View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20867_low_1 (Length: 719)
Name: NF20867_low_1
Description: NF20867
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20867_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 706
Target Start/End: Original strand, 1607340 - 1608033
Alignment:
| Q |
16 |
cagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
115 |
Q |
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| T |
1607340 |
cagcctgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggaccctttgactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
1607439 |
T |
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| Q |
116 |
aaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacgaatccagatattttgattaatatgactatatatat--tcatataaaa-gtacataa |
212 |
Q |
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| T |
1607440 |
aaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacgaatccagaaattttgattagtatgactatatatatattcatataaaaagtacataa |
1607539 |
T |
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| Q |
213 |
gcgatagtgttatgacatcaatattatcatatgaatcaaatgtaaatctggagattacaaaattttaacannnnnnnnaggaaaaaattaaaacattata |
312 |
Q |
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| T |
1607540 |
gcgatagtgttatgacatcaatattatcatatgaatcaaatttaaatctggagattacaaaattttaacattttttttaagaaaaaattaaaacattata |
1607639 |
T |
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| Q |
313 |
tacctaaaatattgaagatacttgaacatctacacattataattgctctttgtgtcttcttattttaaaattcatttttatcttcccattttcaacccta |
412 |
Q |
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| T |
1607640 |
tacctaaaatattgaagatacttgaacatctacaaattataattgctctttgtgtcttgttattttaaaattcatttttatcttcccattttcaacccta |
1607739 |
T |
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| Q |
413 |
tcatatttatattactctatgtatgtcacaaaataaacattcaataatttatcttacatttaattcttcatgaataaagttattgaataaccttttagca |
512 |
Q |
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| T |
1607740 |
tcatatttatattactctatgtatgtcacaaaataaacattccataatttatctttcatttaattcttcctaaataaagttattgaataactttttagca |
1607839 |
T |
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| Q |
513 |
gtacaatacttaaattttaaatagaaaaatataaaatcattgttagtacctttgctatgtttcaggaaatgcatattgatggctaagatgttccttatca |
612 |
Q |
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| T |
1607840 |
gcacaatacttaaattttaaatagaaaaatataaaatcattgttagtacctttgctatgtttcaggaaatgcatattgatggctaagatgttccttatca |
1607939 |
T |
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| Q |
613 |
tttcagtgacattggtttgcacaatgaaatcgaaatcttgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaagt |
706 |
Q |
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| T |
1607940 |
tttcagtgacattggtttgcataatgaaatcgaaatcttgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaagt |
1608033 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 706
Target Start/End: Original strand, 1624361 - 1625040
Alignment:
| Q |
16 |
cagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
115 |
Q |
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|
| T |
1624361 |
cagcttgcacagtcttgtactgaccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggaccctttgactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
1624460 |
T |
|
| Q |
116 |
aaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacgaatccagatattttgattaatatgactatatatattcatataaaagtacataagcg |
215 |
Q |
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| T |
1624461 |
aaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacggatccagaaattttgattagtatgactatatata--------aaagtacataagcc |
1624552 |
T |
|
| Q |
216 |
atagtgttatgacatcaatattatcatatgaatcaaatgtaaatctggagattacaaaattttaacannnnnnnnaggaaaaaattaaaacattatatac |
315 |
Q |
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| T |
1624553 |
atagtgttatgacatcaatattatcatatgaattaaatttaaatctggagattacaaaattttaacattttttttaagaaaaaattaaaacattatatac |
1624652 |
T |
|
| Q |
316 |
ctaaaatattgaagatacttgaacatctacacattataattgctctttgtgtcttcttattttaaaattcatttttatcttcccattttcaaccctatca |
415 |
Q |
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|
| T |
1624653 |
ctaaaatattgaagatacttgaacatctacaaattataattgctct--gtgtcttcttattttaaaattcatttttatatacccatttttaaccctatca |
1624750 |
T |
|
| Q |
416 |
tatttatattactctatgtatgtcacaaaataaacattcaataatttatcttacatttaattcttcatgaataaagttattgaataaccttttagcagta |
515 |
Q |
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|
| T |
1624751 |
tatttatattactctatgtatgtcacaaaataaacattcaataatttatctttcatttaattcttcctaaataaagttattgaataattttttagcagta |
1624850 |
T |
|
| Q |
516 |
caatacttaaattttaaatagaaaaatataaaatcattgttagtacctttgctatgtttcaggaaatgcatattgatggctaagatgttccttatcattt |
615 |
Q |
| |
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| T |
1624851 |
caatacttaa-ttttaaatagaaaaaaataaaatcattgttaatacctttgttatgtttcagaaaatgcatattgatggctaagatgttccttatcatct |
1624949 |
T |
|
| Q |
616 |
cagtgacattggtttgcacaatgaaatcgaaatcttgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaagt |
706 |
Q |
| |
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|| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
1624950 |
caatgacattggtttgcataatgaaattgaaatcttgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaagt |
1625040 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 532
Target Start/End: Original strand, 1630336 - 1630852
Alignment:
| Q |
16 |
cagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1630336 |
cagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
1630435 |
T |
|
| Q |
116 |
aaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacgaatccagatattttgattaatatgactatatatattcatataaaagtacataagcg |
215 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
1630436 |
aaaccaatttgaaaatgacccttcttctgtttctgcaagtgacgaatccaaaatttttgattagtatgactatatatattcatataaaagtacataagcg |
1630535 |
T |
|
| Q |
216 |
