View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2085_1D_low_3 (Length: 673)

Name: NF2085_1D_low_3
Description: NF2085_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2085_1D_low_3
NF2085_1D_low_3
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-673)||(23333190-23333847)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 23333847 - 23333190
Alignment:
Q  16 ggacatcacgaagttgaccgataaaattgtgtgccagaatgcagctgaagcagtactcccccaaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333847 ggacataacgaagttgaccgataaaattgtgtgccggaatgcagctgaagcagtactccccccaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 23333748  T
Q  116 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttacctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333747 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttgcctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 23333648  T
Q  216 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatgaaacaatcattataatatg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23333647 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatggaacaatcattataatatg 23333548  T
Q  316 ctgaattacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgacagggcataagataaattgc 415  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  23333547 ctgacttacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgatggggcataagataaattgc 23333448  T
Q  416 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaagtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgccgtatttt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23333447 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaggtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgctgtatttt 23333348  T
Q  516 ttcttatggagtctttctatcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 615  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333347 ttcttatggagtctttctgtcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 23333248  T
Q  616 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctctattttgctggccacatgttgttttgaa 673  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333247 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctctattttgctggccacatgttgttttgaa 23333190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University