View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20860_high_1_N (Length: 1030)

Name: NF20860_high_1_N
Description: NF20860
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20860_high_1_N
NF20860_high_1_N
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (64-1010)||(37751369-37752315)
chr2 (559-592)||(7779492-7779525)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 923; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 923; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 1010
Target Start/End: Complemental strand, 37752315 - 37751369
Alignment:
Q  64 aaggtgcttgtatgcgcagttttctatgtgaatcttctgttgcggtcacatggtgcagcctattgtagagcctttggattaaaagaaagaaaataaagat 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37752315 aaggtgcttgtatgcgcagttttctatgtgaatcttctgttgcggtcacatggtgcagcctattgcagagcctttggattaaaagaaagaaaataaagat 37752216  T
Q  164 gattttctctcaagttaattcaacagctctgcagcagagtgcaccatgtaaccactgcagaagatccattctcaataaaaacgtttaaacataatctttt 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37752215 gattttctctcaagttaattcaacagctctgcagcagagtgcaccatgtaaccgctgcagaagatccattctcaataaaaacgtttaaacataatctttt 37752116  T
Q  264 ctggaaggaggttttggtctcataccttgtacagaactccttgattagctttgtatggtggagcagaccatttcttcttccgtgcctccatctcctcatc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37752115 ctggaaggaggttttggtctcataccttgtacagaactccttgattagctttgtatggtggagcagaccatttcttcttacgtgcctccatctcctcatc 37752016  T
Q  364 tgaaactataacatcgattctcttgttcttaacatcaacgttgataacgtctccattttgaaccaaaccaattggaccgccttcctatacaatcaaagaa 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37752015 tgaaactataacatcgattctcttgttcttaacatcaacgttgataacgtctccattttgaaccaaaccaattggaccgccttcctatacaatcaaagaa 37751916  T
Q  464 acaagtagaaatattaatggttagccacataaaactacacttaagatttccctaatctccatctcgatagagtaaatacatgaacatgtcacaggagaaa 563  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37751915 acacgtagaaatattaatggttagccacataaaactacacttaagatttccctaatctccatctcgatagagtaaatacatgaacatgtcacaggagaaa 37751816  T
Q  564 tagaaaataaaagcacaactgtcataacctcttcaacatagtgaagtgtaaatccaattttcctggagaaaacttttcagttcttggttagttcctccag 663  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37751815 tagaaaataaaagcacaactgtcataacctcttcaacatagtgaagtgtaaatccaattttcctggagaaaacttttcagttcttggttagttcctccag 37751716  T
Q  664 tatattcctttttctatttctaattaaaaacatcaaaaggagtaaacttgttcgtaattccattaaagcaacattatcttcaaagtcacaaaccaatata 763  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37751715 tatattcctttttctatttctaattaaaaacatcaaaaggagtaaacttgttcgtaattccattaaagcaacattatcttcaaagtcacaaaccaatata 37751616  T
Q  764 ataaactcacctggttacacactcaaacccactacaaaagaatagcttgaacgttgaaaaatgcattcaagtgcacttggatgaagcagtatgcattttt 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37751615 ataaactcacctggttacacactcacacccactacaaaagaatagcttgaacgttgaaaaatgcattcaagtgcacttggatgaagcagtatgcattttt 37751516  T
Q  864 ctaaatagacagagatggtcacaaactcacaattacttcacagaataggataaagtaaagcatgcacaacccattgttctaaggagtattaattctcact 963  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37751515 ctaaatagacagagatggtcacaaactcacaattacttcacagaataggataaagtaaagcatgcacaacccattgttctaaggagtattaattctcact 37751416  T
Q  964 aaagtttcttcagttaaatcttaaatacaattccttaatgatgatgt 1010  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37751415 aaagtttcttcagttaaatcttaaatacaattccttaatgattatgt 37751369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 559 - 592
Target Start/End: Original strand, 7779492 - 7779525
Alignment:
Q  559 agaaatagaaaataaaagcacaactgtcataacc 592  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7779492 agaaatagaaaataaaagcactactgtcataacc 7779525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University