaaacagaataagattttcaactataaactctattaactacaaatgtgaagtgtgaa |
45628369 |
T |
|
| Q |
401 |
caactattattactggataatagagattgacgcatgtataatgagttaccaagatgagtgtagcaattgcctgaacaagctgatgaagcaaaacaccttt |
500 |
Q |
| |
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|
| T |
45628368 |
caactattattactggagaatagagattaacacatgtataatgagttaccaagatgagtgtagcaattgcctgaacaagctgatgaagcaaaacaccttt |
45628269 |
T |
|
| Q |
501 |
cacaacagctttaaagggcaccaaattcttcttttcttcgttttaaggtacaaactcaacagcccctgatagccccttgaaatatttatgaactatgt |
598 |
Q |
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| T |
45628268 |
cacaacagctttaaagggcaccaaattcttcttttcttcattttaaggtacaaactcaacaacccctgatagccccttgaaatatttatgaactatgt |
45628171 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 30784868 - 30784324
Alignment:
| Q |
42 |
caatggatagaaatgtcaattaaataaatatatcttattgtgaatggctttagaatgtaatgatgcaatgaagatccaataaagatggggttatactgaa |
141 |
Q |
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| T |
30784868 |
caatggatagaaatgtcatttaaataaatatatcttattgtgaatggctttagaatgtaatgatgcaatgaagatgcaataaagatggg-ttatactgaa |
30784770 |
T |
|
| Q |
142 |
ttttggtaaaagtttattgttgggacttgaaggcagatcaatcaaactattacatagtgtgggaaatgactataactgaattcttaacagtatgttaata |
241 |
Q |
| |
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|
| T |
30784769 |
ttttggtaaaagtttattgttgggact-gaatgcagatgaatcaaactattacatagtgtaagaaatgactata-ctgaattcttaacagtatgttaata |
30784672 |
T |
|
| Q |
242 |
aatccgtttagctttaacagagtacacccaaaacataatgtgcataaaagttatcaagcaacacataatgcttataactaaaagtgcttttaacttaact |
341 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
30784671 |
aatccgtttagctttaacagattacacccaaaacatagtgtgcataaaagttatcaagcaacacataa---------ctaaaagtgcttttaacttaact |
30784581 |
T |
|
| Q |
342 |
acaaaacagaataagattttcaactataaactctattaactataaatgtgaagtgtgaacaactattattactggataatagagattgacgcatgtataa |
441 |
Q |
| |
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|
| T |
30784580 |
acaaaacagaataagattttcaactataaactctattaactacaaatgtgaagtgtgaacaactattattactggagaatagagattaacgcatgtataa |
30784481 |
T |
|
| Q |
442 |
tgagttaccaagatgagtgtagcaattgcctgaacaagctgatgaagcaaaacacctttcacaacagctttaaagggcaccaaattcttcttttcttcgt |
541 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
30784480 |
tgagttaccaagatgagtgcagcaattgcctgaacaagccgatgaagcaaaacacctttcacaacagctttaaagggcaccaaattcttcttttcttcat |
30784381 |
T |
|
| Q |
542 |
tttaaggtacaaactcaacagcccctgatagccccttgaaatatttatgaactatgt |
598 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30784380 |
tttaaggtacaaaatcaacagcccctgatagccccttgaaatatttatgaactatgt |
30784324 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 275 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 43898227 - 43897963
Alignment:
| Q |
275 |
cataatgtgcataaaagttatcaagcaacacataatgcttataactaaaagtgcttttaacttaactacaaaacagaataagattttcaactataaactc |
374 |
Q |
| |
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||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43898227 |
cataacgtgcacaaaagttatcaagcaacgcataatgcttataactaaaagtgcttttaacttaactacaaaacagaataagattttcaactataaactc |
43898128 |
T |
|
| Q |
375 |
tattaactataaatgtgaagtgtgaacaactattattactggataatagagattgacgcatgtataatgagttaccaagatgagtgtagcaattgcctga |
474 |
Q |
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| T |
43898127 |
tattcactacaaatgtgaagtgtgaacaactatagttactggagaatagagattaacatgtgtagaatgacttaccaagatgagtgcaacaattgcctga |
43898028 |
T |
|
| Q |
475 |
acaagctgatgaagcaaaacacctttcacaacagctttaaagggcaccaaattcttcttttcttc |
539 |
Q |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |
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|
| T |
43898027 |
acaagctgctgaagcaaaacacctttcacaactgctttaaagggtaccaaattcttcttttcttc |
43897963 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 129 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 43903168 - 43903026
Alignment:
| Q |
129 |
gggttatactgaattttggtaaaagtttattgttgggacttgaaggcagatcaatcaaactattacatagtgtgggaaatgactataactgaattcttaa |
228 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
43903168 |
gggttatactgaattttagtaaaagtttattgttggga------ggcagatgaatcaaactattacatagtgtgggaaatgactataaccgaattcttaa |
43903075 |
T |
|
| Q |
229 |
cagtatgttaataaatccgtttagctttaacagagtacacccaaaacat |
277 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43903074 |
cagtatgttaataaatccatttagctttaacagagtacacccaaaacat |
43903026 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 129 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 43898815 - 43898678
Alignment:
| Q |
129 |
gggttatactgaattttggtaaaagtttattgttgggacttgaaggcagatcaatcaaactattacatagtgtgggaaatgactataactgaattcttaa |
228 |
Q |
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| T |
43898815 |
gggttatactgaattttcgaaaaagtttattgttggga------ggcagatgaataaaactattaca--gtgtgggaaatgactataactgaattcttaa |
43898724 |
T |
|
| Q |
229 |
cagtatgttaataaatccgtttagctttaacagagtacacccaaaa |
274 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
43898723 |
cagtatgttaataaatccgtttctctttaacagagtacacccaaaa |
43898678 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 29157735 - 29157657
Alignment:
| Q |
1 |
caattatatggacatgccaaaacaagacaaaaatgaattaccaatggatagaaatgtcaattaaataaatatatcttat |
79 |
Q |
| |
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|
| T |
29157735 |
caattatatggacatgccaacacaagacaagaaagagttaccaatggatagaaatgtcatttaaacaaatatatcttat |
29157657 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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