View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20853_high_3 (Length: 554)

Name: NF20853_high_3
Description: NF20853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20853_high_3
NF20853_high_3
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-527)||(7416638-7417164)
chr8 (1-527)||(7425624-7426150)
chr8 (1-527)||(7431613-7432139)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 527
Target Start/End: Original strand, 7416638 - 7417164
Alignment:
Q  1 aatccaaggaataaaatccccaatattgagaattccattaagtaaaaacaactcatccaacatcttcttaaactcatcaggggaaataactgcattatca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7416638 aatccaaggaataaaatccccaatattgagaattccattaagtaaaaacaactcatccaacatcttcttaaactcatcaggggaaataactgcattatca 7416737  T
Q  101 gtcttttccaagtactttttccctagcaccattcgacttataacatttagactcaaagttgaaagatggtctttcaccaaaattgttttgttttttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7416738 gtcttttccaagtactttttccctagcaccattcgacttataacatttagactcaaagttgaaagatggtctttcaccaaaattgttttgttttttgaat 7416837  T
Q  201 tgaaaagtttatgcaaaaaatcatgcatctcttgttttcttatgtactcgtaagactcgaggcgttttgcactaaacaactccaatagacacattctacg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7416838 tgaaaagtttatgcaaaaaatcatgcatctcttgttttcttatgtactcgtaagactcgaggcgttttgcactaaacaactccaatagacacattctacg 7416937  T
Q  301 agcttgacgccaatatggaccatattgagaccaagttatgtctgaatagttatatgttgtgtattttccagccgacaatttgggccggccggcaagagta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7416938 agcttgacgccaatatggaccatattgagaccaagttatgtctgaatagttatatgttgtgtattttccagccgacaatttgggccggccggcaagagta 7417037  T
Q  401 gcatcatgggttttgaggaatgatttggctagttctacggtggcgcccacaatgacgggtttcgagccgaaatatagatgtatgatgggtccatattttt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7417038 gcatcatgggttttgaggaatgatttggctagttctacggtggcgcccacaatgacgggtttcgagccgaaatatagatgcatgatgggtccatattttt 7417137  T
Q  501 gagtgaggccatggagggattgatgtg 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  7417138 gagtgaggccatggagggattgatgtg 7417164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 527
Target Start/End: Original strand, 7425624 - 7426150
Alignment:
Q  1 aatccaaggaataaaatccccaatattgagaattccattaagtaaaaacaactcatccaacatcttcttaaactcatcaggggaaataactgcattatca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||    
T  7425624 aatccaaggaataaaatccccaacattgaggaccccattaagcaaaaacaattcatctaacatcttcttaaactcttcaggggaaataatagcattttca 7425723  T
Q  101 gtcttttccaagtactttttccctagcaccattcgacttataacatttagactcaaagttgaaagatggtctttcaccaaaattgttttgttttttgaat 200  Q
     |||| ||||| |||||||| || |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  7425724 ctcttctccaaatactttttgcccaaaaccatgcgacttataacattgagactcaaagttgaaagatggtccttcaacaaaattgttttgttttttgaat 7425823  T
Q  201 tgaaaagtttatgcaaaaaatcatgcatctcttgttttcttatgtactcgtaagactcgaggcgttttgcactaaacaactccaatagacacattctacg 300  Q
    | || ||||  ||||| ||| |||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || |  ||||||||| ||||    
T  7425824 taaatagttcgtgcaagaaagcatgtaactcttgttttctcatgtactcataagactcaaggcgttttacactaaacagttctagcagacacattttacg 7425923  T
Q  301 agcttgacgccaatatggaccatattgagaccaagttatgtctgaatagttatatgttgtgtattttccagccgacaatttgggccggccggcaagagta 400  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||| |||||||| ||||  || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||   |    
T  7425924 agcttgttgccaatatgggccatattgggaccaagtaatgttggagtagttataagtagtatattttccagcggagaatttgggccgcccagcaaggaca 7426023  T
Q  401 gcatcatgggttttgaggaatgatttggctagttctacggtggcgcccacaatgacgggtttcgagccgaaatatagatgtatgatgggtccatattttt 500  Q
    || || |  |||||||||||   |||||||| ||||  | | |  ||||||||||| ||||| ||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  7426024 gcgtcgtttgttttgaggaaaactttggctatttctgggctcgatcccacaatgacaggtttagagccgaaccataaatgcatgatgggtccatattttt 7426123  T
Q  501 gagtgaggccatggagggattgatgtg 527  Q
     |||||| || ||||||||||||||||    
T  7426124 tagtgagcccgtggagggattgatgtg 7426150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 527
Target Start/End: Original strand, 7431613 - 7432139
Alignment:
Q  1 aatccaaggaataaaatccccaatattgagaattccattaagtaaaaacaactcatccaacatcttcttaaactcatcaggggaaataactgcattatca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||   |||| |||    
T  7431613 aatccaaggaataaaatccccaatattgaagaccccattaagcaaaaacaactcatccaacatctccttaaactcttcaggggaaataataacattttca 7431712  T
Q  101 gtcttttccaagtactttttccctagcaccattcgacttataacatttagactcaaagttgaaagatggtctttcaccaaaattgttttgttttttgaat 200  Q
     |||| |||||||| || ||||| | |||||| || ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  7431713 ctcttctccaagtatttcttccccaacaccatgcggcttataatattaagactaaaagttgaaagatggtccttcaacaaaatagttttattttttgaat 7431812  T
Q  201 tgaaaagtttatgcaaaaaatcatgcatctcttgttttcttatgtactcgtaagactcgaggcgttttgcactaaacaactccaatagacacattctacg 300  Q
    |||| |||||||||| ||||  ||| |  |||| |||||| |||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||| |||  | || ||||| ||||    
T  7431813 tgaagagtttatgcagaaaaatatgtaattcttcttttctcatgtactcataagactcgagactttttacactaaacaattccctttgaaacattttacg 7431912  T
Q  301 agcttgacgccaatatggaccatattgagaccaagttatgtctgaatagttatatgttgtgtattttccagccgac-aatttgggccggccggcaagagt 399  Q
     |||||  |  |||||||||| ||| |   |||||| ||||  || |||||||| |||||||||||||| || | | |||||||| || ||| ||||       
T  7431913 ggcttgttgaaaatatggaccgtatgggttccaagtgatgttagagtagttataagttgtgtattttcc-gcaggcaaatttgggtcgtccgacaaggac 7432011  T
Q  400 agcatcatgggttttgaggaatgatttggctagttctacggtggcgcccacaatgacgggtttcgagccgaaatatagatgtatgatgggtccatatttt 499  Q
    |   || |  ||||| ||||| | ||||||||  |||  | | | ||||||||||||| |||| || |||||  ||||| | |||||||| |||||||||    
T  7432012 aatgtcgtttgttttaaggaaagctttggctatatctgggctcgagcccacaatgacgagtttggatccgaaccatagacgcatgatggggccatatttt 7432111  T
Q  500 tgagtgaggccatggagggattgatgtg 527  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||||    
T  7432112 ttagtgagcccatggatggattgatgtg 7432139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University