atagtgttatgacatcaatattatcatatgaatcaaatgtaaatctggagattacaaaattttaacannnnnnnnaggaaaaaattaaaacattatatac |
315 |
Q |
| |
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|
| T |
1630536 |
atagtgctatgacttcaatattattatatgaatcaaatgtaaatctggagattacaaaattttaacattttttttaggaaaaaattaaaacattatatac |
1630635 |
T |
|
| Q |
316 |
ctaaaatattgaagatacttgaacatctacacattataattgctctttgtgtcttcttattttaaaattcatttttatcttcccattttcaaccctatca |
415 |
Q |
| |
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| T |
1630636 |
ctaaaatattgaatatacttgaacatctacacattataattgctctttgtgtcttcttattttaaaattcatttttatcttcccattttcaaccctatca |
1630735 |
T |
|
| Q |
416 |
tatttatattactctatgtatgtcacaaaataaacattcaataatttatcttacatttaattcttcatgaataaagttattgaataaccttttagcagta |
515 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
1630736 |
tatttatattactctatgtatgtcacaaaataaacactcaataatttatctttcatttaattcttcctgaataaagttattgaataaccttttagcagta |
1630835 |
T |
|
| Q |
516 |
caatacttaaattttaa |
532 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1630836 |
caatacttaaattttaa |
1630852 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 523 - 706
Target Start/End: Original strand, 1631340 - 1631523
Alignment:
| Q |
523 |
taaattttaaatagaaaaatataaaatcattgttagtacctttgctatgtttcaggaaatgcatattgatggctaagatgttccttatcatttcagtgac |
622 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1631340 |
taaattttaaatagaaaaatataaaatcattgttagtacctttgctatgtttcaggaaatgcatattgatggctaagatgttccttatcatttcagtgac |
1631439 |
T |
|
| Q |
623 |
attggtttgcacaatgaaatcgaaatcttgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaagt |
706 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1631440 |
attggtttgcataatgaaatcgaaatcttgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaagt |
1631523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 10819943 - 10819711
Alignment:
| Q |
16 |
cagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
115 |
Q |
| |
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|
|
| T |
10819943 |
cagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgaacttcattggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
10819844 |
T |
|
| Q |
116 |
aaaccaatttggaaatgacccttc------ttctgtttctgcaagtgacgaatccagatattttgattaatatgactatatatattcatat-aaaagtac |
208 |
Q |
| |
|
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|
| T |
10819843 |
aaaccaatttggaagtgacccttcttctatttctgtttctgcaa-tgacggatccagaaatttagattagtatgactatatatatttatataaaaagtac |
10819745 |
T |
|
| Q |
209 |
ataagcgatagtgttatgacatcaatattatcat |
242 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10819744 |
ataagcgatagtgttatgacatcaatattatcat |
10819711 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 505 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 10819219 - 10819019
Alignment:
| Q |
505 |
ttttagcagtacaatacttaaattttaaatagaaaaatataaaatcattgttagtacctttgctatgtttcaggaaatgcatattgatggctaagatgtt |
604 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10819219 |
ttttagcactacaatacttac-ttttaaatagaaaaaaataaaatcattgttagtacctgttttatgattcaggaaatgcatattgatggctaagatgtt |
10819121 |
T |
|
| Q |
605 |
ccttatcatttcagtgacattggtttgcacaatgaaatcgaaatcttgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaa |
704 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
10819120 |
ccttatcatctcagtgacattggcttgcataatgaaattgaaatcttgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaa |
10819021 |
T |
|
| Q |
705 |
gt |
706 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
10819020 |
gt |
10819019 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 293 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 10819635 - 10819521
Alignment:
| Q |
293 |
gaaaaaattaaaacattatatacctaaaatattgaagatacttgaacatctacacattataattgctctttgtgtcttcttattttaaaattcattttta |
392 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
10819635 |
gaaaaaattaaaactttatatacctaaaaaattgaagaaacttcatcatctacaaattataattgttctttgtgtcttcatattttaaaattctttttta |
10819536 |
T |
|
| Q |
393 |
tcttcccattttcaa |
407 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| |
|
|
| T |
10819535 |
gcttcccgttttcaa |
10819521 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 300 - 394
Target Start/End: Original strand, 1602996 - 1603086
Alignment:
| Q |
300 |
ttaaaacattatatacctaaaatattgaagatacttgaacatctacacattataattgctctttgtgtcttcttattttaaaattcatttttatc |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
1602996 |
ttaaaacattatatacctaaaaaattgaagatacttcatcatatacaaattataattgc----tgtgtcttcatattttaaaattattttttatc |
1603086 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 157
Target Start/End: Original strand, 18785387 - 18785528
Alignment:
| Q |
16 |
cagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaagattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcacaga |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
18785387 |
cagcttgcacagtcttgtactgtccagaaccatcttttgccaccacaatattgtactttactggagacttagactgcaaaagcttcctttcatgcataga |
18785486 |
T |
|
| Q |
116 |
aaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtga |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18785487 |
aaaccaatttggaaatgacccttcttctgtttctgcaagtga |
18785528 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 551 - 706
Target Start/End: Original strand, 18785826 - 18785981
Alignment:
| Q |
551 |
attgttagtacctttgctatgtttcaggaaatgcatattgatggctaagatgttccttatcatttcagtgacattggtttgcacaatgaaatcgaaatct |
650 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
18785826 |
attgttattacctttgttatgttttaggaaatgcatattgatggctaagatgttccttatcatctcaatgacattggtttgcataatgaaattgaaatct |
18785925 |
T |
|
| Q |
651 |
tgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaagt |
706 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18785926 |
tgagcattgagttctaaagctccacttttacatgtttcaatatttgtgagagaagt |
18785981 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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